A la Villa Oculta de la Hoja llega un mensaje urgente en el que se detalla el secuestro del Kazekage por parte de los Akatsuki. Tsunade no pierde el tiempo y ordena al equipo Kakashi que se dirija a la Villa Oculta de la Arena.

Sakura consigue contrarrestar el ataque de la arena ferruginosa de la marioneta del Tercer Kazekage. Sasori decide que está perdiendo el tiempo y usa su Universo de arena ferruginosa, que se extiende hasta envenenar a Sakura.

Naruto, con el Kyūbi activado en su interior, ataca a Orochimaru cuando éste comienza a hablar de Sasuke. El golpe de Naruto envía a Orochimaru a unos 50 metros de distancia. Yamato, Sai y Sakura, al igual que Kabuto, se sorprenden por ver tal poder y Kabuto felicita a Naruto de que se haya convertido en un gran Jinchūriki. Tras una cordial felicitación del propio Orochimaru, se ve como a través de su cara/máscara destrozada aparece el rostro de Gen'yūmaru, el joven cuyo cuerpo está utilizando Orochimaru a espera de poder hacerse con el de Sasuke.

Sai se sorprende al ver que Naruto, Sakura y Yamato entran en su habitación y comienzan a interrogarlo para saber que ordenes sigue con Danzō y para que quiere hablar con Orochimaru. El les dice que su misión fracasó en cuanto ellos entraron a la habitación y que Danzō planeaba unirse con Orochimaru para destruir Konoha y luego traicionar al sannin, Sakura le devolvió el libro de dibujos a Sai y le dice que gracias a este libro tiene un vínculo afectivo con su hermano y que por eso no puede evitar de demostrar sentimientos, a lo que el responde que este libro era para su hermano el cual luego murió estando enfermo casi terminándolo y desde ese día no recuerda que iba a dibujar en la pagina del centro. Yamato le revelo a Sai que el sabía que Sai pertenece a la rama Raíz del ANBU y que había tenido un entrenamiento especial como la Aldea Oculta de la Niebla a la cual Naruto recordó que pertenecía Zabuza. LLevan a Sai a fuera de la guarida y Sai le dice a Naruto que Sasuke no le importaba a él, pero Naruto le dijo que de cualquier manera traería de vuelta a Sasuke, incluso si lucha otra vez con Orochimaru.

Naruto sigue entrenando después de hacer el Taju Kage Bunshin no jutsu con el cual comienza a intentar romper una hoja. Mientras tanto un clon de Naruto sale a pedir consejo a otro usuario del Elemento viento, Asuma Sarutobi, quien le recomienda que tiene que afilar el chakra en partes muy finas como sus cuchillas. Tsunade se ve obligada a mandar a Sai, Sakura, Yamato y Naruto a una misión de rango B, mientras que el equipo de Asuma se dirige a otra misión. En los límites del País del fuego una aldea se encuentra destruida, cuatro Ninjas la observan desde arriba hablando de cómo cambiar el País del Fuego, su objetivo es deshacerse de Konoha, muchos serán los peligros que les aguarden, pero deberán estar preparados para destruir el mal.

Los ANBU atrapan a Danzō que quería escapar de Konoha a través de la Aldea de la lluvia, Sora confronta a Asuma, éste admite que si mató al padre de Sora, y éste, enfadado se lanza a por él con su garra de la muerte que ha tomado otra forma. Después, Naruto, que había estado observando, resulta herido mientras protege a Sora del ataque de un desconocido, probablemente miembro del "NE" Furiido le dice a Sora que debe matar a Asuma y a la quinta Hokage para tomar venganza. Sora lo intenta, pero Naruto lo detiene. Sora escapa cuando Shizune y otro ninja llegan para salvar a Naruto, pero este persigue a Sora. Es ese momento una extraña tormenta deja a Konoha sin luz.

Asuma ve la tumba de su padre y recuerda aquellos momentos en los que únicamente era un tonto, luego aparecen Hidan y Kakuzu quienes no son la pareja perfecta, Hidan enoja a Yūgito Ni y este saca a Nekomata su Bijū en dos colas y ocurre una gran explosión cuando ataca a Hidan, Naruto, Sai y Sakura se encuentran en el hospital, Kakashi regresa de su misión y le entrega los informes a Tsunade y esta dice que Akatsuki ha comenzado su movimiento luego aparecen nuevamente “los hermanos Muerte”, con el Biju atrapado pero Hidan está haciendo su ritual de Jashin, su religión, mientras Kakuzu prepara la siguiente misión; capturar al Kyūbi...

Kakuzu ataca a Shikamaru para que Hidan pueda escapar comienza la mejor parte cuando Asuma ataca a Hidan pero Kakuzu no lo ayuda por petición de el inmortal, Hidan crea una táctica para poder hacer su Ritual Jashin al igual Shikamaru recuerda que cuando jugaban con Asuma Shougi el odiba usar tácticas de sacrificio lo cual en ese momento intenta, en una distracción Asuma es perforado por la hoz de Hidan y este comienza su ritual pero Asuma usa su explosión para evitarlo.

En el instante en que Asuma cae al suelo, Shikamaru es también derribado, pero por sorpresa aparecen Choji, Ino, Aoba y Raido para ayudar. Hidan y Kakuzu son llamados por el líder para el sellado del Nibi. Asuma les da sus últimas palabras al sus alumnos y finalmente muere.

Shikamaru destroza el cuerpo de Hidan. Éste cae en un agujero que Shikamaru tenía preparado, y se dispone a enterrarlo vivo mientras es maldecido por Hidan. Mientras tanto, Naruto después de un intento fallido finalmente golpea a Kakuzu con su Fūton Rasen Shuriken destruyendo así dos de sus corazones.

