Kankuro hat seinen vermeintlichen Gegner Deidara gestellt, muss aber erkennen, dass in Wirklichkeit der geheimnisvolle Sasori sein Widersacher ist. Das Spiel mit den Marionetten nimmt dramatische Züge an. Egal, was Kankuro auch unternimmt, seine Angriffe werden von Sasori abgeblockt. Ist dieser Kampf um Gaara überhaupt zu gewinnen?

In Suna-Gakure wird es immer dramatischer. Während Team Kakashi und Team Guy immer noch nicht am Ziel sind, treffen sich einige finstere Gestalten heimlich mit ihrem Anführer. Es sind die Entführer von Gaara, sowie zwei alte Bekannte, die schon viel Unruhe verbreitet haben: Itachi und Kisame.

Guys Team kämpft immer noch gegen sich selbst, Naruto und Kakashi verfolgen immer noch Deidara, Sakura und Chiyo kämpfen immer noch gegen Sasura und bei der Überlegung, welche Strategie man gegen ihn anwenden kann, erinnert sich Sakura daran, was Tsunade ihr beigebracht hat.

Obwohl es Kakashi mit seinem neuen Sharingan gelungen ist, Deidara mitsamt seiner Explosion in eine andere Dimension zu beamen, tritt der wieder in Erscheinung. Er sucht nach seinem rechten Arm und dem Ring, der ihn als Akatsuki Mitglied ausweist. Dabei trifft er auf Zetsu und den vertrottelten Tobi, der auch gern bei der Organisation wäre. Prompt kriegen die beiden sich in die Wolle.

Auf der Brücke zwischen Himmel und Erde steht Naruto nun seinem schlimmsten Feind, nämlich Orochimaru gegenüber und der reizt ihn so, dass das „Gewand des Fuchsgeistes" wieder zum Vorschein kommt. Dieses unheilvolle Chakra ist nur zu kontrollieren bis der dritte Schwanz des Fuchses sich bildet, ab dem vierten wird Naruto außer Kontrolle sein.

Yamato und seinem Team ist es gelungen, in Orochimarus Versteck einzudringen und Sai ausfindig zu machen, der ihnen ihre schlimmsten Befürchtungen bestätigt: Tatsächlich will Danzo Orochimaru als Verbündeten haben, um Konoha zu übernehmen. Sakura spricht Sai auf das Bilderbuch an und es stellt sich heraus, dass Sai doch nicht so gefühllos ist, wie er es immer dargestellt hat …

Naruto trainiert wie ein Besessener, um die Form und die Eigenschaften seines Chakras verändern zu können. Er erfährt, dass Asumas Chakra auch zum Windelement gehört und erhofft sich wertvolle Tipps von ihm – die er auch bekommt, aber nur unter der Bedingung, dass er das nächsten Essen im Grillhaus für Asumas Team bezahlt.

Danzo, der kurzzeitig verschwunden war, ist von den ANBU gefunden und zurück ins Dorf gebracht worden. Tsunade verhört ihn, weil sie Informationen von ihm haben möchte, doch er verhöhnt sie nur. Außerdem scheint er Koharu und Homura hinter sich zu haben, die Tsunades gemäßigte Politik offenbar auch nicht gutheißen.

Tsunade bekommt mal wieder Dampf von Homura und Koharu, dass sie bei der letzten Krise nicht entschlussfreudig genug war. Naruto und Sai liegen im Krankenhaus und müssen sich ausruhen, was Naruto ziemlich nervt, weil er endlich wieder trainieren will, aber Kakashi verordnet ihm Ruhe. Asuma möchte mit Kakashi etwas besprechen, rückt aber mit der Sprache nicht raus.

Asuma, Shikamaru, Izumo und Kotetsu haben die beiden Akatsuki-Leute vor dem Schwarzmarkt gestellt. Kakuzu hält sich aus dem Kampf heraus und schickt Hidan vor, denn der gilt immerhin als unsterblich – was Asuma und Shikamaru vor nicht unerhebliche Probleme stellt.

