En la Villa Oculta de la Hoja, el equipo Konohamaru ha sido ascendido a Genin y participa en misiones de rango D. Entonces, una figura atraviesa las puertas de la villa. ¡Es Naruto que ha regresado de su largo entrenamiento con Jiraiya!

Chiyo lamenta haber sellado a Shukaku, el espíritu de arena, en el interior de Gaara y decide cambiarlo. En ese momento, los Akatsuki completan el Jutsu de sello: Ilusión de nueve dragones y Gaara es envuelto por una luz blanca.

Chiyo y Sakura logran exponer a Sasori, quien sorprendentemente no parece mayor que veinte años atrás. Pero aún más sorprendente es que su siguiente marioneta es la del Tercer Kazekage, el ninja más fuerte en la historia de la Arena.

Naruto, Sakura y Sai se preparan para interceptar al espía que Sasori tiene infiltrado entre los hombre de Orochimaru. Entonces, Yamato usa su técnica y se convierte en Sasori. Cuando el espía llega el puente todos se llevan una gran sorpresa al descubrir que se trata de Kabuto, el subordinado de Orochimaru. Mientras tanto, Orochimaru, que los estaba espiando sin que estos se diesen cuenta, aparece de repente atacando a Kabuto el cuál estaba hablando con Yamato (camuflado como Sasori). Kabuto se pusó al lado del falso Sasori y lo atacó de repente la marioneta se rompió y de ella salió Yamato. Orochimaru le reconoce y además le pide que llame a los tres que lo acompañan y que estaban ocultos. Orochimaru, se sorprende al ver a Naruto y Sakura, acompañados por el sustituto de Sasuke, Sai. Finalmente Naruto, enfadado, nota como el Kyūbi comienza a despertar en su interior.

Naruto, Sakura y Yamato se dan cuenta que Sai es un traidor y que Danzō quiere destruir Konoha con ayuda de Orochimaru para después el ser Hokage. Naruto se desmaya, Yamato dice que deberían dejar a Naruto y que el regrese a Konoha por su cuenta. Yamato dice que no pueden perder la oportunidad de seguir a Orochimaru, entonces Naruto decide quedarse con ellos, pero con la advertencia de Yamato que si Naruto los retrasa tendrían que dejarlo atrás. Orochimaru y Kabuto hacen una trampa con una copia del cuerpo muerto de Sai. Naruto, Yamato y Sakura empiezan a buscar a Orochimaru, cuando el clon de Yamato encuentra la trampa de Orochimaru. Naruto, Sakura y Yamato están persiguiendo a Orochimaru cuando Sakura de repente al agarrarse a un árbol se cae a causa de la herida que le hizo Kyūbi. Naruto le pregunta a Sakura quien la había herido a lo que ella responde que fue Orochimaru, el clon de Yamato descubre la trampa pero mientras hablaba con Yamato el clon ve dos notas explosivas y se pierde la conexión de los audifonos, entonces Yamato le cuenta a Naruto que él fue quien hirió a Sakura.

Finalmente Sai encuentra a Sasuke. Este se despierta y lo ve. Hay una explosión. Yamato y Sakura corren hacia el lugar de la explosión y se reúnen con Sai y ven a Sasuke sobre ellos. Naruto también consigue llegar. Sai promete que traerá a Sasuke de vuelta a Konoha.

El joven monje Sora, del Templo del Fuego, ahora separado del Equipo Kakashi, baja a la última tumba, encontrándose con el líder de toda esta confusión, Furiido. En medio de la pelea, Furiido alaba las habilidades de Sora, diciendo que tiene un poder divino. A su vez, le dice que era amigo de su padre, justo antes de desaparecer. Después de la pelea, Sora se dirige hacia donde esta Naruto ya que sintió que este lo llamaba y quien ahora está siendo atacado, por suerte los monjes del Templo del Fuego vienen como refuerzo y los Ninjas desaparecen. Más tarde Yamato decide llevarse a Sora a Konoha.

Naruto suspende su entrenamiento por un tiempo para ir a comer ramen y se encuentra que el puesto ya no prepara ramen. Mientras tanto los 12 escuadrones mandados por Tsunade vigilan el País del Fuego a una radio de 150km. Finalmente el equipo Asuma llega al Templo del Fuego y Asuma recuerda sus tiempos con Chiriku. Los Akatsukis siguen camino para cabiar el cuerpo del ex guardian Ninja, se revela que la cabeza de Asuma sale 35.000.000 ryous. También se revela que Kakashi puede realizar el Rasengan.

Shikamaru destroza el cuerpo de Hidan. Éste cae en un agujero que Shikamaru tenía preparado, y se dispone a enterrarlo vivo mientras es maldecido por Hidan. Mientras tanto, Naruto después de un intento fallido finalmente golpea a Kakuzu con su Fūton Rasen Shuriken destruyendo así dos de sus corazones.

Sasuke libera a Suigetsu de su prisión acuática y le solicita unirse a él en su búsqueda. Suigetsu responde que él con mucho gusto lo haría, con la condición que él le ayude a encontrar la Espada de Zabuza. No encuentran la Espada de Zabuza en su tumba, pero descubren que está en posesión de un hombre llamado Tenzen Daikoku. Se dirigen hacia su fortaleza y Suigetsu consigue la Espada sin mucho esfuerzo. Tal como fue prometido, Suigetsu se une a Sasuke y va con él a recoger al segundo miembro de su equipo.

