Kankurô est en danger de mort et l'équipe de Kakashi n'est toujours pas arrivée. Pendant ce temps, l'équipe de Gaï prend elle aussi le chemin de Suna.

Les équipes Kakashi et Gaï veulent pénétrer dans le repaire de l'Akatsuki mais une barrière de 5 sceaux les en empêche. Pour désactiver le mécanisme, il faut enlever les 5 sceaux de papier en même temps.

Sakura est à nouveau blessée par une lame empoisonnée. Chiyo la contraint à prendre un antidote. Sasori se laisse alors transpercer le cœur par les deux marionnettes « papa » et « maman ». Il parle alors d'un rendez-vous qu'il avait avec un espion infiltré auprès d'Orochimaru.

Naruto se retrouve face à Saï tandis que Tsunade sélectionne Yamato, un membre de l'ANBU, pour remplacer Kakashi. Finalement, la nouvelle équipe Kakashi se donne rendez-vous. Naruto reconnaît en Saï le ninja qu'il a combattu sur le toit. La tension monte…

Deux groupes sont formés pour chercher Sasuke : Naruto avec Saï et Sakura avec Yamato. Épuisé de son combat précédent avec Orochimaru et de ses recherches en utilisant le multi-clonage, Naruto s'effondre. Lorsqu'il se réveille, Saï se souvient de ce qu'il voulait dessiner dans les pages blanches au centre de son livre d'images : son frère et lui se tenant la main ; il parle alors de ses liens avec ce dernier. Tout à coup, Orochimaru surgit et les attaque. Sakura et Yamato viennent en aide à Naruto, tandis que Saï continue seul les recherches ; il trouve alors Sasuke, grâce à sa technique de souris d'encre. Yamato trouve le bingo-book de Saï où Sasuke est répertorié : il se rend compte que sa mission secrète est de le supprimer.

L'équipe Kakashi part en mission au Temple du Feu afin de trouver qui sont les pilleurs de tombe. Naruto rencontre un garçon nommé Sora, au passé apparemment sombre, qui manipule très bien le fūton.

Konoha se voit en état d'alerte niveau 1 : 4 des 12 protecteurs du seigneur féodal du Pays du Feu sont ressuscités et menacent d'utiliser une technique de foudre très puissante pouvant détruire le village.

Naruto et Guren, qui cherchent toujours à sortir du ventre de Sanbi, doivent faire face à des mini-Sanbi. Pendant ce temps, Kakashi mène un groupe destiné à secourir Naruto. L'équipe de Lee, Tenten et Kiba doit, quant à elle, affronter de nouveau les hommes de main de Rinji.

Après avoir tué Orochimaru, Sasuke délivre Suigetsu Hôzuki de sa prison d'eau. Tous deux se rendent au Pays des Vagues pour prendre l'épée du défunt Zabuza. Mais arrivé là-bas, il n'y a plus d'épée. Un habitant leur apprend que l'épée a été prise par un homme nommé Tenzen Daikoku. Ils se rendent dans son palais et éliminent les soldats. Suigetsu prend l'épée et tue Tenzen. Sasuke et Suigetsu se dirigent vers la prison de fer afin d'intégrer Karin à leur équipe.

Sasuke et Suigetsu arrivent au repaire Sud pour enjoindre Karin, ancienne collaboratrice d'Orochimaru, à se joindre à eux. En effet, celle-ci a une capacité spéciale qui intéresse beaucoup Sasuke. Après avoir refusé une première fois, Karin se rend compte qu'elle est attirée par Sasuke et prétexte une affaire à régler au repaire Nord pour pouvoir les suivre, malgré son antipathie non masquée envers Suigetsu. Après avoir libéré les prisonniers, ils partent aller chercher le dernier membre de l'équipe au repaire Nord : Jûgo.

Comme le Garuda C4 de Deidara détone, Sasuke périt. Convaincu d'avoir gagné, Deidara baisse sa garde et se fait percer par le Chidori de Sasuke. Après avoir été demandé comment il avait survécu, Sasuke révèle qu'il n'a jamais été blessé et que Deidara était sous son Genjutsu. Deidara tente de tuer Sasuke, mais il est induit en erreur par son Sharingan à nouveau. Épuisé par le combat, Sasuke désactive son Sharingan. Furieux d'être moqué, Deidara dévoile son attaque finale, en utilisant une bombe de vie et se fait exploser dans cette tentative pour tuer Sasuke. Tandis que Sasuke va disparaître.

Jiraya et les deux crapauds s’aperçoivent que Gakidô est capable d’absorber tous les ninjutsu et que les trois corps partagent leur vision, l’utilisant pour parer les coups de taijutsu ; s’interrogeant sur le secret de Pain et cherchant une stratégie, ils se retranchent dans les tuyaux ; dans l’impossibilité d’utiliser le ninjutsu et le taijutsu, les crapauds décident d’utiliser un chant de crapaud faisant office de genjutsu puissant. Pour lui laisser le temps d’agir, Jiraya attaque frontalement les trois corps qui finissent piégés dans l’illusion et les transperce. Pensant avoir vaincu son adversaire, Jiraya se retourne, mais subit une attaque par derrière qui lui arrache le bras gauche ; il fait maintenant face aux six corps de Pain.

Sasuke accepte d'écouter Madara qui lui raconte toute la vérité sur Itachi et sur la création du village caché de Konoha.

