やっとのことで追い詰めたものの、禁術を使い致命傷を免れたマダラに衝撃を受ける小南。そのときふいに、奇跡のような光景が目の前に広がる。やむことのなかった雨隠れの雨がやみ、美しい虹が現れたのだ。それを目にした小南の心に、再び希望がよみがえる。　平和な世の中を目指して戦い、死んでいった仲間たちの思いを受け継ぎ、つないでゆけるのはナルトしかいないと考える小南は、その妨げになるであろうマダラを葬り去るため、さらなる戦いを挑む。

ナルトを守り抜いた土影たちだったが、ヤマトが敵の手に捕らえられてしまう。外の事が気になり始めるナルトだが、ビーの機転により、尾獣のチャクラコントロールの修業に集中し始める。

一方、マダラの居場所を突き止めた忍連合軍は先手を打つため、各部隊に召集をかけ大勢の忍たちを一つの場所に集結させる。マダラ率いる“暁”も大量の白ゼツを用意し、手だれの忍たちを穢土転生で蘇らせ戦いの準備を進めていた。

準備の整った、忍連合軍と“暁”。ついに、第四次忍界大戦の戦いの火蓋が切られようとしている…！

穢土転生部隊との戦いを繰り広げる奇襲部隊のカンクロウやサイたちの前に蘇ったサイの兄シンが立ちはだかる。傀儡使い同士カンクロウはサソリと戦い、サイは不死身のシンの体を利用したデイダラの爆弾攻撃にかつてない怒りを見せる。戦いのさなか、サイの絵を見て少年時代を思い出すシン。幼い頃から生活を共にさせ兄弟のように育ててから、最後に殺し合いをさせて感情を殺す「根」のシステムの中で生きてきたサイとシンの過去が語られる。

海沿いの戦場ではダルイ第一部隊と数百もの白ゼツたちがダルイの放った嵐遁の術を合図に一斉に戦いを始める。無数のクナイが飛び交う中、大量の白ゼツに紛れて蘇った木ノ葉の忍ダンや日向ヒザシ、アスマたちが襲いかかってくる。かつて知り合いだった者や因縁のある者同士チョウザはダンとアスマを、日向ヒアシは日向ヒザシを迎え撃ち戦場が混沌と化していく中、さらに追い討ちをかけるように最強最悪の大罪人、金角銀角兄弟が立ちはだかる！

ナルトが外に出てきた事を知ったマダラがついに動き出す…！戦場ではダンを結界に閉じ込める事に成功。さらにヒザシや角都も打ち倒す事ができ封印するだけの状態となった。そして何百もいた白ゼツもいよいよ残り１人となり忍達を勝利のムードが包み込む。が、しかしその戦場に静かに現れたマダラの口寄せの術により突如巨大な外道魔像が姿を現す。恐るべき力で大地を踏み砕き激しい衝撃で大地を削りその場にいる忍たちを次々と吹き飛ばしてゆく。

キバ、シノ、ヒナタ達のいる部隊にも白ゼツが現れた。部隊の周囲には結界が張られ簡単には侵入できないはずだが、近くの炭鉱で結界が漏れている場所があるらしい。そこへ探索に来たキバたちは侵入してきた白ゼツに襲われ、戦いで起こった爆発によりはぐれてしまう。何とか無事再会した三人であったが“この中にニセモノがいる可能性がある”というシノの言葉によりお互いを信用できなくなったキバたちは、再び別々に行動することになってしまう。

雷影の部下・カライが敵の忍術により命の危機に陥ってしまった。早く治療しなければ爆発してしまうが、アマイの医療忍術では治す事ができない。部下を見捨てる事のできない雷影は、この街にいる医療のエキスパート・綱手に助けを求め、腕相撲でお前が勝ったら協力するという申し出に雷影は見事勝利した！雷影に協力する事になった綱手だが“軒猿衆”の術でやられたと聞いて驚愕する。綱手は血液恐怖症。果たして、部下を無事救う事ができるのか…！？

戦場へと進むナルトとビーの前に、穢土転生体であるうちはイタチと長門が現れた！九尾の力をコントロールするナルトの姿に成長を感じる二人だが、カブトの術により戦闘を始めてしまう。サスケが今どうしているのかナルトに確認しつつも強力な口寄せや写輪眼を駆使し、圧倒的な力で二人を追い詰めるイタチと長門。戦いながら改めてナルトにサスケを託そうとイタチが決意した瞬間、万華鏡写輪眼が発動してしまった。その時、ナルトの体に異変が起こる。