Los ninjas de la arena libran una batalla contrarreloj para encontrar el antídoto que pueda salvar al moribundo Kankuro. Mientras, los Akatsuki llegan a su escondite con Gaara y dan comienzo al jutsu de sello: Ilusión de nueve dragones.

Los equipos Kakashi y Gai llegan al escondite de los Akatsuki, pero una barrera de cinco sellos les impide la entrada. Finalmente, un buen trabajo en equipo les permite destruir la barrera, pero los Akatsuki ya están al corriente de su presencia.

A pesar de que ella misma ha sido envenenada, Chiyo usa el último antídoto con Sakura, que ha resultado herida en un punto vital y está al borde de la muerte. Irónicamente, lo único que puede salvarla es un jutsu que Chiyo creó para Sasori.

Naruto tiene una "batalla" con un kunai contra Sai, quien se defiende con su katana, quien luego es atacado por Shikamaru con su posesión de sombra y desaparece... Y aparece por primera vez Ino. La discusión de Tsunade por decidir si mandar o no a Naruto a la misión se lleva a cabo con los ancianos de la aldea quienes presentan a Danzō, quien dice que ya seleccionó a una persona para el equipo, de su organización raíz ANBU....Tsunade decide llamar a alguien de ANBU para que vaya en remplazo de Kakashi, a quien da el nombre de Yamato y le dice que esté muy al pendiente del nuevo integrante del equipo, Sai. Luego están Naruto y Sakura esperando que lleguen los nuevos integrantes de su equipo, y Naruto se da cuenta de que el nuevo integrante en reemplazo de Sasuke es Sai.

Naruto y Sai se encuentran con Orochimaru poco después de que Sai recuperase el vínculo con su hermano y acabase el libro de dibujos, Sai se va a buscar a Sasuke a petición de Naruto, mientras este lucha con Orochimaru, tras unos instantes llegan Yamato y Sakura y Orochimaru huye para buscar y matar a Sai, el cual ya ha encontrado a Sasuke en una habitación con ayuda de sus técnicas para dar vida a los dibujos, pero su verdadero propósito es matar a Sasuke.

El objetivo por el cual habían sido elegidos los de Konoha era por que Los doce Ninjas que protegían al señor feudal, actualmente cuatro de ellos muertos, quieren ser robados por motivos desconocidos por cuatro Ninjas. Más tarde Naruto sale en busca de Sora_(Naruto_Shippuden) y lo encuentra entrenando con técnicas de viento. Naruto se da cuenta de que por alguna razón a él lo miran con los mismos ojos que lo miraban a él cuando aún era un chico. Sora le confiesa que quiere ser fuerte y vengar la muerte de su padre y juntos vuelven al templo. Mientras tanto los monjes observan que las tumbas han sido robadas y sin dudarlo más, el equipo Yamato sale en busca de ellas.

Los ninjas de Konoha repelen a los muertos revividos del clan Kohaku. Los 4 guardianes, Seito, Tō'u, Nauma y Kitane, son revividos. Ellos planean usar su jutsu propio que consiste en lanzar un poderoso relámpago que destruirá Konoha. Asuma llama a Sakura y a Yamato para que se enfrenten a los ninjas del clan Kohaku Fūka, Fuen y Fuidō. Sakura se pegunta por qué Fuiido no está. Fuen ataca a Sakura, mientras Yamato pelea con Fuidō. Luego, Sora va a buscar a Furido para saber la verdad , mientras Naruto pelea con Fūka.

Naruto sigue con su entrenamiento esta vez consigue partir la cascada en dos por motivación de Sasuke, quien se fue de Konoha... Sakura se siente rota ya que todos se han hecho más fuerte y ella es aún la más débil, pero rápidamente ella recuerda lo que Yamato le dijo << No importan de que tamaño sean las cosas que haces, si no lo que sientes>> ella se sinete recuperada y está lista para demostrarle a todos de lo que está hecha... mientras tanto los otros 12 equipos ninjas están en busca de Kakuzu e Hidan quienes parecen se encontraran con el equipo Asuma...

Sasuke libera a Suigetsu de su prisión acuática y le solicita unirse a él en su búsqueda. Suigetsu responde que él con mucho gusto lo haría, con la condición que él le ayude a encontrar la Espada de Zabuza. No encuentran la Espada de Zabuza en su tumba, pero descubren que está en posesión de un hombre llamado Tenzen Daikoku. Se dirigen hacia su fortaleza y Suigetsu consigue la Espada sin mucho esfuerzo. Tal como fue prometido, Suigetsu se une a Sasuke y va con él a recoger al segundo miembro de su equipo.

Pain ha llegado a Konoha junto con Konan y los otros caminos para buscar al Kyūbi, alterando el orden de la aldea decide destruirla, todos los ninjas van a la lucha pero no pueden contra Pain y sus 6 caminos, La Hokage determina que Naruto debe regresar.

Naruto ha lanzado el Fūton: Rasen Shuriken hacia Pain, el ataque puede expandirse llevándose consigo a uno (Ningendō). Shikamaru se pregunta sobre lo que pasa a distancia lo cual Katsuyu le responde que es Naruto. La pelea aparte de Bunta, Hiro, y Ken continua, contra las invocaciones, Chikushōdō (el "camino" femenino de las invocaciones) ataca a Naruto, Fukasaku y Shima deciden ayudar, tanto Shima utiliza Senpō: Fūton Sunabokori, la arena nubla a Chikushōdō que recibir golpes, Pain no ve donde están, Naruto utiliza el Senpō Rasenrengan a Chikushōdō; que los dos estuvieron dentro de la boca de Bunta. Naruto ha perdido el Modo ermitaño, que ahora lucha cuerpo a cuerpo contra Naruto. Mientras Fukusaku realiza una invocación para traer a un clon, este le devuelve el Modo ermitaño, de nuevo con el Fūton: Rasen Shuriken, Naruto lo lanza hacia Pain; el ataque es interceptado por otro Pain (Gakidō) que puede absorber los ataques, Naruto confundido se pregunta como puede estar allí, pero dirige su mirada hacia Gedō(lo cual puede revivir a los cuerpos). Ahora Naruto utiliza dos Rasengan y desaparece usando bombas de humo, utilizando un Rasen Shuriken de distracción ante el Pain que puede absorber los ataques, se transforma en el verdadero, apareciendo detrás de este utilizando el Senpō Rasenrengan derrotando a Gedō, Naruto se dispone a terminar con Gakidō y su clon con Pain, pero éste utiliza el Shinra Tensei, lo cual no puede concretarse los ataques. Bunta, Hiro y Ken, se unen a la lucha pero son repelidos otra vez por el Shinra Tensei de Pain.

