Nagato aún sigue contando su pasado, y el entrenamiento que recibió de Jiraiya, la formación de una organización liderada por Yahiko que buscaba la paz, pero esta era muy difícil de encontrarla ya que las tres grandes naciones ninjas seguían en guerra (Konoha, Lluvia y Arena), Hanzō los contacta para ser intermediarios, pero era una trampa ideada por él para matar a Yahiko; Yahiko muere y Nagato libera su verdadero poder derrotando a todos los subordinados de Hanzō.

Este es un capítulo especial, previo a la sexta película de la segunda parte de la serie Naruto Shippuden 6: El camino ninja en el que se cuenta como los once de Konoha se disfrutan su último día de vacaciones en la que tomaran un baño para relajarse ideado por Lee pero este caerá en el baño de mujeres, Mientras que Tobi lee el corazón de Naruto y se prepara para utilizar el Gentei Tsukuyomi con los otros miembros de Akatsuki. (En la que se desarrollara la trama de la película).

Nota: Este capítulo no tiene que que ver con la historia principal como tal, pero si es adaptada de un capítulo manga creado por Masashi Kishimoto

Shino se entera por medio del cuartel de la alianza que Torune anda suelto, por lo que sale en su búsqueda, cuando lo encuentra, Torune acaba de realizar el Kodoku no jutsu en el cual utiliza insectos venenosos que luego explotan y acaban con cualquiera que huela el mortal gas. Shino recuerda como Torune le inculcaba el hacer amigos para las futuras misiones, y como Danzo se lleva al pequeño para Raíz donde Torune acepta y conoce a Fu con el cual se hacen amigos y se hace un experto en jutsus prohibidos, de vuelta en la guerra Torune pregunta por su amigo sin saber nada de él, al ver que los insectos de Shino no hacen efecto este decide hacer un combate cuerpo a cuerpo donde Torune tiene la ventaja pero llega un clon de Naruto el cual ayuda en la batalla, Shino logra sellar a Torune gracias a unos insectos especiales los cuales no mueren por el veneno.

Los ojos de Sasuke finalmente están listos revelando así el Mangekyō Sharingan Eterno, éste se dispone a ponerse al tanto de la guerra. Jūgo y Suigetsu marchan hacia la guarida de Orochimaru. Por otra parte Naruto y Killer Bee siguen su pelea contra los Jinchūrikis, el Hachibi herido intenta atrapar a Tobi, Kakashi y Guy deducen que no están usando los jutsus de Pain más bien están siendo controlados contra voluntad pero a la vez Tobi no los controla del todo. El Yonbi ahora transformado junto con el Rokubi se lanzan contra el Hachibi. Naruto es lanzado hacia la boca del Yonbi donde este lucha por no ser devorado, el Rokubi ataca a Kakashi y Guy con gas corrosivo donde logran escapar. El Kyūbi habla que los Bijū son solo mascotas y son usados solo por su chakra pero el Hachibi alega que no es verdad ya que se puede formar una amistad estrecha con los humanos. El Yonbi logra tragarse a Naruto, pasado esto entran en una conversación en donde el Bijū revela que su verdadero nombre es Son Goku y el de Kyūbi es Kurama, Naruto responde que el no quiere ver que los Bijū sufran y que el mundo sea dominado. Por lo que Son Goku le dirá a Naruto como puede ser detenido si lo libera.

Los cinco Kages continúan su lucha contra Madara donde este usa el Mokuton: Kajukai Kourin de repente unas flores se abren y esparcen polen el cual Tsunade advierte que no deben aspirarlo, pero Madara usa el Susanō donde los golpea y caen inconscientes, Ōnoki se remonta a su juventud donde el primer Tsuchikage le habla acerca de su gran voluntad la cual cambiaría al mundo y debería cuidarla para no perderle, y su encuentro con Madara en el pasado. Cuando éste despierta lleno de energía usa el Jinton: Genkai Hakuri no jutsu donde revela que en el pecho de Madara esta el rostro de Hashirama a lo que deducen que esa es la razón por la que puede usar el Mokuton. En otro lugar Sasuke finalmente se encuentra con su hermano Itachi donde este sigue de largo pero Sasuke lo sigue donde le habla acerca que ya sabe todo acerca de él y su objetivo es destruir Konoha, a lo que Itachi deduce que su hermano no está siguiendo su voluntad y siguió otro camino, mientras que Madara le dice a Tsunade que será la primera en morir por ser descendiente de Hashirama de la cual está decepcionado pues no se compara con él, a lo que Tsunade le dice que no subestime la voluntad del fuego.

