在医疗部队帐棚区里的小樱跟静音，忙着治疗在战场受伤的众多忍者们。因为使用白眼过度而体力透支的宁次，也前来医疗部队求诊。但是，即使用查克拉彻底确认过进入帐棚区的人员，还是有伙伴陆续遭到暗杀。大家开始怀疑可能有间谍混入伙伴之中……。

打算阻止鸣人与杀人蜂的雷影与纲手，出现在鸣人与杀人蜂面前。雷影坚持鸣人若想离开，将动手杀了他。就在动手之际，杀人蜂挺身抵挡。当两人拳头互击后，杀人蜂质疑雷影为何还看不透自己的心思，这也让雷影回想起两人第一次碰面时的回忆……。

鸣人他们彻底回想起与尤塔之间的记忆。那是个悲伤的回忆……。在大家年纪都还小的时候，尤塔就与鸣人、鹿丸他们成为了好朋友，却因被怀疑是敌人派来的间谍，遭到村里的大人逮捕。鸣人他们也想尽办法救出尤塔，但意外发生了……

持续进行禁术研究的大蛇丸，其根据地被第三代火影·日斩踏入而陷入穷途末路。但日斩没有对昔日的学生大蛇丸下手，因而导致大蛇丸逃跑了。包括卡卡西在内的暗部则是被下达了追捕大蛇丸的任务。曾经暗中和大蛇丸共同研究禁术的团藏害怕事实被揭穿，于是让“根”的一名忍者前去帮助大蛇丸，而这名忍者正是卡卡西以前曾目击到的使用木遁忍术的少年……

小樱等人在沙漠中向着终点行进。小樱的查克拉由于接连的战斗而见底，于是一行人稍事休息。但，就在此时，砂忍所操纵的诡异的阿菊人偶出现在小樱等人的面前，他们也被敌方的忍者发现了。还没有恢复查克拉的小樱无法战斗。井野和丁次决定凭两人之力战斗，但砂忍们毫不留情地对三人发动了袭击！！

香燐等人到达了命悬一线的佐助身边。但佐助的身旁却站着一个神秘人物……。另一方面，阿凯赶到了与斑交战的卡卡西等人之处。对于获得了六道之力的斑而言，只有仙术或是体术造成的物理伤害才能奏效。在使用仙术的水门失去双臂、无法战斗的当下，使用体术的阿凯解放了八门遁甲，向斑发动突击！但，直到第七惊门的体术都对斑不起作用。于是，阿凯下定决心打开八门遁甲中最后的“死门”……。

佐助同大蛇丸离开了。但是鸣人并没死心。他下定决心一定会将佐助带回来然后和鹿丸他们回到了村里。另一方面，本应死在村里的弥彦却自称“佩因”出现了。为了向木叶复仇佩因发动了真·地爆天星，一个将整个村子包裹其内的结界中巨大球体从天而降。并且这个结界还会不断缩小最终引起大爆炸将村民全部杀死！更大危机向鸣人袭来！

黑绝突然贯穿了斑的身体。从斑处现身的大筒木辉夜。身为将力量分给鸣人与佐助的六道仙人·羽衣之母的辉夜无比强大，瞬间就将鸣人他们瞬移至了熔岩地带。虽说只有拥有六道之力的鸣人和佐助才能将她封印，但在辉夜强大的力量面前他们束手无策，二人还被黑绝抓住了。随后黑绝开始诉说关于辉夜的真相与这个世界是如何创立的。最终黑绝的真实身份是！？