L'équipe de Yamato part à la recherche de Kakashi, Kiba, Hinata et Shino. Mais ces derniers ont été emprisonnés par un jutsu de Guren. Naruto invoque Gamakichi et Gamatatsu et tente de briser le dôme de cristal.

Naruto, Saï, Kakashi et Shino se retrouvent face à Gozu et Guren. Alors que Lee, Tenten et Kiba éliminent les 3 hommes de main de Rinji. Cependant, l'Akatsuki est toujours en route pour la capture de Sanbi.

Sasuke et son groupe Taka sont en difficulté face à Killer Bee. Après avoir manqué de mourir 2 fois, Sasuke est sauvé par ses camarades. Killer Bee prend la forme de Hachibi. Sasuke déclenche Amaterasu qui vient à bout du démon à 8 queues. Ils emportent alors le corps de Killer Bee inconscient.

Naruto et Utakata survivent à l'explosion et mettent en fuite Shiranami. Naruto poursuit ce dernier et le neutralise avec l’« Orbe tourbillonnant ». Pendant ce temps, la technique interdite devient incontrôlable et Hotaru s'apprête à faire exploser tout le village et les alentours. Utakata perçoit l'importance qu'il a pour Hotaru et accepte de devenir son maître ; grâce à la puissance de Rokubi, il parvient à absorber l'explosion : la technique interdite est détruite. Le village reconnaissant accepte la jeune fille, et l'équipe 7 rentre à Konoha sa mission accomplie. Pour leur demander l'autorisation de former Hotaru, Utakata recherche les oinin de Kiri, mais ne retrouve qu'un masque ensanglanté. Pain survient et le capture sous un éboulement… Utakata envoie des bulles vers Hotaru en signe d'adieu.

En parlant avec Tazuna, Sakura se remémore une mission avec l’équipe 7. Chargés de ramener une autruche errante, ils tombent sur deux hommes s'affrontant devant une foule de villageois, le plus faible, nommé Tsukado ayant échoué 34 fois à se venger sur Katazu, responsable de la mort d'un membre de sa famille. Naruto décide alors de prendre en charge Tsukado pour lui apprendre à prendre sa revanche. Il s’aperçoit que Tsukado est un épéiste confirmé mais que le regard de Katazu lui fait perdre ses capacités. Un nouveau combat est organisé par un clan avide de l’argent des paris ; durant le combat, Katazu apprend à son adversaire qu’il a un frère jumeau Kageki, et que c’est lui qui a tué le membre de sa famille par accident lors d’une rixe pour avoir voulu récupérer de l’argent prêté. Katazu s’est sacrifié pour le protéger et attirer sur lui la vengeance. Alors que Tsukado décide de renoncer à sa vengeance, les villageois tentent de les forcer à se battre ; aidés par l’équipe 7, ils les mettent en déroute… À la fin de l’histoire, Tazuna s’interroge sur l’absence de Sasuke ; ce dernier se dirige vers Konoha. Naruto déclare comprendre Sasuke et la vengeance du fait de son combat contre Pain. Il est plus que jamais déterminé à le ramener.

Après le départ de Sasuke, Naruto part en voyage avec Jiraya afin de devenir plus fort que son ami. Sasuke possédant le sharingan, Jiraya lui propose alors un entraînement pour contrer le genjutsu. Pour ce faire, il invoque Gamariki qui place Naruto sous le contrôle d’un genjutsu ; en essayant de perturber le chakra dans son corps, Naruto expulse du chakra et projette Gamariki au loin. Naruto s’entraîne alors à contrôler son chakra sur l’eau et finit par parvenir à l’équilibre. Pour compléter son entraînement, Jiraya l’emmène alors dans une zone près d’un village où des champs d’énergie environnants simulent le genjutsu et font se perdre les voyageurs, mais ils retrouvent le village sous le joug d’une bande de bandits spécialistes en genjustu venus s’approprier la puissance énergétique du lieu pour améliorer leurs techniques en maintenant les femmes et les enfants en otage. Naruto prend l’apparence d’un jeune garçon du village et fait mine d’amener Jiraya prisonnier au chef de la bande…

Reconnaissant un visage parmi des photos récupérées des décombres de Konoha, Naruto se remémore une histoire qu’il a vécu plusieurs années auparavant. Alors qu’il avait trouvé et ramené un sceau étrange collé sur une pierre à distance du village, il se réveille avec un fantôme sur son lit. Ce dernier est amnésique et ne se souvient plus des circonstances de sa mort ; après enquête, Naruto retrouve l’homme par le nom marqué sur le sceau, Kisuke ; il s’avère qu’il est dans le coma à l’hôpital ; retrouvant son adresse, Naruto l’amène sur les lieux de sa maison qui a brûlé avec son épouse quelque temps auparavant. Kisuke se rappelle alors qu’il a été éliminé par un jeune homme, Sabiru, qu’il surveillait pour le compte de l’ANBU, le soupçonnant d’être un espion. Ce dernier s’apprête à faire adopter au conseil de Konoha un nouveau système de sécurité pour le village. S’apercevant qu’il était suivi, il a piégé Kisuke et a scellé son âme loin du village. Juste avant le vote sur le projet, Kisuke est assassiné à l’hôpital. Naruto prend alors son apparence et fait intrusion au conseil pour révéler que Sabiru est un espion et qu’il compte prendre le contrôle de la sécurité du village. Mis à mal par Sabiru qui demande des preuves, il est contraint de s’enfuir, poursuivi par Kakashi, les ANBU et Sabiru lui-même. Naruto parvient à convaincre Kakashi de prendre l’apparence de Kisuke pour confondre le traître. Ce dernier se laisse piéger et est finalement vaincu par le « multi-clonage supra » de Naruto possédé par et avec l’apparence de Kisuke. Sabiru est alors assassiné par une fléchette de Kabuto caché non loin. Kisuke demande un dernier service à Naruto avant de retrouver sa femme dans l'autre monde : mettre des tulipes sur leur tombe.