나루토와 사쿠라는 카카시로부터 방울을 뺏기 위해서 전력투구하고 카카시는 예전에 같은 곳에서 했던 연습을 떠올리며 아이들이 한참 성장했음을 깨닫고 뿌듯해한다. 사소리가 걸어놓은 술법에 따라 유우라는 동료들을 죽이고 문을 열어주고 사소리와 데이다라는 마을로 들어간다. 아이들의 반격은 만만치 않고 카카시는 책도 읽지 못 한 채 아이들과 맞서 싸운다. 나루토는 물론 츠나데로부터 의료인술에 엄청난 괴력까지 물려받은 사쿠라는 주위 사람들을 놀라게 한다. 방울소리를 따라서 들어간 숲속, 둘은 카카시의 환술이 만들어낸 사스케에도 속지 않고 카카시와 맞선다. 자신이 만들어낸 알 수 없는 거미로 감시병을 살해하고 새를 타고 마을로 잠입한 데이다라는 마침내 가아라와 마주친다.

츠나데는 카카시의 방울을 뺏는데 성공한 두 사람에게 앞으로 카카시와 셋이서 카카시팀을 결성하여 활동할 것을 명령한다. 데이다라는 가아라에게 팔을 잃지만 가아라의 절대방어를 가능케하는 호리병에 있는 모래의 성질을 파악한다. 바키는 가아라가 폭주하지 않을까 걱정하지만 칸쿠로는 나루토를 만난 후 달라진 가아라의 모습을 알기에 걱정하지 말라며 안심한다. 카카시는 라면을 사달라는 나루토와 사쿠라를 두고 사라져버리고 라면값을 안 내겠다는 사쿠라 때문에 나루토는 혼자 라면집으로 향한다. 한편 데이다라는 엄청난 점토폭탄을 마을로 떨어트린다.

나루토는 카카시를 공격하려는 치요를 가로막고 치요는 하얀이빨이 아니라는 말에 공격을 거둔다. 본 사쿠라는 능숙하게 칸쿠로를 진찰하고 차크라로 칸쿠로의 독을 빼낸다. 나루토는 카카시에게서 하얀이빨의 카카시의 아버지라는 말에 깜짝 놀란다. 독을 빼낸 사쿠라는 해독제를 조합하고 카카시는 바키에게 사건의 정황을 듣고 추적을 위해 칸쿠로가 싸운 장소로 데려가 달라고 한다. 칸쿠로는 카라스가 가져온 사소리의 옷조각을 내밀고 카카시는 닌자견을 소환해서 냄새로 추적시킨다. 치요는 침입자 중 하나가 자신의 손자 사소리라는 말에 마음이 복잡해진다. 해독제까지 마신 칸쿠로는 가아라가 했던 말을 떠올리며 나루토에게 가아라를 부탁한다고 말한다.

휴식을 마친 가이팀과 카카시팀은 다시 가아라를 구하기 위해서 길을 재촉한다. 아카츠키는 마지막 마무리를 하기 위해 분리 작업에 몰두하고 가이팀과 카카시팀은 아무런 방해도 없는 아카츠키의 반응에 의아해한다. 같은 마을 동료도 아닌 가아라를 왜 저렇게 구하려 하느냐는 치요의 물음에 카카시는 같은 인주력으로서 가아라의 아픔을 알고 진심으로 구하려 하는 것이라고 대답한다. 치요는 가아라에 수학을 봉인한 것은 자신이라며 지금껏 모래마을을 위해서라 생각하고 해온 일이 잘못된 것이었는지도 모르겠노라고 말한다. 가아라는 마침내 의식을 잃고 가이팀과 카카시팀은 가아라가 있는 곳에 도착해서 만난다.

아스마의 눈물의 장례식, 시카마루는 참가하지 않고 혼자 마을을 돌아다닌다. 시카마루의 아빠는 장기를 청하여 이런저런 얘기를 나누고 다 털어놓으라고 충고한다. 눈물을 흘리던 시카마루는 장기판을 통해 작전을 세운 뒤 쵸지와 이노를 찾아가고 시카마루의 말을 기다리던 둘은 크게 기뻐하고 셋이 함께 마을을 빠져나가려 한다. 개죽음을 당할 셈이냐며 세사람을 말리는 츠나데, 하지만 시카마루는 이대로 납득하지 못 한 채 살아가는 것은 살고 싶지 않다고 한다. 츠나데는 닌자의 삶에는 늘 죽음이 따라다니는 법이라며 극복할 줄 알아야한다며 셋만으로 보낼 수 없다고 한다. 그 때 카카시가 나타나 자신이 10조를 맡아 함께 가겠다고 말하고 아이들과 함께 출발한다.