Los cinco Kages continúan su lucha contra los clones de Madara los cuales son muy poderosos, el Raikage recibe el Gengutsu de este pero es salvado por Ōnoki el cual con sus últimas fuerzas utiliza el Jinton: Genkai Hakuri no jutsu el cual acaba de una vez por todas con los clones y logran capturar a Madara en conjunto para sellarlo, el cual les da crédito por llevar el título de kages, sin embargo Madara escapa gracias a que libera a Susanō perfecto el cual tiene un aspecto de un samurai gigantesco. Los kages atónitos presencian el poder de este cuando corta una montaña entera, a lo que se preguntan como Hashirama pudo vencerlo en aquella batalla. Por otra parte Kabuto le revela los sellos para detener el Edo Tensei e Itachi le ordena hacerlos mientras que Sasuke le habla acerca de su odio a Konoha, su deseo por destruirla, una vez que se completan la liberación del Edo Tensei todos los shinobis revividos destellan en una aurora blanca incluidos los Jinchūrikis. Cuando Madara intenta darles el golpe final a los kages con Susanō este se desvanece por completo, a lo de deduce que algo pasa con la técnica, Itachi le revela la verdad a Sasuke acerca de la masacre del clan donde este decide asesinar a su gente por la protección de Sasuke y jura el cuidado por petición de sus padres y antes de desaparecer lo abraza diciendo que lo amara pos siempre.

Obito se sigue recuperando en el escondite de Madara, allí se acostumbra poco a poco a el brazo implantado a partir del árbol de Hashirama por Zetsu y Zetsu remolino , además forja una amistad con ambos, pasado algún tiempo Obito recupera la mayoría de sus habilidades y su cabello crece, a este no le interesa el plan de Madara sobre el Tsukuyomi infinito. En algún momento Zetsu blanco le avisa que Kakashi y Rin están en gran peligro al enfrentarse a shinobis de Kirikagure, enseguida Obito intenta salir golpeando la roca pero no puede, Zetsu remolino lo envuelve y con ayuda de clones salen en la ayuda de Kakashi y Rin. Durante el camino Obito experimenta visiones de Rin y observa explosiones, cuando llega a la batalla conmocionado descubre que Kakashi con su Chidori asesina a Rin, ante esto Obito despierta su Kamui y también Kakashi pero este cae inconsciente y en un ataque de furia acaba con todos los shinobis de la neblina, una vez que termina todo se torna de sangre con lo que Obito alega que se encuentra en el infierno.

La alianza se arma de valor después de los recuerdos de Hashirama y Naruto, así todos se preparan para cortar al Shinju, por otra parte Naruto y Sasuke pelean contra Obito, pero este los esquiva fácilmente, Shikamaru quien es atendido por Sakura recibe nuevamente el chakra de Kurama y tras recordar el pasado de Naruto logra ponerse de pie. Los cinco kages que se dispersan por toda la zona dan la orden de atacar y cortar el árbol, es así como toda la alianza se vuelve una, El tercer hokage que observa a Orochimaru le pregunta si también va a colaborar, el sannin alega que lo hará ya que no permitirá que Obito Se salga con la suya, la alianza logra cortar algunas ramas del Shinju, Naruto y Sasuke empiezan a entender los movimientos de Obito y tras coordinar sus ataques parecen lograr darle, pero en el último momento Obito se protege y logra agarrar a Naruto y Sasuke donde los impacta contra el suelo, Obito nuevamente le pregunta a Naruto porque sigue luchando ya que la gente de la aldea lo miraba con desprecio, sin embargo Naruto al ponerse de pie responde que ese es su camino ninja, Naruto y Sasuke unen sus fuerzas para pelear.