Tonbei s'inquiète car le clan Tsuchigumo n'a plus la force de protéger la technique interdite ; ils n'ont d'autre choix que de la détruire. Pendant ce temps, Naruto recherche Shiranami, le fils du premier élève d'Enno Gyoja, et supposé être d'après Hotaru le dernier capable de maîtriser la technique interdite… Celui-ci se trouve être le commanditaire des bandits. Utakata souhaite parler aux oinin de Kiri à nouveau, et part à leur recherche. Ces derniers le repèrent, mais sont attaqués par une invocation de Pain.

Pain et Konan arrivent à Konoha. Ils se séparent en deux groupes, un pour la diversion (Shuradô, Chikushodô et Gakidô) et l'autre pour les recherches (Tendô, Ningendô, Jigokudô et Konan). Ils s'infiltrent, commencent à faire des dégâts dans Konoha, et recherchent Naruto. Tsunade déclenche alors l'état d'urgence et cherche à faire revenir Naruto.

Ningendô est désintégré par l'« Orbe shuriken » et Chikushodô est battu avec un double « Orbe tourbillonnant », mettant fin aux invocations de Pain. Naruto a épuisé tout son chakra d'ermite, mais réussit à le réactiver en invoquant un clone ayant accumulé de l'énergie naturelle au Mont Myôboku. Gakidô, ressuscité, absorbe un nouvel « Orbe shuriken ». Jigokudô, dont Naruto comprend l'utilité pour ressusciter les autres avatars, est à son tour battu avec un double « Orbe tourbillonnant ». Gamabunta, Gamahiro et Gamaken sont repoussés par Tendô qui a retrouvé son pouvoir de répulsion. Fukasaku et Shima s'apprêtent à lancer leur genjutsu « Illusion mystique-Concert polyphonique des crapauds » pour piéger Tendô et Gakidô, les deux avatars restant…

Après ces révélations, Naruto décide finalement de ne pas tuer Nagato et s'entête à continuer de croire aux convictions de Jiraya. Il sort le premier livre de Jiraya, inspiré par Nagato et dont le héros s’appelle Naruto. Pour cette raison, il décide de croire en lui. Il exécute alors une technique…

En apprenant la destruction de Konoha, Gaara se remémore une mission en coopération avec l'équipe 7 juste après le traité de paix entre Suna et Konoha pour resserrer les liens d’amitié entre les villages. Ils doivent conjointement attaquer des ninjas renégats, mais sont suivis par une escouade d’assassins envoyés par une partie des hautes instances de Suna pour supprimer Gaara. Après les avoir vaincus, ce dernier les épargne, puis ils mènent la mission à bien. Gaara réussit à réaliser son rêve grâce à Naruto : nouer des liens avec le peuple de son village et se faire des amis, pour finalement devenir Kazekage.

L'équipe de Konohamaru demande à Neji des informations sur Naruto, le nouveau héros de Konoha, pour le journal de l’académie. Neji leur raconte une histoire survenue lors de la destruction de Konoha par Orochimaru. Profitant de la confusion, deux jōnin de Kumo enlèvent Hinata pour voler le Byakugan Neji, Tenten et Kiba partent alors à la poursuite de ces derniers. Tenten doit rester en arrière pour faire face à un piège laissé par leurs adversaires, des chiens de boue qu’elle parvient à retenir grâce à sa maîtrise des armes. Ils arrivent alors que les ninjas de Kumo s’apprêtent à tuer Hinata. Prenant l’apparence de Kiba, Neji parvient à en vaincre un avec les « 64 poings du Hakke », mais l’autre s’apprête à le tuer quand Hiashi Hyûga intervient pour protéger sa fille et son neveu. Neji se rend compte que le discours de Naruto sur le destin était juste ; il n'était pas le seul à souffrir au nom du clan. Il explique à Konohamaru, Moegi et Udon que même s’il n’a pas participé à cette mission, Naruto y a joué un rôle important.

Madara révèle à Naruto, Kakashi et Yamato la véritable histoire d'Itachi et les motifs qui animent Sasuke, irrémédiablement dévoré par la haine du fait de la malédiction du clan Uchiwa. Pendant ce temps, Sasuke utilise un « Susanô » incomplet pour la première fois, afin de se protéger. Combinant Susanô à Amaterasu pour parfaire son armure, il parvient à mettre en échec le Raikage qui sacrifie un bras pour le frapper. Alors que le Raikage s'apprête à donner un nouveau coup à Sasuke, Gaara intervient et l'en empêche ; il tente de convaincre Sasuke de ne pas sombrer dans les ténèbres, mais ce dernier ne veut rien entendre. Il subit alors l’attaque combinée de Darui, Gaara, Temari et Kankurô qu’il contre avec « Susanô » noir et finalement complet.

Sakura demande à Kiba l’emplacement exact de Sasuke et tente d’endormir ses compagnons. Saï l’arrête et leur demande de ne pas poursuivre, espérant un renfort de Kakashi parti à leur poursuite grâce aux révélations de son clone ; il engage le combat contre Kiba, et Rock Lee et Sakura profite de la confusion pour tous les endormir et se diriger seule vers l’endroit où a eu lieu le combat entre Danzô et Sasuke. Avant de s'en aller avec le corps de Danzo pour récupérer les yeux de Shisui, Madara fait remarquer à Sasuke qu'il perd petit à petit la vue du fait de l'utilisation abusive de Susano, il lui conseille de se reposer un peu avant de se rendre à Konoha et de tuer Karin. Une fois Madara parti, Sasuke s’apprête à achever Karin qui revit le moment où ils se sont rencontrés durant l’examen chūnin. Sakura arrive sur les lieux et demande à Sasuke de l’emmener avec lui.

