Izumo, Kotetsu et Darui engagent le combat contre Kakuzu, dont les « masques » attaquent l’alliance ; Tenten a récupéré l’éventail de feuilles de palme et s’en sert pour détruire le masque raiton. Shikamaru, Ino et Chôji reçoivent pour mission de combattre Asuma, leur ancien maître ; ils engagent le combat, mais au dernier moment, Chôji ne peut se résoudre à le frapper et Ino est obligée de le sauver d’une attaque d’Asuma. Ce dernier et ses camarades essaient de le remotiver pour poursuivre le combat ; Chôji se souvient alors de quand à l’entraînement, Asuma lui avait dit que sa gentillesse deviendrait sa force pour protéger ses amis. Asuma lui dit que ce moment est venu ; il lui supplie de l’arrêter et le traite de « gros » pour le mettre en colère.

Déchue de son rang au sein du clan Hyûga et remplacée par sa cadette, Hinata saura dépasser ses faiblesses et s’accomplir, en marchant sur les traces de Naruto.

Dans le désert du Mal, Tenten en est en proie au doute sur ses facultés. Maître Gaï va l’aider à passer un cap.

Victimes des « Arcanes lunaires infinis », les ninjas de la coalition sont plongés dans un monde onirique. Seuls Sasuke, Naruto, Sakura et Kakashi ont pu y échapper grâce au Susanô. Mais impossible de tenter une sortie sans succomber au sort de Madara...

Depuis que l'Emite Rikudô leur a conféré ses pouvoirs, Naruto et Sasuke semblent être en passe de reprendre la main. Mais Madara est un adversaire décidément plein de ressources...

Avant d'être enfermée dans le cocon de l'Arbre Sacré, Karin se remémore la période de son enfance, et les moments qu’elle a passés aux côtés d’Orochimaru et de Sasuke.

Sasuke et Sakura rejoignent leurs compagnons mais la marionnettiste Sasori apparaît et leurs bloque le chemin pour rentrer chez eux. Sasuke veut abattre les marionnettes et se précipiter pour faire son rapport au quatrième Hokage, mais Shikamaru et les autres ninjas insistent pour rester et sauver leurs maîtres.

Itachi devient un Nukenin et rejoint l'Akatsuki. Il est accueilli et présenté par Pain et Orochimaru comme ancien ANBU de Konoha et l'homme qui a massacré tout son clan. Itachi fait équipe avec un homme nommé Juzo. Leur premier travail est de répondre à une demande d'assassinat au Pays de l'Eau.

Avant de leur révéler son plan, le Sage des Six Chemins souhaite leur raconter son histoire personnelle. Cette dernière débute quelques temps après sa victoire contre sa mère Kaguya. Hagoromo décide de partir en voyage pour deux raisons : trouver une place pour les 9 Bijû qu'il a extraits de Jûbi et réparer les dommages effectués lors de son matricide.

Le combat final de l'équipe 7 contre Kaguya est sur le point de s'achever. Aidés par Kakashi au Sharigan et Sakura, ils parviennent à la sceller. Kakashi se souvient alors avec nostalgie des premiers instants avec ses élèves.

Sasuke découvre enfin la véritable identité de Fuushin et commence à le combattre. Au moment où Sasuke essaie de lire les souvenirs de Fuushin avec son Sharingan, un Genjutsu aux yeux rouges fait perdre connaissance à Sasuke. Il se réveille et se retrouve seul. Toutefois, il voit des traces dans la neige indiquant que Fuushin s'est à peine échappé vivant.