나루토는 나선수리검으로 카쿠즈를 공격하지만 미완성단계에 직접 가서 부딪혀야하고 술법 발동시간이 짧은 특성상 공격에 실패하고 만다. 위험한 다리를 건널 필요 없다며 함께 싸우자고 하지만 나루토는 위험한 다리를 혼자 건너고 싶다고 말한다. 한편 시카마루는 기폭찰로 히단의 몸을 조각내고 구덩이에 빠진 히단은 시카마루에게 사신의 심판이 내릴 거라고 외치지만 시카마루는 히단을 구덩에 파묻고 만다. 카쿠즈는 이미 술법의 특성을 파악하고 양동을 펼치는 그림자분신을 무시하고 술법을 직접 거는 나루토를 공격한다. 하지만 이를 예상한 나루토는 그림자분신을 본체로 가장하고 본체가 그림자분신인척 양동을 펼치고 있었던 것. 나루토의 나선수리검은 어마어마한 위력을 발휘하고 마침내 카쿠즈는 쓰러지고 만다.

나루토는 가마키치 가마타츠와 수행을 계속하고 조금씩 가마타츠와 마음이 통하는 것을 느낀다. 수행중 급한 정보를 받은 지라이야는 잠든 나루토를 두고 떠나고 나루토는 가마키치 가마타츠와 함께 마을로 돌아간다. 한편 츠나데는 파쿤이 전해준 기괴충이 든 결정의 분석에 들어간다. 시노는 자신의 벌레가 살아남아있다면 적의 술법에 내성이 있는 귀중한 존재가 된다며 살아남은 벌레를 찾으러 혼자 떠나고 아카마루는 개호루라기 소리를 들었다고 하지만 어째서인지는 알 수가 없다. 한편 린지패거리가 미리 손을 잡고 있었던 것을 눈치채고 있었다고 말하는 고즈와 린지 사이에 긴장감이 감돌지만 고즈는 린지의 뜻에 동참할 뜻을 비춘다. 마을로 돌아온 나루토와 두꺼비 일행, 나루토는 가마타츠에게 물대포를 부탁하지만 두꺼비 둘 다 수둔을 쓸 줄 모른다는 사실에 깜짝 놀란다.

유키마루의 비명과 함께 3미가 나타나려 하고 이를 나루토일행과 린지일행도 느낀다. 나루토일행은 박쥐를 쫓아 안개가 낀 곳으로 향하고 이를 알게 린지는 키호의 술법을 이용해 연막을 피워 시야를 막는다. 카카시는 나루토를 혼자 호수로 보내고 유키마루는 3미를 불러내는데 성공하지만 3미는 제어가 되지 않고 멋대로 날뛴다. 구렌은 카부토의 말에 따라 정둔으로 3미를 가두는 데 성공하고 카카시 일행은 연막에 꼼짝없이 잡혀있다 위험에 처할뻔하지만 뒤이어 달려온 히나타의 도움을 받는다. 3미는 결국 구렌의 결정을 벗어나 미쳐 날뛰어 구렌과 싸움을 벌이고 나루토는 미수를 알아본 가마키치의 말과 구렌과 함께 있는 유키마루를 보고 놀란다. 그리고 구렌은 위기에 처한 유키마루를 구하기 위해서 온몸을 던진다.

드디어 남아지트에 도착한 스이게츠와 사스케, 하지만 뜻밖에도 허술한 경비와 조용한 분위기다. 두 사람 앞에 나타난 카린, 사스케는 오로치마루를 죽였다는 이야기를 하고 자신과 함께 가자고 하지만 카린은 완강히 거부한다. 사스케의 말에 따라 스이게츠가 갇혀있던 수감자들을 풀어주러 간 사이 카린은 완전히 태도를 바꿔서 사스케를 유혹하며 스이게츠를 떼어놓고 둘이만 함께 가자고 말한다. 차크라를 감지하는 능력을 가진 카린은 예전에 사스케와 탈출한 실험체들을 잡는 작전에 나섰다가 사스케의 차크라에 반하고 말았던 것. 카린은 결국 툴툴거리면서도 사스케를 따라나선다.