Después de que Nagato termina de contar su historia a Naruto, le pide que le de una respuesta. Naruto como respuesta dice que cree en lo que dijo Jiraiya en un libro, su primer libro, él cual fue inspirado en Naruto como protagonista, pero con el nombre de Naruto. Debido a esto Nagato comienza a creer que Naruto pueda llegar a ser el salvador de "este mundo ninja". Ya sin fuerzas, Nagato realiza el Gedō: Rinne Tensei no Jutsu .

En Sunagakure se ve a Kankuro reparando una marioneta posiblemente es Sasori. Gaara y Temari van a su cuarto y conversan lo que le sucedió a Konoha. Gaara comienza a recordar sobre una misión que tuvieron que hacer con el equipo 7 y sus 2 nuevos discípulos. Sasuke, Sakura y Naruto se asustan de él, pero Gaara tenía una actitud distinta, los consejeros de Suna enviaron a matar a Gaara. Los discípulos de este asustados escaparon por órdenes de Gaara pero Naruto se decepciona al verlos huir, luego ellos reaccionan y van ayudar a Gaara junto con Naruto, estos 2 diciéndoles amigo venciendo a todos, pero sin matarlos porque Gaara lo prohibió. Volviendo a su misión, el equipo Gaara y el equipo 7 van adonde están los ninjas exiliados en su escondite en una larga y fácil lucha (la misión se trataba sobre problema fronterizo entre Konoha y Suna por unos chunin renegados de las 2 aldeas) al final Gaara dice que vuelva a decir a su discípulos la palabra que le dijeron y ellos felices le dicen amigo.

Neji le relata al grupo de Konohamaru la misión en la cual él, Tenten y Kiba tendrían que rescatar a Hinata de los ninjas de Kumogakure, durante el ataque a Konoha que sucedió tres años atrás.

Madara explica a Naruto la verdad sobre el Clan Uchiha y cómo surgió el odio de generación en generación y que Sasuke y Naruto están destinados a pelear; mientras Sasuke lucha contra el Sasuke haciendo uso de su Mangekyō Sharingan y usando Amaterasu a la vez que se protege de los ataques del Kage con un escudo de huesos. Cuando la pelea alcanza su cénit, Gaara interviene. El Kazekage, al darse cuenta de que Sasuke ha tomado otra senda en su vida, decide atacar siendo ayudado por sus hermanos y Darui; sin efecto alguno, ya que Sasuke ha liberado Susano'o "su defensa absoluta".

Sakura duerme a sus compañeros para ir sola en busca de Sasuke, que este se encuentra junto con Madara que el ordena asesinar a Karin, en el momento que decide eliminar a su ex compañera aparece Sakura para confesarle que ha dejado la villa para irse con él.

Tsunade ha despertado y convoca una reunión de emergencia, mientras Naruto regresa al monte Myobokuzan para verse con el gran sapo, que le presenta el pergamino donde se puede abrir el sello que dejó el Cuarto Hokage.

Guy recuerda como quiso enseñar a Lee, alguna técnicas referidas en un menú, ya que la noche anterior se habían embriagado y causado destrozos en un lugar, con el trascurso recuerda que Lee lo hizo cuando bebió sake.

Tenten recuerda cuando era Genin y quería ser como Tsunade, al igual que muchos recuerdos como los entrenamientos con sus compañeros de equipo.

Naruto, motivado por su madre, logra vencer al Kyūbi con ataques derivados del Rasengan, al vencerlo Naruto toma una forma diferente y logra sellarlo de nuevo lo cual el Bijū reconoce como el Rikudō Sennin. Después del sellado Kushina le cuenta a su hijo que ella fue la anterior Jinchūriki del Kyubi y le cuenta la historia de hace 16 años, el momento en que nació Naruto, y el hombre enmascarado que quería el control del Kyūbi.

Ōnoki lleva la isla tortuga a Kumogakure, Anko y su equipo descubren el ejército de Zetsus, las fuerza aliadas se reúnen llegando a ser en total ochenta mil shinobis, divididas en cinco escuadrones según sus habilidades y cada una con su respectivo capitán, siendo el comandante Gaara, y siendo los capitanes: Darui, Kakashi, Mifune, Gaara y Kitsuchi pero no son que están listos para luchar. Kabuto y Madara también están preparados, Kabuto que con ayuda del Kabuto resucitan a los miembros caídos de Akatsuki, ninjas famosos de todas la naciones, los seis Jinchūrikis, los siete espadachines pasados de la neblina, los grandes kages del pasado y el ejército de los cien mil Zetzus ahora fortalecidos por Yamato. La cuarta guerra mundial shinobi ha comenzado.

Kankurō muestra la marioneta de Sasori, siguiendo con la lucha entre los dos bandos, ahora que ha aparecido Shin, se revela que fue "hermano" de Sai, cuando este se entrenaba en la Raíz, por lo cual Shin dice que no hay intenciones de pelear y se desvanece. El ataque de la marionetas de Kankurō aprisiona a Deidara y Sasori, lo cual antes que Deidara utilice su técnica es neutralizada por una espada con Raiton. Kankurō le habla a Sasori sobre la verdadera alma de un marionetista reside en sus creaciones, ante esto Sasori también es derrotado.

