Kakashi se convierte en parte de ANBU Black Ops, un equipo de élite de shinobi que están bajo el mando directo del Cuarto Hokage, Minato Namikaze.

Los cazadores ANBU vigilan las 24 horas a todo el clan Uchiha, entre ellos Itachi, los altos de Konoha discuten si fueron ellos los que causaron el ataque a Konoha, pues el Sharingan es capaz de controlar al Kyūbi, Danzō es quien desconfía, mientras que Shisui Uchiha le propone al Tercero intentar resolver el conflicto y desconfianza de Konoha y los Uchiha si eso llegase a incluye usar su Kotoakatsumi. Cuando el padre de Itachi convoca a todos a una reunión, Danzō quien se reúne con Shisui, le roba su ojo derecho, y esa misma noche le entrega su ojo izquierdo a Itachi pues el ya no puede hacer nada, pero poco después de la muerte de Shisui las cosas han empeorado e Itachi no sabe que hacer pues no puede apoyar a ambos bandos Konoha y su clan.

Los traidores de Kirigakure ahora pretender acabar con Kakakshi y Rin, pero Kakashi logra acabar con uno de ellos, en ese momento Minato y Obito llegan para darse cuenta que el pergamino no contenía nada, y por lo tanto el verdadero lo tenía el shinobi que cayo del puente, es entonces que Obito decide ir a rescatarlo, pero Kakashi alega que hay que darle importancia a la misión, aún así Obito se marcha en ayuda del shinobi herido. Cuando llegan al río descubren que están rodeados por bastantes enemigos, por lo que deciden separarse y obtener el pergamino a como de costa, Kakashi logra acabar con bastantes de ellos, finalmente Minato llega y logran recuperar el pergamino y completar la misión, cuando regresan Kakashi se percata de que el como los demás fueron utilizados y sospechan que el verdadero pergamino lo tenía otro equipo. De vuelta en la batalla, Obito junto con Kakashi se preparan para usar el Kamui, pero Madara quien observa atentamente lo que ellos están planeando y decide atacarlos al tiempo, cuando eso sucede, tanto Obito como Kakashi usan el Kamui al mismo tiempo y como resultado Obito logra dirigirse a su dimensión donde se encuentra Naruto una vez allí empieza a transferirle la mitad del Kurama, mientras que Kakashi es salvado por Guy quien observa a Madara con su nuevo aspecto.

Sasuke logra llegar a la torre donde se encuentra Orochimaru y este le muerde dejándole el sello maldito. Shikamaru y Neji detienen a los de Raíz dejando que Naruto entre a la torre. Yamato aparece deteniéndolo, pero Naruto saca las cinco colas derrotándolo, pero vuelve en si y sube a la azotea. Al llegar con Sasuke, lo reta a una pelea y Naruto acepta usando el modo ermitaño, Sasuke usa todo su poder y Naruto el de Kurama, atacándose mutuamente con el chidori y el rasengan, pero antes de impactar aparece Itachi en medio muriendo por el chidori de Sasuke. Luego de la colisión, Naruto queda derrotado y Sasuke se marcha al recibir el poder de Itachi.

Itachi ya es un genin y como tal, pertenece a un equipo al que se le asignan misiones de rango D; en esta ocasión se les encomienda recuperar a un gato ninja, quien causó dificultades a sus camaradas e incluso su jefe de equipo, sin embargo, usando sus depurada técnica con los kunais, Itachi captura al felino para devolverlo a su dueña; durante el enfrentamiento el gato pierde parte de sus bigotes, estos son de mucha ayuda para el padre de Tenma, su camarada, pues los necesita para preparar la medicina que le ayude a recuperarse; en el afán por hacerse con ellos, Tenma no se fija y está por caer a un precipicio, afortunadamente es salvado por Itachi. Posteriormente el Uchiha, en compañía de su hermano menor, reflexiona acerca de las relaciones entre los miembros de los diversos clanes y aquello que les une para convertirse en una aldea, concluye en que además de que una vida nace y muere, esta puede salvarse; esto sucede mientras recuerda cómo Tenma perdió la vida al defenderle en una emboscada ideada por Obito Uchiha mientras llevaban a cabo una misión, es en este dolor, que su sharingan despierta ante el asombro de Sasuke.

Ashura se da cuenta que el árbol del monte está matando a los aldeanos, ya que está reviviendo el Shinju en él, por lo que debe destruirlo. Al consultarle al líder de la aldea, este le pide que no lo haga, ya que antes de nacer ese árbol decenas de años antes, la aldea era un desierto duro sin recursos donde la gente moría constantemente. Ashura decide convencer a los aldeanos de destruir el árbol y hacerles notar el peligro de su existencia, pero todos comienzan a lanzarle piedras. Ashura recuerda que su padre no le impidió usar el Ninshu para solucionar los problemas de la aldea, pero por otra parte, Indra ya ha vuelto donde Hagoromo con resultados, pero no decidirá a un sucesor hasta que estén los dos con él. Ashura al ver que la gente dependía del Shinju para subsistir, al ver que a la vez era un cáncer para ellos, Ashura decidió cavar un pozo para sustraer agua para mantener la tierra, y así poder destruir el árbol. Los aldeanos vieron el esfuerzo de Ashura y decidieron ir en su ayuda, además le pidieron que le enseñara el Ninshu. Luego de un largo trabajo, Ashura logró sacar agua del pozo creando un gran lago y ríos que rodearon la aldea, y así pudo destruir el árbol con el permiso del líder. Luego de un año, Ashura vuelve donde Hagoromo y le cuenta los sucedido, pensando que Indra ya era el sucesor, pero Hagoromo ha tomado una decisión.