Kakashi le da el golpe final a Kakuzu y todos regresan a Konoha. Shikamaru se encuentra con Kurenai en el cementerio, donde tras una conversación se da a entender que Kurenai está embarazada de Asuma. Tsunade, al ver las heridas de Naruto, le ordena a Kakashi que no permita que Naruto vuelva a utilizar su técnica, pues ésta le daña incluso a él y ni ella puede curarlo. Mientras tanto, en la guarida de Orochimaru, éste le ordena a Kabuto que llame a una misteriosa mujer llamada Guren.

El equipo de Kakashi llega para ayudar al equipo de Kurenai y recuperar a Hinata. Guren decide retirarse y va al punto de reunión con sus hombres en su base. Después de que Hinata es liberada, Kakashi dice a Sakura y Sai que permanezcan con ella hasta que ella este mejor, así los demás persiguen a sus enemigos. En la base de Guren, Kabuto llega y lleva a todos al lago de antes. Él ata con una correa a Yūkimaru a su máquina y Guren crea cinco pilares cristalinos alrededor de ellos. Cuando la máquina amplifica el chakra de Yūkimaru, la bestia de tres colas comienza a emerger.

Yūkimaru decae y el Sanbi ataca a Guren. Yūkimaru usa su poder para contener al Sanbi, pero agota su chakra y es incapaz de hacerlo. Guren deja su posición y protege Yūkimaru con un escudo de cristal. Naruto sale a buscar a Yūkimaru, pero termina luchando contra el Sanbi con Guren. A pesar de sus esfuerzos para derrotarlo, la bestia los domina, y luego procede a tragarlos. Mientras tanto, Kakashi, Shino, y Sai encuentran a Yūkimaru inconsciente y huyen con él, dejando frustrado a Kabuto.

La batalla continúa y Orochimaru utiliza el jutsu de cambio de cuerpo, pero Sasuke realiza un inversión. Kabuto al entrar a la habitación ve las serpientes de Orochimaru y a Sasuke, preguntándose quien es en realidad. Sasuke, a través de un Genjutsu, le muestra el final de Orochimaru. En ese momento Tsunade, Naruto, Jiraiya e Itachi ven el atardecer suponiendo la muerte del Sannin.

Konoha (equipos Kakashi y Kurenai) empieza la búsqueda de Sasuke e Itachi, el equipo de Sasuke (Hebi) también empieza la búsqueda de Itachi. Sakura y Karin se cruzan, pero no se dan cuenta, mientras que Naruto se encuentra con Kabuto (quién se implantó en su cuerpo, los restos de Orochimaru). Deidara y Tobi encuentran a Sasuke y va a dar comienzo a una gran batalla.

Jiraiya convoca a un sapo en un pergamino y habla sobre Naruto y sobre quien habría mandado al Kyubi, quien el Sannin revela que fue Madara Uchiha, el sapo no le cree ya que el Uchiha en ese tiempo no hubiera estado vivo. Jiraiya transformado en un ninja de la lluvia, va en busca de Pain, pero es visto por Konan.Konan se da cuenta que ha llegado y empapela al ninja e intenta rematarlo pero es suprimida por un Katon de su antiguo maestro. Este le pregunta donde está Pain, recibiéndo como respuesta que no es su tema. Pain aparece utilizando invocaciones pero son esquivadas por el Sannin, también pregunta que pasó con Yahiko, recibiéndo como respuesta que murió hace mucho tiempo. Pain habla sobre el dolor y de acabar una guerra sin sentido solo lo que un dios podría hacerlo, por eso reúne los Bijus. Jiraiya invoca a un sapo para dar inicio a la pelea.

Ha Terminado la batalla, Sasuke ha ganado. El equipo de Konoha se enfrenta a un complicado Tobi, quien puede evadir todo los ataques de sus rivales. Zetsu comunica Tobi que Sasuke ha vencido a su hermano y se dirije al lugar donde se perpetró la batalla, también va el equipo de Konoha.Zetsu le comunica también a Kisame y al equipo Hebi de la situación. Naruto se lamenta por la tardía llegada. Sasuke se despierta en la guarida de Akatsuki, Tobi se muestra como un Uchiha y desea contarle la verdad sobre Itachi. Sasuke activa repentinamente el Mangekyö Sharingan lanzando un Amaterasu a Tobi.Tobi cuenta que Itachi realizó esa batalla para salvarlo.

Al pasar de escena el tío de Hotaru la encierra en una habitación junto a los 4 ninjas que la persiguieron anteriormente, los ninjas le quitan un pergamino el cual según contiene el jutsu prohibido pero al abrirlo se dan cuenta que es falso. Hotaru escapa de ahí hacia el bosque. Los ninjas la persiguen en el bosque pero al alcanzarla Utakata la rescata y tiene una breve pelea contra los ninjas, después Hotaru despierta en una burbuja en el cielo; al bajar Hotaru le dice maestro a Utakata pero se molesta recordando lo que le hizo su sensei hace un tiempo, de un momento Hotaru le enseña a Utakata algo en su espalda para que la comprenda y Utakata se sorprende cuando unos ninjas rastreadores de la Aldea de la Niebla lo atacan atándolo pero Naruto entra en acción para salvar a Utakata.

Naruto entrena con los sapos, para lograr el Senjutsu, pasando por muchas dificultades, Naruto está confiado que hará lo mejor de si mismo y le pone mucho entusiasmo. A Naruto se le entrega un libro, el primero escrito por Jiraiya y los recuerdos hacen llorar a Naruto. Akatsuiki que está sellando al ocho colas se dan con la sorpresa que Sasuke fue engañado, saliendo solo un tentáculo, ante la risa de Zetsu.