Los señores feudales son llevados por seguridad por la Mizukage, mientras la división de Darui se prepara han aparecido muchas caras conocidas se reencuentran en batalla; la futura contienda del escuadrón de Darui resalta ya que los hermanos Ginkaku y Kinkaku han aparecido junto con Asuma, Dan y Hizashi y el miembro de Akatsuki Kakuzu junto con los Zetsus Blancos.

Naruto sigue entrenando con Bee pero siente el Chakra del Kyūbi, al preguntar y observar que no le daban respuestas decide irse, pero es bloqueado por ninjas que no lo dejan hacer su propósito. Iruka le habla a Naruto que la guerra se ha desatado y si fue alejado es para que no interviniese pues la guerra es para protegerlos, pero igual el genin se va. En el camino saca de su bandana una carta de Iruka en la cual debe regresar con vida. Killer Bee sale también e Iruka le dice que lo proteja lo cual va detrás de Naruto, pero para salir de la isla deben destruir una serie de barreras muy poderosas pero ambos se transforman en Modo Bijū y logran escapar y dirigirse al campo de batalla.

Neji llega al centro medico agotado el cual es atendido por Sakura, pero entonces empiezan a asesinar a los ninjas médicos, el caos se apodera de todos y todos empiezan a sospechar ya que no se sabe quien es el infiltrado, mientras siguen los asesinatos, Neji llega donde esta Sakura y tras hablar por un rato Sakura lo golpea resultando ser un que dreno el Chakra de Neji en la batalla, ya sabiendo esto le informan a la base la situación pero también en otros lugares se reporta lo mismo, lo cual hace que Shikaku piense de una forma rápida y calmada de resolver el problema.

Karai, un ninja acompañante del Raikage: A, ha sido herido por un bicho explosivo y Amai escucha que Tsunade está cerca así que van en su ayuda para salvar al subordinado del Raikage cuando la encuentran, Amai le dice que su Ninjutsu medico es débil. Pero Tsunade y el Raikage deberán hacer una competencia de fuerza donde le raikage resulta vencedor.

El pasado es contado a Gaara por su padre, lo cual hizo que creyera que no fue amado por su madre mediante una misión mandando a Yashamaru. Gaara puede controlar muy fácilmente la batalla contra el Cuarto Kazekage, viéndose creándose una forma humana sobre el, la cual es la madre de Gaara, Karura. El difunto Kazekage se da cuenta de lo que se ha formado por la arena, diciendo la verdad, que el si fue amado por su madre y aunque haya muerto ella lo sigue queriendo.

Neji, Kiba, Shikamaru y Choji están en una muerte aparente, los demás tratan de ayudarlos dándoles Chakra pues apenas están con vida, mientras que Kabuto explica que los cuatro del sonido realizaron el Yomi Tenshin no Jutsu llevándose sus almas a una barrera donde deberán pelear para escapar y regresar en sus cuerpos, en la barrera los shinobis de Konoha están confusos y aparecen los del sonido explicándoles donde están, acercándose una batalla los cuatro del sonido hacen sus invocaciones mientras que Shino e Ino se esfuerzan por mantenerlos con vida, en otro lugar Naruto se encuentra con unos shinobis de los cuales uno resulta ser un Zetsus blancos. Desde el cuartel general le dicen a Ino que los de solo podrán escapar luchando, en la barrera Shikamaru y los otros están en un dilema por lo que pasa.

Naruto le dice a sus compañeros que los Yotas que enfrentan en realidad son Zetsus blancos no siendo entonces un revivido por el Edo Tensei, armándose de valor los ninjas de Konoha acaban con sus contrincantes. Por su parte Naruto recuerda como rescataron a Yota en el pasado y trataron de llevarlo a un lugar seguro, de vuelta en el presente Yota explica quien es en realidad, un niño revivido por Orochimaru el cual murió por usar tanto sus habilidades, en la guerra el verdadero Yota esta feliz de volver a ver a sus amigos y le pide que lo no olviden y su alma es liberada.

Una Vez que el Edo Tensei es liberado los shinobis revividos empiezan a desaparecer sus almas empiezan a ser liberadas tales como Mū, Deidara, Kimimaro, Chiyō, Pakura y también los Jinchūrikis incluidos. Dan el cual está atrapado en la barrera utiliza el Raika no jutsu para despedirse de Tsunade antes de desaparecer mientras que recuerda el sueño de ser Hokage hace muchos años, el cuartel general es informado de lo que está pasando a lo que se preguntan quien detuvo el Edo Tensei, mientras que en la guarida de Kabuto, Itachi se despide de su hermano. Madara por otro lado también sufre la liberación de la técnica pero este lanza un último ataque donde Tsunade se interpone, allí el Byakugū no jutsu de esta desaparecere, el alma de Madara casi es liberada pero se aferra al cuerpo, Dan en el último segundo la salva donde le da las gracias por hacer realidad su sueño, se despide de ella y le proporciona chakra, Madara habla del riesgo del Edo Tensei y tras hacer una posición de manos se libera por su cuenta, donde alega que ahora es inmortal y posee un Chakra infinito. Naruto, Kakashi, Killer Bee y Gui continúan luchando contra Tobi y el Gedo Mazo donde al ver la situación Tobi invoca el Benihisago y el Kohaku no Jōhei que poseen el Chakra del Kyūbi donde la estatua se las traga y sus nueve ojos se abren liberando un gran poder.