혼자 전선으로 온 미나토는 금빛 섬광이라는 이름에 걸맞는 눈부신 실력으로 적을 제압한다. 오비토는 린을 찾아나서지만 적에게 들켜 위기에 처하고 뒤늦게 찾아온 카카시 덕에 목숨을 구하지만 대신 카카시는 왼쪽 눈을 잃는다. 하지만 의지를 불태우던 오비토는 마침내 사륜안을 개안하고 그 덕에 보이지 않는 적을 해치우는데 성공하고 린이 잡혀있는 동굴로 간다. 하지만 만만치 않는 상태 캇코는 동굴을 무너뜨리고 오비토는 동료를 구하려다 바위에 깔리고 만다. 안타까워하는 카카시에게 오비토는 자신의 사륜안을 주겠다고 하고 린을 부탁하고 린은 오비토의 왼쪽 눈을 카카시에게 이식한다. 사륜안을 갖게 된 카카시는 수많은 바위닌자들에게 둘러싸여 위기의 순간에 처하자 린을 보내고 목숨을 걸고 싸운다. 위기의 순간에 달려온 미나토 덕에 목숨을 구한 카카시와 린, 그 후 카카시는 사륜안의 카카시로 널리 이름을 떨치는 영웅이 된다.

비닌자마을에 잠입한 지라이야는 마을 여기저기를 돌아다니며 정보를 캔다. 비마을 사람들은 모두 페인을 존경하며 예전 비마을 우두머리였던 한조의 얘기라면 질색을 한다. 비를 맞으면 누가 어디서 무엇을 하는지 금방 알아차린다는 말에 지라이야는 개구리로 작은 술집을 만들고 말단 닌자 두 사람을 술집으로 유인한다. 술집으로 유인한 두 닌자를 잡은 지라이야는 정보를 캐내기 위해 간지럼으로 고문하고 개구리로 변한 동료를 본 비닌자는 페인에 대한 정보를 털어놓는다. 페인은 얼굴도 알려지지 않았으며 존재 자체도 확실하지 않은 존재로 혼자 몸으로 한조를 해치운 실력자라고 한다. 한편 침입자의 존재를 눈치챈 페인은 코난에게 침입자를 찾아줄 것을 부탁하고 침입자를 찾아 나선다

야마토는 호타루를 잡은 자들의 가면을 보고 뭔가를 눈치챈다. 하지만 호타루를 붙잡은 암부들은 호타루를 놓아주려 하지 않고 암부들의 절우술 때문에 공격도 원만하게 이뤄지지 않는다. 사실 이 암부들은 안개마을의 암부로 수배중인 탈주닌자 우타카타를 잡으러 온 것. 서로 팽팽하게 대치하는 가운데 안개마을 암부대장 츠루기가 나타나고 야마토는 호타루가 안전해질 때까지 우타카타와 동행하고 그 후에는 손을 떼기로 약속한다. 츠루기는 우타카타에게 마을로 돌아가자고 하지만 스승이 자신을 죽이려 하다 죽었다고 믿고 있으며 그 탓에 스승을 죽였다는 누명을 쓴 우타카타는 이를 거절한다. 요새로 향하는 나루토 일행, 하지만 싸움 도중에 다친 호타루는 쓰러지고 이 일로 호타루의 등을 본 나루토는 츠치구모일족의 금지된 술법이 호타루의 몸에 새겨져있는 것을 알고 경악한다.

낙심한 나루토는 방을 떠나고 후카사쿠는 페인 육도 중 한명의 시체와 산채로 잡아온 비마을 닌자를 내놓는다. 츠나데는 검시를 지시하고 후카사쿠는 묘목산으로 돌아간다. 지라이야의 죽음에 충격을 받은 나루토는 너무나 슬퍼하고 라면을 사준다는 이루카의 말도 거절한다. 츠나데는 시카마루에게 암호 해독업무를 맡긴다. 한밤중에 나온 나루토는 이루카를 만나고 이루카는 나루토에게 지라이야가 얼마나 나루토를 아끼고 자랑스러워했는지를 말해주면 위로해준다. 암호해독부에서 지라이야가 남긴 암호가 나뭇잎의 암호가 아니며 암호를 풀려면 이 암호에 사용된 열쇠를 알아야하며 그 열쇠는 지라이야를 잘 아는 사람이라야 알 수 있을 거라는 말에 시카마루는 카카시 츠나데를 거쳐 나루토를 만나러 간다. 침울한 나루토를 데리고 쿠레나이를 만나러 간 시카마루는 나루토에게 더 이상 어린아이로 있을 수 없지 않냐며 이제 자신들이 받는 게 아니라 주는 입장이 되어야한다고 말한다.

