Naruto détruit Shuradô avec l'« Orbe tourbillonnant » et demande à Gamakichi de mettre Tsunade à l'abri. Pendant que les crapauds se battent avec les invocations de Chikushodô, Naruto neutralise Gakidô d'un coup de poing. Refusant de discuter avec Tendô, il lance l'« Orbe shuriken » en direction des quatre corps de Pain restants…

En apprenant la destruction de Konoha, Gaara se remémore une mission en coopération avec l'équipe 7 juste après le traité de paix entre Suna et Konoha pour resserrer les liens d’amitié entre les villages. Ils doivent conjointement attaquer des ninjas renégats, mais sont suivis par une escouade d’assassins envoyés par une partie des hautes instances de Suna pour supprimer Gaara. Après les avoir vaincus, ce dernier les épargne, puis ils mènent la mission à bien. Gaara réussit à réaliser son rêve grâce à Naruto : nouer des liens avec le peuple de son village et se faire des amis, pour finalement devenir Kazekage.

Après le départ de Sasuke, Naruto part en voyage avec Jiraya afin de devenir plus fort que son ami. Sasuke possédant le sharingan, Jiraya lui propose alors un entraînement pour contrer le genjutsu. Pour ce faire, il invoque Gamariki qui place Naruto sous le contrôle d’un genjutsu ; en essayant de perturber le chakra dans son corps, Naruto expulse du chakra et projette Gamariki au loin. Naruto s’entraîne alors à contrôler son chakra sur l’eau et finit par parvenir à l’équilibre. Pour compléter son entraînement, Jiraya l’emmène alors dans une zone près d’un village où des champs d’énergie environnants simulent le genjutsu et font se perdre les voyageurs, mais ils retrouvent le village sous le joug d’une bande de bandits spécialistes en genjustu venus s’approprier la puissance énergétique du lieu pour améliorer leurs techniques en maintenant les femmes et les enfants en otage. Naruto prend l’apparence d’un jeune garçon du village et fait mine d’amener Jiraya prisonnier au chef de la bande…

Naruto se réveille et repense à Sasuke, il parvient ensuite à déjouer la surveillance de Yamato et à fuir la chambre où il était confiné pour partir aussi en direction de la zone du combat, utilisant ses sens en mode ermite. Il repense à toutes ses discussions concernant Sasuke et saura maintenant quoi faire quand il se trouvera face à lui.

Naruto, Yamato, Gaï Maito et Aoba s'apprêtent à partir pour Kumo… Ils atteignent l’unique port du Pays du Feu, mais les marins refusent de prendre la mer car un monstre attaque les bateaux qui s’éloignent de la côte. Aoba et Gaï partent pour le vaincre et sont attaqués par un makaire géant qui semble être une invocation « sauvage », laissée là à l’abandon à la fin de la dernière guerre ninja quinze ans auparavant. Naruto et son groupe donnent un coup de main à un pêcheur nommé Yusuke qui a perdu son père tué par le poisson et veut le venger en l’attrapant. Avec l’aide de Yamato, les ninjas de Konoha offrent à Yusuke un bateau et une canne à pêche suffisamment solide, et Gaï s’occupe de la propulsion, ouvrant l’une après l’autre les cinq premières portes célestes. Après une longue lutte, Yusuke attrape finalement sa proie ; Naruto délivre celle-ci d’un grand shuriken à quatre lames planté dans son front, et le poisson peut retourner dans son monde. Le lendemain, les ninjas peuvent finalement partir vers le Pays de la Foudre…

Shikamaru est angoissé à l’idée de devoir commander des troupes durant la guerre, un mauvais jugement de sa part pouvant mettre ses amis en danger. Son père le fait envoyer en mission avec Tenten sur une île où Naruto et ses amis vont passer. Ils embarquent avec eux, mais soudain, des pièges se déclenchent : un brouillard se répand, la boussole se dérègle et des rochers apparaissent hors de l'eau. Gaï parvient à les briser, mais surgit un rocher plus gros, dont ils se détournent grâce à Yamato ; ils arrivent enfin sur un tourbillon, neutralisé par un « Orbe tourbillonnant géant » de Naruto. Lorsque les événements se répètent deux fois, et qu’ils arrivent une quatrième fois sur les rochers, tous ont épuisé leur chakra ; Shikamaru analyse la situation et comprend que ces événements ne sont pas naturels : quelqu’un cherche à les faire tourner en rond et couler. À l’arrivée sur le tourbillon, il fait cacher par Tenten le bateau dans un parchemin et ils restent à la surface de la mer. Les habitants de l’île arrêtent alors les pièges et viennent chercher leur butin, mais Tenten, faisant reparaître le bateau, les fait chavirer, et ils reprennent leur route. Lorsque Naruto dit à Shikamaru que son intelligence a été utile pour les sauver, ce dernier voit fondre ses angoisses.

En voyant une coccinelle sur le bateau, Naruto se dit que ça lui fait penser à quelqu’un… À Konoha, Shino parle à ses élèves et leur dit qu’il a peur de la guerre mais pense qu’il survivra car il a des amis sur qui compter. Il se remémore une mission de l’équipe 8 avec Hinata et Kiba du temps où ils étaient genin. Devant arrêter un voleur, ils se font battre, ce dernier attaquant Shino au taijutsu avant de lui déclarer qu’il est faible. Ils se rendent compte que le voleur est un jōnin renégat et qu’ils n’avaient aucune chance de le vaincre, mais le mal est fait, Shino est vexé et ne souhaite plus faire partie de l’équipe de peur de ne pouvoir être un soutien pour ses camarades. Kurenaï les envoie alors en mission près de sources chaudes ; Hinata et Kiba entraînent Shino au taijutsu, et le jeune ninja devient finalement suffisamment fort pour contenir ses deux camarades et éviter la « Morsure de l’homme-bête » de Kiba. Il est cependant toujours vexé, et quand ils apprennent par un pigeon messager que le ninja renégat est dans le coin, il refuse tout d’abord de suivre ses camarades pour le tracer. Repérés, Kiba et Hinata doivent combattre et se font piéger ; au moment où ils reçoivent un explosif, ils sont protégés par une sphère d’insectes : Shino est revenu. Le jōnin l’attaque au taijutsu, mais avec un clone d’insectes, Shino finit par le vaincre sans même lui laisser le temps de faire des signes de ninjutsu. Achevé par Hinata et Kiba, le voleur est fait prisonnier, et Shino réintègre l’équipe 8, avec la confiance de ses camarades pour assurer leurs arrières. Sur le bateau, Naruto ne se souvient toujours pas à qui lui fait penser l’insecte.