Naruto llega a la isla y quiere ser entrenado por Killer Bee, pero este se niega. Con la ayuda de Motoi, El Jinchūriki de nueve colas va acompañado con Yamato hacia la 'Cascada de la Verdad' donde Naruto debe entrar en lo profundo de su mente, encontrándose con otro Naruto, quién se describe como lo más oscuro de su corazón. La pelea se inicia y los dos están igualados en fuerza.

Killer Bee quien logró salir con vida luego de que extrajeran al Hachibi, cae bajo el efecto del Tsukuyomi infinito, en su mundo, el junto a Yugito deben ir y reclutar a todos los Jinchūriki, los cuales están en sus aldeas, el propósito según Killer Bee es que ellos tienen una misión especial que y solamente al reunir a los nueve Bijūs podrán tener éxito, una vez que se dividen, Killer Bee empieza reclutando a Gaara el cual está encerrado en Sunagakure, una vez que lo libera el siguiente es Naruto que también esta como prisionero, pero para escapar deberán enfrentar a Tsunade y los guardias de Konoha, una vez que logran escapar el siguiente Jinchūriki que buscan es Fū, una vez que llegan a donde ella se encuentra las cosas se vuelven a complicar puesto que akatsuki aparece con el fin de capturarlos.

Akatsuki inicia un ataque a las cinco grandes naciones, por lo que estas se unen para contrarrestarlos. Naruto y sus compañeros deciden ir tras Sasuke para instarlo a volver, pero Sasuke traiciona a Akatsuki por tener distinto modo de pensar y tras una aparición de Itachi. Sasori utiliza el edo tensei utilizando cientos de marionetas, pero con la presencia de los shinobis de las grandes naciones, Itachi y el equipo Jiraiya, logran derrotar a Sasori y los demás miembros de Akatsuki. Tras haberlos derrotado a todos, Naruto insta a Sasuke a volver a Konoha, pero Sasuke continúa con la idea de gobernar como los Uchiha.