Sasuke es despojado de su ojo izquierdo e Itachi pretende quitarle el ojo derecho, pero Sasuke rompe el Tsukuyomi de su hermano, Itachi dispone a realizar el Amterasu pero su hermano toma la delantera de la batalla lanzando un Kage Shuriken no Jutsu hiriendo a su hermano que sufre las consecuencias del Mangekyou Sahringan.Los hermanos combaten con Katon, siendo Sasuke el que pueda ganar la confrontación, mas Itachi activa el Amaterasu, llegando a quemar a su hermano, pero este utiliza una técnica de Sustitución, Sasuke lanza varias veces Katon Gouryuuka no Jutsu la cual intenta llegar a herir a su hermano. Sasuke tiene la posibilidad de ganar.

Tenten y Neji ven el lugar donde 3 años antes fueron a una misión junto con Naruto ya que Lee se encontraba en el hospital, la misión consistía en recolectar 1000 kunais, Tenten era la capitana. Pero había 2 ninjas que robaron 2 armas súper fuerte que derrotaron a Naruto y a Neji, pero Tenten los derrota con una arma que le dio el anciano llamado Jidanda, al final el viejo le da las herramientas ninjas a los chicos y se lleva la Jidanda para modificarla, Tenten triste por no tener esa arma, vuelven a la aldea con los chicos a entregar las herramientas ninjas, terminando de recordar Tenten ansiosa para ver la modificación de Jidanda.

Naruto reconoce una de las fotos de personas desparecidas, lo cual recuerda a Kisuke una fantasma que estuvo al borde de la muerte ayudándole a desenmascarar al que lo selló hace tres años.

Naruto continua su lucha contra el Kyubi y recibe ayuda de Killer Bee, pero el zorro parece estar ganando la batalla y cuando parece que ha triunfado aparece la figura de alguien, se trata de nadie más que su madre Kushina Uzumaki, Naruto se encuentra perplejo pero al saber que se trata de su madre se tranquiliza y esta le cuenta la historia de como llegó a Konoha entró en la academia y conoció a Minato, también como la recato de unos ninjas que la secuestraron y este logra salvarla.

Los espadachines atacan a la división comandada por Kakashi. Suigetsu sale de su prisión y también libera a Jūgo, quien le explica quienes eran los siete espadachines de Kirigakure. Los espadachines invocan sus armas y empieza una masacre en la división. Kakashi tiene una idea como sellar a Zabuza y pide ayuda a Maki, cuando Kakashi trata de atacar a Zabuza, pero Haku interviene como en el país de las olas es atravesado por el Raikiri del ninja de Konoha, lo que este recuerda las palabras de Naruto y como fue que Zabuza perdió esa vez. Ya con ánimos de no perder Kakashi ayudado de su división logran sellar a Haku y Zabuza.

El equipo Ino-Chika-cho se encuentran con Kakuzu el cual los felicita por haber derrotado a Ginkaku y Kinkaku, mientras que Darui sigue derrotando a los Zetsus entonces Asuma se encuentra con sus alumnos, lo cual la batalla será inevitable. Los jóvenes empiezan a recordar el pasado, Asuma inicia el ataque pero el problema en los jóvenes shinobis es Chōji que no desea atacarlo recordando como su sensei lo instruía para convertirse en Chunnin.

Deidara sale de su encierro en una de las marionetas de Kankurō, lo cual también es avisado que Sasuke no ha muerto. El Akatsuki muerto tiene que librar una batalla contra los nijas aliados. Deidara hace frente a ellos, explotando, pero se da cuenta que no puede morir, y que va contra su "estética" viendo a Sasuke en el río logra seguirlo pero se trataba de Kurotsushi quien le tendió una trampa y lograr encerrarlo nuevamente.

En la costa la división de Darui se encuentran en un dilema por los Zetsuz blancos en ese momento los cuatro del sonido hacen su aparición, los shinobis se enfrentan con los ninjas resucitados pero no tienen oportunidad, entonces Shikamaru y los demás se preparan para pelear de nuevo contra ellos, Choji contra Jirobo, Neji contra Kidomaru, Kiba contra Zakon y Shikamaru contra Tayuya. Todos recuerdan aquella batalla difícil en la que los shinobis de Konoha ganaron. En su nueva batalla los cuatro del sonido vuelven a perder, y cuando parece que la victoria es de los Shikamaru y los otros, los del sonido realizan el Jiku Jusshiki no jutsu llevándose sus almas.

Guy, Kurenai y Asuma se dirigen al cuartel con el fin de entregarle un pergamino especial a Gaara pero no les es permitido dárselo personalmente, en ese momento la tormenta de arena los alcanza lo que obliga a los ninjas de Konoha a refugiarse, Kanguro y Temari siguen en su labor de ayudar a los participantes en peligro. Gaara quien también está ayudando se topa con Hōichi el causante de la tormenta, al notar que Gaara es un Jinchūriki este realiza una técnica de sellado donde una cadena que sale del pecho de Hōichi atrapa a Gaara y empieza a extraer al Shukaku, pero el Bijū al verse en problemas lanza una señal de ayuda a Fū quien rápidamente se percata y sale en su ayuda, tras llegar a donde se encuentra Gaara, Fū también es atrapada por la técnica de sellado.