La determinación de Sakura a la hora de jugarse el físico para detener a Sasori conmueve a Chiyo. Con el propósito de proteger a Sakura del ataque de Sasori, Chiyo invoca a dos fatídicas marionetas expresamente para esta batalla.

Hanzö en medio de la batalla nombra a los tres nijas "Los Sannin Legendarios", un nombre puesto desde esa guerra.Abatidos por la lluvia los tres ninjas se regocijan en un lugar seco llegando tres niños que piden comida, después que se les da, estos siguen a los Sannin, Orochimaru determina matar a los huérfanos pero Jiraiya pide encargarse de ellos. Viviendo juntos con Konan, Yahiko y Nagato, un día son atacados por un ninja pero Yahiko es salvado por Nagato, el Sannin ve en sus ojos el Rin'negan. Enseñándoles todas su técnicas después de tres años tiene que retirarse ante la tristeza de sus aprendices.

Itachi comenta que Madara Uchiha es el otro del clan que vive, pero este no cree las palabras de su hermano, la cual Itachi le muestra el pasado, la crueldad del clan Uchiha. Madara Uchiha y su hermano habían activado el Mangekyou Sharingan pero la desventaja era la ceguera que provocaba esta; la cual Madara extrae los ojos de su hermano para poder ver, así llegando a pelear contra el líder del clan Senju, el Primer Hokage, y ser aquel que mandó al Kyubi a Konoha hace 16 años.Itachi muestra los deseos de quitarle los ojos a Sasuke ya que este también muestra los estragos del Mangekyou Sharingan. La pelea inicia, Itachi muestra más poder que su hermano menor, propinándole golpes y patadas, dejándolo a Sasuke a merced de ser despojado de sus ojos.

Shikamaru, Naruto y Shino aún siguen descifrando lo que Jiraiya escribió antes de morir, Naruto se da cuenta que el 9 es un Katakana de ta, y deciden buscar los libros cuales tenga el ta, Kakashi aparece en el momento adecuando con el Libro "Tácticas de Seducción", con la gran ayuda a Kakashi le hacen hablar a la fuerza lo que está escrito en la página 31, causándole a Kakashi una gran vergüenza, la cual llega un conclusión que el verdadero Pain no está entre ellos. Naruto ahora decide ir a entrenar con los maestros de Jiraiya, para alcanzar el Senjutsu.

Konohamaru y sus amigos ven como Konoha es destruida por una invocación, pero el confía en Naruto. Konohamaru escucha unos gritos y ve que un Pain está atacando a dos ninjas, el genin decide escapar pero se golpea con un poste, percatándose de su presencia el enemigo. Cuando se dirige hacia Konohamaru, aparece Ebisu. Ebisu no es rival para Pain (Jigokudō). Konohamaru no sabe que hacer. El cuerpo de Pain agarra a Ebisu y pregunta el paradero de Naruto, pero este recuerda que es un gran ninja de Konoha. Konohamaru al escuchar las palabras de su maestro decide luchar contra Pain-Jigokudō- que también derrota a Konohamaru, cuando está por acabar con el ninja, se da cuenta que es un clon, Konohamaru aparece y ataca con un Rasengan.

Los recuerdos entre los dos ninjas persisten, Naruto le hace recordar que él será su rival cuando vuelvan a enfrentarse.

Un barco se aproxima al barco donde está Naruto, en ese barco encuentra a un niño llamado Hishaku que le dice que todos han muerto causa de un cangrejo gigante. Naruto y Hishaku logran vencer al cangrejo gigante, pero él y el barco eran fantasmas.

Konohamaru se prepara para la cuarta guerra ninja y hace todo lo posible, retando a Temari, lo cual recuerda la batalla contra Pain.

Kiba decide entrenar para ser más fuerte, así que le pide la ayuda a Kakashi, el cual lo ayuda con sus 'Ninken' (invocacíon de Kakashi) lo cual el Chūnin se rinde, con la ayuda de Akamaru lo lleva a un árbol donde con Naruto habían apostado una carrera por unos dulces, cuando eran niños; con el recuerdo Kiba decide una revancha con los perros lo cual logra vencer y no darse por vencido nunca más.

Minato debe enfrentar ahora al Kyūbi llevándolo fuera de la aldea, donde ha quedado casi sin Chakra, la decisión de él es sellar a la enorme bestia en Naruto con el "Sellado de ocho trigramas" invocando previamente a Shiki Fūjin; Minato extrae la mitad del Chakra del Kyūbi haciendo que se reduzca en tamaño, el Kyūbi al ver que volvería a ser sellado intenta lastimar a Naruto pero Minato y Kushina se interpusieron en el ataque siendo atravesados por una de sus garras. Padre y madre se despiden de su hijo diciéndole lo mucho que lo quieren y dándole algunos consejos para su vida futura, entonces Minato logra su cometido. En el presente Kushina piensa en la "carga" que ha tenido que soportar su hijo a lo largo de su vida, lo cual este responde que está feliz de que ellos hayan sido sus padres.

La guerra ha iniciado y La División de Ataque Sorpresa se mueve en territorio enemigo, Anko es derrotada por Kabuto. Kankurō hace recordar a su equipo que se debe sellar al enemigo para poder vencerlos. Deidara y Sasori que están cerca y dan el primer ataque siendo repelidos por los jutsu de Doton. Los rivales encaran sus poderes y también vuelven a ver rostros familiares como Kankurō a Sasori y Sai ante Shin.

Naruto y Killer Bee se dirigen al campo de batalla, entonces el Kyūbi empieza una charla con Naruto donde ambos recuerdan cosas del pasado, el Kyūbi le dice que no puede borrar el odio de todas la personas y más en tiempos de guerra pero Naruto está decidido a acabar con la guerra ya que no es el mismo de antes y dice que le gustaría acabar con el odio que hay en el Kyūbi.

Los espadachines de la niebla atacan nuevamente siendo Akebino Jinin su oponente usuario de la espada Kabutowari, ahora Kakashi, Lee y Sai deben enfrentarlo y sellarlo, pero Sai aun no ha dominado su técnica de sellado que le enseño Danzō, pero con ayuda de Lee logra dominarla y sellar al espadachín.

Disonasu hace saber sus planes de destruir a la aldea, mientras Minna y los demás se van al "Agujero" a dar los barrotes siendo interceptados por Kabuto, lo cual Disonasu teniendo esos barrotes convoca lo que el sería "el poder".Tarareando la música, Saezeru se activa elevando el lugar, mientras los ninjas de Konoha pelean con los revividos y Naruto con el clon del Kyūbi logrando vencer en primera instancia y arrojándolo donde Saezeru se ha elevado. El gran obelisco que se ha formado lanza un rayo potente formando una gran nube roja, mientras Naruto intercepta a Disonasu, ve que el clon se ha transformado en una criatura parecida a la Hidra.