Pain se enfrenta a Kakashi, Kakashi utiliza el Raikiri pero es replegado por una extraña fuerza invisible. En la lucha aparece otro Pain -Camino de los Demonios- que muestra su verdadera apariencia ante Kakashi, Pain atrae a Kakashi hacia su otro "camimo" pero cuando ya ha sido atravesado por el arma que lleva este, se revela que era un clon de rayo. Al campo de batalla llegan Chōza y Chōji, Kakashi les pide ayuda para derrotar a Pain, que utilizando un ataque padre e hijo no pueden contra el poder de Pain, utilizando cadenas logran detener a Pain, pero este utiliza su habilidad, logrando deshacerse de los 3 ninjas. Pain decide rematar a Kakashi con un clavo y se retira. Chōji llora porque su padre ha sido derrotado para salvarlo, Kakashi despierta y le dice que vaya con la Hokage. El cuerpo del "Camino de los Demonios" que aún vive, saca de su cuerpo un misil dirigido a Chōji, pero es detenido por el Mangekyō Sharingan de Kakashi, Sin conocimiento, Kakashi recuerda que no puedo proteger a las personas cercanas a él. Katsuyu le dice a Tsunade que Kakashi ha muerto.

Naruto ha derrotado a cuatro caminos de Pain, quedando solo dos, Pain utiliza el Bansho Ten'in atrayendo a Naruto, y cogido por Gakidō que puede absorber todo su chakra. Pero Naruto utiliza la fuerza natural convirtiendo a Gakidō en una estatua. Pain utiliza su Bansho Ten'in contra Fukasaku, asesinándolo. Pain le habla sobre la paz y la justicia y como es su deseo de obtenerla, es así que el formó Akatsuki para obtener los poderes de los Bijūs y encontrar la paz; el deseo de Nagato.

Naruto derrota al último Pain con un fuerte Rasengan y decide ir solo a buscar al verdadero Pain, Nagato. Mientras tanto, Sakura logra sanar a Hinata y Katsuyu les comunica que Naruto ha derrotado al sexto Pain. Inoichi, Shikaku y otro ninja van tras Naruto, quien los convence para que le dejen marchar solo a por el verdadero Pain. Naruto usando el modo ermitaño logra ubicar el lugar donde se encuentra Nagato; Naruto recuerda y Nagato habla; Nagato dispara una lanza impactándole a Naruto. Naruto logra soportar el ataque, quitándose la lanza, se va contra Pain recordando a su maestro, se detiene y le dice que desea escuchar su historia.

La técnica utilizada por Nagato, revive a todo los aldeanos y ninjas muertos durante su invasión. Nagato antes de morir confía en Naruto, quien podrá cambiar el mundo ninja. Konan se lleva los cuerpos de Yahiko y de Nagato, dándole a Naruto unas flores de papel en señal que deja los sueños de ellos dos a él. Naruto regresa a Konoha siendo recibido por todos los aldeanos como un héroe.

Nekobaa necesita la huella de un gato especial llamado Nekomata para terminar su colección de huellas de patas de los animales. Los tres genin se infiltran hasta pelear con los gatos del lugar, Sasuke pelea contra Nekomata cayendo en un genjutsu. Sasuke logró liberarse, pero la fuerza del Gato lo superaba. Pero el Uchiha no se rindió, teniendo éxito en la misión.

Naruto y Sakura tienen la misión de ser "las niñeras" de Naho, a los que ella rechaza porque desea que Sasuke la cuide, ya que previamente él la había salvado. Naruto tiene que cuidarla trasformado en Sasuke, ya que éste ha ido a una misión con Kakashi. Naruto y Sakura tienen que enfrentarse a algunos criminales, a los que no logran vencer hasta que el verdadero Sasuke llega para aliviar las cosas.

Sakura encuentra a Naruto y le confiesa que lo ama, pero Naruto no cree en sus palabras por lo ocurrido en el pasado. Mientras ella se retira decide ir por Sasuke sola. Mientras en la reunión de Kages todos están de acuerdo en proteger a los dos Jinchūrikis que restan; al mismo tiempo uno de ellos, Killer Bee, empieza una batalla contra Kisame que ha llegado a su encuentro.

Naruto ha llegado al lugar de la pelea entre Kakashi y Sasuke, Naruto le reclama la actitud que este tiene, pero Kakashi le recuerda que ya no es el mismo. Kakashi intenta atacar de nuevo a su ex-alumno, pero es detenido por los clones de Naruto y este haciendo un Rasengan logra impactar con el Chidori de Sasuke, envolviéndolos en una esfera de luz, Naruto recuerda la similitud de sentimientos y emociones con Sasuke.

Ino, Chōji y Sakura son enviados a una misión para recolectar algunas hierbas ubicadas en una isla, ayudados por un mapa y también por Naruto van en busca de ello, pero también deben confrontar con algunos ninjas de Benisu.

Naruto tiene que obedecer las demandas de sus sombras que se han rebelado contra el. Al final, resultó ser solo un sueño de Naruto, ya que cuando estaba discutiendo con sus clones, la polea del mástil se rompió y le iba a caer encima, pero uno de los clones, el cual estaba durmiendo, se percató de la polea y empujó a Naruto, salvándolo del golpe.

En una reunión de Kakashi con Tsunade, llega una tortuga de ayuda de parte de Guy, mientras él recuerda su rivalidad con Kakashi cuando eran más jóvenes y las interminables batallas que tuvieron, antes Yamato había contado que había un ninja que copiaba la apariencia sino también su chakra.

