为了完成“爪印大全”这本书，佐助等人接受了猫婆婆的委托，去采集掌控猫界的大人物·猫又的爪印。猫又住在难以攻克的山寨里，还有忍猫负责保护，为了潜入猫又的身边，鸣人他们所采取的神秘对策竟然是……

鸣人的成长让他与佐助的关系更加紧绷。为了不妨碍任务的执行，于是纲手指派他们负责不同的任务。鸣人与小樱执行护卫诸侯亲戚的工作；佐助与卡卡西则是去侦查入侵火之国的忍者动向。但在进行侦查时，他们却意外发现了一个计划……

在听到宣战布告之后，五影们便推举雷影为领导者，同时组成了忍者联军。并决定立刻向诸侯报告。就在这时候，小樱一行人来到了鸣人他们在铁之国投宿的旅馆前面。小樱表明有重要的事情要对鸣人说，但内容却让鸣人大吃一惊……

接收来自风影一行人的情报后，卡卡西等人也决定了接下来该如何采取行动，然而一连串的变故，让鸣人因过度呼吸而倒下。就在此时，佐助与敌人段藏展开了对峙。佐助想要确认当年命令鼬杀光宇智波一族之事，到底是不是真的。

不习惯搭船的阿凯出现严重晕船的情况，于是众人决定先到附近的无人岛休息，正巧在岛上遇见前来执行采集药草任务的小樱等人于是鸣人决定在阿凯休养的期间，帮忙小樱他们完成任务，但是药草却早就被红州的商忍们采集一空。

为了与暴风雨奋战，鸣人动员影分身帮忙处理大量的工作，在一直得不到休息的情况下，分身们决定要绑架鸣人，要求改善工作环境与待遇。面对鸣人被俘的状况，大和、青叶与阿凯这些上忍们，只好展开救援作战……

航程最后的补给地就在眼前，船行至此虽然可以暂时放心，但最近有种连查克拉都能拷贝的变身之术，于是大和还是慎重地提醒大家不可掉以轻心。就在当天晚上，阿凯在半梦半醒之际，竟然看到了本该待在木叶村内的卡卡西。

小南本以为终于把斑逼入绝境，没想到斑竟利用禁术避开致命伤，此举让小南倍受冲击。但是，如奇迹般的光景在眼前展开。从来没停过的雨忍者村的雨停了，美丽的彩虹随之现身。目睹这一幕的小南心中，再次燃起了希望。小南认定只有鸣人能够延续死去伙伴的想法，为实践世界和平的目标而战，为了除掉一心阻碍的斑，小南再度展开猛烈的攻击……。

两人之间宿命的轨迹，就在这里。

　　漩涡鸣人与宇智波一族最后残存的族人佐助相遇，从小没父母的自己，觉得佐助的遭遇和自己很相似，而对他产生了某种的亲近感。两人之间拥有强大的牵绊，从相处时的相吸相斥进展成彼此互相认定为自己的对手。

　　但是，因内心怀抱着某个重大目标并渴望力量的佐助，眼看着因不知名力量逐渐苏醒变强的鸣人，觉得自己屈于劣势并感到焦躁。然后，在看透他内心黑暗面的大蛇丸的诱导之下，佐助决意离开木叶村。为了拉回坠入黑暗深渊的重要伙伴，鸣人前往终末之谷。

小樱突然现身空中，并且往下坠落，被刚好经过的井野出手相救，然而小樱却因为坠落的冲击，丧失了记忆。虽然把大家都忘了，朦胧之间却仍然还有些模糊的印象。村子里的伙伴们得知后，决定一起唤醒小樱脑海中仅存的模糊印象，没想到……？

白绝也出现在牙、志乃、雏田所隶属的部队里。部队周围的结界，似乎出现了漏洞，三人在搜索途中却遭到袭击，后来还在战斗中遭到爆炸波及。事后虽然平安再会，但志乃表示三人中有人遭到冒充的可能性相当高，彼此也因此出现不信任感……。

雷影的部下·辣，因为中了敌人的忍术而性命垂危，但光凭甜的医疗忍术实在束手无策。无法抛下部下不管的雷影，向刚好也在附近的纲手求助，双方后以比腕力的方式来决定是否替辣治疗，结果雷影打败了纲手！患有血液恐惧症的纲手，最后能顺利解救雷影的部下吗……？

因秽土转生而复活的鼬与长门，出现在一路赶往战场的鸣人与杀人蜂面前！两人看到鸣人已能控制九尾力量的模样，明显感受到鸣人的成长，却因为兜的术，随即开始了战斗。鼬急着从鸣人口中确认佐助的现况，却又不断地攻击鸣人……。

木叶的前暗部·卯月夕颜与早已身亡的中忍考试的监考官·月光疾风曾经是一对恋人。夕颜已辞去暗部的职务，现在是在医疗部队里帮忙。另一方面，疾风因为秽土转生之术来到兜的身边。然而，就在双方不知道彼此的情况下，疾风对医疗部队的帐篷展开攻击……。

