Naruto et Guren, qui cherchent toujours à sortir du ventre de Sanbi, doivent faire face à des mini-Sanbi. Pendant ce temps, Kakashi mène un groupe destiné à secourir Naruto. L'équipe de Lee, Tenten et Kiba doit, quant à elle, affronter de nouveau les hommes de main de Rinji.

Sasuke et Suigetsu arrivent au repaire Sud pour enjoindre Karin, ancienne collaboratrice d'Orochimaru, à se joindre à eux. En effet, celle-ci a une capacité spéciale qui intéresse beaucoup Sasuke. Après avoir refusé une première fois, Karin se rend compte qu'elle est attirée par Sasuke et prétexte une affaire à régler au repaire Nord pour pouvoir les suivre, malgré son antipathie non masquée envers Suigetsu. Après avoir libéré les prisonniers, ils partent aller chercher le dernier membre de l'équipe au repaire Nord : Jûgo.

Comme le Garuda C4 de Deidara détone, Sasuke périt. Convaincu d'avoir gagné, Deidara baisse sa garde et se fait percer par le Chidori de Sasuke. Après avoir été demandé comment il avait survécu, Sasuke révèle qu'il n'a jamais été blessé et que Deidara était sous son Genjutsu. Deidara tente de tuer Sasuke, mais il est induit en erreur par son Sharingan à nouveau. Épuisé par le combat, Sasuke désactive son Sharingan. Furieux d'être moqué, Deidara dévoile son attaque finale, en utilisant une bombe de vie et se fait exploser dans cette tentative pour tuer Sasuke. Tandis que Sasuke va disparaître.

Jiraya et les deux crapauds s’aperçoivent que Gakidô est capable d’absorber tous les ninjutsu et que les trois corps partagent leur vision, l’utilisant pour parer les coups de taijutsu ; s’interrogeant sur le secret de Pain et cherchant une stratégie, ils se retranchent dans les tuyaux ; dans l’impossibilité d’utiliser le ninjutsu et le taijutsu, les crapauds décident d’utiliser un chant de crapaud faisant office de genjutsu puissant. Pour lui laisser le temps d’agir, Jiraya attaque frontalement les trois corps qui finissent piégés dans l’illusion et les transperce. Pensant avoir vaincu son adversaire, Jiraya se retourne, mais subit une attaque par derrière qui lui arrache le bras gauche ; il fait maintenant face aux six corps de Pain.

Sasuke accepte d'écouter Madara qui lui raconte toute la vérité sur Itachi et sur la création du village caché de Konoha.

Tonbei s'inquiète car le clan Tsuchigumo n'a plus la force de protéger la technique interdite ; ils n'ont d'autre choix que de la détruire. Pendant ce temps, Naruto recherche Shiranami, le fils du premier élève d'Enno Gyoja, et supposé être d'après Hotaru le dernier capable de maîtriser la technique interdite… Celui-ci se trouve être le commanditaire des bandits. Utakata souhaite parler aux oinin de Kiri à nouveau, et part à leur recherche. Ces derniers le repèrent, mais sont attaqués par une invocation de Pain.

Pain et Konan arrivent à Konoha. Ils se séparent en deux groupes, un pour la diversion (Shuradô, Chikushodô et Gakidô) et l'autre pour les recherches (Tendô, Ningendô, Jigokudô et Konan). Ils s'infiltrent, commencent à faire des dégâts dans Konoha, et recherchent Naruto. Tsunade déclenche alors l'état d'urgence et cherche à faire revenir Naruto.

Ningendô est désintégré par l'« Orbe shuriken » et Chikushodô est battu avec un double « Orbe tourbillonnant », mettant fin aux invocations de Pain. Naruto a épuisé tout son chakra d'ermite, mais réussit à le réactiver en invoquant un clone ayant accumulé de l'énergie naturelle au Mont Myôboku. Gakidô, ressuscité, absorbe un nouvel « Orbe shuriken ». Jigokudô, dont Naruto comprend l'utilité pour ressusciter les autres avatars, est à son tour battu avec un double « Orbe tourbillonnant ». Gamabunta, Gamahiro et Gamaken sont repoussés par Tendô qui a retrouvé son pouvoir de répulsion. Fukasaku et Shima s'apprêtent à lancer leur genjutsu « Illusion mystique-Concert polyphonique des crapauds » pour piéger Tendô et Gakidô, les deux avatars restant…

Le complot contre Gaara ourdi par les hiérarques de Suna entre dans sa phase d’exécution... Pour l’attirer dans un piège, ils vont déclencher une terrible tempête de sable, quitte à sacrifier les concurrents...