Una vez que Obito logra acabar con los shinobis enemigos, se acerca al cuerpo de Rin sin vida donde tras llorar, recuerda las palabras de Madara acerca del mundo que desea crear donde todo el mundo vivirá en paz, de vuelta en el escondite, le pide a Madara que le explique el plan de sumir a todo el mundo, Madara entonces usa su Genjutsu y le explica que a través de los poderes Uchiha y Senju logro despertar el Rinnegan y así obtener la muda del Jūbi al que llamaría Gedō Mazō y con el inmenso Chakra de este lograría proyectar el genjutsu en la luna donde todo el mundo lo vería. Después de ello en Amekagure Zetsu le presenta a Nagato quien posee los ojos originales de Madara y el único que puede controlar al Mazō. Es allí donde Obito se hace pasar por Madara y le habla del mismo sueño de la paz mundial, donde Yahiko no cree en sus palabras, "Madara" alega que Nagato con el tiempo entendería, des pues de ello en una aldea unos shinobis de Hanzō intentan atacar pero Nagato, Yahiko y Konan la defienden sin asesinar a nadie, poco tiempo después los tres huérfanos ya poseen bastantes seguidores y deciden llamar a la organización Akatsuki.

Orochimaru se ve obligado a huir de la Hoja Oculta después de que el Tercer Hokage Hiruzen expone sus experimentos ilegales. Danzo, temiendo que la captura de Orochimaru lo lleve a exponer su propia participación en los experimentos, envía a uno de sus hombres a ayudar.Orochimaru se ve obligado a huir de la Hoja Oculta después de que el Tercer Hokage Hiruzen expone sus experimentos ilegales. Danzo, temiendo que la captura de Orochimaru lo lleve a exponer su propia participación en los experimentos, envía a uno de sus hombres a ayudar.

En el grupo de los ANBU se ha unido un miembro del clan Uchiha, se trata de Itachi Uchiha el cual se convierte en el integrante más joven con solo once años. Por otra parte el tercer Hokage envía a Gui llevar un pergamino al país de los bosques y que el traiga uno por parte de ellos, pero aparte de eso envía a Kakashi e Itachi como escoltas secretos. Cuando Gui llega al punto de encuentro los shinobis del país de los bosques los traicionan con un pergamino bomba, del cual salen ilesos, allí Kakashi e Itachi intervienen, donde logran acabar con todos. Después de aquella misión, este le pregunta a Kakashi como obtuvo su Sharingan y si es miembro del Clan Uchiha, donde Kakashi afirma que no y el sharingan es un obsequio de un amigo. En una reunión secreta del clan Uchiha el padre de Itachi le pide contar que ha podido averiguar de los altos miembros de la aldea, pero Itachi observa la piedra con el grabado y se pregunta que significa.

Madara ataca a Naruto el Hachibi y Gui logrando hacerles daño, mientras que Kakashi intenta saber porque Obito coopera con Madara, donde este recuerda cuando libero a Kurama en Konoha. Naruto libera todo su poder contra Madara pero es retenido ya que el Uchiha libera un dragón de madera que lo envuelve a él y al Hachibi, por otra parte Kakashi débil es golpeado y enviado a la dimensión por el Kamui de Obito donde apenas logra regresar, Naruto al ver la situación de su sensei logra hacer un clon y salvarlo mientras que Gui realiza el Horitura contra Madara que libero a Susanō y liberarse el y el Hachibi, el clon de Naruto logra darle Chakra a Kakashi y al ser enviado por el Kamui logra golpear a Obito varias veces y volver sin problemas, en ese momento la barrera que protege al Mazō empieza a agrietarse por lo que Naruto y el Hachibi crean una Bijūdama gigantesca que logra llevarse al mazō una gran distancia y explotar, pero cuando parece que lo logran, la figura del Jūbi aparece indicando que ha resucitado.

Después de que se logra hacer la tregua entre los clanes Uchiha y Senju, se empieza a construir la aldea, allí Hashirama y Madara observan que su sueño finalmente se ha cumplido, Madara propone que la aldea se llame Konoha (Aldea Oculta entre las Hojas), Hashirama acepta y con el pasar del tiempo otros clanes se van incorporando a la naciente aldea. Tobirama le pide a Hashirama que el pueblo sea el que decida quien será el Hokage usando la democracia ya que Hashirama había propuesto que Madara lo fuera, pero Hashirama es quien se convierte en el primer Hokage. Poco después Madara le enseña la piedra de los Uchiha a Hashirama y le explica su significado, Hashirama le propone que el sea su mano derecha y su amigo, pero Madara decide abandonar la aldea ya que el ira en busca de su auténtico sueño pero Hashirama le pide quedarse y hablar de su sueño pero Madara aun así se marcha. Los otros países al ver la fundación de Konoha deciden hacer lo mismo y es así como se establecen las cinco grandes naciones y los pequeños países. De regreso con la última batalla entre Hashirama y Madara, el senju logra destruir el Susanō que envolvía al Kyūbi y liberarlo, donde se deciden enfrentar cuerpo a cuerpo.

El equipo siete se prepara para marchar al frente del ataque; mientras el Jūbi realiza una Bijūdama colosal los cuatro hokages fortalecen la barrera previamente creada y con ello contienen este ataque que finalmente ante la magnitud de la explosión una parte es desviada hacia el cielo, como resultado el Jūbi sufre leves daños. Hashirama utiliza cinco clones de madera para crear una apertura en la barrera y que los shinobis ataquen a la bestia, uno de estos clones lo destina para combatir a Madara pero el Uchiha alega que no peleará sino es contra el original. El Jūbi crea clones con tal de protegerse; mientras, Sakura recuerda anteriores misiones junto a Naruto y Sasuke así como su promesa de nunca más depender de ellos en batalla, así, luego de acumular chakra en un punto específico por tres años logra activar el Byakugo no in liberando una fuerza extraordinaria con la que consigue acabar con varios enemigos al mismo tiempo; a su vez, los otros equipos de la hoja también se unen a la batalla, Kiba utiliza un clon de sombras y junto con Akamaru se transforman en "Cerbero", Shino utiliza la invocación de insecto gigante e Hinata los 64 puños Hakke; el equipo 10 utiliza la formación E de la combinación InoShikaChou consiguiendo un ataque excepcional. A pesar de ello, los clones del Jūbi son cada vez son más grandes y poderosos, Sai, también parte del equipo 7 lo intenta por el aire, pero es derribado, la estrategia debe cambiar, por lo que Naruto, Sasuke y Sakura utilizan sus respectivos jutsus de invocación lo que da nacimiento a un nuevo bloqueo kuchiyose.

