綱手の顔岩が増えた木ノ葉の里では、下忍へと成長した木ノ葉丸軍団が担当のエビスの元、Ｄランク任務にいそしんでいた。「こんなショボイ任務じゃやる気が出ない」と駄々をこねる木ノ葉丸に、昔のナルトの姿を重ね合わせ苦笑するイルカ達。そんな折、木ノ葉の門をくぐる人影があった。その人物こそ自来也との長き旅を終え、大きく成長したうずまきナルト本人だった！！「みんなー！　うずまきナルトが帰ってきたぞ――っ！！」

お待ちかね。血沸き肉踊る『ナルト疾風伝』いよいよ開幕！

過酷な道行きに備え、それぞれ束の間の休息をとるガイ班とカカシ班。チヨバアはまどろむナルトに幼い日のサソリの面影を重ねる。追跡再開の道中、ナルトの我愛羅への入れ込みようを不思議がるチヨバアに、カカシはナルトが人柱力であることを説明。他国から砂隠れを守るためとはいえ、自ら進んで我愛羅に守鶴を憑依させたチヨバアは、己の過去の過ちを悔い、これから成すべき事に思いを巡らせる。一方その頃、暁による『封印術・幻龍九封尽』は完成の時を迎えていた。薄れゆく我愛羅の意識は白い光の中に飲み込まれていき――。

ヒルコからサソリを引きずり出す事に成功したチヨバアとサクラ。しかし驚いた事にサソリは二十年前と変わらぬ風貌をしていた。

絶句するチヨバアだが、次いでサソリが引き出した第二の傀儡の姿に更に驚嘆する。それは歴代最強と謳われた、三代目風影の人傀儡だった。十年以上前の風影失踪事件の黒幕はサソリだったのだ。

事実を知り、三度までも風影を手にかけた孫への怒りにチヨバアは身を震わせる。

一方その頃、砂隠れではカンクロウとテマリを始めとする忍達がある場所を目指していた。

遂に訪れるスパイ拘束の日。かねてよりの作戦通り、サソリに変化したヤマトが待ち受ける中、姿を見せる暁のスパイ。だがなんとその正体は薬師カブトだった。驚きを隠せないナルト達だが、更にそこにカブトを尾行してきた大蛇丸が突如参戦し、怒涛の急展開に突入する！

さすがに焦りをにじませる隊長ヤマト。想定外の窮地に陥るカカシ班の運命と任務の行方は――！？

ダンゾウの目的が「大蛇丸と組んでの第二の木ノ葉崩し」と知り戦慄するナルト達。暴走の後遺症が残るナルトの身を案じるサクラだが「大蛇丸相手にチャンスは二度ない」とのヤマトの説得を受け、早速追跡を開始する。しかしサクラの脱落により程なく追跡休止を余儀なくされるカカシ班。実は九尾化したナルトから受けた傷は思いのほかサクラを苦しめていたのだ。一方、分身ヤマトの追尾に気付いた大蛇丸一行は追っ手をまくために、同行のサイを使ったある手段に出るが――。

サイに課せられた本当の任務が「サスケ暗殺」だったと知り、愕然とするカカシ班。サイが見せた笑顔を本物と信じたいナルトだが、芝居の可能性も否定できない。一方その頃、サイはサスケのもとに辿り着いていた。暗殺か救出か…根の者であるサイが選んだ結末とは――！？アジトの一部を崩壊させながら、交戦に突入するサイとサスケ。そしてチャクラの気配を手繰りサイのもとに駆けつけたナルト達は、遂に悲願だったサスケとの再会を果たすのだった。

隠し墓を襲った謎の男、フリドとの戦闘になだれ込むソラ。ソラの人並みならぬ力を賞賛し、「天から授かったその力の使い道を考えるべきだ」と諭すフリドは、自分がソラの父の旧知であることをにおわせて姿を消してしまう。一方、ナルトは不可思議な術を操るくの一フウカ相手に苦戦を強いられていた。全ての属性を操り、致命傷を受けてなお立ち上がるフウカに絶体絶命の危機に追い込まれるナルト。そこに駆けつける助っ人とは…。

暁を追い、蟻の這い出る隙もない包囲網を敷く木ノ葉達。しかし一考につかめぬ足取りに、ツナデの苛立ちはつのってゆく。一方その頃、アスマ班は無残に壊滅した火ノ寺に到着していた。地陸の遺体だけが見当たらないことから、暁の目的は地陸にかかっていた賞金ではないかと推測するアスマ達。早速、木ノ葉に伝令を走らせ、自分たちは近隣の換金所に向かう事にする。その頃木ノ葉では、休憩の為一楽を訪れたナルトにかつてない事態が襲い掛かっていた。

ナルトの新術の威力に驚くイノとチョウジ。角都もまた本能的にナルトの術の危険性を察知するが、発動時間の短い新術は角都に当たる手前で消滅してしまう。手の内がバレた以上、ナルトの新術で角都を倒すのは難しいと判断する仲間たち。しかしナルトは自分の更なる成長の為、もう一度やらせて欲しいと懇願する。その真摯な気持ちに折れる仲間たちだが…。ナルトの新術を避ける為、遠距離タイプに形態を変化させる角都に、ゼロ距離で当てなければならない『風遁・螺旋手裏剣』は届くのか？

