站在井野、鹿丸、丁次他们眼前的，就是正与忍者联军战斗的昔日恩师·阿斯玛。四角认为曾是阿斯玛的部下，猪鹿蝶拥有最大的胜算，于是下达残酷的指令让他们三人执行。然而，出手时决心却动摇的丁次，想起了昔日曾与阿斯玛对打的往事……。

为了击破忍刀七人众而分散的小队之一，由重与封印小组的亚贵一行人所组成的部队，对上了“鲛肌”所有者的西瓜山河豚鬼与爆遁忍者·狩。而出现在亚贵面前的灼遁忍者羽藏，对亚贵来说既是砂忍者村的英雄，更是昔日的恩师。一场师徒之战就此引爆……。

为了保护托尼卡村的幸存者德克与孩子们，鸣人与小樱便暂住在希赛尔家里。鸣人与孩子们相处十分融洽，但此时鸣人的身体出现了异状……

在白绝可能混在联军里的疑虑中，鹿丸他们决定先暂时休息。另一方面，宁次与牙在各自的战场上持续战斗着。在他们分散各处的战场上，同时出现了意外的敌人。那就是他们在执行夺回佐助任务时，阻止鸣人他们完成任务的强敌……！？

鸣人成功地与身为人质的少主·修交换身份。本来应该平安将少主送回彼之国的，没想到修竟提出想到街上逛逛的要求。另一方面，变身成修的鸣人，遭带刀拆穿了真面目，面对剑术精湛的带刀与武士们，鸣人因此陷入了危机之中。

与三船并肩作战的勘九郎，面临了因为秽土转生而复活的傀儡忍者·千代婆婆所发动的攻击。正面迎击的勘九郎所使用的傀儡，正是千代婆婆的孙子“人偶傀儡蝎”。看到蝎站在眼前的千代婆婆，不由得想起了悔恨的过去。

鸣人漂亮地解开了锁链的封印，取得了四尾·孙的信任。但是封印还是无法完全解开，孙被外道魔像吸了进去。面具男又更进一步地使得剩下的人柱力全部尾兽化并发动袭击，鸣人也因查克拉耗尽而无法动弹。正当束手无策之时，九尾对鸣人说话了。被鸣人的行动打动内心的九尾——九喇嘛表示要将力量借给鸣人，木叶忍者村的鸣人和九喇嘛的组合终于出动！

“伊邪那美”是通过身体的感觉使对手陷入术中的瞳术。过去，宇智波一族之间曾兴起为了依靠“伊邪那岐”获取有利的结果而产生的斗争，伊邪那美便是为了阻止此事而开发的术。中了伊邪那美的兜，其意识已经被囚禁在与鼬的幻影进行无限战斗的轮回中。但，一旦接受了自己的命运，便可以自轮回中解脱出来。而鼬则是将兜与过去的自己相重叠，希望兜能察觉自己的错误，因此才施展了伊邪那美……

卡卡西知道了天藏打算取自己的性命，因而大为震惊。就在此时，大蛇丸的研究素材大蛇突然袭击了卡卡西和天藏。两人即将被大蛇吞掉而丧命之时，救了天藏的竟然是本该与他为敌的卡卡西。天藏也由此知道，“残杀同伴的卡卡西”其实比谁都重视同伴的性命。

　　但，隶属于规章严格的“根”的天藏由于犯了放弃任务的罪，其性命也被团藏盯上了——。

得知斑是宇智波一族的少年后，柱间的父亲给柱间下达了“去杀了斑”这样冷酷的命令。于是同样期盼着未来的两人变成互相战斗的对手，柱间心中描绘的未来也在中途就崩溃了。时光飞逝，每天不停持续着战斗的两人，也分别成为了一族之长。就在千手一族和宇智波一族之间的战斗白热化之际，尚未放弃梦想的柱间提出与斑携手共进，但斑对此充耳不闻，并发动了须佐能乎……