Obito logra convertirse en el Jinchūriki del Jūbi, ante esto Naruto confirma lo sucedido ya que sintió como Obito absorbió el chakra de los Bijūs, los kages saben que ahora se enfrentan a una nueva amenaza, Hashirama usa el Myoujinmon en Obito sin éxito, pero además de ello el Uchiha logra destruir la barrera, Hashirama advierte a la alianza que se mantengan alerta. Obito sin mas ataca a Hashirama y Tobirama donde les quita las mitad de sus cuerpos, Tobirama aun así logra pegarle algunos papeles bomba, mientras que el clon de Hashirama lo sujeta, tras lograr que los papeles se multipliquen y exploten no logra hacerle ningún daño al Uchiha, es entonces cuando Hiruzen se percata de que Obito combino las cuatro naturalezas, poniéndolo en un nuevo nivel, ya que Obito es capaz de crear unas esferas oscuras que modifica a voluntad, tras acabar con Hiruzen Obito se propone atacar a Naruto, Sasuke, y Minato, pero en el trayecto repentinamente el cuerpo de Obito se infla, donde Minato deduce que el aún no se acostumbra al Jūbi, es entonces donde el cuarto hokage se propone un contraataque, pero en el momento de atacar Obito crea una especie de Bijūdama la cual sin control explota en el mismo Obito, tras recuperar el control Obito logra atrapar a Naruto y Sasuke pero son salvados por Minato que logra teletransportarlos, Obito Nuevamente pierde el control de su cuerpo y en su mente el lucha por controlar al Jūbi, tras recordar a Rin y con toda su fuerza de voluntad Obito logra tomar el control, es así como su aspecto cambia un poco, ahora y con el control del Jūbi logra arrancarle el brazo derecho a Minato pero además logra ponerle una esfera oscura que está a punto de estallar.

Los cinco kages que se han recuperado se dirigen a la batalla observando el Shinju, mientras que los pocos shinobis que aun quedan con vida se preguntan si deben seguir luchando o más bien finalmente ceder a las palabras de Obito, Shikamaru quien le fue arrebatado todo su chakra se encuentra grave, rápidamente sus compañeros llegan a auxiliarlo. Naruto quien llora tras escuchar de Obito de caer en el Tsukuyomi infinito no sabe que hacer, es entonces donde Hashirama les aclara que deben vencer al enemigo, en ese momento Orochimaru llega y se entera de la situación. Obito que hace crecer una rama para atrapar a los shinobis es interceptado por Sasuke quien decide atacar con su Susanō, Naruto quien se le une en modo Bijū gracias al chakra de Minato. Hashirama se pregunta cuando la flor del Shinjū se abrirá a lo que Madara calcula que será dentro de quince minutos ya que no está todo el chakra del kyūbi y el hachibi, el primer hokage logra transmitir esa información a la alianza gracias a Ino, sucedido eso los recueros de Hashirama de cuando logró reunir a los primeros kages de cada aldea son revelados y de como trato de lograr un pacto entre todos los países.

Naruto lanza su Ōdama Rasen Shuriken hacia el lugar donde se encuentra Madara capturado gracias al dragón de madera de Hashirama. Los shinobis se apresuran para poder sellarlo. Gaara le pide ayuda a Shukaku para realizar una versión gigante del Sabaku Sōtaisō, quien en un primer momento se niega, accediendo posteriormente pero alegando que lo hace en concepto de decisión personal. Los demás Bijūs también ayudarán a Naruto. Mientras, Son le pregunta a Gaara si él conoce a Naruto (En ese momento, Gaara recuerda detalles muy importantes de su pasado: como era menospreciado por los ninas de la arena, cuando conoció a Naruto en los exámenes chunnin, así como su posterior derrota ante el ninja de la hoja, su muerte a manos de Akatsuki y su vuelta a la vida con la ayuda del jutsu de Chiyo y el chakra de Naruto) Después de todo eso, él le responde que fue su primer amigo. Luego, todos parten en compañía de Gaara.

Segunda parte del especial: "Las hermanas Hyüga, un destino inmutable" previo al estreno de la película: "The Last - Naruto the Movie". Su argumento gira en torno a la historia de Hinata y Hanabi Hyüga, especialmente en cuanto a esta última, debido a su importancia en esa obra cinematográfica. Este capítulo narra los acontecimientos que tuvieron lugar en los exámenes Chūnin, la derrota de Hinata ante Neji así como la forma en que el camino ninja de Naruto alcanza los pensamientos de Neji e Hinata a tal punto que el primero cambia radicalmente su punto de vista para con la primera rama del clan y la segunda juega un papel muy importante en la defensa de Konoha ante la invasión de Pain al proteger a Naruto a pesar de saberse inferior que su rival, lo que llena de orgullo al padre de Hinata y comprende el error que cometió todos esos años. El episodio finaliza con escenas del momento en que el clan Hyüga se prepara para incorporarse a la Gran Alianza Shinobi, marchando Hinata al frente de la batalla y encargándole a Hanabi el cuidado de los integrantes del clan que no participarán.