마을의 부흥을 위해, 필요한 닌자 무기를 마련하기 위해 ‘나뭇잎닌자도구연구소?분실’을 향하는 텐텐과 네지. 그 둘은 마을과 떨어 진 곳에 마련되어 있는 그 시설을 향하면서, 이전에 연구소를 방문했을 때 일어났던 사건을 되새긴다. 당시, 부상 치료를 위해 임무에 참여하지 않은 리를 대신해 나루토를 포함하여 3명이 한 팀이 된 텐텐과 네지, 나루토는 연구소를 향하다가, 평소와 분위기가 다른 닌자 무기 연구자 이오와 그 조수 쇼세키가 맞이하는데….

임무를 마치고 돌아오는 나루토 일행 제7반은, 암부에 끌려가는 아름다운 여인은 목격한다. 이름은 하나레. 여자 예인으로 분장하고 나뭇잎의 정보를 찾으려고 하는 쿠노이치라고 한다. 하나레의 임무 내용과 배후로 있는 마을을 조사하려고, 재빠르게 정보부의 면면에 의해, 하나레의 심문이 시작되었지만, 완강한 하나레는 절대 입을 열려고 하지 않는다. 이노이치가 직접 하나레의 뇌 속을 정탐하는데, 거기에는 왠일인지 어릴 적의 카카시의 모습이 비춰지고 있었다….

흔적도 없이 붕괴한 나뭇잎마을의 형태에 어안이 벙벙한 구름마을의 사무이 소대. 어찌 되었든 라이카게로부터 부탁받은 서한을 호카게에게 전하려고 하지만, 단조가 나타나 자신이 새로운 호카게라고 말하고, 서한을 받아든다. 한편, 부랴부랴 달려가, 키바에 의해 쓰러진 츠나데를 대신하여 단조가 호카게가 되었다는 것, 게다가 탈주닌자로서 사스케를 처리하라는 허가를 내렸다는 말을 들은 나루토와 사쿠라. 화를 내며 단조에게 철회시키러 가겠다며 날뛰는 두 사람을 카카시는 제지한다.

자욱이 끼는 안개 때문에 나루토들이 타는 배는 해상에 붙어 강요했다. 한가한 시간을 주체할 수 없는 일행은 왠지 무서운 이야기하기로 들떠 오르는데, 도깨비와 귀신 이야기가 정말 싫은 나루토는 강한 척 해 보지만 무서워서 견딜 수가 없다. 그런 가운데 안개 속에서 한 척의 배가 나타난다. 나루토는 그 배가 조금 전의 괴담에서 들은 유령선이 아닌가 생각해 무서워하는데, 타고 있던 것은 유령이 아니라, 히샤쿠라는 소년 선원이었다. 하지만 그 정도로 큰 배이면서도 그 배에는 히샤쿠 이외의 승무원이 한 명도 없다. 의심스럽게 생각한 야마토가 그 이유를 물어보는데 .

구미의 힘을 컨트롤 하기 위해 자신의 정신세계 안에서 싸우는 나루토. 그 싸움을 현실세계에서 바라보고 있는 킬러비와 야마토는, 나루토에게 나타난 변화에 당황함을 감추지 못한다. 증오의 귀신인 구미의 영향을 받아 눌러두었던 “어둠”이 나루토의 마음 속에서 다시 나타나기 시작한 것이다. 그 때, 정신세계에서는 킬러비들의 예상대로 나루토가 “어둠”에 지배당하기 시작하고 있었다. 필사적으로 저항하는 나루토지만, 미움과 절망의 감정은 점점 나루토를 집어 삼키고…

갑자기 나타난 가면을 쓴 남자에게 갓 태어난 아들이 인질로 붙잡히자, 순식간에 비뢰진의 술로 다른 장소로 이동한 미나토는, 안전한 장소에 아들인 나루토를 피신시키고 사랑하는 아내 쿠시나의 곁으로 돌아간다. 가면 남자의 타켓은 쿠시나였던 것이다. 빈사상태의 쿠시나를 구출하고, 가면 남자와의 싸움에 돌입하는 미나토. 그러나 강력한 결계와 엄중한 경비를 뚫을만큼 강한 힘을 가진 남자와의 싸움은 매우 치열하다. 같은 시간, 나뭇잎 마을에서는 봉인이 풀린 구미의 습격을 받아 많은 닌자가 사투를 펼치고 있었다.