Shikamaru, Izumo und Kotetsu haben keine Chance gegen die beiden Akatsuki-Leute, zumal Asuma von Hidan schwer verletzt wurde – und er unterliegt diesen Verletzungen und stirbt. Obwohl kurz darauf die Verstärkung durch Aoba und Raido eintrifft, können sie für Asuma nichts mehr tun und jeder Einzelne erinnert sich an Situationen mit ihm.

Naruto ist als Verstärkung für Kakashi und Co auf dem Kampfplatz geblieben, während Pakkun mit Sai und Sakura die Spur von Shikamaru aufnimmt, um ihn im Kampf gegen Hidan zu unterstützen. Doch sie kommen zu spät. Shikamaru hat Hidan, den Mörder von Asuma, besiegt. Naruto bittet Kakashi, Kakuzu allein angreifen zu dürfen, obwohl Choji seine Hilfe anbietet und Kakashi stimmt widerstrebend zu.

Naruto hat es tatsächlich geschafft, Kakuzu zu besiegen. Er ist erschöpft, aber glücklich, doch als er und das Team wieder in Konoha ankommen, macht Tsunade eine seltsame Entdeckung: Sie lässt die Leiche von Kakuzu untersuchen und stellt fest, dass sämtliche Chakrazellen Schädigungen haben. Die sind auf das neue Jutsu von Naruto zurückzuführen.

Naruto ist es gelungen, die Kristallbarriere zu zerstören und so können er, Yamato und Sakura nun Kakashi und Co zu Hilfe kommen. Guren hat Hinata in ein Kristallgefängnis gesperrt und die Freunde befürchten, dass Hinata bei der geringsten Erschütterung genauso zersplittert, wie der Kristall. Doch was sollen sie tun?

Guren ist es gelungen, die Versiegelungsbarriere zu zerstören, so dass die Konoha-Ninjas den Sanbi nicht versiegeln konnten. Rinji findet heraus, dass Yukimaru nur dann seine Kräfte voll entfaltet, wenn er sich Sorgen um Guren macht, weil er sehr an ihr hängt. Also verletzt Kabuto Guren, so dass sie erstmal nicht fliehen kann …

Orochimaru kämpft in seiner wahren Form gegen Sasuke. Sasuke kann den Angriffen ausweichen und sein Chidori einsetzen. So zerschneidet der Shinobi die Schlangen seines ehemaligen Meisters. Orochimarus Unsterblichkeit ist es zu verdanken, dass er wieder aufersteht und Sasuke in eine von ihm kontrollierte Welt versetzt. In dieser Umgebung möchte Orochimaru das Ritual zur Köperübernahme beenden.

Naruto und Sakura befinden sich in Tsunades Büro. Dort erfahren die Shinobi von Tsunade und Jiraiya, dass Orochimaru von Sasuke getötet wurde. Sasuke ist inzwischen mit Suigatsu und Karin am ehemaligen nördlichen Versteck von Orochimaru angelangt. Wie Sasuke schnell feststellt, scheint das Versteck verlassen zu sein.

Kakashi teilt die acht Konoha-Nins in Einzelgruppen auf. Dabei erhalten die Shinobi die Unterstützung von Ninja-Hunden. Naruto, Yamato und Hinata begegnen Kabuto. Dieser möchte den Shinobi helfen, indem er ihnen geheime Informationen über die Akatsuki gibt. Sasuke teilt ebenfalls sein Team auf, um so effektiver nach Itachi suchen zu können.

Nachdem das Verhör zweier Bewohner aus Amegakure nichts Nützliches erbrachte, versucht Jiraiya weiterhin an Informationen zu gelangen. Jiraiya ist sich währenddessen nicht bewusst, dass er bereits von Konan beobachtet wird. Nach einer kurzen Auseinandersetzung, ist es Jiraiya möglich Konan zu fesseln. Im Anschluss trifft auch Pain am Ort des Geschehens ein.

Nach einem erbitterten Kampf konnte Sasuke seinen älteren Bruder endlich besiegen und fällt infolgedessen bewusstlos zu Boden. Naruto und die restlichen Konoha-Nins müssen sich immer noch einen Kampf gegen den mysteriösen Tobi stellen. Doch egal welche Attacke die Nins probieren Tobi ist in der Lage diese auszuweichen. Zetsu tritt in Erscheinung und berichtet über Sasukes Sieg über Itachi.