Sasuke s’est fait greffer les yeux d’Itachi et commence à en ressentir la puissance. Au Mont Myôboku, les crapauds ermites discutent pour savoir si la clé de son sceau doit être donnée à Naruto. Le vieil ermite Oogama souhaite lui parler et voir son futur. Karin est interrogée par Ibiki tandis que Tsunade mange sans s’arrêter pour récupérer son chakra ; Kakashi lui explique la situation ; à Konoha, les élites préparent la guerre. Naruto est invoqué au Mont Myôboku où le vieil ermite lui annonce qu’il va rencontrer un poulpe et affronter Sasuke ; il lui montre la clé de son sceau et demande à Gerotora de se transférer dans Naruto.

Lee rêve qu’il se bat contre Madara, le leader d’Akatsuki, afin de libérer son maitre, Gaï. Il se réveille et se rend compte qu’il s’est endormi en s’entraînant ; il se dit alors qu’il doit devenir plus fort, comme Naruto, en effectuant son entraînement grâce à la potion dont il a rêvé... Gaï, sur le bateau avec Naruto, se remémore la fois où avec Lee, ils ont fêté au restaurant le succès de ce dernier dans la maîtrise de la « Fleur de Lotus ». Le lendemain, il pense se rappeler avoir été ivre et détruit l’établissement lors d'une altercation ; il retrouve Lee dans sa chambre, qui ne se souvient de rien non plus. Pour éviter que Lee ne se souvienne de sa gêne quand il a dû s’excuser, il le pousse à un « entraînement à la visualisation », inspiré par Kakashi, consistant à entourer des mets du menu et perfectionner des techniques associées. Alors que cet entraînement les rapproche dangereusement de l’évocation de la « technique de l’homme ivre », Gaï détourne la conversation en inventant la « technique de l’homme à la dérive » ; sur un bateau, il s’aperçoit qu’au fur et à mesure que Lee attrape le mal de mer, il obtient les sensations de l’homme ivre et en maîtrise naturellement la technique. Quand au summum de son mal de mer, Lee assomme Gaï d’un coup de tête, ce dernier se souvient que c’est Lee qui en mangeant un produit dérivé du saké a détruit l’échoppe la veille, et qu’il s’est excusé face au propriétaire, mais tout en louant les efforts de Lee pour s’entraîner dur... À la fin de l’histoire, Naruto fait cependant remarquer à Gaï que Lee ne pourra jamais utiliser le mal de mer lors d’un combat réel.

En s’entraînant avec Rock Lee, Tenten se remémore son rêve de petite fille : devenir comme la kunoichi légendaire Tsunade. Alors qu’elle échoue coup sur coup à acquérir une force surhumaine, au ninjutsu médical et dans l’invocation de créatures vivantes, elle tente de se faire admettre dans les bars et les maisons de jeu pour avoir la même réputation que Tsunade, mais s’en fait rejeter. Avec l’enseignement de Gaï Maito, parallèlement à Lee qui poursuit son propre rêve, et à force de persévérance, elle comprend qu’elle peut développer ses propres capacités dans le maniement et l’invocation d’armes, et y exceller : même si elle ne ressemblera jamais à Tsunade, elle continue d’espérer devenir un jour légendaire.

Grâce à l’aide et l’amour de sa mère, Naruto reprend courage, réussit à vaincre la haine de Kyûbi, et sépare le chakra de la volonté du démon afin de se l’approprier. Il est alors marqué du motif du collier du Sage des six chemins, formé de six magatama apparaît à son cou, et le sceau du sage qu’il utilise pour sceller le chakra de Kyûbi apparaît sur son torse. Kushina félicite son fils et commence à lui raconter ce qui s’est passé le jour de sa naissance et de l’attaque de Kyûbi sur le village, seize ans auparavant… À la suite de l’épouse du 1er Hokage, Mito Uzumaki, Kushina avait été amenée d’Uzushio à Konoha pour devenir le prochain réceptacle de Kyûbi. Malgré le choc, elle est parvenue à avoir une vie heureuse en tant que jinchūriki, grâce aux paroles de réconfort de Mito, et est devenue l’épouse du 4e Hokage, Minato Namikaze. Quand les hautes instances du village apprennent qu’elle est enceinte, ils préparent son accouchement en comité restreint à l’écart du village, car la grossesse avait affaibli le sceau de Kyûbi qui risquait de rompre. Au moment où le bébé naît et où Minato doit se concentrer pour conserver le sceau fermé, un étrange homme masqué tue les ANBU à l’extérieur, et s’approche…