Los treinta equipos llegan justo a tiempo a la Aldea de la Arena, esa noche se prepara una cena especial antes de comenzar la segunda prueba, todo termina en un caos cuando un shinobi obeso y sudoroso de la Aldea de la hierba intenta acercarse a la comida y Neji y los demás de Konoha intervienen a causa de eso accidentalmente la comida cae al suelo, los de la arena se alteran e inician un combate donde todos terminan involucrados, Lee intenta detener el caos realizando una ráfaga de patadas pero es detenido por un shinobi de la arena llamado Shira quedando impresionado. En ese momento aparece Fū quien alega que quiere hacer amigos, pero los demás equipos se retiran, poco después Chōji sale del recinto y es atacado por un escorpión gigante donde Sakura e Ino salen en su ayuda pero además Fū interviene matando al escorpión, Neji y los sensores se sorprenden del poder de Fū, ya amaneciendo Temari explica en que consiste el segundo examen, una prueba de supervivencia en el desierto infernal.

Kiba, Hinata y Shino, siguen en busca de algún equipo para obtener el pergamino, pero no son los únicos pues el equipo de la aldea de la hierba también lo esta, ambos equipos se encuentran donde empiezan a luchar parejamente pero el equipo de Konoha empieza a tener problemas, en especial del ninja obeso el cual se percata que Kiba posee el pergamino, tras tenderles una trampa el equipo de Kiba pierde el pergamino, ahora deberán hacer todo lo posible para rescatar su pergamino y vencer al enemigo.

El equipo de Ino prosigue su camino hacia la torre, pero Sakura pierde el conocimiento mientras es auxiliada por Ino y Chouji esta recuerda su entrenamiento con Tsunade donde aprende a usar el Byakugō no jutsu, para ello Sakura deberá acumular chakra durante tres años, pero el riesgo es que no podrá usar ninjutsu medico ni pelear. Una vez que Sakura recupera el sentido, observa una muñeca no muy lejos, tras acercarse un poco descubren a un equipo de la arena liderado por Saya quien además es la marionetista de la muñeca, una nueva batalla ha comenzado, Chouji es atacado entre dos personas poniéndolo en desventaja, Ino por otra parte es atacada por la muñeca la cual le corta algunos cabellos, inmediatamente Saya usa el Kagutsu modoki no jutsu, donde toma el control del cuerpo de Ino y empieza a atacar a Sakura, Chouji al ver la situación usa su jutsu de expansión, pero Saya ahora usa su técnica en el y toma control de su cuerpo y la vez Ino queda libre, ahora Saya pretende atacar a Ino y Sakura, en ese momento Ino realiza nuevamente su técnica para liberar a Chouji por lo que Sakura queda sola por el momento.

El equipo de Neji se topa con Matsuri quien les pide ayuda para salvar a Gaara, tras aceptar la petición de ayuda, Neji usa su Byakugan donde divisa a Gaara y Fū los cuales están en peligro, tras dirigirse a su rescate, el equipo de Fū también esta en su rescate por lo que ambos equipos deciden unirse. Mientras tanto Gaara le alega a Fū por haber venido, en su respuesta Fū dice que no podía abandonar a un amigo, tras eso la Jinchūriki del Chōmei, crea un capullo de chakra, el cual impide que Hōichi siga absorbiendo a los Bijūs, tras eso, Fū alega que solo resta esperar a que los rescaten, pero Gaara alega que nadie vendrá puesto que el enemigo es de Sunagakure, poco después Neji y compañía llegan al rescate, pero Hōichi logra crear una barrera que lo protege de los ataques, Neji logra entrar en el capullo y tras analizar la situación, logra cortar el flujo de chakra de las cadenas, inmediatamente estas se desprenden y salen de control, Hōichi que se percata de los sucedido ahora es atacado por su propia técnica y queda inmovilizado. Gaara y Fū que ahora están libres le dan las gracias y le piden ser sus amigos.

Orochimaru y su equipo se dirigen hacia donde se encuentra Sasuke, Karin siente la presencia de alguien peligroso que esta cerca del Uchiha, cuando finalmente llegan descubren que se trata de Kabuto, el cual está tratando de salvar a Sasuke, Orochimaru y los demás se sorprenden al verlo pues este logró salir del Izamani de Itachi, es decir logró aceptar quien es mostrando que cambió su manera de ser, aun así Suigetsu le reprocha que él fue uno de los que inicio la guerra con Obito convencidos de que el mundo no tendría salvación. Por otra parte Guy al ver la situación de Kakashi y los demás, decide que es hora de abrir las ocho puertas internas, inmediatamente Guy libera la séptima puerta y ataca a Madara quien logra esquivar sus ataques a pesar de la velocidad y poder que despliega, cuando Gyu no puede mas cae en ese momento Madara ataca pero es rescatado por Lee y llevado con los otros. Tras pensar en lo sucedido Guy no tiene más opción que abrir la última puerta y atacar con todo a Madara aun sabiendo que eso significara la muerte, en ese momento Guy empieza a recordar su infancia en la aldea y de como al no tener talento ninja no es aceptado en la academia pero su padre lo alienta a no rendirse y a dar lo mejor de si mismo para lograr sus sueños.

Especial de Naruto Shippüden con motivo del lanzamiento de la película "Boruto: Naruto The Movie".

Tenten que posee el Benihisago y el Kohaku no Jōhei, piensa que puede sellar rápidamente al enemigo, por lo que busca a los shinobis de Kumogakure que le digan como usar dichar armas, pero en el camino es alcanzada por el Tsukuyomi infinito. Cuando ella despierta nota que esta en Konoha, pero rápidamente se percata de que algo anda mal, tras indagar un poco nota que sus compañeros actúan de manera diferente. Tenten deduce que se encuentra bajo un genjutsu, sus compañeros al notarla algo extraña le ofrecen su ayuda pero Tenten prefiere no invocarse con ellos, puesto que sabe que todo es falso, Tenten busca la manera de liberarse de la técnica del enemigo, para ello busca todo lo relacionado con los genjutsus.

