У Конохі Цунаде виявляє, що у них є ворог, який використовує Кришталевий Стиль. Під час місії з командою Какаші, Наруто знову зустрічає Юкімару і розмовляє з ним. Ґурен будує гігантську Кришталеву В'язницю над лісом, замикаючи в ній команду Куренаї. Потім Ґурен готує шість Кришталевих клонів і нападає з ними на команду Куріная. Хіната перемагає одного клона, але потрапляє до Кришталевої в'язниці через іншого. Команда Какаші досягає кордонів гігантської в'язниці і Наруто використовує своє нове дзюцу з Ґаматацу, щоб прорватися всередину.

Кабуто планує зламати Чотирикутний запечатаний бар'єр Ліфа зсередини, використовуючи силу Юкімару, і змусити Трихвостого Звіра розбушуватися.

Команда запечатувальників продовжує свої зусилля по запечатуванню Санбі, в той час як Какаші та інші протистоять монстру, якого створили Кігірі, Нурарі та Кіхоу. Кабуто розкриває плани Орочімару щодо Санбі і вони з Наруто починають боротьбу. Захищаючи Юкімару, Ґурен бореться проти справжнього Рінджі, якого воскресив Кабуто. Коли Ґурен жертвує своїм життям, щоб врятувати Юкімару, сили Юкімару вступають у повну силу. Тепер, щоб захистити Юкімару, Наруто готується виступити проти несамовитого Санбі.

Використовуючи себе як вибухівку, Дейдара створює вибух діаметром десять кілометрів, від якого не зможе втекти навіть Саске. Це кінець Саске? В іншому місці хтось підходить до лідера Акацукі і дає йому наказ зловити самого Наруто. Хто ж цей справжній організатор змови Акацукі, що ховається в тіні?

Поки члени команди Хебі прямують до місцезнаходження Ітачі, Джірайя проникає в Село Прихованого Дощу в надії зібрати інформацію про лідера Акацукі. Джірайя захоплює двох ніндзя Дощу і допитує їх про Пейна, але те, що він дізнається, шокує навіть його.

Успішно вирвавшись із Цукійомі Ітачі, Саске бере гору над ослабленим братом. Не маючи іншого виходу, Ітачі активує свою другу здатність Манґекьо - Аматерасу, чорне полум'я, яке, як кажуть, горітиме вічно.

Наруто, Сай та Ямато прибувають, щоб врятувати Хотару та Утакату від нападу ніндзя, які, як вони з'ясовують, є Анбу з Села Прихованого Туману. Ямато намагається домовитися з головою Анбу Туману Цуруґі, і після їхньої розмови Цуруґі розмовляє з Утакатою наодинці. Цуруґі намагається переконати Утакату повернутися до Села Прихованого Туману, але той відмовляється, пам'ятаючи про жахливий біль, якого він зазнав від рук свого колишнього господаря.

Наруто досягає успіху в оволодінні своїм режимом мудреця, просуваючись далі, ніж навіть Джірайя. Однак для Конохи справи виглядають не так добре, оскільки Пейн готується зробити свій хід.

Наруто повертається і виявляє, що поселення спустошене внаслідок нападу Шинра Тенсей Пейна. Наруто просить усіх триматися подалі, оскільки він готується вступити на всі шість шляхів Пейна одночасно.

Наруто, Сакура, Шикамару, Іно та Чодзі продовжують пошуки Спадщини Четвертого Хокаґе, одночасно відганяючи несподіваних гостей.

After hearing the news about Akatsuki's attack on the Hidden Leaf Village, Gaara worries about Naruto's well-being. He remembers a time in the past where Team 7 was assigned to help him out with a problem, and how nobody, especially Naruto, was eager to trust him. Yet, when his life was put in danger by people he had wronged, Naruto was the first to come to his rescue.

Naruto thinks back to the time when he encountered the soul of a man named Kisuke. Kisuke didn't recall anything about who he was, but a visit to the Leaf Village's hospital revealed something startling. Meanwhile, higher-ups of the Fire Country met to decide on a new security system for the Leaf Village put together by a ninja named Sabiru. Who exactly were Kisuke and Sabiru, and what connection did the two have?

Naruto and Sakura learn that Danzo has been made Hokage and that his first order is to eliminate Sasuke. The two go to Sai and inquire about Danzo, but Sai reveals that a curse mark given to all members of the Foundation prevent him from revealing anything about the new Hokage. Soon afterward, Karui and Darui attack them, demanding information about Sasuke.

Without any warning, Zetsu bursts through the floor in the middle of the Five Kage Summit and announces that Sasuke is somewhere in the vicinity. The Summit is immediately put on hold, and the Kages and samurai begin searching for him. Meanwhile, Naruto receives an unexpected visit from Madara, who says that he needs to talk to him. How will Sasuke respond to being discovered, and what are Madara's intentions?