Empieza el sellado del Nibi, el escuadrón Asuma regresa a Konoha y le es informado a Tsunade sobre la muerte de Asuma Sarutobi. Shikamaru le informará a Kurenai y, al final del capítulo, Naruto, Kakashi y Tanzou también acaban enterándose.

Un ANBU, antes de morir, le envía un mensaje a Tsunade en el cual le señala donde está posiblemente el escondite de Orochimaru. Tsunade reúne un grupo conformado por Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru para investigar el lugar. Mientras tanto, Jiraiya le propone a Naruto que vuelva a entrenar con él, pero después de que se recupere.

Se forman 3 equipos: el equipo que sellará al Sanbi, formado por Hinata, Sakura, Hino y Mitzuki, el equipo de protección: Lee, Ten Ten, y Kiba con Akamaru, y el equipo que peleará con Guren, formado por Kakashi, Naruto, Sai y Shino.

Jiraiya era un niño genin su maestro era Hiruzen Sarutobi, el tercer Hokage y tenía como compañeros a Tsunade y Orochimaru; era un aprendiz muy desordenado y muy inquieto (igual que Naruto).Una de esas aventuras al joven genin quiere utilizar un jutus de telestransportación, lográndolo y llegando a un mundo gobernado por sapos. Jiraiya es entrenado por ellos. Transcurre el tiempo un adulto Jiraiya tiene que vivir una nueva guerra ninja, teniendo que regresar a Konoha, va a luchar junto con sus antiguos camaradas.

Jiraiya se da cuenta que uno de los Pain es Yahiko, el Sannin logra atrapar a uno en una barrera y con un Rasengan tirarlo al ácido gástrico, este le lanza un arma perforándole el lado derecho de su pecho, recuerda que al Pain que asesinó es un ninja con quien lucho en el pasado. El Sannin de nuevo a la superficie tiene que lidiar su lucha contra los 5 restantes, uno de ellos cogiendo fuertemente su garganta y siendo rematado por los 5 demás. Jiraiya agonizando recuerda entre tristezas y como Minato lo eligió como el padrino de su hijo, recordando al padre de Naruto y al mismo Naruto. En lo último de su vida escribe un mensaje en números, pero uno de los Pain se percata lanzando su mano como explosivo; en recuerdos Jiraiya se hunde más y más en el agua, pensando como se llamaría su libro.

Hinata recuerda su niñez y su debilidad para ser ninja; Pain tiene a Naruto Los recuerdos de Hinata hace que vaya y pelee contra Pain, ante esto ella le declara su amor a Naruto y decide empezar su pelea. Hinata desea romper las varas que Pain ha puesto a Naruto, pero solo consigue romper algunos, Hinata utiliza Juho Soshiken, pero la fuerza del Akatsuki es muy superior. Hinata no puede más, con el cuerpo herido va donde Naruto; Pain preguntándose porqué lo hace usa su Shinra Tensei lanzándola al suelo; para después clavarla una de sus barras dejándola aparentemente muerta. Este acto hace que Naruto se enoje liberando el poder del Kyūbi.

Mientras el pueblo es reconstruido, Naruto y Sakura son visitados por Tazuna y Inari, ahora carpinteros. Naruto recuerda cuando regresó al País de las Olas habiendo olvidado en la casa de Tazuna un boleto gratis para comer en Ichiraku, fue a buscarlo mientras Sasuke lo perseguia, que tiene como misión para traerlo de vuelta. Inari había encontrado el billete y fue en búsqueda de Naruto, pero es asaltado por otros niños en ellos Akane celoso de su éxito, que luego son secuestrados por la nueva organización Gato, dirigida por Zōri y que Waraji quienes quieren recuperar el control del País de las Olas. Akane y sus amigos se han vuelto como Inari en carpinteros y están aquí para ayudar a Konoha. Inari se propone a hacer un nuevo Ichiraku.

La historia se basa en el entrenamiento de Naruto con Jiraiya, su maestro le decide enseñar como defenderse de los Genjutsu.

