サスケは仲間のために尾獣化した我愛羅と戦うが、力でも、憎しみの強さでも太刀打ちできなかった。さらにイタチが現れ復讐に燃えるサスケだが、まったく歯が立たず、イタチへの復讐を果たすためだけに生きてきたサスケは絶望に打ちひしがれてしまう。

自分の知らないところで異常なまでに強くなってゆくナルトに、自分の弱さを見せつけられるサスケ。さらなる力を求め、心が復讐の闇に染まり始めてゆくサスケの前に、大蛇丸からの使いが現れる。

いの、シカマル、チョウジたちの目の先には忍連合の忍と戦うかつての師・アスマの姿があった。アスマの元部下でありアスマの事なら誰よりも知っている猪鹿蝶に一番勝機があると見たシカクは３人に過酷な指令を下す。アスマが命を落とした時の最後の言葉を思い出し戦う覚悟を決める３人。いざアスマと対峙し再会を懐かしむ間もなく戦闘が始まり果敢に挑むが、覚悟が鈍り攻撃する事ができないチョウジはかつてアスマと組手をした事を思い出す。

夜が訪れると共に姿を消した忍刀七人衆だが、カカシ第三部隊の面々はいつ襲ってくるかもわからない敵に警戒しながら休息を取っていた。疲弊しきった封印班の代わりに“根”の封印術が使えるサイにこれからの封印を頼むカカシ。しかしその術は失敗すると自分自身を封印してしまうため、サイはそれを使う事をためらってしまう。そして夜が明ける頃、再び穢土転生の術により通草野餌人が現れ、鈍刀“兜割”によって次々と忍たちが倒されてしまう。

村の生き残りであるドックたちを守るため、ナルトとサクラはシセルの家で寝泊りする事に。ナルトと子供たちは一緒に過ごす事で仲良くなってゆくのだが、村の襲撃で親を亡くした彼らは寂しさに絶えきれず泣きだしてしまう。ドックとシセル、二人の存在がそんな彼らを家族へと繋いでゆく中、ナルトは息が上がってしまう程に体調を崩してしまうのだった。皆は心配そうに見守るのだが、そんなナルトにミィナは何故か「出てけッ！出てけッ！」と何度も叫びだす。

猪鹿蝶の三人とサクラ、そしてキバはそれぞれ違う戦場にいる。にも関わらず、同じ姿をした少年の穢土転生体が各戦場に同時に現れた。その少年は天気を操り体を押し付けるほどの強烈な雨や雪、雷で攻撃をしかけてくる。苦戦しながらもそれに立ち向かうシカマルやキバたち。しかし、その少年は突然みんなの名前を口にする。なぜこの少年が自分たちの名前を知っているのか…と不思議に思う面々だが、この少年と子供の頃に出会っていた事を少しずつ思い出す。

白ゼツと戦い続けるキバたちだがその最中、シノの蟲が何かを感知した。キバたちに白ゼツを託し、戦場を離れ感知した場所に駆けつけるシノ。するとそこには大量の毒蟲を培養し、禁術の準備をするトルネの姿があった。シノとトルネは同じ油女一族で幼少時代二人は兄弟のように過ごした。しかし、ダンゾウによりトルネが“根”に引き取られて以来会う事はなかった。久々に再会をする二人だが、トルネを封印すべく、強力な毒蟲に対しシノはどう挑むのか！？

我愛羅やオオノキの目の前に現れた穢土転生体は“うちはマダラ”。本物のマダラが現れた事により仮面の男は何者なのか…さらに謎が深まりナルトたちが混乱する中、マダラが攻撃を仕掛けてくる！それを迎え撃つナルト、我愛羅、オオノキたちは前の戦いで消耗し不利な状況だが、マダラを止めるために力を合わせて立ち向かう。伝説と謳われたうちは最強の力で想像を絶する猛攻が戦場をかき乱す中、果たしてナルトはマダラを止めることができるのか！？

五影から勝つことを託されたナルトがついに仮面の男と接触！ビーと共に戦場を走っていた本体のナルトが仮面の男と対峙するが、穢土転生で操られた人柱力たちが襲いかかる。６人もの人柱力が恐ろしい忍術で攻撃を仕掛けてくる中、ナルトはウタカタの姿を見つけて驚愕する。実はかつて出会っていた二人。その時ナルトはウタカタが行方不明になったと聞いていたのだが、今目の前にいるのは穢土転生で蘇った姿。なぜウタカタは命を落とす事になったのか！？

本物のうちはマダラの相手をする五影たち。一瞬で森を作り出すほどの木遁忍術を使うマダラの圧倒的な攻撃に、五影たちは苦戦を強いられていた。その戦いの中で五影たちは倒れ、オオノキは一時あきらめかけてしまうが、かつてマダラと戦った時のこと、そして子供の頃、当時の土影に言われた言葉を思い出して再び闘志を取り戻し、それに呼応するかのように五影たちも立ち上がる！一方、戦場へ向かおうとしたサスケはある人物を発見し…。

“イザナミ”は体の感覚によって術中にハメる瞳術で、かつてうちは一族の間で起こった“イザナギ”による都合のいい結果を奪い合う争いを止めるために作られた術だった。イザナミにかかったカブトの意識は、幻のイタチと無限に戦わせられるループの中に閉じ込められている。しかし、そのループは自分の運命を受け入れると解かれるようになっており、昔の自分と重なるカブトにイタチは、自分が間違っていることに気づいて欲しいと願ってイザナミをかけたのだった。