Primera parte del especial: "Las hermanas Hyüga, un destino inmutable" previo al estreno de la película: "The Last - Naruto the Movie". Su argumento gira en torno a la historia de Hinata y Hanabi Hyüga, especialmente en cuanto a esta última, debido a su importancia en esa obra cinematográfica. Este capítulo narra los acontecimientos que tuvieron lugar durante su niñez, la admiración de Hanabi por Hinata, el odio de las otras extensiones del clan para con la rama principal y la manera en que esta mantiene su control por medio del sello del pájaro enjaulado hasta el enfrentamiento entre Hinata y Hanabi, luego del cual su padre decide abandonar a Hinata y ofrecerla a la aldea para que ingrese a la academia ninja y se incorpore como Genin al grupo ocho bajo la dirección de Kurenai, al mismo tiempo que decide preparar a Hanabi para que en un futuro se haga cargo del clan como representante de la rama principal.

Tenten y Ajisai buscan una manera de salir de las galerías donde cayeron, pero en el camino se topan con hormigas gigantes las cuales causan algunos problemas, en la superficie ambos equipos también siguen en la búsqueda de sus compañeras, en las galerías Tenten conoce un poco mejor a Ajisai y sobre la aldea de la lluvia. Ajisai propone capturar a la hormigas para usarlas como invocación, por que llegan a la guarida pero al ver que son muchas deciden buscar la salida rápidamente, el equipo de Neji y Ajisai encuentran la entrada a las galerías pero al intentar entrar las hormigas aparecen por lo que Lee decide enfrentarlas mientras los demás entran. La salida está bloqueada por escombros por lo que Ajisai decide usan su técnica de absorber cosas pero rápidamente queda agotada por lo que Tenten deberá hacerse cargo de la situación ya que están rodeadas por las hormigas, pero Tenten aun insegura de realizar su técnica especial recibe valor de Ajisai, y finalmente Tenten logra invocar una cantidad masiva de agua que las ayuda a escapar a la superficie.

El cuerpo de Chouji sigue en control de Saya, Ino logra detener su técnica, una vez que Saya pierde el control, es atacada junto son sus compañeros por el puño de Chouji, cuando Ino regresa a su cuerpo, y Sakura la auxilia, Chouji descubre que Saya no era más que una marioneta y así prosiguen su camino. En ese momento la muñeca maldita alberga el alma de Saya y una vez que se reúne con su equipo planea la venganza contra el equipo de Ino, Sakura medita en el entrenamiento que ha tenido y lo que se ha esforzado por no estar a las espaldas de sus compañeros, en ese momento una tormenta de arena encierra al grupo y además unas estatuas de arena lo empiezan a atacar, Ino conecta los campos de visión y así no dejar puntos ciegos, la situación se complica cuando una de las estatuas es uno de los rivales, el cual logra morder a Chouji e Ino los cuales empiezan a perder la conciencia, Sakura al ver que sus compañeros están en peligro finalmente logra reunir el chakra necesario, llena de valor y confianza logra acabar con la batalla de un solo golpe, cuando Ino y Chouji despiertan le dan las gracias a Sakura por salvarlos y se alegran de haberla invitado a los exámenes chunnin