Konan utiliza el "Kami no Shisha no Jutsu" con el cual casi acaba con Tobi detonando 600 billones de Sellos Explosivos causando una inmensa explosión que duraría unos 10 minutos pero no puede derrotarlo ya que ha utilizado el Izanagi para confrontar la potente técnica, Tobi vence a Konan. Una vez acabada la pelea va en busca de Nagato y se lo lleva, mientras que la ex-Akatsuki recuerda los momentos finales con sus amigos de Amegakure y Jiraiya. Ahora que ha llegado la información de Kisame, con atavío distinto y Kabuto de aliado, Tobi se prepara para la captura del Kyūbi.

Sasuke abandona Konoha en busca de poder a través de Orochimaru, Naruto y su equipo de Gennin van en su búsqueda y se van enfrentando con los cuatro del sonido los cuales van cayendo uno a uno, Naruto alcanza a Sasuke en el valle del fin, tras hablarle y no querer regresar empiezan a luchar utilizando todo lo que tienen al final Sasuke se marcha con Orochimaru y los Gennin son llevados a Konoha

La división de Kakashi se encuentra con viejos conocidos, Zabuza y Haku interviene como en el país de las olas es atravesado por el Raikiri del ninja de Konoha, lo que este recuerda las palabras de Naruto y como , los shinobis recuerdan la batalla que tuvieron en el País de las Olas cuando Tazuna terminaba el puente, donde ganó el ninja de Konoha. Los dos resucitados por el Edo Tensei explotan su máximo poder y atacan a sus rivales ayudados por otros dos ninjas, Gari y Pakura, la pelea ahora se complica por la niebla liberada por Zabuza y ante eso Kabuto invoca mediante Gari y Paku a los siete espadachines de Kirigakure en medio de la división de Kakashi.

Sakura ha sufrido una caída e Ino la auxilia y la lleva a la aldea cuando Sakura despierta no recuerda absolutamente nada a excepción de un collar de cerezo. Ino pide ayuda a los once de Konoha para tratar de que se recupere Sakura se acuerda de ellos en cierta medida: a Kiba como un amante de los gatos, a Shino como amante de las plantas pero no de sus insectos, Hinata se viste de forma indecente y una personalidad rebelde, Rock Lee y Neji son atados a un poste para no asustar a Sakura y Shikamaru y Chōji como niños pequeños, Sakura al ver a sus padres comienza a llorar al final ella se desvanece diciéndole a Ino que no es la Sakura que conoce

Hinata, Kiba y Shino entran a una cueva y se encuentran con unos Zetsu blancos los cuales le tienden una trampa con explosivos. Sabiendo que la especialidad que tiene Zetsu de copiar la imagen del rival absorbiendo el Chakra; hace que cree un dilema entre los shinobis pero Shino logra descubrir al Zetzu y acabarlo.

El Raikage cuenta como fueron atacados por el grupo Nokizaru mientras que Tsunade analiza lo que paso, lo cual deben curar a Karai, Tsunade prepara todo para salvarle la vida peo antes de que empiece pide a Shizune que lo cure pues no ha superado su fobia a la sangre y dice al Raikage que ella también ha perdido a personas importantes en su vida, Shizune logra extraer el bicho y salvarlo.

Naruto y killer Bee se encuentran con Nagato e Itachi, todos empiezan a hablar, Kabuto al ver lo que pasa obliga a los dos miembros de Akatsuki a pelear Naruto contra Nagato y Killer Bee contra Itachi, Nagato invoca a Cancerbero y un ave gigante mientras que Itachi decide usar su Mangekyo Sharingan entonces de la boca de Naruto sale un cuervo con un Mangekyo Sharingan en su ojo izquierdo, Naruto recuerda como Itachi le dio ese "poder" que esperaba no utilizarlo, Itachi conecta su Mangekyo con el del cuervo, así se libera del Edo Tensei y con el Amaterasu quema a Cancerbero, el ave gigante y a Nagato. Kabuto se sorprende de lo que Itachi ha hecho, Naruto le pregunta que ha pasado e Itachi responde que el ojo del cuervo es de Shisui Uchiha quien poseía el Genjutsu más poderoso de todos logrando liberarse de Kabuto. Mientras que Nagato recupera el color de su cabello y ataca a Naruto y Bee.

La división medica está ayudando a los shinobis heridos, en otro lugar Kabuto que con el Edo Tensei resucita a Hayate Gekko el ninja de Konoha, este se pregunta donde esta y por que ha resucitado. Kabuto le explica lo que está pasando, entonces recuerdan los exámenes Chunnin tres años atrás, y cuando Hayate descubre el plan de la aldea de la arena con el sonido y como murió a manos de Baki. Los Ninjas médicos sellan a los shinobis caídos con habilidades especiales para que el enemigo no los resucite. Entonces aparece Hayate con otros dos shinobis los cuales roban el pergamino para entregárselo a Kabuto, la división medica tratan de detenerlos pero huyen, se forma entonces un grupo de ninjas que son: Sakura, Io, Yozake y Yugao los cuales salen en su búsqueda para detenerlos.

Kabuto decide ir a recuperar a los mejores shinobis los cuales ya fueron sellados tales como el tercer Raikage y Toroi usuario del Jiton, por lo que envía peones los cuales recuperen los cuerpos. Pero la alianza al enfrentarse a ellos descubren que son débiles y no son gran amenaza, Kabuto recuerda como Orochimaru le platico acerca del Kuchiyose Edo Tensei no jutsu y la finalidad de tal jutsu, hasta tal punto que Kabuto quiso ser mejor que Orochimaru y empieza a revivir a shinobis poderosos pero a su vez cometiendo graves errores. La alianza sella a todos los peones revividos quedando solo Torune miembro de raíz de Konoha.