Le Tsuchikage transporte l’île tortue par voie des airs jusqu’à Kumo, pendant qu’une unité de renseignement de Konoha découvre le repaire d’Akatsuki et les forces dont elle dispose. À l’intérieur de la tortue, Killer Bee entreprend d’apprendre à Naruto à maîtriser le chakra de Kyûbi. Kabuto et Madara s’apprêtent à extorquer des informations à Yamato avant de l’utiliser pour renforcer leur armée de Zetsu. À Kumo, au quartier général, les kage continuent d’organiser la guerre ; les nouveaux bandeaux des forces alliées shinobi avec le symbole « ninja » sont distribués et les combattants affectés à une unité d’une des cinq compagnies  : celle du combat à mi-distance dirigée par Darui, celle du combat rapproché dirigée par Kitsuchi, celle du combat à distance intermédiaire dirigée par Kakashi, celle des combattants spéciaux dirigée par Mifune, et celle du combat à distance dirigée par Gaara, également commandant en chef des armées. Au quartier général d’Akatsuki, Kabuto utilise la « Réincarnation des âmes » pour invoquer un grand nombre de ninjas d’élite morts par le passé, dont les anciens membres d’Akatsuki, les anciens jinchūriki, les Kage de la génération précédente et des ninjas possédant une nature avancée.

Kankurô engage un duel contre Sasori, qui utilise Shin comme marionnette. Ce dernier s’avère rempli d’explosifs de Deidara, mais l’explosion est circoncise par Kankurô qui enferme Shin dans sa marionnette Sanshōuo. En lui disant qu’il peut faire de son frère une bombe à volonté, Deidara provoque Saï et se moque de son art. Ce dernier dessine deux géants qui projettent Sasori et Deidara, réceptionnés dans des marionnettes de Kankurô ; Omoï neutralise Deidara avec son épée parcourue de chakra de foudre, l’empêchant de se faire exploser. Face à Shin, Saï se souvient du jour où Danzô leur a demandé de s’affronter à mort. En voyant à terre le dessin de Saï où ils se tiennent la main, l’âme de Shin est libérée de la technique de Kabuto ; il part en remerciant son frère. Kankurô sermonne Sasori, lui disant qu’un marionnettiste ne devrait pas se faire contrôler ; l’âme de Sasori s’en trouve libérée également. À côté de Kabuto, Madara s’interroge sur le but et les capacités de son allié.

La Mizukage et ses acolytes s’occupent de la protection des seigneurs féodaux et les déplacent régulièrement, tandis que le Zetsu noir les traque pour tenter de les prendre en otages.

Ailleurs, l'unité d'embuscade dirigée par Kankurô constate l'arrivée de renforts de l'unité adverse ; ils tombent nez-à-nez avec Chiyo, Kimimaro, Hanzô et Chûkichi et battent en retraite. Les différentes unités reçoivent leurs ordres pour aller renforcer les lignes défendant la plage ; Shikamaru doit partir avec la moitié de la division de combat à longue distance, mais l’autre moitié reçoit Oonoki en renfort pour contrer le jinton de son ancien maître, Mû.

Sur le littoral, Darui lance la première attaque sur les Zetsu blancs et donne le signal à sa division d'attaquer ; les invocations de Kabuto se lancent également dans la bataille : Chôza doit faire face à Dan et Asuma, et Hiashi Hyûga à son frère Hizashi. Alors que le combat fait rage, Darui se prépare à combattre face aux frères Kinkaku et Ginkaku.

L’unité d’embuscade est poursuivie par le groupe d’invocations devant lesquelles elle a battu en retraite ; une unité de samouraïs dirigée par Mifune est en route pour leur porter assistance. Arrivé à proximité de ceux qu’il poursuit, Hanzô invoque sa salamandre, Ibuse, qui crache son poison. Au moment où Kankurô va être tué par Hanzô, Mifune s’interpose, et les samouraïs protégés de leurs masques mettent les ninjas à l’abris. Mifune explique à Hanzô qu’il s’est allié aux cinq grandes nations ninja pour protéger la paix, et engage le combat avec lui, tandis que Kimimaro et Chiyo affrontent les samouraïs. Pendant le combat, Mifune et Hanzô discutent de la paix et de la mort ; Mifune explique à Hanzô pourquoi leur sabre est si important pour les samouraïs, et lui fait se rappeler le jour où Pain l’a tué. Il lui révèle également l’avoir déjà affronté par le passé, Hanzô lui ayant brisé son sabre et fracassé le crâne ; poussé par ses convictions, Mifune parvient cette fois à briser le kusari-gama de Hanzô et à lui arracher son masque, après l’avoir empêché d’utiliser son ninjutsu par la rapidité de ses mouvements de iaidō. Hanzô se souvient de leur combat passé et de leur discussion sur les convictions ; voyant qu’il avait perdu les siennes, il se poignarde dans sa poche de poison, donnant l’occasion aux ninjas de le sceller, confiant à Mifune ses convictions retrouvées : apporter la paix.