大蛇丸を倒したサスケは水槽に捕らわれていた男――水月に自由を与える。しかし水月は、自分と一緒に来るようにとのサスケの申し出を簡単には受け付けない。しかしサスケがかつて百地再不斬を倒した小隊に属していたと知る水月は、その刀の所在に興味を持ち「自分が再不斬の大刀を手に入れられたら、サスケに付いてもいい」と条件を出すのだった。かくして再不斬の大刀入手の為、波の国を目指す二人だが――そこには思わぬ事態が待ち構えていた。

イタチによって左目を奪われたサスケだが、それはすべて万華鏡写輪眼による幻術であった。力ずくで『月読』を破ったサスケは、ダメージを受けたイタチに怒涛の反撃を開始する。サスケの成長とセンスに驚愕するゼツ。しかしイタチは更なる強力な忍術『天照』でサスケを迎えうつ。チャクラの限界を超えた凄絶な勝負に憔悴してゆく兄弟。その時、サスケの中ではある計画が進行していた。

里の復興の為、必要な忍具を調達しに「木ノ葉忍具研究所・分室」を目指すテンテンとネジ。人里離れた山中にある施設を目指す二人は、かつて研究所を訪れたときに起きたある事件の事を懐かしく思い出す。当時、怪我の治療の為任務につけないリーの代わりにナルトを加えた三人一組で研究所に赴いたテンテンとネジは、風変わりな忍具研究者イオウとその助手ショウセキに迎えられるが…。

自主練を終えた帰り道、岩に張られた奇妙なお札を発見するナルト。深く考えずに剥がして帰るが、その晩寝ていると、枕元に男の幽霊が現れる。ビックリするナルトだが、幽霊のほうも自分がお化けになっている事に驚いている様子。なんと幽霊は記憶喪失だったのだ。お札に残っている文字から幽霊の名が「寄介」である事はわかったが――。一方その頃、木ノ葉の里では新たな警備網を実現すべく、重大な会議が行われていた。

九尾の力をコントロールするため、自らの精神世界で戦いを繰り広げるナルト。それを現実世界で見守るキラービーとヤマトは、ナルトに現れた変化に焦りを隠せないでいた。憎しみの塊である九尾の影響を受け、一度はおさえ込んだはずの「闇」の感情が再びナルトの心の中に甦ってきたようなのだ。

その頃、精神世界では、キラービーたちの予想通り、ナルトが「闇」の感情に支配され始めていた。必死で抵抗するナルトだが、憎しみや絶望の感情は徐々にナルトを飲み込んでゆき……。

だがそのとき、ナルトの前に思いがけない人物が現れる。

敵の手の内を読み反撃に出ようとするカカシたちだが、カブトの穢土転生の術により歴代のどの忍よりも強いとされる者から選ばれた霧隠れ忍刀七人衆が出現し暴れまわる！カカシ小隊にも犠牲者が出る中、過去に決着のついたはずの再不斬と白との無意味で悲しい戦いに終止符をうつため、そして想いをぶつけあった彼らの死に様を守るため、カカシは決死の作戦をたて完全に意識を縛られた再不斬と白に挑み、かつての戦いの光景が再現される。

いの、シカマル、チョウジたちの目の先には忍連合の忍と戦うかつての師・アスマの姿があった。アスマの元部下でありアスマの事なら誰よりも知っている猪鹿蝶に一番勝機があると見たシカクは３人に過酷な指令を下す。アスマが命を落とした時の最後の言葉を思い出し戦う覚悟を決める３人。いざアスマと対峙し再会を懐かしむ間もなく戦闘が始まり果敢に挑むが、覚悟が鈍り攻撃する事ができないチョウジはかつてアスマと組手をした事を思い出す。

夜を迎え、第五部隊の侍たちが見張るカンクロウの傀儡の中にデイダラは捕らえられたままだった。捕虜となったデイダラと交渉するため訪れた黒ツチにより、デイダラはかつての戦いでサスケが死んでいない事を知らされる。それにショックを受けたデイダラは、侍に扮した白ゼツの協力により傀儡から逃げ出す。デイダラを追いかける黒ツチ、ミフネ、カンクロウ。だが、さらなる超究極芸術を完成させるため、逃げるデイダラの目の前に意外な人物が現れる。

白ゼツが紛れ込んでいるかもしれないという疑念の中、休息をとるシカマルたち。一方、違う戦場では戦いを続けているネジやキバ。その離れた戦場で同時に意外な敵の忍が現れた。それはかつてのサスケ奪還任務の時、追いかけるナルトたちを阻止するべく立ち塞がった強敵・音の四人衆！カブトの穢土転生の術によって復活したのだ。かつてシカマルやネジたちを恐ろしい力で窮地に追い込んだ因縁の音の四人衆。彼らが復活したその目的とは一体何なのか！？

マツリたち救出に向かった我愛羅は謎の法師に襲われ尾獣を縛るチャクラの鎖に捕らわれてしまう。大砂嵐は収まるが、我愛羅の消息が掴めないため混乱する砂隠れの里。フギの目的はその混乱に乗じて我愛羅の中にいる尾獣を引き抜くこと。そして、尾獣を抜かれた人柱力は死ぬという特性を生かし我愛羅の命を狙うと同時に危険な尾獣を封印することだった。一方、同じ人柱力であるフウは我愛羅の危機を感じ取る。そして中忍試験を投げ出して我愛羅救出へと向かう！