Naruto utiliza sus clones y el Grupo de Grandes Esferas Girando en Espiral contra el ataque de Madara el cual logra controlar, pero Naruto queda sin chakra y teme desaparecer. Ōnoki le habla a Madara acerca de las guerras anteriores y del dolor y sufrimiento que han causado, pero afirmando que se dirigen a la paz verdadera ya que las naciones han madurado lentamente por lo que Madara responde que la paz se lograra bajo el Tsukuyomi Infinito. En el cuartel de la alianza Tsunade pide a Mabui preparar el Jutsu: Transferencia Celestial asumiendo los riesgos que pueda tener, el Raikage también pide ser llevado a la batalla. Shikaku le informa a la Mizukage que se reunirá con los demás Kages con el Jutsu del Dios Trueno Volador del Cuarto Hokage, así los cinco se reúnen con Gaara y Ōnoki, donde el Raikage y la Mizukage atacan juntos a Madara quien se ve obligado a usar su Susanoo, mientras que Tsunade cura al Tsuchikage, pero Madara contraataca sin éxito pues los Kages usan jutsus en cooperación para defenderse y atacar. El Raikage y Ōnoki logran golpear a Mū y destrozar el Susanoo de Madara, así Naruto pide ser incluido en la batalla pero los Kages le encargan el Segundo Madara pues ellos derrotaran al verdadero y le transmiten sus ultimas palabras: ¡Gana!. Mientras que el verdadero Naruto y Killer Bee finalmente se encuentran con Tobi y los demás Jinchūrikis.

Tsunade libera su sello donde inspira valor y persistencia a los demás Kages los cuales atacan a Madara, pues ella ha heredado el poder de Hashirama, a lo que el Uchiha responde que no lograran ganarle, mientras que Choza y dan mantienen una charla donde alega que no lograrán ganarle pues el único capaz de hacerlo fue el primer Hokage. Tsunade los golpea y Gaara utiliza el sello que uso contra el segundo Mizukage, pero este resultó ser un clon, y Tsunade es atravesada por el Susanō. Por otra parte Itachi finalmente llega a la guarida de Kabuto donde piensa detener el Edo Tensei a lo que este alega que el jutsu no tiene puntos débiles y no puede matarlo pues Kabuto es el único capaz de detener la técnica, seguidamente Sasuke hace su entrada y le pregunta a Kabuto que es lo que está pasando, a lo que este responde la razón por la que la guerra se inició, capturar al Kyubi y al Hachibi y completar el Tsukuyomi infinito. Mientras que la batalla de los Kages continúa y Tsunade logra salvarse del Susanō pero Madara crea cinco clones de madera por cada Kage, la charla entre Itachi, Kabuto y Sasuke continúa donde Itachi detendrá el Edo Tensei pues el riego del jutsu es el mismo Itachi a lo que Sasuke se le une formando un nuevo equipo pero Kabuto libera sus serpientes preparándose para luchar.

Naruto en su modo Bijū ataca con todo a Tobi, pero este sigue usando el Kamui, mientras que Kakashi distraído piensa en la posible persona que puede ser y con ayuda de Guy, Tobi lanza Shurikens gigantes pero Naruto las repele todas, como alternativa despide unas estacas para suprimir el poder de los Bijūs, pero Naruto usa los clones de sombra y Kakashi lo teletransporta, Mientras que el otro clon usa la Bijūdama, para protegerse del impacto Tobi se refugia en su otra dimensión, pero en ese lugar Naruto con su Rasengan el cual gracias a Kakashi, finalmente logra destruir la máscara de Kakashi, Después del impacto los recuerdos de Obito Uchiha son revelados de cuando se presentaron al examen Chunnin con Kakashi, Rin y otros de aquella generación, finalmente se muestra la misión de destruir el puente Kanabi donde este supuestamente había perdido la vida tras rescatar a Rin y obsequiarle su Sharingan izquierdo. De vuelta en la guerra Kakashi y Guy atónitos de lo que ven se preguntan como es que este sigue vivo. Mientras que Obito explica que su odio contra Kakashi es por la muerte de Rin y que pronto el mundo estará bajo el dominio del Tsukuyomi, sin más este lanza el Rakufū Rambu pero es repelado por las colas de Kurama, en ese momento Madara llega a la batalla donde la situación se complica aún más.

En la Fundación, Kakashi conoce a un chico que usa Wood Style, un jutsu que solo el Primer Hokage Hashirama era capaz de usar. Kakashi va a la biblioteca del Tercer Hokage Hiruzen para buscar respuestas y descubre registros sobre las células de Hashirama.

Itachi es asignado como el líder de los ANBU a la edad de trece años, mientras que el Hokage es informado de que alguien ha estado pasando la barrera que rodea la aldea, por lo que envía a Kakashi al distrito Uchiha a investigar que pasa, una vez allí con Guy se dan de cuenta de la desconfianza del clan Uchiha. Por otra parte Itachi le informa a Danzō todo lo que el clan pretende hacer, entre eso el inminente golpe de estado, Itachi logra hablar con Tobi (Obito) para que le ayude a acabar con todo el clan a cambio de que Itachi se una a Akatsuki, después de llegar al acuerdo y lograr su cometido Itachi se convierte en un ninja desertor. Pasado algunos días el Hokage le pide a Kakashi abandonar a los ANBU y entrar a ser supervisor en la academia ninja.