Naruto est perturbé par le chakra de Kyûbi qu’il a ressenti à l’extérieur, et ne parvient plus à se concentrer sur son entraînement. Il cherche alors à sortir, mais est arrêté par un groupe de gardes menés par Shibi Aburame ; Iruka s’avance pour parler à Naruto. Il tente de lui mentir sur la raison de son isolement, mais Naruto force le passage en « mode sage » et traverse la cascade. Immobilisé par une technique du Clan Nara, il absorbe de l’énergie naturelle et ressent tout ce qui se passe sur les différents champs de bataille. Iruka lui explique alors qu’ils sont en guerre pour le protéger et protéger ainsi le monde ninja, mais Naruto décide de mettre fin à la guerre lui-même en repensant aux paroles de Nagato. Il tente de convaincre Iruka de lui faire confiance, mais celui-ci lui rapporte son bandeau protecteur et en profite pour l’entourer d’un sceau barrière. Utilisant le chakra de Kyûbi, Naruto brise toute étreinte et s’enfuit ; durant sa fuite, Naruto découvre un message glissé par Iruka dans son bandeau protecteur, lui disant qu’il n’a pu le retenir et a failli dans sa mission confiée par Tsunade, face à la détermination du jeune ninja ; il lui demande alors de revenir vivant, s’excusant de n’avoir pu le protéger. Quand Bee surgit à son tour de la cascade, Iruka lui supplie de protéger Naruto ; joignant son poing à celui d’Iruka, Bee comprend qui il est et l’importance qu’il a pour Naruto ; il part alors à la suite de Naruto pour l’assister et terminer son entraînement, malgré les ordres du Raikage. Ce dernier, au quartier général est furieux ; Tsunade s’assure alors que l’équipe, censée retenir Naruto sur l’île avec une barrière auto-régénérante à trente-six couches, que même un jinchūriki ne peut franchir, est prête. Bee se joint à Naruto pour attaquer la barrière ; on conjuguant leurs forces, avec un « orbe du démon » de Bee poussé par Naruto, ils traversent toutes les couches…

En poste d’observation durant la nuit, Neji tombe à cours de chakra et Kiba lui conseille d’aller à la tente médicale. Là-bas, malgré les contrôles à l’entrée, des jōnin médicaux sont assassinés ; après avoir été soigné par Sakura, Neji propose d’utiliser son Byakugan pour retrouver l’espion qui a été infiltré dans l’Alliance ninja, mais faisant semblant de rechercher le coupable, il assassine deux autres jōnin médicaux après leur avoir demandé où se trouvait Sakura. Pendant ce temps, cette dernière reçoit un ninja qu’elle a soigné qui lui donne une lettre d’amour ; lui expliquant qu’elle est déjà amoureuse de quelqu’un, elle le congédie et repense à Sasuke. Alors qu’il s’avère que le vrai Neji n’est pas allé à la tente médicale, le faux s’introduit dans la tente de Sakura ; il cherche à savoir où se trouve Shizune, la capitaine de l’unité médicale, mais quand Sakura lui dit qu’elle soigne Ton-Ton d’une entorse, le faux Neji fait une erreur en parlant de mains, pensant que c’est un ninja, ce qui permet à Sakura de le démasquer. Au moment où il s’apprête à la poignarder, elle l’écrase d’un coup de poing et s’aperçoit qu’il s’agit d’une transformation de Zetsu ; ce dernier lui explique que sa technique de transformation est très puissante et lui permet de prendre la forme et le chakra d’une personne, laissant comprendre qu’il y a sans doute maintenant beaucoup d’espions ayant pris la forme de ninjas de l’alliance dans leur camp. Sakura repense au rapport à propos de la fausse mort de Kisame face à Killer Bee et au Raikage et comprend de quelle manière fonctionne la technique de Zetsu.

Au quartier général, Shikaku reçoit de nombreux rapports d’assassinats, puis apprend par Sakura que plusieurs Zetsu blancs ont infiltré leurs troupes ; Ao et Mabui estiment que la situation est catastrophique. Shikaku se concentre et examine toutes les données de la guerre en sa possession pour chercher rapidement une solution avant le combat du lendemain, pour éviter que les ninjas de l’Alliance ne s’entretuent.

Face aux questions de A, qui souhaite savoir quand Tsunade a accordé sa confiance à Naruto, cette dernière se remémore sa première rencontre avec le jeune ninja et le pari qu’elle avait fait avec lui.

Le Raikage lui rappelle alors la première fois qu’ils se sont rencontrés, avant qu’elle ne devienne Hokage : en mission pour récupérer la technique secrète du Village du Cèdre et ayant été attaqués par des mercenaires du clan Norizaru, A et ses hommes s’étaient retrouvés dans le village ou Tsunade, accompagnée de Shizune, s’était arrêtée. Toujours tourmentée par les morts de Nawaki et Dan, la jeune femme s’endettait et dépensait tout en paris et saké, trompant les collecteurs de dettes pour pouvoir emprunter encore plus. Ayant perdu un de ses hommes, et un autre étant infecté par la technique du clan Norizaru, des insectes explosifs se nourrissant de chakra, le Raikage avait décidé de demander à Tsunade de le soigner. Cette dernière, ne souhaitant pas aider Kumo qui avait voulu voler le Byakugan de Konoha, l’avait défié au bras de fer, et alors qu’elle gagnait en force brute, A avait retournée la situation en reculant son bras et en utilisant sa vitesse pour la repousser.