Karin es alcanzada por el Tsukuyomi infinito, y en él se encuentra Karin de niña en la Aldea oculta de la Hierba, luego de que su aldea fuera arrasada. Su madre en condición de quedarse con Karin en la aldea, debía utilizar la mordida de la cura con los heridos de batalla, sin embargo muere al curar a cientos de heridos. Luego continúa la niñez de Karin pasando por el examen chunin y su primer encuentro con Sasuke, la fortaleza del norte de la aldea de la Hierba y posterior reclutamiento por Orochimaru y la inclusión en Hebi, uniéndose a Akatski para capturar al Hachibi. Luego de la captura del Hachibi, Hebi se dirije a Konoha para destruir y construir un nuevo Konoha, llegando Sasuke a ser el sexto Hokage. Luego de que Sasuke fuese nombrado como sexto Hokage, la aldea oculta de la Hierba comienza un ataque a la aldea de la Hoja, donde unos hombres intentan asesinar a Karin, siendo salvada por Sasuke. Antes de que Sasuke fuera por ayuda médica, Karin le pide que sonría.

Yahiko presenta a sus compañeros como el equipo Jiraiya y atacan al equipo 10 llevándolos en batalla hasta una aldea cercana. Mientras, Naruto escapa del jutsu de maldición y logra reducir a Hidan, pero Kakuzu aparece con el cuerpo de Kakashi dejando escapar a Hidan del equipo 7. Shikamaru decide seguir a unos niños hasta una casa, donde también se encontraba Yahiko y mientras Shikamaru se disponía a preguntarle a los niños por los miembros de Akatsuki, Nagato desprende su ira al recordar la muerte de sus padres al ver la banda protectora de Konoha en la frente de Chouji, creando una gran explosión y provocando que los niños cayeran por un agujero creado por el poder de Nagato. Yahiko, Nagato y Konan entran por el agujero para rescatar a los niños, pero Shikamaru ordena a sus compañeros quedarse.

Sasuke es envenenado por Sasori, pero Sakura logra quitarle el veneno con el ninjutsu médico. Sasori libera las cien marionetas para impedir que Sasuke y Sakura vayan a Konoha, e informar al cuarto Hokage de lo sucedido. El enmascarado le explica a Neji que esto es una prueba, y que para exponer su punto los Genin tienen dos opciones, o ir a Konoha a informar y seguir con las leyes, o abandonar la misión e ir a rescatar a sus compañeros. Pronto, Shikamaru y los demás alcanzan a Sasuke y Sakura, y les pide apoyo para rescatar a los líderes, pero Sasuke está decidido en seguir la misión e ir a Konoha. Por otra parte, Jiraiya libera los puntos de shakra de Naruto e intenta que libere el poder del Kyubi, abriendo el sello de las ocho trigramas. Sin embargo, Naruto libera las cuatro colas.

Naruto y los demás vuelven a Konoha, y a pesar de romper las leyes Minato les agradece. Jiraiya se recupera en el hospital de Konoha por la heridas de Naruto, y le explica a Minato que Orochimaru de alguna forma estaba implicado en el incidente. El clan Uchiha planea un golpe de estado, pero Minato trata de cumplir su promesa con la esperanza del niño de la profecía de Jiraiya. Sasuke le pide a Kakashi que le enseñe el Chidori para superar a Naruto, mientras que el mismo Naruto entrena para perfeccionar y evolucionar el Rasengan.

Naruto, Shikamaru, Tenten, Neji y Rock Lee, vuelven a Konoha encontrándose con la aldea en suspensión por el Chin Chibaku Tensei de Pain. Sakura y Hinata se encontraban fuera de la aldea cuando ocurrió todo, Sakura cura a Naruto de las heridas causadas por su pelea con Sasuke. Una vez recuperado, Naruto entra en el modo ermitaño y derrota a cinco de los caminos de Pain, el último con la apariencia de Yahiko atraviesa las manos de Naruto pero es atacado por Hinata, quien es atravesada también. Naruto al ver gravemente herida a Hinata, libera fácilmente seis colas pero es atrapado en un Chibaku Tensei.

Naruto no puede liberarse del Chibaku Tensei, por lo que Kushina le entrega el poder de la otra mitad del Kyubi perdiendo la vida. Naruto logra liberarse y derrota a Pain, y llega a la ubicación de Nagato y Konnan. Al verlos, dialogan sobre sus compañeros perdidos y Naruto al tener los mismos pensamientos que Yahiko, Nagato libera a Konoha del Chin Chibaku Tensei y se retiran, prometiendo Naruto unirse algún día al equipo Jiraiya. Mientras, Sasuke asesina a Orochimaru pero alcanza a recibir su veneno. Luego despierta en una cueva junto a Sasori, quien le recuerda que Itachi está muerto, por lo que decide gobernar como los Uchiha y destruir Konoha, uniéndose a Akatsuki.

Itachi y Jūzō cumplen con las misiones sin detenerse a pensar en quienes pagan por ellas ni quienes son sus víctimas; en esa dinámica, son enviados al País del Agua para asesinar a un objetivo. En su retirada son perseguidos por un equipo liderado por el cuarto Mizukage, quien es el Jinchūriki del Sanbi. El enfrentamiento da inicio, Yagura se convierte en Bijuu y lanza una Bijūdama, Jūzō la bloquea con su Kubikiribōchō, pero el impacto es tan fuerte que su arma se quiebra y una de las mitades se le incrusta en el abdomen, el cuarto prepara otra Bijūdama pero Itachi lo derrota quemándole con el Amaterasu. Posteriormente, el Uchiha informa a los demás de la muerte de su compañero; Orochimaru, desea el cuerpo de Itachi para convertirlo en su nuevo recipiente y por ello le pide como su pareja. Pain dice que el asunto será puesto en espera. Días después, Orochimaru busca ocasión para matar a Itachi y le ataca por la espalda, el Uchiha lo paraliza con su genjutsu y al advertir que no se rendirá fácilmente, decide cortarle una mano y luego matarle pero es salvado por Kabuto quienes se retiran jurando venganza. Itachi comenta con el resto el ataque y huida de Orochimaru quienes lo toman como traición. Un nuevo compañero es asignado a Itachi, se trata de Kisame Hoshigaki.