Mientras que Kiba Inuzuka y Akamaru estaba trabajando como mensajero, Sakura Haruno y Naruto Uzumaki lo estaban viendo. Sakura comentó que lo de Naruto y Sasuke era inseparable aquellos días y Naruto tuvo un flashback sobre una misión en donde el Equipo Kakashi tuvo que recuperar una estatua de oro, que fue robado por una banda de ladrones de una princesa feudal. Como Naruto y Sasuke tenían que recuperar la estatua, Sakura es tomada como rehén. Al principio, Sasuke insiste en continuar la misión, pero Naruto le dice que los que abandonan a sus amigos son peor que escoria. Cuando por fin encuentran a Sakura y a los bandidos, que era en un primer momento difícil para ellos porque sus manos estaban atadas. Sin embargo, uno a uno, a través de trabajo en equipo, los dos rápidamente derrotaron a los bandidos y a su líder, Jako. Aunque su misión fue un éxito, la estatua estaba muy dañada, pero Kakashi Hatake dijo que podría ser fundido y re-hacerlo. Cuando Naruto se quejó de su mano que fue pegada a Sasuke, Sakura dice que es natural que se descompone en dos o tres días, para la decepción de Naruto y Sasuke.

Sasuke ataca con todo el poder de Susano'o, logrando salir en medio del caos en busca de Danzō, por lo que los presentes se percatan de su presencia siendo atacado por la Mizukage que tiene abatido al Uchiha, no tanto Zetsu aparece, para absorber el chakra y dárselo a Sasuke lo que continua su pelea, también entra en acción el Tsuchikage que logra encerrar en un jutsu al joven Uchiha para desintegrarlo, lo cual no es realizado ya que Madara salva a Sasuke y planea contar a todos sobre su plan: ojo de Luna (月の眼 "Tsuki no Me"?).

Tsunade envía al equipo Kakashi a una aldea cerca del país del fuego donde se encuentra el "Agujero". La misión en averiguar las causas de porque todos sus habitantes han sido asesinados y desaparecido un tesoro. El equipo se encuentra con Kabuto, quien realiza el Edo Tensei para invocar a los miembros de Akatsuki y otros shinobis, pudiendo solamente controlar a Hidan y Deidara. Comienza la batalla.

Kabuto se retira de la batalla, Kabuto y Shin investigan más acerca del "Agujero" y les explican sus orígenes, mientras Naruto y Sakura se encuentran con Dokku y los pequeños los cuales se reúnen con Sisseru. Kabuto trata de perfeccionar el Edo Tensei mientras charla con alguien a través de un pergamino.

Naruto se enfrenta al clon del Kyūbi ahora transformado, este con una de sus colas golpea a Disonasu matándolo, Naruto no parece tener posibilidades de ganar entonces el clon lo atrapa y de su boca dispara un rayo el cual lo atraviesa, mientras que Kakashi observa lo que pasa, el Kyūbi al ver lo que pasa decide prestarle más poder a Naruto, trasnformandose en el mismo Kyūbi bajo su control, Naruto sigue luchando mientras que Dokku y Shiseru deciden acabar con Saezeru entonces se despiden de los niños, Naruto pierde el control del poder del Kyūbi y se empieza a transformar, Yamato al ver lo que pasa aprisiona a Naruto por un poco tiempo, mientras que el clon sigue destruyendo todo, Shiseru cae por un precipicio pero Dokku la atrapa, en una charla ambos dan a conocer sus sentimientos, mientras que Miina le dice a Naruto que tome el control entonces este toma otra apariencia (igual a la que obtuvo después de vencer al Kyūbi) y salva a Shiseru mientras que Dokku pone el último "sonido", Naruto por fin vence al clon con un Rasengan, en los créditos finales se observa que Saezeru se detiene, Kabuto se marcha y Dokku y Shiseru se reencuentran.

En la costa la división de Darui se encuentran en un dilema por los Zetsuz blancos en ese momento los cuatro del sonido hacen su aparición, los shinobis se enfrentan con los ninjas resucitados pero no tienen oportunidad, entonces Shikamaru y los demás se preparan para pelear de nuevo contra ellos, Choji contra Jirobo, Neji contra Kidomaru, Kiba contra Zakon y Shikamaru contra Tayuya. Todos recuerdan aquella batalla difícil en la que los shinobis de Konoha ganaron. En su nueva batalla los cuatro del sonido vuelven a perder, y cuando parece que la victoria es de los Shikamaru y los otros, los del sonido realizan el Jiku Jusshiki no jutsu llevándose sus almas.

