夜が訪れると共に姿を消した忍刀七人衆だが、カカシ第三部隊の面々はいつ襲ってくるかもわからない敵に警戒しながら休息を取っていた。疲弊しきった封印班の代わりに“根”の封印術が使えるサイにこれからの封印を頼むカカシ。しかしその術は失敗すると自分自身を封印してしまうため、サイはそれを使う事をためらってしまう。そして夜が明ける頃、再び穢土転生の術により通草野餌人が現れ、鈍刀“兜割”によって次々と忍たちが倒されてしまう。

忍刀七人衆を撃破するために分散した小隊の１つ、オモイと封印班のマキがいる部隊はかつて大刀“鮫肌”を扱った西瓜山河豚鬼と爆遁の使い手・ガリと遭遇してしまう。ガリと奮戦するその小隊の隊長だが、突如放たれた灼遁の術により命を落としてしまう。そんなマキ達の前に現れた灼遁の使い手パクラは、マキにとっての砂隠れの英雄であり忍としてのかつての師でもあった。霧隠れの忍を恨み操られているパクラを止めるべく、マキの戦いが始まる。

村の生き残りであるドックたちを守るため、ナルトとサクラはシセルの家で寝泊りする事に。ナルトと子供たちは一緒に過ごす事で仲良くなってゆくのだが、村の襲撃で親を亡くした彼らは寂しさに絶えきれず泣きだしてしまう。ドックとシセル、二人の存在がそんな彼らを家族へと繋いでゆく中、ナルトは息が上がってしまう程に体調を崩してしまうのだった。皆は心配そうに見守るのだが、そんなナルトにミィナは何故か「出てけッ！出てけッ！」と何度も叫びだす。

歴代影たちと戦う第４部隊。我愛羅の活躍によって二代目水影と三代目雷影を封印するにまで追い詰めたのだが、あと少しの所で破られてしまう。二代目土影・ムウと戦うオオノキに加勢するため名も無き忍たちに二代目水影を託してその場からいなくなる我愛羅。勝つ気のない二代目水影は名だたる忍がいない状況で自分と戦う事になってしまった忍たちのために自分の忍術や弱点をレクチャーしながら戦わせるのだが、それでも太刀打ちできない忍たちに次第に苛立ってゆく。

白ゼツが紛れ込んでいるかもしれないという疑念の中、休息をとるシカマルたち。一方、違う戦場では戦いを続けているネジやキバ。その離れた戦場で同時に意外な敵の忍が現れた。それはかつてのサスケ奪還任務の時、追いかけるナルトたちを阻止するべく立ち塞がった強敵・音の四人衆！カブトの穢土転生の術によって復活したのだ。かつてシカマルやネジたちを恐ろしい力で窮地に追い込んだ因縁の音の四人衆。彼らが復活したその目的とは一体何なのか！？

此の国で人質として扱われている若殿・シュウとナルトを入れ替える作戦が成功した！あとは無事、若殿を“彼（か）の国”まで送り届けるだけなのだが、シュウは町を見て回りたいと言い出す。一方、シュウに変化しているナルトはタテワキに正体を見破られてしまい、すごい剣幕で迫るタテワキと侍たちに取り囲まれ絶体絶命の大ピンチに。だが突如、シュウのいる城下町の方で爆発が起こった！立ち上がる噴煙の中、“暁”のデイダラとサソリがその不敵な影と共に姿を現す。

ナルトのピンチにカカシとガイが駆けつけた！二人が増援に来たことにより、人柱力六人ＶＳナルトたち四人の戦いとなり巻き返しを狙うが、ピンチは続き完全に尾獣化した五尾と残りの人柱力の猛攻がナルトたちに迫る！八尾も完全に尾獣化して応戦するも、さらに四尾と六尾が完全に尾獣化してナルトたちに襲いかかる。巨大な尾獣同士の戦いが繰り広げられる中、カカシやガイも全力を出して人柱力相手に立ち向かうが、絶体絶命の危機にナルトは陥ってしまう。

必死に抵抗するナルトだが九喇嘛を体から抜かれてしまい、ついに全ての尾獣が外道魔像の中に囚われてしまう。そして尾獣を引き抜かれた人柱力は必ず死ぬ。言葉どおり九喇嘛を引き抜かれたことによりナルトは気を失い、その命の鼓動が徐々に弱まっていく――。一方、隙を狙ってマダラに攻撃をしかけるサスケ。しかしその攻撃は容易く止められてしまい、己の剣によってその体を貫かれてしまう。意識が戻らないナルト。意識を失うサスケ。二人に“死”の危機が迫る！

巻物を草隠れの忍たちに奪われてしまったキバたち。追跡を試みるも、相手は逃げることに関してのエキスパート、感知能力に長けたキバたちでも足取りがつかめない。ゴールの塔はもう目前だがこのまま発見できなければ、草隠れの忍たちが先にゴールする。もうだめか…と悔しがるキバ。が、その時――キバは何故か突然ナルトを思い出し、「ナルトなら絶対諦めない」と言い出す。その言葉でナルトを思い出した三人は諦めず、再び草隠れの忍の追跡を開始する！

自来也の書いた小説に読みふける綱手。するとその小説はナルトの少年時代を描いており、ミナトやクシナ、イタチなどが生きているもう一つの木ノ葉の里の物語だった。突如、手練れの中忍や上忍が行方不明になる事件が発生し四代目火影・ミナトの命により行方不明者の探索任務にガイ班や紅班など下忍たちが出撃する。カカシ率いる第七班も出撃するのだが、主人公であるうずまきナルトは火影の息子にも関わらず、落ちこぼれのレッテルを貼られていた。

ナルトの結婚式が間近に迫る中、仲間たちは着々と結婚祝いを用意しカカシから発令された極秘任務を達成していた。しかしまだ誰にも明かされていない極秘任務の真の目的は――祝いの品を見定めナルトとヒナタの結婚式に出席できる者を決める事。発令したものの、皆が一生懸命集めた品を見てカカシは「本当にこれでいいのだろうか…」と思い悩む。そんな中、極秘任務の真の目的を知ってしまったサクラやキバ達は怒り、カカシに詰め寄るのだった。