Hashirama relata como fue que conoció a Madara, donde su primer encuentro con él fue a la orilla de un río, donde eran aún muy jóvenes, allí ellos dan a conocer únicamente sus nombres, tras encontrar un cuerpo flotando en el rió del clan Hogoromo, Hashirama decide marcharse, al llegar con los suyos descubre que algunos miembros del clan Senju han caído entre ellos uno de los hermanos de Hashirama llamado Kawarama de siete años de edad, todos caídos por miembros del clan Uchiha, Hashirama frustrado alega hasta cuando seguirán las luchas entre los clanes, allí es golpeado por su padre ya que sus ideales no son dignos de un shinobi, después de ello, Hashirama y sus hermanos se cuestionan si en verdad será posible un verdadero acuerdo entre los clanes, pero al poco tiempo Itama otro hermano de Hashirama es asesinado por el clan Uchiha, después de ello Hashirama se reencuentra con Madara donde le cuenta lo sucedido, a partir de ese momento se siguieron encontrando y se fueron haciendo amigos sin saber a que clan pertenecían, allí ellos prometen fundar la aldea en donde los niños no mueran en vano sino que vivan en paz, una aldea en donde los clanes vivan en paz. Hashirama al volver con su clan se reúne con su padre donde descubre que ha sido vigilado por Tobirama y que Madara es del clan Uchiha, su padre le ordena seguir a Madara y obtener información del enemigo.

Part 1 of a special two-part extra edition! The townspeople are going about their daily business on the streets of the Leaf Village when someone suddenly appears and starts sending them flying!

Obito sigue recordando su pasado, en donde Minato los recomienda para realizar el examen Chunnin, tras decidir hacerlo, Obito, Kakashiy Rin deben superar la primera prueba que es el examen escrito, donde tras no saber ninguna respuesta, Obito recibe ayuda de Rin, así logra aprobar, ahora deberán luchar en grupo en el bosque de la muerte y así pasar a la siguiente ronda, Obito quien llega en el último momento se prepara para el combate donde es vencido por Guy, sin embargo Obito sigue entrenando sin cesar, hasta la tercera fase del examen donde nuevamente es vencido, tras verse frustrado observa como Rin le da ánimos a Kakashi. Tras terminar el examen Kakashi se convierte en Chunnin, Obito quien se marcha recibe ánimos de Rin puesto que ella lo está observando, es así como al siguiente año Obito logra ascender a Chunnin, pero se entera que Kakashi ahora es Jonnin, después de ello, Minato los somete a un entrenamiento muy real donde Obito es herido por una shuriken en su mano izquierda, tras fingir que esta bien, Rin le dice que no debe ocultarse puesto que ella los está observando. De vuelta en el presente, Naruto le dice que fueron esos lazos con sus amigos lo que le permitió no dejarse consumir por el Jūbi, es entonces cuando Naruto le dice que no debe seguir ocultándose.

Los candidatos al examen chunnin llegan a Konoha, donde seguidamente todos se registran para participar. Shikamaru es el sensor de la primera prueba que es escrita, donde a diferencia de los exámenes anteriores divide a los integrantes de cada equipo en salas distintas, una vez todo listo Shikamaru explica en que consiste el examen, cada miembro deberá responder una pregunta de un total de tres, donde al final el resultado tendrá ser de cien puntos exactos por equipo, tras saber esto los participantes descubren que cada aula esta completamente sellada, impidiéndoles comunicarse, por lo que todos empiezan a analizar la situación y buscar maneras de lograr comunicarse entre sus compañeros para solucionar el examen.

La pelea entre Rock Lee y Shira finalmente comienza, donde ambos luchan con todas sus fuerzas, aun cuando Lee se libera de sus peas es golpeado constantemente, y la situación se complica aún más ya que Shira golpea sin emitir ningún sonido, por lo que a Lee le cuesta esquivarlo, en un intento por tomar el control de la batalla Lee intenta usar las ocho puertas pero no puede ya que Shira ha bloqueado sus puntos de chakra, tras ser golpeado Finalmente Lee puede usar las ocho puertas pero en su estado solo pelea usando la cuarta puerta, Shira al verlo usa su propia versión de las ocho puertas donde a diferencia de Lee él puede manipular perfectamente su respiración, tras luchar al máximo por un rato finalmente Shira cae rendido ya que sus heridas aun no sanan del todo, Shira se alegra de haber podido conocerlo y no lamentar nada en su vida.

Un equipo de la aldea de la arena logra percibir que el equipo de Ino esta cerca por que deciden vigilarlos, mientras que Sakura, Ino y Chouji siguen su camino siguen su camino, son atacados por un escorpión gigante, Chouji usa su jutsu para contrarrestarlo sin éxito, Sakura finalmente lo vence al golpearlo con su fuerza, después de ello, Ino cura la mano de Sakura y en ese momento empieza a recordar sus entrenamientos en el pasado en especial el jutsu secreto de su clan, pero en ese entonces al ver que Sakura también entrenaba ninjutsu medico decide intentarlo, Tsunade decide hacerle una prueba en donde deberá devolverle la vida a un pulpo, y tras meses de intento Ino logra revivirlo, una vez superada la prueba Ino conoce los motivos por los cuales Sakura entrena e Ino reconoce que ella también tiene su lugar en el equipo diez.

Obito le pide a Sakura destruir el Rinnegan izquierdo de Madara antes de que este lo recupere, puesto que si obtiene ambos ojos el poder de Madara se incrementara y nadie podrá detenerlo, Sakura la cual esta nerviosa apunta su kunai frente al Rinnegan y cuando está a punto de destruirlo Madara aparece e impide que lo destruya lanzando la estaca pero Obito logra regresarla a tiempo a donde están Naruto y los demás, cuando Sakura regresa rápidamente atiende a Kakashi tras perder su Sharingan, pero Naruto logra darle un ojo nuevo con sus poderes. Kakashi al ver a su equipo reunido nuevamente recuerda las metas de cada uno. En la otra dimensión Madara que tiene inmovilizado a Obito le revela que él fue quien manipulo a los shinobis de Kirigakure, y posteriormente la muerte de Rin, todo fue planeado con el fin de llevar a Obito a la oscuridad, y continuar con el legado de Madara quien además alega que Obito hizo exactamente lo que el quería y que ahora solo le falta recuperar el ojo izquierdo. Poco después Madara vuelve de la otra dimensión junto con Obito y Zetsu, Madara ahora cuenta con ambos Rinnegan y lo que es peor cuatro sombras que lo rodean, Sakura que decide ponerse a la cabeza ataca a Madara sin éxito rápidamente es salvada por Naruto y Sasuke, en ese momento Madara decide no perder más tiempo y ejecutar de una vez por todas el Mugen Tsukuyomi, para ello se eleva lo más alto posible y ejecuta el Chibaku Tensei como distracción para Naruto y Sasuke, rápidamente Sasuke usa el Susanō para destruir la mayor cantidad de meteoritos posibles al igual que Naruto, sin embargo parece ser tarde pues Madara abre un tercer ojo en su frente que se refleja en la luna anunciando que el Mugen Tsukuyomi ha comenzado.

