Nagato cuenta su pasado, como sufrió la pérdida de sus padres, por una guerra que Konoha inició; como conoció a Konan y Yahiko. Los niños en su camino perdido, son casualmente atacados por una explosión causada por la lucha entre Hanzō y los tres Sannin. Yahiko quería que la guerra parara y su sueño era convertirse en dios, lo cual quería conseguirlo, para eso tenía que buscar alguien que los entrene, así buscando a los Sannin, conociendo a Jiraiya.