Obwohl Naruto und seine Freunde die Mission erfolgreich beendet haben und somit Lady Hotaru in das versteckte Dorf brachten, hat Naruto ein ungutes Gefühl bei der Sache. Kurzerhand dreht Naruto um und geht zurück zum Dorf. Wie sich herausstellt, ist Team Akaboshi zuerst im Dorf angekommen und möchte Hotaru zu fassen bekommen.

Bevor Fukasaku die Heimreise antritt, unterbreitet er Naruto ein Angebot. Daraufhin begleitet Naruto ihn in das Land der Kröten, um dort das Jutsu der Weisen zu erlernen. Wie sich herausstellt, hat das Training mit der Kröte einen Haken: Falls Naruto mithilfe des geheimen Kröten-Öls von Myōbokuzan, die natürlichen Kräfte nicht kontrollieren kann, wird er selbst in eine Kröte verwandelt.

Gakidō-Pain konnte im Kampf gegen Naruto, dessen Sen-Jutsu-Chakra absorbieren. Dadurch verwandelt sich Gakidō-Pain in einen steinernen Frosch. Währenddessen aktiviert Tendō-Pain sein Nin-Jutsu Banshō Tenin, um Fukasaku an sich zu ziehen und diesen zu erstechen.

Nagato setzt Gedō – Rinne Tensei no Jutsu ein. Dadurch werden alle Bewohner, welche durch seinen Angriff auf Konoha gestorben sind, wiederbelebt. Naruto ist sehr erstaunt, denn als er Nagato erneut anschaut, ist dieser um einige Jahre gealtert. Nagatos letzte Worte handeln von Krieg, Hass und Schmerz. Zudem sagt er, dass Naruto etwas Besonders ist.

Nach Pains Angriff auf Konoha, liegt Tsunade immer noch im Koma. Ihr alter Rivale Danzō Shimura, fordert daraufhin die Ernennung eines neuen Hokage. Obwohl Shikaku mit allen Mitteln versucht die Abstimmung zu verhindern, entscheidet der Feudalherr gemeinsam mit den Ministern und den Jonin, Danzō als neuen, sechsten Hokage einzusetzen.

Als Sasuke noch klein war, dachte sich sein Bruder Itachi ein Spiel für ihn aus. Hierfür musste Sasuke Katzen einfangen und von diesen Pfotenabdrücke nehmen. So kamen mit der Zeit viele Abdrücke zusammen, welche die Katzenoma Nekobaa in einer Pfoten-Enzyklopädie sammelte. Um diese zu vervollständigen, schickte sie Sakura, Sasuke und Naruto los, einen Abdruck des Katzenbosses zu besorgen.

Eines Tages kam ein Mädchen zu Tsunade und bat um Geleitschutz in das Dorf Shizume. Dort sollte das Mädchen einen Auftrag erfüllen. Da sie ein Auge auf Sasuke geworfen hatte, wollte sie am liebsten, dass er ihr Beschützer ist. Allerdings befand sich Sasuke auf einer anderen Mission und so wurden Sakura und Naruto eingeteilt. Allerdings weigerte sich das Mädchen mit den zwei Ninja zu gehen.

Madara hat den Kage seinen Plan erzählt. Die Kage wollen keine Zeit verlieren und beginnen sofort, Gegenmaßnahmen zu ergreifen. Zunächst werden die Soldaten der Reiche zu einer Armee zusammengeschlossen. Oberbefehlshaber dieser Allianz ist der Raikage. In der Zwischenzeit findet Sakura ihren Teamkollegen Naruto.

Erneut versucht Sasuke seine ehemalige Teamkollegin Sakura anzugreifen. Naruto kann Sakura vor Schlimmerem bewahren und schildert Sasuke die Wahrheit über seinen Bruder Itachi. Im Anschluss offenbart Sasuke seine Pläne in Bezug auf die Zerstörung Konohas. Kakashi sieht es als seine Pflicht als Teamleiter an, gegen seinen ehemaligen Schüler anzutreten.

