Lee donne un remède à Sakura afin de guérir Tsunade. Lee se remémore alors son hospitalisation après sa défaite contre Gaara. Pour préparer à son élève un remède, Gaï Maito avait besoin d’une fleur médicinale très rare, la fleur de Jokufu ; Naruto, Ino et Sakura partent alors au Mont Jokufu à sa recherche en profitant d’une mission… En chemin, une vieille femme dans une auberge les avertit que le lieu est hanté ; en arrivant dans la forêt, ils trouvent les fleurs, mais sont attaqués par du pollen copiant les techniques de Gaara lorsque Naruto en cueille. Après avoir vaincu le faux Gaara, ils rencontrent Furofuki, une médecin de Konoha étudiant la fleur et vivant dans la forêt, destinataire du message qu’ils devaient porter pour leur mission ; celle-ci leur explique que la fleur se défend en prenant la forme d’un ennemi auquel on pense. Leur mission est ensuite de ramener un grand nombre de fleurs de Jukufu à Konoha, qui servent à Gaï à préparer des boulettes de médicament.

Après le départ de Sasuke, Naruto part en voyage avec Jiraya afin de devenir plus fort que son ami. Sasuke possédant le sharingan, Jiraya lui propose alors un entraînement pour contrer le genjutsu. Pour ce faire, il invoque Gamariki qui place Naruto sous le contrôle d’un genjutsu ; en essayant de perturber le chakra dans son corps, Naruto expulse du chakra et projette Gamariki au loin. Naruto s’entraîne alors à contrôler son chakra sur l’eau et finit par parvenir à l’équilibre. Pour compléter son entraînement, Jiraya l’emmène alors dans une zone près d’un village où des champs d’énergie environnants simulent le genjutsu et font se perdre les voyageurs, mais ils retrouvent le village sous le joug d’une bande de bandits spécialistes en genjustu venus s’approprier la puissance énergétique du lieu pour améliorer leurs techniques en maintenant les femmes et les enfants en otage. Naruto prend l’apparence d’un jeune garçon du village et fait mine d’amener Jiraya prisonnier au chef de la bande…

Naruto et Sakura voient Kiba, qui s'est porté volontaire en tant que messager du village. Voir le jeune ninja et son chien toujours ensembles rappelle à Sakura une mission de l'équipe 7 pour retrouver une statuette en or dérobée par des bandits à la sœur du seigneur féodal. Sachant que ceux-ci peuvent passer à deux endroits, Kakashi part surveiller un côté et les trois genin l’autre ; en embuscades, ils voient les voleurs passer et Naruto et Sasuke tombent dans une ravine avec le trésor tandis que Sakura est capturée par le chef des bandits qui a la faculté de faire sortir du chakra caoutchouteux de son poignet. Lorsqu’ils reprennent conscience, Naruto et Sasuke s’aperçoivent que leurs mains sont liées par du chakra solide et indestructible. Après s’être chamaillés, ils décident de faire équipe et parviennent en coopérant à vaincre leurs adversaires et à sauver Sakura.

Durant une chasse aux sangliers avec l’équipe 10, Shikamaru se remémore une mission menée avec les équipes 7 et 10 pour stopper des bandits volant les récoltes d’un village chaque année, et libérer la petite-fille du chef de ce village prise en otage par Baji, le chef des bandits, dont l’intelligence est le principal obstacle à la réussite de la mission. Les bandits ont leur repère dans une cavité naturelle le long de laquelle il y a trois forts. Les deux équipes partent avec Tofu, un bandit soi-disant repenti. Shikamaru explique sa stratégie : les deux jōnin, Kakashi et Asuma vont partir en reconnaissance pour analyser les pièges pendant que les genin et Tofu attendent. Ce dernier ne tarde pas à se faire prendre par des bandits et se fait ramener pour faire son rapport, non sans que Shikamaru méfiant ait déposé un micro sur le col de sa veste. Ayant entendu les mots de passe, les genin parviennent rapidement à passer les forteresses. Baji décide alors un faux échange d’otages entre Tofu et Shikamaru ; Ino utilise « La possession » sur Shikamaru pour découvrir le lieu où sont maintenus les otages et les genin parviennent à libérer la petite fille et à faire prisonnier les bandits, avant que les jōnin n’arrivent.

Naruto se réveille et repense à Sasuke, il parvient ensuite à déjouer la surveillance de Yamato et à fuir la chambre où il était confiné pour partir aussi en direction de la zone du combat, utilisant ses sens en mode ermite. Il repense à toutes ses discussions concernant Sasuke et saura maintenant quoi faire quand il se trouvera face à lui.