In Konoha ist in den letzten zweieinhalb Jahren offenbar alles seinen geregelten Gang gegangen – was sich nun vermutlich ändern wird, denn Naruto kehrt zusammen mit Jiraiya von ihrer Trainingsreise zurück. Überrascht stellt er fest, dass Konohamaru sich in der Zeit ganz schön weiter entwickelt hat, denn der Kleine beherrscht inzwischen das Sexy Jutsu …

Viele Jahre lang wurden die Ernteerträge eines Dorfes von Banditen gestohlen. Die Teams von Kakashi und Asuma wurden beauftragt, den Banditen das Handwerk zu legen. Das Versteck der Banditen war eine natürliche Festung, welche sich tief ins Innnere eines Berges verzweigte. Die Teamführer sahen in Shikamaru großes taktisches Potential schlummern.

Noch immer befindet sich das Team aus Konoha auf ihrer Schiffsreise. Eines Tages tauchen plötzlich dichte Nebelschwaden auf, die das komplette Schiff umhüllen. Zudem sieht sich die Mannschaft umgeben von Felsen und Riffen, welche laut Seekarten überhaupt nicht existieren dürften. Die Teammitglieder müssen zahlreichen, plötzlich in Erscheinung tretenden Hindernissen, ausweichen.

Sai hat endlich Zeit gefunden für seine große Leidenschaft: Dem Malen und Zeichnen. An den entlegensten Stellen innerhalb des zerstören Konoha, versucht er Inspirationen zu finden. Seine Ruhe wird jedoch zunächst von spielenden Kindern und im Anschluss von Naruto und Sakura gestört. Es kommt zu einem Duell zwischen Sai und Naruto, welches Naruto als Gewinner verlassen kann.

Kiba kann es nicht verstehen, dass der ehemalige Loser des Dorfes, Naruto, in letzter Zeit immer im Mittelpunkt steht. Früher konnte Kiba seinen Kontrahenten stets besiegen. Bis zu dem Zeitpunkt, als Naruto anfing, wie ein Besessener zu trainieren und schließlich als Sieger aus den Duellen hervor gehen konnte. Im bevorstehenden großen Rennen möchte Kiba endlich wieder Naruto überlegen sein.

Obwohl der Kyuubi dank Minato nicht mehr an Tobi gebunden ist, greift das Monster Konohagakure und seine Bewohner an. Daraufhin befiehlt Hiruzen Sarutobi den ANBU das Ungetüm aus dem Dorf zu locken. Während Irukas Eltern gegen den Neunschwänzigen kämpfen, wird der Junge widerwillig von Ninja in Sicherheit gebracht.

Sasori baut akribisch genau aufwendige Puppen, die echten Menschen gleichen. Dafür wird er als Shinobi sehr geschätzt. Komushi bewundert ihn dafür und wünscht sich sehr, irgendwann auch ein vollwertiger, bewunderter Shinobi zu sein, denn seine Eltern behandeln ihn wie ein Kleinkind und trauen ihm nichts zu.

Kabuto erzählt den Uchiha-Brüdern, dass er sich am Ryuuchido den Berg-Eremiten-Modus und den Schlangen-Modus angeeignet hat.