El Jubi que ha resucitado se muestra frente a Naruto y los demás, este posee un único ojo gigante parecido a un Sharingan pero con seis aspas, Kurama alega que esta criatura no posee sentimientos ni ideas, es decir es la tierra misma por lo que no se le puede sentir ni aun en el modo sabio, Madara y Obito se conectan con el Jūbi y se preparan para realizar el Mugen Tsukuyomi. El Hachibi y Kurama realizan el Renzoku Bijūdama pero no logran nada puesto que el Jūbi realiza una técnica parecida en la que dispara un rayo muy poderoso que logra quitarle parte de las colas a los dos Bijūs pero en ese momento Kakashi con ayuda del Kamui lleva al Hachibi en frente del Jūbi con la intención de explotar una Bijūdama en su ojo pero sin éxito ya que este la repele con facilidad, Kakashi, Gui y los dos Bijūs agotados por usar tanto chakra no pueden seguir más pero Naruto demuestra su determinación al intentar crear clones, el Jūbi nuevamente realiza su técnica donde destruye algunas montañas creando una poderosa explosión la cual paso cerca de Naruto, en ese momento los shinobis de los distintos escuadrones empiezan a reunirse, en el cuartel Shikaku da instrucciones para atacar al Jūbi conjuntamente donde logran retenerlo gracias a técnicas en combinación Naruto alega que es el jutsu de la alianza Shinobi.

El Jūbi que había sido retenido, alcanza su segunda etapa, donde su aspecto cambia radicalmente y logra liberarse fácilmente ya que sus colas tienen unas manos para atacar a toda la alianza, este realiza unas bijūdamas en forma de cono que tienen como objetivo destruir el cuartel (cerebro) de la alianza, tras unas intentos donde destruye pueblos enteros, el Jūbi logra su cometido donde la alianza queda conmocionada, pero Shikaku logra transmitir su último plan para acabar con el enemigo. Madara y Obito transfieren las células de Hashirama para poder controlarlo, Obito logra que el Jūbi realice el Mokuton Sashiki no Jutsu donde una lluvia de estacas de madera, acaba con algunos de los shinobis, Naruto lanza algunos Rasenshuriken pero queda expuesto al ataque del Jūbi donde Hinata se interpone por salvarlo, pero Neji en el último momento recibe el ataque salvándolos, Naruto y Hinata al verlo herido de gravedad expresan sus sentimientos donde Neji recuerda las palabras de Naruto que lo liberaron, fianlmente el Hyuga muere en los brazos de Naruto, Obito alega que le repita las palabras sobre proteger a sus compañeros. Hinata logra hacerlo entrar en razón donde Naruto se pone de pie y se toman de las manos preparados para pelear.

Naruto le dice a Obito que ya no debe tratar de huir de su pasado, ya que finalmente no logró deshacerse de sus recuerdos. Naruto además comenta que él es como Obito, ya que tuvieron muchas cosas en común: No tuvieron padres, tenían el mismo sueño de ser Hokage y tuvieron que esforzarse al máximo para salir adelante. En ese momento, Obito empieza a recordar sus días en la academia y de como siempre quiso superar a Kakashi en todo sentido y en donde, con el apoyo de Rin, logró convertirse en un Gennin. Poco después, Minato se hace cargo del grupo, teniendo él que lidiar con Kakashi, que sigue el código ninja, y Obito, que siempre llega tarde para las misiones. Finalmente, Naruto espera la verdadera respuesta de Obito.

Primera parte del especial: "Las hermanas Hyüga, un destino inmutable" previo al estreno de la película: "The Last - Naruto the Movie". Su argumento gira en torno a la historia de Hinata y Hanabi Hyüga, especialmente en cuanto a esta última, debido a su importancia en esa obra cinematográfica. Este capítulo narra los acontecimientos que tuvieron lugar durante su niñez, la admiración de Hanabi por Hinata, el odio de las otras extensiones del clan para con la rama principal y la manera en que esta mantiene su control por medio del sello del pájaro enjaulado hasta el enfrentamiento entre Hinata y Hanabi, luego del cual su padre decide abandonar a Hinata y ofrecerla a la aldea para que ingrese a la academia ninja y se incorpore como Genin al grupo ocho bajo la dirección de Kurenai, al mismo tiempo que decide preparar a Hanabi para que en un futuro se haga cargo del clan como representante de la rama principal.