La batalla entre Naruto y Sasuke contra Kaguya ha iniciado. Ella percibe el chakra de ying y yang que poseen y se aleja inmediatamente, a su vez se pregunta si son las reencarnaciones de sus hijos: Hagoromo y Himura, luego, usando el Byakugan comprende que se trata de Ashura e Indra. Kaguya, para evitar la destrucción del Shinjū, traslada a Naruto, Sasuke, Sakura, Kakashi y Óbito a una dimensión compuesta principalmente por lava: Sasuke invoca a su halcón, evitando la caída libre al mismo tiempo que salva a Naruto, por su parte, Kakashi usando sus kunais y pergamino rescata a Sakura y Óbito. Kaguya ataca los puntos vitales del halcón y el pergamino de Kakashi comienza a quemarse por el excesivo calor encontrándose nuevamente en problemas, en esta ocasión son salvados por Naruto quien descubre que gracias al chakra de Rikudō Sennin puede levitar. En ese mismo instante, los Hokages, se dirigen hacia el punto de origen de un fuerte chakra que han percibido mientras se preguntan si Madara ha sido derrotado. Kaguya está decidida a reunir todo el chakra para si misma y ataca a Naruto y Sasuke, quienes a pesar de usar lo mejor de sus técnicas se encuentran en desventaja. Sin percibirlo hasta que es muy tarde, son atrapados por Kaguya quien los paraliza y comienza a absorber su chakra por medio de Zetsu Negro; Kaguya llora pues ambos le recuerdan a sus hijos con quienes compartió el chakra, a su vez, Zetsu negro revela el origen de todo.

Hagoromo le cuenta a los Hokage del inicio del Ninshu, contándoles su historia desde que sello a su madre Kaguya. Seguido de este suceso, Hagoromo se encuentra con Gamamura, a quien le informa que recorrerá el mundo pagando sus pecados, ayudando a las personas, y enseñado su poder para el beneficio de la humanidad. Antes de partir, Gamamura le revela uno de sus sueños premonitorios, en el que un niño de ojos azules dominaría al Kyubi y lo llamaría por su nombre. Hagoromo parte en su viaje donde se encuentra con un puente roto, producido aparentemente por la batalla entre el y su madre, por lo que decide repararlo sin el uso de sus poderes. A un costado del puente, habita un ladrón que vive de el para robar a las personas que no lo pueden cruzar. Hagoromo comienza a repararlo usando su ingenio, pero es reprendido por el ladrón ya que según el, arruina su fuente ingresos. Hagoromo demuestra su poder al ladrón, quien le teme y decide ayudarle a reparar el puente con la intención de destruirlo una vez que Hagoromo se haya ido. Muchas personas al ver la buena obra del ladrón, comienzan a ayudarlos a reparar el puente, y una vez terminado, el ladrón rehúsa a destruirlo ya que el agrado de ver tantas personas contentas con algo bueno que el hizo, causó en su interior el gozo de volverlo a hacer. Hagoromo continúa en su viaje, y el ladrón le sigue al no tener más que hacer. Al llegar a otro puente roto, se encuentran con otro ladrón, repitiendo el proceso anterior. Luego de repetir la misma labor en varios lugares, teniendo varias personas siguiéndolo, Hagoromo haría de estos sus discípulos, a quienes les enseñaría el Ninshu. A la vez, Hagoromo distribuyó a las bestias con cola por todo el mundo. Luego, Hagoromo tendría dos hijos, Indra y Ashura, pero un ser maligno estaría por encender el odio en uno de ellos.

Rin está lista para marcharse con Óbito, pero este le pide un poco más de tiempo pues desea ayudar a Kakashi quien se encuentra sin saber que hacer en el campo de batalla. Una vez reunidos, le insta a convertirse en el sexto Hokage y ante ello, como un regalo adelantado le permitirá por poco tiempo el uso de su sharingan. Naruto incorporándose a la batalla ataca con su Senpō: Chō Bijū Rasenshuriken produciendo explosiones de una tremenda magnitud que desestabilizan el chakra Kaguya y la convierten en un monstruo que es más fácil de sellar, pero al mismo tiempo, rápido e impredecible; Sakura está a punto de ser absorbida por ese ser pero Kakashi le salva utilizando el susanoo perfecto. Todos se sorprenden de las nuevas habilidades del ninja que copia; Kaguya logra estabilizarse al absorber chakra de quienes se encuentran bajo la influencia del Tsukuyomi Infinito y se prepara para atacar con una Bōchō Gudōdama. El equipo 7 está listo para su última misión, Sasuke y Naruto se apresuran a sellarla, a su vez, Kaguya ataca a Kakashi con su Tomogoroshi no Haikotsu pero gracias al sharingan de Óbito este atraviesa su cuerpo sin daño alguno, el ninja copiador contraataca con su Kamui Raikiri hiriendo el brazo derecho de Kaguya. Sasuke y Naruto avanzan, mientras Kaguya busca convertir a sus rivales en ceniza, en esta ocasión dispara a Naruto, sin embargo se trata de un clon, el verdadero se encuentra utilizando la forma de Sasuke por medio del Henge no Jutsu, Zetsu negro, en un intento desesperado por proteger a su madre, abre un portal y envía una estaca de hueso a Naruto pero tal acción es contrarrestada por Kakashi usando su Kamui; Sasuke, esperando el momento oportuno, por medio de su Amenotejikara cambia de lugar con el clon de Naruto. Kaguya, al verse acorralada, determina que la única opción es huir por arriba, pero Sakura, con un fuerte golpe impide su escape, Kakashi observa orgulloso el trabajo en equipo de sus estudiantes. Finalmente los poderes de Ying y Yang del sabio de los seis caminos han hecho contacto con Kaguya.