Madara ha llegado a donde esta Obito y los demás, Zetsu negro al verlo se desprende de Obito con el fin de entregarle el Rinnegan izquierdo, pero Obito se resiste a que Zetsu se acerque a él. Obito al ver a Madara le pregunta que fue el durante el tiempo que él se hizo pasar por Madara, tras escuchar la pregunta de Obito, Madara responde que él ha sido en parte el salvador del mundo, ya que pronto se realizara el Tsukuyomi infinito, además Madara habla del fracaso logrado por el Rikudō Sennin, y de como el chakra se convirtió en un arma para el beneficio propio del shinobi. Madara le ofrece seguir a Obito seguirlo y ambos crear el nuevo mundo a partir del Tsukuyomi infinito, Obito al parecer se reúne con Madara , antes eso Minato Kakashi y Gaara atacan a Madara pero los tres son vencidos fácilmente, pero cuando están frente a frente Obito traiciona a Madara hundiendo su mano derecha en el pecho de Madara con el fin de intentar extraerle los Bijūs, pero debido a que Obito esta débil, solo logra extraer una parte del chakra del Shukaku y del Hachibi. Kakakshi se percata de que Obito volvió a ser el de antes, además Obito le pide llevar a Naruto y Sakura a otra dimensión con el Kamui, Cuando Obito intenta ir a su dimensión Madara lo ataca, en ese momento Kakashi ayuda a Obito y en ese momento empieza a recordar su infancia en la aldea.

El genin revela a Minato que habían mariposas, junto a Tsunade deducen que son mariposas shinobi. Naruto y los otros equipos son enviados al lugar donde desaparecieron los jounin y cuando llegan, Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma desaparecen al ser tragados por la tierra. Neji descubre que la tierra, antes de secuestrar a Gai, emanó una presencia de chakra por el suelo. En ese momento, el equipo 7 es atacado por un miembro de Akatsuki, siendo Hidan, quien atrapó a Naruto en su jutsu de maldición. Por otra parte, el equipo 10 es atacado por Yahiko, Nagato y Konan.

Naruto le pide a Sasuke volver a Konoha, a lo que accede bajo la advertencia de ser él quien con sus propias manos cambie el mundo Shinobi. El inevitable enfrentamiento entre los rivales da inicio, a medida avanza el duelo, recuerdan cuando se conocieron, su vida en la academia ninja; las frustraciones de Sasuke al no tener una verdadera competencia contra Naruto (al ser este el primero de clase y su rival el peor); la forma en que el cuarto Hokage evitó el golpe de estado Uchiha mediante el diálogo; hasta el día en que Naruto avanzó dejando a Sasuke atrás, cambiándolo todo. La batalla se intensifica, Sasuke ataca con su Mangekyō Sharingan y Susanoo mientras que Naruto lo hace en Sennin Mōdo. A medida Sasuke perfecciona su Susanoo, Naruto se ve en la necesidad de pedir ayuda a Kurama accediendo al Bijū Mōdo y atacando a Sasuke con una Bijū Dama, Sasuke por su parte utiliza flechas de Enton: Kagutsuchi, sus transformaciones desaparecen y ambos finalizan sus ataques propinando un puñetazo en la mejilla de su rival, exhaustos, caen al suelo y la amistad entre ambos prevalece. "Y así, Naruto Uzumaki, el niño de la profecía que quería ser Hokage, con la ayuda de sus compañeros, consiguió que el futuro de los shinobi superase toda clase de dificultades. Finalizando de esta forma el primer volumen de las Crónicas shinobi de Jiraiya ~Las Historias Perdidas de Naruto~". Todo lo anterior resulta como un sueño de Tsunade, quien al despertar ve a Dan, su fallecido amor, vistiendo como Hokage, pidiendo que le acompañe a la reunión de los cinco Kage, encontrándose en su camino a Orochimaru y Jiraiya, este último entregándole una copia de sus novelas eróticas a Nawaki, lo que enfada a Tsunade. Sin embargo, todo lo experimentado por ella es producto del Tsukuyomi Infinito en el que se encuentra atrapada de momento.

