Kakuzu ataca a Shikamaru para que Hidan pueda escapar comienza la mejor parte cuando Asuma ataca a Hidan pero Kakuzu no lo ayuda por petición de el inmortal, Hidan crea una táctica para poder hacer su Ritual Jashin al igual Shikamaru recuerda que cuando jugaban con Asuma Shougi el odiba usar tácticas de sacrificio lo cual en ese momento intenta, en una distracción Asuma es perforado por la hoz de Hidan y este comienza su ritual pero Asuma usa su explosión para evitarlo.

Un ANBU, antes de morir, le envía un mensaje a Tsunade en el cual le señala donde está posiblemente el escondite de Orochimaru. Tsunade reúne un grupo conformado por Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru para investigar el lugar. Mientras tanto, Jiraiya le propone a Naruto que vuelva a entrenar con él, pero después de que se recupere.

Guren logra encerrar al equipo de búsqueda en una bóveda de cristal. Luego con la ayuda de unas copias ataca y logra capturar a Hinata como rehén en su técnica de cristal. Mientras tanto el equipo de refuerzo llega a la bóveda creada por Guren, sin medios para atravesarla, Naruto decide utilizar su nueva técnica con Gamatatsu.

Kabuto planea romper la barrera de sellado de Konoha desde dentro usando el Poder de Yūkimaru para así poder tener al Sanbi bajo control.

Kabuto explica que él mató a Rinji, y que Orochimaru quiere al Sanbi para prepararse para la guerra próxima. Él revive el cadáver de Rinji, el cual usa para atacar a Guren y a Yūkimaru. Guren logra aguantar cristalizándose ella misma con Rinji. La profunda pena de Yūkimaru hace que él use su poder en el Sanbi, rompiendo el Jutsu del equipo de sellado. Naruto usa su Jutsu de clones para atacar al Sanbi, forzándolo debajo del agua y parando su rabia. Naruto va a donde se encuentra Yūkimaru y le dice que ellos se irán a casa juntos.

Ukataka está de acuerdo de mantenerse con El Equipo de Naruto y unos Ninjas Cazadores hasta que Hotaru esté seguro. Después de seguir un buen rato Hotaru cae. Naruto va por las plantas y más tarde descubre la causa del dolor de Hotaru dándose cuenta que es una técnica prohibida puesta por su clan.

Naruto en el entrenamiento con los sapos, sube hasta unas montañas con picos filosos para ver si puede concentrar su energía, cayendo muchas, la persistencia del genin hace que llegue al modo Sennin. Un ninja de la nube quiere mandar un mensaje a la Hokage, pero Karin detecta al intruso, sus compañeros en el camino lo encuentran muerto. Naruto sigue progresando ahora enfrentándose en el entrenamiento a Fukasaku.

Naruto busca al enemigo, Shima llega diciéndoles que el lugar donde están es Konoha. Tsunade se da cuenta que la aldea ha sido devastada por el Shinra Tensei de Pain, los aldeanos y shinobis sufrieron heridas después del ataque. Los caminos de Pain se levantan y de la habilidad de Jigokudō lanza al fenecido cuerpo muerto por Kakashi, que sale reconstruido y nuevo del portal, ahora los cinco se van a donde Pain. Cara a cara los 6 caminos de Pain contra Naruto, Shuradō se lanza contra Tsunade pero es destruido de un golpe por Naruto. Ahora Naruto puede enfrentarse a Pain, siendo la primera en atacar, Chikushōdō, con una técnica de invocación, logrando detenerlo del cuerno y lanzándolo, pero ella invoca dos nuevas bestias que ahora son detenidas por Fukasaku y Shima. Naruto sigue delante y con sus clones de sombra hace dos gigantes Rasengan-Senpō: Ōdama Rasengan-, Bunta, Ken y Hiro ayudan a destruir a las tres bestias invocadas, Naruto ha tumbado a Gakidō. Pain ve el modo ermitaño de Naruto y le habla que Jiraiya fue su maestro; ante eso Naruto realiza el Fūton: Rasen Shuriken lanzándolo hacia Pain.

Siguiendo las instrucciones del pergamino, el equipo 7 y 10 se unen en la búsqueda, pasando por diferente pruebas en el camino, todo ideado por Guy.

En Sunagakure se ve a Kankuro reparando una marioneta posiblemente es Sasori. Gaara y Temari van a su cuarto y conversan lo que le sucedió a Konoha. Gaara comienza a recordar sobre una misión que tuvieron que hacer con el equipo 7 y sus 2 nuevos discípulos. Sasuke, Sakura y Naruto se asustan de él, pero Gaara tenía una actitud distinta, los consejeros de Suna enviaron a matar a Gaara. Los discípulos de este asustados escaparon por órdenes de Gaara pero Naruto se decepciona al verlos huir, luego ellos reaccionan y van ayudar a Gaara junto con Naruto, estos 2 diciéndoles amigo venciendo a todos, pero sin matarlos porque Gaara lo prohibió. Volviendo a su misión, el equipo Gaara y el equipo 7 van adonde están los ninjas exiliados en su escondite en una larga y fácil lucha (la misión se trataba sobre problema fronterizo entre Konoha y Suna por unos chunin renegados de las 2 aldeas) al final Gaara dice que vuelva a decir a su discípulos la palabra que le dijeron y ellos felices le dicen amigo.

La historia se basa en el entrenamiento de Naruto con Jiraiya, su maestro le decide enseñar como defenderse de los Genjutsu.

El equipo enviado por el Raikage ha llegado a una destruida Konoha, para entregar la invitación de reunión de urgencia de los 5 Kages, la cual se dan cuenta que Tsunade está en coma; haciendo su ingreso Danzō, como el sexto Hokage. Mientras tanto Naruto y compañía se enteran de la noticia, van a ver lo que sucede interfiriéndose en el camino dicho equipo de la aldea de las nubes. Mientras tanto Sasuke se aproxima a Konoha siendo interceptado por Madara que le comunica que Konoha ha sido destruida.

Neji es designado para comandar las fronteras en la pronta guerra ninja, la cual algunos miembros del clan Hyūga deja conmocionado. Más tarde, Hinata se reúne con las demás chicas y amigos de Konoha recordando algunos pasajes del pasado.