一小时的番外篇特别篇！

　　那是鸣人为了习得风的性质变化而在木叶忍者村中修行的时候。众多的人们在村中的道路上往来，形成一片人山人海。但，村里的人们却一个接一个被不知道什么人吹飞了。有事件发生吗！？听闻此事的小李等人赶往现场，却发现对手是拥有足以让宁次陷入苦战的高强实力的人。到底对手是什么人？是大蛇丸的手下吗？还是说是“晓”派来的新的刺客？面对突然袭击村子的恐怖，鸣人究竟会……？

魔之沙漠的古代遗迹在卷轴争夺的战斗中崩塌，天天和紫阳花两人掉到遗迹深处被困住了。为了逃出这里，两人决定暂时休战。两人为了寻找出口而前进，但却遭到巨大的蚂蚁群袭击！天天利用时空间忍术取出武器向蚂蚁挑战。但，使用同种忍术的紫阳花却打算将这些蚂蚁作为自己的通灵动物。看到紫阳花对通灵术的熟练使用，天天回想起了和阿凯的修行……

遵循“不会放弃同伴”的带土，以及遵循“任务优先”的卡卡西。他们在意见完全不合的状况下出击，却在任务地点遭遇敌袭！但这种状态下根本无法发挥团队合作，水门班陷入绝境。带土无法理解卡卡西的想法，但在那之后的神无毗桥任务中，带土终于知道了卡卡西为何会以任务为优先。——舞台回归，带土和卡卡西一同与斑对峙。两人最后的作战，现在开始！！

对全人类施加幻术，让他们永远做着幸福的梦的最强幻术无限月读，经由斑的手发动了。忍者们和其他人沐浴在光芒之下，带着空虚的表情仰望满月。在被闭锁的世界中，他们所看到的梦境是？

被引到至村落，同小队·自来也交手的鹿丸他们，因为这次战斗将村里的孩子们卷了进来。战斗导致地面崩陷，孩子们掉进了不知通向哪里的隧道，弥彦他们立刻跟了下去想要救孩子，可鹿丸却不知因为什么对此无动于衷。另一方面，在和村子不同位置的地方，鸣人小组和宁次小组汇合了，他们突然听到了一个奇怪的声音。声音的主人一边感叹着墨守规定的木叶忍者一边将他们诱导进了一个异空间。

同鸣人汇合，下忍们解除了傀儡来袭的危机。看到了这些下忍的行动，感觉年轻忍者们还有未来可言而心满意足的面具男，准备按照约定释放上忍们。和面具男一起见证了一部分实验的宁次也被解放出现在了鸣人他们面前。随后这次事件的主谋面具男开始诉说这次的目的以及他的真实身份，最终面具男究竟会是谁呢！？而且这次事件看上去算是解决了，但其背面隐藏着…？

多亏宁次、小李和天天拼上性命拦截“根”的人，鸣人才得以到达佐助目的地的那座塔。但是，为时已晚，想将佐助变为自己下一次容器的大蛇丸已经出现。大蛇丸将咒印给了佐助，由于疼痛太过猛烈佐助不由大叫出声。好像呼应那叫声一般，鸣人体内的九尾暴走，不由自主来到了佐助所待的屋顶。鸣人和佐助终于面对面了。一心想要将佐助带回去的鸣人和佐助发生了冲突！！

鸣人和佐助的最终对决。鸣人想将佐助带回去，但佐助却是杀气外露。为何佐助会敌视鸣人呢？木叶同宇智波一族。火影与富岳。火影的儿子鸣人，宇智波族长的儿子佐助。再加之优秀忍者哥哥·鼬的存在。佐助面对鸣人思绪万千，一边不断地猛烈攻击对方一边回想当初。最终战斗如何！？另外自来也忍法帐，就此完结！！

鸣人和雏田就要结婚了。可这迫在眼前的婚礼让卡卡西为了某个问题很是烦恼。现在虽然是和平了，但鸣人的朋友们都是忍村活跃在一线的忍者。一直都在连日连夜处理任务的他们，必定会有人无法出席当日的结婚典礼。作为火影的卡卡西为了避免这种情况发生，向大家颁布了“准备二人的结婚贺礼”这个绝密任务！