Ashura reconoce que Indra ha cambiado su forma de ser, pero antes de terminar la idea, un hombre le pide ayuda para que use el Ninshu y así derribar unos cuantos árboles para crear un camino más corto a los campos. Ashura ayuda al hombre cortando todos los árboles, aunque más tarde, Indra acusa al hombre que fue ayudado por Ashura, ya que vendió los árboles para su beneficio cuyo recurso natural es del bien de todos los aldeanos, aunque pide perdón a Ashura ya que vendió los árboles para ayudar a su madre enferma. El hombre es acusado y encarcelado en una cueva, pero Ashura no es castigado al no saber las verdaderas intenciones del hombre. Ashura va a la cueva y libera al hombre, pero Indra lo sigue y lo ataca por su desobediencia. Al día siguiente, Hagoromo debe escoger a sus sucesor, pero al ver que Indra es demasiado poderoso pero tirano, a diferencia de su hermano que es débil pero piadoso, decide ponerlos a prueba y enviarlos a dos pueblos que albergan bestias con colas, para que dirijan al pueblo y quien arroje mejores resultados será su sucesor. Ashura e Indra se dirigen a sus respectivos puntos de trabajo, al separarse, el hombre que liberó Hashura le sigue para ayudarlo. Al llegar a la aldea la cual se encuentra en medio del desierto, sienten hostilidad debido a recurrentes ladrones que saquean la ciudad, pero al curar a una mujer herida, le dejan entrar. La mujer herida le pide a Ashura que cure a su madre enferma, pero no logra curarla notando que en la aldea hay decenas de muertos a su alrededor, por lo que se dirigen junto a la mujer a un árbol en un gran monte, y al adentrarse en el encuentran rasgos del Shinju.

Mientras Óbito muere a causa del Tomogoroshi no Haikotsu recuerda varios de los momentos que marcaron un antes y un después en su vida. En esos instantes, Sasuke al recuperar el poder de su ojo izquierdo inicia su ataque contra Kaguya, quien inmediatamente cambia a la primera dimensión para moverse con facilidad y recuperar más rápido su chakra. Óbito insta a Naruto a mantenerse en el camino ninja que ha elegido no importando las dificultades, al mismo tiempo que le dice que esta seguro que logrará convertirse en Hokage, dicho esto, se convierte en cenizas. Zetsu negro se burla de la muerte de Óbito lo cual no agrada para nada a Naruto e incorporándose a la batalla, en un solo movimiento, corta el brazo izquierdo de Kaguya en el cual se encontraba Zetsu. Finalmente, Óbito despierta en el otro mundo y se reúne con Rin, ella le dice que le ha estado esperando mientras él se disculpa por no haber cumplido su promesa, a lo que ella responde que sabe que se esforzó mucho y que todo ese tiempo le ha estado observado.

El episodio nos transporta a esos duros momentos vividos por Naruto durante su infancia en los que experimentó el rechazo por parte de los aldeanos de Konoha y la consecuente soledad que esas acciones produjeron en adición a ser un huérfano. Al mismo tiempo nos muestra fragmentos de la infancia de Hinata específicamente cuando conoce a Neji y la muerte de su tío en el cumplimiento de su función de rama secundaria de la familia Hyüga.

Ya ha pasado algún tiempo desde la batalla entre Naruto y Sasuke. Sakura, en compañía de Naruto acude a Kakashi para comentarle sobre la desaparición de algunos shinobis, hecho que debe ser investigado, en ese preciso instante escuchan una explosión lejana, Naruto y Sakura se apresuran para investigar, ahí se reúnen con Ino, Shikamaru y Chōji; se trata de los aldeanos desaparecidos quienes están bajo los efectos de un genjutsu que les ha despojado de su voluntad y ha convertido en bombas humanas, estos son neutralizados, pero nadie puede deshacer ese genjutsu. Ante tal acontecimiento, Kakashi considera necesario llamar a Sasuke, el Uchiha recibe el mensaje pero, al mismo tiempo, escucha una explosión lejana, por lo que acude al lugar encontrándose con el mismo problema, los aldeanos, algunos de ellos shinobis, luchan contra la amenaza; Sasuke desea ayudar pero le confunden con el enemigo. Luego de anular las técnicas con las que le atacaron, se encarga de dejar fuera de combate a los aldeanos convertidos en bombas humanas utilizando su sharingan; posteriormente se entera que le han confundido con un shinobi llamado Fujin, quien creen está detrás de todo esto, por lo que para conocer más detalles, utiliza su sharingan para examinar los recuerdos de las víctimas del genjutsu, imágenes que le dejan perturbado al ver en ellas unos ojos rojos, por lo que concluye que la persona atrás de esos ataques es un poseedor del Kekkei Genkai.