药师兜手中的棋子因忍者联军的反击而锐减，于是打算夺回被封印的秽土转生体。为了达到目的，将当时与大蛇丸搜集到的失败作也秽土转生了出来，以数量的优势向忍者联军发动攻击。生前担任段藏护卫的斗留音，也以秽土转生之姿复活……

斑的力量远远超过了想象。不少的忍者被打倒，就连大野木都身负重伤。鸣人也因耗尽查克拉而陷入无法再凭一己之力战斗的状态。忍者们都丧失了战意，但大野木却仍不打算放弃，他为了在这场战斗中取胜换来和平而重新站了起来。鸣人和我爱罗被大野木的姿态震撼而拼尽全力准备再战，但他们面对的却是斑那毫不留情的冷酷攻击。就在几乎陷入绝境之时，纲手和雷影如同疾风一般现身，当今的五影终于全员集结在同一个战场之上！

纲手施展了只有自己才能使用的禁术·百豪之术，向强敌·宇智波斑挑战。而雷影、大野木、水影、我爱罗等五影也紧随其后合力发动攻击。但，五影虽然发动了几乎将斑封印的猛攻，纲手却因遭受到出乎意料的攻击而受到致命的伤害。另一方面，鼬查出了兜的所在之处，与兜进行了接触，并且在那里与佐助会合了。为了阻止秽土转生之术，鼬与佐助VS兜的战斗开始了。

面具男的能力并不是“穿透”，而是将身体的一部分移动至时空间，看起来就如同是穿透一般。不仅如此，这时空间还与卡卡西“神威”的时空间相连。面具男否定了现实，也否定了鸣人受到托付之物；与此相反，鸣人与九尾为了证明自己受到托付的事物，而以全力发动攻击。此时，鸣人的螺旋丸将面具男的面具炸裂，面具男的真实身份终于明朗化！！

加入了暗部养成组织“根”的卡卡西，目击到了能够使用只有初代火影·柱间才会使用的木遁忍术的少年。为了查明真相，卡卡西侵入第三代火影·日斩的书房，在那里发现了有关“柱间细胞”的资料，并且知道了现在还有人继续着这种研究、以及村内多次发生儿童诱拐事件这些事实。而就在此时，“根”似乎将要实行日斩暗杀计划。身为“根”一员的卡卡西到底是否会执行这个任务呢？

那个使宇智波一族被称为“悲剧的一族”的惨剧之夜，正在临近——。

就在宇智波一族发动政变的时机即将到来之际，卡卡西拜访了宇智波一族居住的区域。卡卡西感觉到了和以前来访时有所不同的一种闭锁性的、禁止一族以外人士靠近的异样气氛。而在那里，可以不受怀疑来往于村子和一族之间的鼬，在暗中进行情报调查的期间掌握了宇智波一族企图发动政变的决定性证据……

那是柱间还是孩子的时候。在名为“村子”的系统并不存在、一族之间互相争斗的时代中，柱间与斑相遇了。柱间认为这个让孩子们死去的忍者世界是错误的，并梦想着能改变世界，但没能得到墨守成规的大人们的理解。在残酷的时代相遇的柱间与斑，互相隐藏了自己的真实身份，谈论着关于未来的话题，两人开始拥有了同样的想法。之后，同样梦想着改变忍者世界的两人，决定建立一个不会让孩子死去的集落……

一小时的番外篇特别篇！

　　那是鸣人为了习得风的性质变化而在木叶忍者村中修行的时候。众多的人们在村中的道路上往来，形成一片人山人海。但，村里的人们却一个接一个被不知道什么人吹飞了。有事件发生吗！？听闻此事的小李等人赶往现场，却发现对手是拥有足以让宁次陷入苦战的高强实力的人。到底对手是什么人？是大蛇丸的手下吗？还是说是“晓”派来的新的刺客？面对突然袭击村子的恐怖，鸣人究竟会……？

带土在与斑对峙的同时，回想起了和卡卡西相遇时的事。那还是两人年幼的时候——。“我绝对会帮助同伴。那就是我的行事作风。”曾经这么说过的卡卡西，不知从什么时候开始，就变得以冷酷地执行任务为优先了。即使在同伴忍者之间，卡卡西的评价也很差。卡卡西是在父亲的死影响下改变的，但带土并不知道这一理由，总是和卡卡西闹矛盾。这样的两人被分配到了水门班，并开始执行第一次的实战任务。

小樱自带土的异空间返回，在与斑交战的战场上，卡卡西所率领的第七班成员聚齐了。鸣人等三人仍然和幼年时没什么两样，虽说是在战斗中却开始争吵。看到这一情景，卡卡西回想起了第七班初次集合时的事情。之后，卡卡西让鸣人等人回忆起夺取铃铛的最初的任务，面对集齐了双眼轮回眼、获得更进一步力量的最强最恶的敌人——斑，第七班以团队合作展开激烈的交锋。