L’escouade d’Omoï est attaquée par l’épéiste Ameyuri Ringo, utilisant les « Crocs de la Foudre » et a besoin de renfort. Les quelques survivants se rassemblent tandis que Kakashi, Gaï, Saï et quelques autres se dirigent vers les lieux. Celui qui prend le commandement, Nurui, décide de battre en retraite, mais Omoï pense à venger ses compagnons morts au combat. Alors qu’ils s’enfuient, poursuivis par Ameyuri, réputée pour n’avoir jamais laissé sa proie s’enfuir, Omoï décide d’engager le combat. Pendant que Gaï, Kakashi et leurs compagnons se hâtent sur les traces d’Ameyuri, Omoï engage un combat de sabre contre elle ; dominé, il décide d’utiliser une technique d’épéiste que Killer Bee lui a apprise, mais il est finalement mis à terre par son adversaire, qui le félicite pour sa pugnacité. Ameyuri le laisse en vie le temps de se débarrasser de ses deux compagnons, puis le prend à nouveau en chasse ; suivant le plan que Nurui lui a révélé, Omoï fait faisant semblant de fuir, et attire l’épéiste sur un terrain de sables mouvants recouvert d’une couche de terre ; lorsqu’elle utilise sa technique « Thunder Gate », la terre cède et elle est prise au piège. Kakashi, Gaï, et Saï arrivent à temps pour sortir Omoï des sables mouvants ; avant de disparaître, Ameyuri lui offre ses sabres pour le remercier du combat. Inoichi annonce à Kakashi et Gaï que Naruto et Killer Bee se dirigent vers le front et que le cours de la guerre va changer.

Gaara explique à son père qu’Akatsuki a extrait de lui le Shukaku, mais que Chiyo et ses amis l’ont sauvés. Il lui dit qu’il lui pardonne d’avoir tenté de le tuer, car devenu Kazekage, il comprend l’importance de protéger le village de Suna en toute circonstance. Le 4e Kazekage est très surpris d’apprendre que son fils a pu se faire des amis et devenir le chef du village ; il se souvient de la naissance de Gaara et de la mort de Karura, puis du test qu’il avait fait passer à Gaara enfant, en envoyant Yashamaru lui mentir en lui disant que sa mère ne l’avait jamais aimé, pour voir si soumis à une telle émotion, il pourrait résister à son démon, test qui avait échoué et abouti à la mort de Yashamaru. Le père de Gaara en avait alors conclu que son fils n’était que le produit d’une expérience raté et avait tenté de s’en débarrasser à plusieurs reprises.

Les ninjas de l’Alliance et les anciens kage s’apprêtent à reprendre le combat ; tant qu’ils peuvent penser par eux-mêmes, ces derniers donnent des conseils à leurs adversaires. Le sable de Gaara s’oppose à nouveau à la poussière d’or de son père, et Gaara parvient à piéger les kage tout en se protégeant, le sable prenant la forme de sa mère. Le quatrième Kazekage comprend que Karura est toujours vivante dans le sable de Gaara, et annonce au jeune homme que sa mère l’aimait et le protège depuis sa naissance. Faisant son mea culpa à propos de tout ce qu’il a fait subir à son fils, il lui confie le village de Suna avant de se faire sceller, lui disant qu’il l’a surpassé depuis longtemps.

L’unité fūton de Temari ne parvient pas à faire le moindre mal au 3e Raikage. Dodaï leur explique de quelle manière il est mort et l’étendue de ses capacités. Naruto arrive et parvient à frapper le Raikage de plein fouet avec un « Orbe Shuriken », mais ce dernier n’est pas blessé et attaque à son tour les ninjas de l’alliance, brisant les défenses avec sa « Lame de l’enfer ». Battant en retraite avec Naruto, Dodaï lui explique que le Raikage possède l’armure ultime et l’attaque ultime et pouvait affronter un démon à queues seul à main nues. Naruto remarque une cicatrice sur le torse du Raikage et demande comment il a été blessé, mais de son vivant, l’ancien chef de Kumo n’a jamais révélé à personne de quelle manière cet accident, survenu au cours d’un combat contre Hachibi, a eu lieu. Naruto tente alors de créer une « Orbe du démon », mais échoue ; Dodaï envoie le Raikage attaquer un leurre, et utilise ses compétences de ninja transmetteur pour mettre Naruto en contact avec Killer Bee. Hachibi explique à Naruto que le Raikage a été blessé quand ils sont tombés tous deux avec leurs techniques activées ; Naruto comprend alors que le Raikage s’est blessé avec sa propre attaque, seule capable de surpasser son armure. Lorsque ce dernier revient à l’attaque, Naruto utilise le Senjutsu pour esquiver son attaque et envoyer un « Orbe tourbillonnant » sur son bras, le rabattant sur la poitrine de son adversaire qui se transperce et peut être scellé. Dodaï en conclut qu’il est contradictoire d’avoir à la fois l’armure ultime et l’attaque ultime, et que l’armure du Raikage était plus faible que son attaque ; Pour Naruto, l’armure ultime est celle de Gaara.

À la suite de l’activation de leur technique, Jirôbô, Kidômaru, Sakon et Ukon et Tayuya disparaissent, laissant leurs adversaires dans un état de biostase. En attendant que le quartier général trouve une solution pour les tirer d’affaire, Ino tente de maintenir Shikamaru et Chôji en vie avec son propre flux de chakra, tandis que Shino fait la même chose avec l’aide de ses insectes pour Neji, Kiba et Akamaru. Kabuto, en voyant ses quatre pions disparaître, comprend qu’ils ont activé la « Technique du chambardement des enfers », qui transfère les âmes dans une dimension spéciale où elles peuvent se matérialiser ; n’ayant pas de corps à l’origine, les ninjas d’Oto y sont invincibles, tandis que les ninjas de Konoha sont dépendants de la survie de leurs corps. Après une rapide analyse de leur situation, ils passent à l’attaque, confiant le commandement à Shikamaru. Naruto se hâte, éliminant au passage les Zetsu blancs, et cherchant à entrer en contact avec le quartier général ; ce dernier a trouvé une solution pour ramener les âmes dans leurs corps respectifs, mais ils doivent localiser l’endroit de la barrière où elles sont prisonnières. À l’intérieure de la dimension spéciale, les ninjas de Konoha déploient des stratégies pour combattre leurs adversaires, mais ceux-ci expliquent que même s’ils les vainquent, ils ne pourront pas s’échapper, et finiront par mourir…