El Mugen Tsukuyomi esta por iniciar, Ōnoki y los demás shinobis siguen luchando contra el usuario del Mokuton el cual les sigue causando problemas, pero repentinamente la técnica Mokuton Shin sushenju se detiene, los shinobis pronto se empiezan a dar cuenta que la luna se torna extraña, Sasuke se percata rápidamente que en contados instantes el Genjutsu iniciara por lo que rápidamente regresa donde están Naruto y los demás una vez allí los cuatro se cubren con las alas del Susanō, en ese momento la técnica de Madara inicia donde la figura de Kaguya se puede apreciar a continuación la luna empieza a brillar como si fuese el sol e ilumine a todo el mundo shinobi, Madara ahora usa el Mokuton para crear troncos gigantes que desprenden hebras que envuelven a todos los shinobis quedando como capullos, los hokages empiezan a notar que los ojos de todos se tornan como si fuesen Rinnegan tras mirar a la luna, además de quedar inmóviles, pero los kages revividos no son afectados por la técnica, el Zetsu que está controlando al usuario que puede realizar el Mokuton se marcha y revela que era a Yamato quien estaba dominando, Naruto y los demás que están protegidos gracias al Susanō esperan a que la luna deje de brillar. Yamato que está confundido por lo que está sucediendo recuerda como fue capturado por Kabuto, el tercer Hokage intenta calmarlo pero Yamato cae en el Genjutsu. En ese momento se ve a Yamato en Konoha el cual debe atrapar a Kabuto que secuestro a Kakashi, donde al final lo logran con ayuda de Naruto, Sakura, Sasuke y Sai, pero se descubre que está bajo el efecto de la técnica de Madara al igual que todos el mundo, los kages que aun no entienden lo que está pasando solo pueden observar como el Tsukuyomi infinito atrapa a todo el mundo.

Luego de rescatar a los niños, el equipo 10 y el equipo Jiraiya toman caminos distintos y Shikamaru se une a Kiba dejando a Shikamaru como líder, quien decide avisar al cuarto Hokage sobre la situación y reencontrarse con los otros equipo para rescatar a los sensei. Mientras en la otra dimensión, el hombre enmascarado le muestra a Naruto y Neji la última decisión de su padre Hizachi por decidir salvar la aldea y al clan, acusando a Konoha de un sistema que no va a cambiar a pesar de ir pasando de generación tras generación, y al no haber ningún cambio decide atacar a Konoha e insta a Neji acompañarlo. Por otra parte Jiraiya llega al escondite de Orochimaru.

Sasori revela a Hidan que el experimento de Hizashi de hace tres años antes perjudicó a Akatsuki, el cual no los llevó a nada. Aun así, tras el desafortunado accidente que provocó Deidara con una de sus bombas, la cual acabó con la vida de Yahiko y la destrucción de la aldea donde se encontraba el equipo Jiraiya, logró ser aprovechada para culpar al Hokage Minato, dando este suceso el nacimiento de Pain, quien planea atacar Konoha. Por otra parte, Naruto aún continúa la persecución a Sasuke, y Raíz tratando de detenerlos a como de lugar. Rock Lee y TenTen detienen a dos de ellos para que los demás logren alcanzar a Sasuke.

Itachi acompaña a Shisui como compañero de ejercicio, por lo que van por un pergamino con las instrucciones de esta, el primer ejercicio es ubicar a cierto objetivo rastreando sus pasos. A pesar de que Itachi tiende a encontrar pistas, Shisui termina dándole lecciones en cada detalle. Al llegar a un río y luego de pasarse la puesta de sol, Shisui da inicio al segundo ejercicio el cual es acampar. Mientras comen, Itachi le revela a Shisui que ha despertado el Sharingan, pero son interrumpidos por los choques de unos Kunais, por lo que Shisui da inicio al tercer ejercicio. Shisui observa que un ANBU es atacado por desconocidos, al intentar socorrerlo nota que los tres atacantes son de Raíz, quienes acusan al ANBU de traicionar a la aldea. Shisui les pide pruebas de dicha traición, pero se niegan y deciden matarlos a todos. Itachi logra derrotar a una de Raíz con su Sharingan de dos aspas, mientras que Shisui derrota a los otros dos. Al verse derrotados, huyen del lugar sin antes amenazarlos. Al lugar llegan más ANBUs quienes se hacen cargo del ANBU herido, mientras que Shisui carga en su espalda a Itachi al lesionarse en batalla. Años después, Itachi se úne a ANBU.