La pelea entre Rock Lee y Shira finalmente comienza, donde ambos luchan con todas sus fuerzas, aun cuando Lee se libera de sus peas es golpeado constantemente, y la situación se complica aún más ya que Shira golpea sin emitir ningún sonido, por lo que a Lee le cuesta esquivarlo, en un intento por tomar el control de la batalla Lee intenta usar las ocho puertas pero no puede ya que Shira ha bloqueado sus puntos de chakra, tras ser golpeado Finalmente Lee puede usar las ocho puertas pero en su estado solo pelea usando la cuarta puerta, Shira al verlo usa su propia versión de las ocho puertas donde a diferencia de Lee él puede manipular perfectamente su respiración, tras luchar al máximo por un rato finalmente Shira cae rendido ya que sus heridas aun no sanan del todo, Shira se alegra de haber podido conocerlo y no lamentar nada en su vida.

Sakura, Ino y Chouji se topan con el grupo de la arena el cual los estaba vigilando, este les propone entregar su pergamino y a cambio Sakura y los demás podrán obtener agua del oasis, pero tras rechazar la propuesta, la pelea es inminente entre ambos equipos, Ino quien imprudentemente ataca queda inconsciente, por lo que Sakura y Chouji deberán salir adelante, pero la situación se complica ya que sus contrincantes se hacen invisibles y los golpean en sus puntos ciegos, Ino quien recupera el sentido logra percibir al enemigo y logran contraatacar, pero el equipo de la arena se recupera rápidamente ya que tenían en sus cuerpos medusas que los curaban. Ino entonces concluye que para ganar la batalla debe usar el ninjutsu secreto de su clan en el cual deberá comunicarse instantáneamente con Sakura y Chouji, pero Ino aun no domina por completo la técnica, pero gracias a su esfuerzo y al entrenamiento con ninjutsu medico logra dar a conocer su estrategia a sus compañeros y ganar el encuentro, finalmente ambos equipos se curan entre si en el oasis.

Los traidores de Kirigakure ahora pretender acabar con Kakakshi y Rin, pero Kakashi logra acabar con uno de ellos, en ese momento Minato y Obito llegan para darse cuenta que el pergamino no contenía nada, y por lo tanto el verdadero lo tenía el shinobi que cayo del puente, es entonces que Obito decide ir a rescatarlo, pero Kakashi alega que hay que darle importancia a la misión, aún así Obito se marcha en ayuda del shinobi herido. Cuando llegan al río descubren que están rodeados por bastantes enemigos, por lo que deciden separarse y obtener el pergamino a como de costa, Kakashi logra acabar con bastantes de ellos, finalmente Minato llega y logran recuperar el pergamino y completar la misión, cuando regresan Kakashi se percata de que el como los demás fueron utilizados y sospechan que el verdadero pergamino lo tenía otro equipo. De vuelta en la batalla, Obito junto con Kakashi se preparan para usar el Kamui, pero Madara quien observa atentamente lo que ellos están planeando y decide atacarlos al tiempo, cuando eso sucede, tanto Obito como Kakashi usan el Kamui al mismo tiempo y como resultado Obito logra dirigirse a su dimensión donde se encuentra Naruto una vez allí empieza a transferirle la mitad del Kurama, mientras que Kakashi es salvado por Guy quien observa a Madara con su nuevo aspecto.

El genin revela a Minato que habían mariposas, junto a Tsunade deducen que son mariposas shinobi. Naruto y los otros equipos son enviados al lugar donde desaparecieron los jounin y cuando llegan, Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma desaparecen al ser tragados por la tierra. Neji descubre que la tierra, antes de secuestrar a Gai, emanó una presencia de chakra por el suelo. En ese momento, el equipo 7 es atacado por un miembro de Akatsuki, siendo Hidan, quien atrapó a Naruto en su jutsu de maldición. Por otra parte, el equipo 10 es atacado por Yahiko, Nagato y Konan.