Un des clones de Naruto rencontre l’équipe de Karui en difficulté face à un rōnin réincarné par Kabuto nommé Tatewaki. Naruto le reconnaît, l’ayant rencontré trois ans auparavant durant une mission de kidnapping effectuée avec l’équipe 10, consistant à enlever un jeune daimyō retenu en otage, pour le ramener à sa nation d’origine dans le cadre de l’annulation d’un traité. Afin d’effectuer discrètement leur mission, Naruto et Chôji s’étaient introduits en tant que participants à un concours du plus gros mangeur, les finalistes étant invités à rentrer dans l’enceinte du château ; Tatewaki était alors le capitaine de la garde, chargé de la surveillance du jeune seigneur. Chôji s’étant qualifié, durant la finale, Ino avait envoyé son esprit dans le corps du jeune otage pour l’entraîner à l’écart et le remplacer par Naruto faisant illusion avec une technique de transformation ; Shikamaru avait ensuite forcé Chôji à ne terminer que second pour qu’il puisse gagner le grand panier d’osier nécessaire pour cacher le jeune daimyō.

Naruto dit aux autres d'éliminer Yota car seul le vrai était avec Naruto. Ils se souvenaient qu'ils avaient été sauver Yota mais en s'enfuyant dans la forêt ils étaient obligés de traverser la rivière et Yota mourut. Il leur dit qu'il était déjà mort et il s'en alla.

D’après le quartier-général, Omoï a abandonné son poste, et le Raikage se demande s’il n’a pas déserté. D’après Saï, il se dirige vers le 7e front où une unité de jeunes ninjas de Kumo est partie en renfort d’une unité de Kiri attaquée par deux mille zetru blancs. Omoï contacte le QG pour leur dire qu’il prend une heure pour aller aider les enfants, et un clone de Naruto lui est envoyé en renfort. En arrivant sur place, Omoï ne voit que des corps des ninjas de Kiri et est attaqué par un grand nombre de Zetsu ; Naruto arrive à temps pour le sauver, mais Omoï le touche par erreur et le clone se dissipe. À nouveau seul, Omoï progresse à travers les lignes ennemies et progresse dans un nuage toxique provoqué par les Zetsu, empoisonnés par le sol rouge de la région. Il finit par retrouver les enfants de Kumo, cachés dans une statue près d’un lac, et ils décident de faire une sortie. Ils viennent à bout de leurs ennemis, et Omoï est épuisé, mais le Raikage le contacte pour lui annoncer que l’heure est écoulée et que s’il ne revient pas très vite, il le punira lui-même.

Naruto et Killer Bee sont face à 6 anciens hôtes qui ont été équipés avec une pupille Rinnegan chacun. Fort de son expérience après avoir combattu Pain, Naruto trouve un plan pour stopper les Jinchuriki.

Petit à petit les forces Alliées Shinobi gagnent du terrain, cepedant de nombreux ninjas doute encore de la défaite de Madara Uchiha. Shikaku et Inoichi cherchent à instaurer et maintenir la cohésion de leur grande armée !

Tel un serpent, Kabuto essaie de s'immiscer dans les failles de Sasuke et Itachi, celles de leurs attaques, comme celles de leurs coeurs...

Grâce aux efforts de Sasuke et Itachi, le sort de Nécromancie perd enfin de son influence. Les morts peuvent reposer en paix... La guerre aurait-elle atteint un tournant décisif ?

Alors qu'il assiste impuissant à la mort de Lin, Obito sombre petit à petit dans un univers qui semble irréel... Madara l'aura-t-il emmené dans un monde de visions cauchemardesques ?

Démasqué, Orochimaru déserte Konoha et cherche à quitter le pays du Feu. Kinoe, agent double à la solde de Danzô, demande l'aide du clan Iburi afin de faciliter l'évasion du renégat.

Itachi a rejoint l'Anbu en tant qu'agent informateur double. En équipe avec Kakashi, il part pour sa première mission.

Comprenant que l’homme masqué n’était autre qu’Obito, son ancien compagnon qu’il croyait mort, Kakashi accuse le coup.

Mais il va vite se ressaisir sous l’impulsion de Naruto !

Retour sur la création de Konoha, né de l’alliance entre les clans Senju et Uchiwa.

Le retour de Sasuke semble avoir galvanisé les shinobis de Konoha. Les anciens Aspirants rivalisent de talent pour repousser les créatures engendrées par Jûbi !

Obito est devenu le Réceptacle de Jûbi et déploie une puissance inouïe. Mais sa conscience semble sur le point de sombrer..

Malgré l’arrivée des anciens Kage sur le front, la situation semble désespérée : le bourgeon de l’Arbre Divin est sur le point d’éclore. Mais voilà que Hashirama, par le biais de la télépathie d’Ino, va haranguer toute la coalition !