Einige Besatzungsmitglieder des Schiffes sind auf dem Weg ins Blitz-Reich seekrank geworden. Darum beschließt das Team, auf einer kleinen Insel einen Zwischenstopp einzulegen. Wie es der Zufall so will, treffen sie dort auf Sakura, Ino und Chōji, die ebenfalls von Tsunade auf eine Mission geschickt wurden.

Während eines Sturms steht das Schiff kurz vor dem Untergang. Damit das Schiff und die Mannschaftsmitglieder überleben, beschwört Naruto seine Schattendoppelgänger zur Hilfe herauf. Diese können das Schiff und das Team retten. Jedoch zeigt Naruto gegenüber seinen Schattendoppelgängern keinerlei Dankbarkeit. Worauf diese in den Streik treten.

Kakashi wird von dem Kazekage zum neuen Anführer der alliierten Ninja-Truppen auserkoren. Währenddessen warnt Yamato seine Mitreisenden, vorsichtig gegenüber Fremden zu sein. Zumal es Solche gibt, welche vortäuschen eine andere Person zu sein. Kurz darauf entdeckt Guy mitten im Meer einen Mann, der genau wie Kakashi aussieht. Guy ist sich nicht sicher, ob der echte Kakashi vor ihm steht.

Der Kampf zwischen Tobi und Konan geht weiter. Konan ummantelt Tobi mit zahlreichen Kibakufuda. Konan ist sich sicher, dass die Explosionen Tobi getötet haben. Jedoch taucht dieser unerwartet hinter ihr auf und kann das Mädchen mit einer Stange durchbohren. Wie sich herausstellt, hat Tobi, um zu überleben, das Izanagi benutzt.

Um mehr Kraft zu erlangen, begleitet Sasuke die Sound-Four zu Orochimarus Versteck. Unterdessen bildet Shikamaru ein Team aus Naruto, Choji, Kiba und Neji. Das Team soll die Verfolgung aufnehmen und Sasuke wieder zurückholen. Dem Team ist es möglich Sasuke und die Sound-Four einzuholen. Daraufhin entwickelt sich ein Kampf zwischen Naruto und Sasuke.

Durch einen Bericht vom Hauptquartiert erfährt Mifune, dass sich die feindlichen Truppen im Untergrund befinden. Sofort befiehlt er seiner Division ebenfalls in den Untergrund zu gehen und die Anderen zu unterstützen.

Sakura fällt im wahrsten Sinne des Wortes vom Himmel und wird von Ino, die den Vorfall mitbekommen hat, ins Dorf gebracht. Tsunade stellt keine inneren Verletzungen, aber einen deutlichen Gedächtnisverlust fest. Alle Freunde und Bekannten machen sich nun Gedanken, wie sie dazu beitragen können, dass bei Sakura die Erinnerungen wiederkommen.

Um die Lücke im Bannkreis der alliierten Truppen zu finden, begeben sich Shino, Kiba und Hinata in eine Höhle, in der sie es mit den weißen Zetsus zu tun bekommen. Schnell sind sie sich sicher, dass dies der Ort ist, über den sich der Feind bei den eigenen Truppen eingeschlichen hat. Doch bevor ein Versiegelungsteam ihn versiegeln kann, kommt es zu einer großen Explosion.

Der Raikage ist mit dem verletzten Karai und dem Ninja-Arzt Amai bei Tsunade, damit diese Karai helfen kann. Er hat ein Geschwür im Körper, welches aus einem explosiven Insekt besteht, das immer größer wird. Tsunade erklärt sich bereit, es zu entfernen. Alles wird vorbereitet, aber im letzten Moment erteilt Tsunade Shizune den Auftrag, die Operation zu übernehmen.