Hagoromo ha logrado dominar el poder sabio y se dirige donde Kaguya para discutir con ella sobre la tradición del Shinjuu. Kaguya lee la mente de Hagoromo y rehúsa detener la tradición del Shinjuu, enviando a Hamura poseído por la voluntad de ella para atacar a Hagoromo, pero agoniza por un ataque de Hagoromo, quien a su vez Hagoromo despierta el Mangekyo y el Rinnegan, aunque utiliza el poder sabio para curar a Hamura. Kaguya despierta el poder del árbol del Shinjuu en el Juubi, quien rápidamente ataca a Hagoromo quien utiliza el poder de Susano, varios meses después ambos logran sellar a Kaguya en el Chibaku Tensei, el cual termina por convertirse en la luna. Luego dividen el poder del Juubi en nueve bestias, las cuales Hagoromo criaría para que estas confíen y ayuden a las personas. Hamura recibió los pensamientos de Kaguya cuando era poseído por ella, por lo que decide estar cerca de ella viviendo en la luna. Sin embargo, Zetsu quien nació de la última voluntad de Kaguya, tuvo como único objetivo revivirla, al no poseer un poder significativo, decidió utilizar a las personas para obtener los elementos necesarios para revivir a Kaguya. Zetsu necesitaba al Shinjuu y el Tsukuyomi Infinito, el Shinjuu se había convertido en el Juubi el cual luego se dividió en las nueve bestias con colas, los cuales fueron dispersos por todo el mundo tras la muerte de Hagoromo. Para el Tsukuyomi necesitaba a un usuario del Rinnegan, y solo un Uchiha descendiente de Indra con las células de un descendiente de Ashura, ambos hijos de Hagoromo, conseguirían el poder del Rinnegan. Miles de años después, Zetsu conseguiría a un usuario del Rinnegan gracias a su manipulación a la tabla de la salvación de los Uchiha hecha por Hagoromo, la cual terminó por instar a los Uchiha a intentar despertar el Rinnegan y usar el poder del Tsukuyomi. Madara Uchiha consiguió el poder del Rinnegan luego de morder el brazo de Hashirama y usando el Izanagi cuando fue derrotado por este, implantó las células del brazo de Hashirama en sus heridas despertando el Rinnegan, invocando a la estatua demoníaca la cual es el esqueleto del Juubi sin fuerzas y a la vez soltando accidentalmente a los Zetsus blancos, creyendo Madara que eran su creación por una astucia de Zetsu negro. Zetsu llevó a crear a Akatsuki para crear la guerra shinobi, y guió a Kabuto a encontrar el cadáver de Madara para que Obito se viera obligado a colaborar con este y así llevar todos los sucesos de la cuarta guerra shinobi según lo planeado por Zetsu.

Hagoromo finalmente decide que Ashura será el sucesor del Ninshu, ante esto los presentes quedan sorprendidos, Indra exige una explicación de por qué el no fue el sucesor, Hagoromo le explica que debido a que como Indra realizó todo el trabajo solo, los aldeanos se pelearon por el agua y la aldea desapareció, mientras que Ashura decidió trabajar y aceptar la ayuda de los demás para solucionar el problema. Indra se retira junto con dos de sus seguidores los cuales quedan inconformes con la decisión de Hagoromo. Esa noche en la aldea se realiza una pequeña celebración, pero Ashura decide hablar con Hagoromo sobre su decisión, Hagoromo le explica que debido al poder del Sharingan de Indra, este ya no comprende a las personas, por lo que ya no sabe el significado del Ninshu, Hagoromo al ver que Ashura no había cambiado le confía su poder. En ese momento sucede una explosión a las afueras de la aldea, se trata de Indra el cual ha despertado el Susanō, furioso nuevamente exige saber porque no fue el sucesor del Ninshu, Hagoromo le explica que la base del Ninshu recae en el amor y de comprender los corazones de los demás mas no en el poder, sin embargo Indra cree que los débiles deben someterse ante el poder, Ashura trata de convencer a su hermano de que se detenga, pero todo es en vano ya que Indra activa el Mangekyo Sharingan y tras ello logra formar al Susanō perfecto. Ashura ataca al Susanō pero sus ataques no tienen efecto alguno, Hagoromo le pide a los aldeanos unir sus fuerzas y acatar al tiempo pero ni aun así logran hacerle daño, Indra decide acabar con todos con la espada de Susanō y en ese momento Ashura logra proteger a todos gracias a las Godou Damas, ahora Hagoromo le pide a todos ayudar a Ashura uniendo sus corazones, como resultado Ashura recibe el Chakra de todos y así realizar el Mokuton: Shin Shusenju, con el cual logra obtener la victoria. Años más tarde Hagoromo, que está a punto de morir, le confía todo a Ashura, ya que Indra no descansara hasta acabar con el Ashura y el Ninshu. Hagoromo termina su relato diciendo que las almas de sus hijos posteriormente siguieron reencarnado y luchando, el odio creció más y más. Ahora el sabio les pide a los Hokages que deben ayudar a Naruto y Sasuke.

Shikamaru busca su regalo para la boda, no quiere que sea algo tan simple como dinero y concluye que les regalará una romántica luna de miel. Sin embargo, para estar seguro, necesita escuchar la opinión de una mujer por lo que le pregunta a Temari, quien confunde sus palabras como si la estuviera llevando en una luna de miel. Sakura e Ino quieren dar el mismo marco para fotos como su regalo, por lo que se enfrascan en un concurso gastronómico en el que Choji será el juez, la ganadora podrá regalar el marco. Choji piensa que ambos platillos son exquisitos, inmediatamente después de probarlos entra en shock y Sakura piensa que Ino envenenó la comida, por lo que prueba lo elaborado por Ino, mientras que ella hace lo mismo con el platillo de Sakura, ambas se dan cuenta que sus preparaciones son exquisitas y las hicieron pensando en el sabor favorito de la otra. Choji se recupera explicando que su crisis fue debido a una sobredosis de azúcar; al final, cambian de opinión y deciden que como piensan de forma muy similar, buscarán juntas un regalo mucho mejor. Mientras, Temari se da cuenta del malentendido y se molesta con Shikamaru.