Voyant les troupes de la coalition galvanisées par Naruto, Gaara replonge dans son passé et repense à l’influence que le héros de Konoha a eue sur sa propre trajectoire.

Déchue de son rang au sein du clan Hyûga et remplacée par sa cadette, Hinata saura dépasser ses faiblesses et s’accomplir, en marchant sur les traces de Naruto.

Les candidats sont enfin parvenus à Suna. La veille de l’épreuve, la tension est extrême dans la salle où doivent manger les équipes. Quelles horreurs se tapissent donc dans le Désert du Mal ?

À la recherche d’un rouleau du Ciel, Kiba, Hinata et Shino vont tomber dans le piège d’un trio de shinobis aussi méprisables que redoutables. Une course poursuite s’engage alors entre ces candidats aux styles totalement opposés. L’esprit de corps de Konoha triomphera-t-il ?

Munis des rouleaux et presque qualifiés pour la 3e épreuve, Sakura, Ino et Chôji sont attaqués par une sinistre Marionnettiste et ses sbires... Son maléfice est des plus déroutants.

Pour tirer Gaara des griffes des conjurés, Neji décide de se ruer à sa rescousse sur-le-champ, quitte à mettre en péril la qualification de son équipe à l'examen...

Madara semble invincible. L'espoir s'éteint dans les rangs de la coalition quand Gaï se décide à jouer son va-tout en levant tous les Verrous Psychiques...

Naruto revient au village après une longue absence et Konoha-Maru, qui s'est décrété depuis toujours son rival, le supplie de lui enseigner une nouvelle technique. Mais le héros de Konoha n'étant pas le meilleur des pédagogues, le jeune Sarutobi va s'attacher à faire sien l'Orbe tourbillonnant avec de bien curieuses méthodes...

Après une longue absence au cours de laquelle il a suivi un entraînement spécifique, Naruto, apprenti ninja, revient à Konoha sa ville natale.

Avant d'être enfermée dans le cocon de l'Arbre Sacré, Karin se remémore la période de son enfance, et les moments qu’elle a passés aux côtés d’Orochimaru et de Sasuke.

Tsunade poursuit la lecture du roman de Jiraya. Les ennuies continuent pour les Genins envoyés par Minato. Alors que leurs maîtres ont disparu, se retrouvent en face à face avec plusieurs membres de l'Akatsuki, dont notamment le trio originaire du village d'Ame entrainé par le Sannin Jiraiya.

Sasuke et Sakura rejoignent leurs compagnons mais la marionnettiste Sasori apparaît et leurs bloque le chemin pour rentrer chez eux. Sasuke veut abattre les marionnettes et se précipiter pour faire son rapport au quatrième Hokage, mais Shikamaru et les autres ninjas insistent pour rester et sauver leurs maîtres.

La force de Naruto est désormais reconnue par l'ensemble de ses compagnons Genin, à part Sasuke. Mais alors que Naruto entretient une relation étroite avec son père, le père de Sasuke, Fugaku, compare constamment Sasuke à son frère aîné Itachi et lui prête à peine de l'attention...

Sasuke est finalement parti avec Orochimaru, mais Naruto n'est pas prêt de l'abandonner. Déterminé à ramener Sasuke, il retourne au village avec Shikamaru et les autres. Pendant ce temps-là, Yahiko apparaît dans le village, se faisant désormais appeler «Pain» et cherchant à se venger de la trahison de Konoha.

Itachi devient un Nukenin et rejoint l'Akatsuki. Il est accueilli et présenté par Pain et Orochimaru comme ancien ANBU de Konoha et l'homme qui a massacré tout son clan. Itachi fait équipe avec un homme nommé Juzo. Leur premier travail est de répondre à une demande d'assassinat au Pays de l'Eau.

Otsutsuki Kaguya émerge soudainement du corps de Madara. Elle est la mère de Hagoromo, le Sage des Six Chemins qui a confié ses pouvoirs à Naruto et Sasuke. Le pouvoir de Kaguya est immense. Elle envoie ainsi instantanément Naruto et Sasuke dans une autre dimension. Naruto et Sasuke sont les seuls à pouvoir sceller Kaguya. Mais ils ne parviennet pas trouver un jutsu qui fonctionne contre elle !

Avant de leur révéler son plan, le Sage des Six Chemins souhaite leur raconter son histoire personnelle. Cette dernière débute quelques temps après sa victoire contre sa mère Kaguya. Hagoromo décide de partir en voyage pour deux raisons : trouver une place pour les 9 Bijû qu'il a extraits de Jûbi et réparer les dommages effectués lors de son matricide.

Le combat final de l'équipe 7 contre Kaguya est sur le point de s'achever. Aidés par Kakashi au Sharigan et Sakura, ils parviennent à la sceller. Kakashi se souvient alors avec nostalgie des premiers instants avec ses élèves.

Enfant, Sasuke avait besoin de l'attention de son frère aîné Itachi. Sasuke et Itachi ont la chance de passer du temps seuls lorsque leurs parents sont absents. Pendant ce temps-là, Sakura est très timide et a tendance à passer son temps libre toute seule. Un jour, sa nouvelle amie Ino lui fait un cadeau.

Au lieu de retourner au village de Konoha, Sasuke part avec Chino et Nowaki pour enquêter sur la cause de l'explosion des humains. Pour trouves des informations sur le sujet, il décide de se rapprocher d'une ancienne connaissance, un certain Orochimaru...