Naruto und Killerbee treffen unterwegs auf Itachi und Nagato, zwei alte Bekannte von Naruto. Endlich ergibt sich für Naruto die Chance, aus Itachi die ganze Wahrheit über dessen Verhältnis zu Sasuke zu erfahren. Er weiß ja, dass Sasuke nach wie vor plant, Konoha zu zerstören. Plötzlich bringt Nagato alle in Gefahr, weil er seinen Körper nicht mehr kontrollieren kann …

Die Allianz hat inzwischen eine gewaltige Zahl an Verlusten zu beklagen. Auf diesen Zeitpunkt hat Kabuto nur gewartet, um Hayate und weitere Tote wiederzubeleben. Hayate hatte Kabuto noch zu Lebzeiten ausspioniert. Nun muss der wiederbelebte Hayate aber mit Kabuto zusammenarbeiten, ob er will, oder nicht. Das führt auch dazu, dass er auf seine ehemalige Geliebte trifft …

Kabuto hat seine Edo Tensei Allianz ins Schlachtfeld geschickt, aber sie ist nicht so durchschlagskräftig, wie er erhofft hat, obwohl sie angeblich zahlenmäßig überlegen ist. Der Zufall will es, dass unter den Kämpfern der jeweils gegnerischen Trupps sogar Verwandte sind, die sich zum ersten Mal seit ihrem Tod wiedersehen …

Kyubi verleiht Naruto Kräfte zur Abwehr von Madaras Angriff. Indes kann das Daimyo-Team die schwarze Zetsu-Armee endlich besiegen.

Itachi teilt Kabuto mit, dass er ihn vernichten will, um die Seelen-Wiedergeburt zu verhindern. Sasuke hilft seinem Bruder im Kampf gegen Kabuto.

Kakashi und Guy haben Tobis Maske zerstört. Jetzt müssen sie sich damit auseinandersetzen, wer er wirklich ist.

Kakashi untersucht verbotene Experimente an Kleinkindern, die dazu dienen, die Bijuu zu meistern. Im Verborgenen wird die Übernahme der Herrschaft vorbereitet.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

In Konoha nehmen die Dinge rasch ihren Lauf. Während die Uchiha einen Staatsstreich anzetteln, bereiten Danzo und Itachi einen Gegenangriff vor.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Eine Rückblende zeigt, wie sich Hashirama und Madara kennenlernen.

Rund um das Dorf Konoha schleudert eine unbekannte Macht Menschen in die Luft. Wer ist dieser geheimnisvolle Widersacher?

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Eine Rückblende zeigt die ersten Jahre von Team Minato.

Die Kandidaten bereiten sich auf die erste Prüfung vor. Shikamarus Freunde rechnen mit einer einfachen schriftlichen Prüfung, erleben jedoch eine Überraschung.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Rock Lee und Shira liefern sich einen Kampf, um ihre Techniken miteinander zu vergleichen. Welches Kampftalent wird gewinnen?

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Ein Vorfall auf der Route der Himmels- und Erdschriftrolle lässt Ino auf ihre Jugend mit Sakura zurückblicken.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Eine Rückblende zu den Anfängen von Team Minato beleuchtet das schwierige Verhältnis von Obito und Kakashi. Der junge Hatake scheint noch verbitterter zu sein.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Team Jiraiya ist vom heldenhaften Verhalten von Shikamarus Einheit inspiriert und will Shikamaru und seinen Kameraden helfen.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Naruto und Shikamaru sind gezwungen, den einzelnen Mitgliedern der ANBU-Ne-Gruppe entgegenzutreten. Sasuke setzt indes seine Reise fort.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Sasuke und Naruto geraten ein letztes Mal aneinander. Kann ihre Freundschaft die Feindseligkeit der Vergangenheit überwinden? Das Schicksal von Konoha hängt davon ab.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Auf der Jagd nach einem Flüchtling müssen Shisui und Itachi drei Mitglieder der ANBU-Einheit zur Rede stellen, die einen Boten aus Konoha verletzt haben.

Zetsu offenbart schließlich die Geheimnisse um Kaguya und die Kriege, die die Welt von Shinobi erschüttert haben.

Hagoromo wählt seinen Nachfolger, der das Ninshuu mithilfe eines seiner Söhne anführen soll. Doch der junge Schützling hat anderes im Sinn.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Die Freunde dachten, dass sie den Ninja-Kriegen endlich den Rücken kehren können. Doch jetzt droht eine neue Gefahr, mit der sie nicht gerechnet haben.

Shikamaru bittet Temari um Hilfe bei der Suche nach einem Hochzeitsgeschenk für Hinata und Naruto. Ist dies der Beginn einer Romanze?