Mientras Óbito muere a causa del Tomogoroshi no Haikotsu recuerda varios de los momentos que marcaron un antes y un después en su vida. En esos instantes, Sasuke al recuperar el poder de su ojo izquierdo inicia su ataque contra Kaguya, quien inmediatamente cambia a la primera dimensión para moverse con facilidad y recuperar más rápido su chakra. Óbito insta a Naruto a mantenerse en el camino ninja que ha elegido no importando las dificultades, al mismo tiempo que le dice que esta seguro que logrará convertirse en Hokage, dicho esto, se convierte en cenizas. Zetsu negro se burla de la muerte de Óbito lo cual no agrada para nada a Naruto e incorporándose a la batalla, en un solo movimiento, corta el brazo izquierdo de Kaguya en el cual se encontraba Zetsu. Finalmente, Óbito despierta en el otro mundo y se reúne con Rin, ella le dice que le ha estado esperando mientras él se disculpa por no haber cumplido su promesa, a lo que ella responde que sabe que se esforzó mucho y que todo ese tiempo le ha estado observado.

Sakura y Kakashi encuentran a Naruto y Sasuke, ella se hace cargo de sus graves heridas mientras el Uchiha le pide perdón por todo, ella llora; Kakashi se alegra de que finalmente sus pupilos finalmente hayan regresado. Tan pronto pueden moverse, Uzumaki e Uchiha colaboran para deshacer el Tsukuyomi Infinito, mientras, Sasuke reflexiona sobre lo que ha aprendido a través de la amistad y sufrimiento de Naruto

Gaara y sus hermanos llegan a Konoha para la conferencia de Kages. Gaara piensa que su regalo debe ser extravagante. Lee y Tenten llevan al Kazekage y a su hermano a Ichiraku para darles una idea de lo que le gusta a Naruto. Iruka conoce a Gaara por primera vez y le agradece por ser amigo de Naruto. Killer B dice que la Aldea Oculta de la Nube dará el mejor licor, la mejor carne y organizará una rifa y espectáculo de baile para la boda con el Raikage como artista; Kankurō dice que la Aldea Oculta de la Arena no se quedará atrás y también dará lo mejor incluyendo un baile del Kazekage, algo a lo que la sombra de arena no accede. Finalmente, Gaara se da cuenta de que su regalo a Naruto debe ser en carácter personal pues son amigos.

Kakashi verifica que todos han cumplido con la misión, algunos regalos son extravagantes y considera que de acuerdo a las reglas deberían montar guardia durante la ceremonia, pues los cinco Kages y otras personalidades asistirán, lo que vuelve necesario la presencia de varios shinobi en tales puestos. Para pensar mejor las cosas se va a dar un paseo, en el camino se encuentra con Hinata, quien le informa que Naruto ha sido muy diligente con los preparativos de la boda. Después, ella almuerza junto a Sakura, Ino y Tenten, quienes casi revelan los detalles de la misión; más tarde, se encuentra con Kiba y Shino, quienes estuvieron a punto de dar a conocer el secreto. Konohamaru está por entregar el video que contiene los mensajes de felicitaciones, a pesar que no cuenta con el de Iruka, al llegar a la oficina del Hokage escucha a Shizune hablando con Tsunade sobre la asistencia a la boda con base en la calidad, valor y significado de cada regalo, por lo que se retira y lo comunica a los demás; sin querer, Hinata escucha esa discusión y angustiada, le pide a Kakashi que deje que su clan sirvan de seguridad, este se niega y promete resolver el asunto. Como resultado, todo el mundo se compromete a montar guardia por turnos, por lo que todos podrán asistir en algún momento. Tsunade revela que dio vigencia a la regla debido al estallido de bodas que tuvo lugar durante la gran guerra ninja, una situación totalmente distinta al presente. Kakashi no está de acuerdo y establece que todos irán a la boda, por lo que resolverá el problema de forma distinta. Tras conversar con Iruka, Kakashi tiene una idea, así, visita a Gaara y solicita la colaboración de su aldea en cuanto a prestar shinobis que cuiden la ceremonia, el Kazekage le dice que será todo un placer así como también lo será para los demás Kages pues desean contribuir en lo que sea posible para la boda, luego Kakashi pide a Konohamaru registrar un videomensaje de Gaara pero este es tímido y utiliza su arena para barrer al sexto y a su hermano.