Nachdem Naruto auffällig geniest hat, erinnert sich Sakura an eine vergangene Epidemie zurück. In jenen Tagen kam der Verdacht auf, dass das Chakra-Virus im Dorf Einzug gefunden hätte. Durch diesen Virus, können Shinobi nicht mehr ihr Jutsu anwenden und somit auch ihre Kräfte im Kampf nicht mehr einsetzen. Auch Tsunade glaubt an einen Ausbruch der Krankheit und lässt das Dorf evakuieren …

Naruto wurde vom Hokage beauftragt, gemeinsam mit dem Teamführer Hayame und Tekune die Grenze des Reiches vor Eindringlingen zu schützen. Ein weiteres Teammitglied war der alte Kosuke, welcher bereits seit 50 Jahren Genin war. Besonders Hayame schätzte ihn Wert, denn er erhoffte sich, aus der Erfahrung des alten Ninja, zu lernen und Vorteile daraus ziehen zu können.

Naruto sucht den Raikage auf. Der Shinobi möchte den Yondaime Hokage überreden, die Verfolgung von Sasuke aufzugeben und ihm zu verzeihen. Sakura erfährt unterdessen von Narutos Gefühlen und die restlichen Shinobi beschließen, im Kampf gegen die Akatsuki in Aktion zu treten. Währenddessen versucht Mifune einen Anführer für die neu gebildete Allianz gegen die Akatsuki zu finden.

Der Kampf zwischen Sasuke und Danzō geht weiter. Obwohl Sasuke seine stärksten Jutsu einsetzt, ist er nicht in der Lage Danzō zu besiegen. Madara beobachtet das Kampfgeschehen und kann den Grund für Danzōs Stärke herausfinden. Dieser setzt das Izanagi ein. Ein Jutsu, bei dem der Anwender selbst in ein Gen-Jutsu versetzt wird.

Die Daimyō der fünf großen, versteckten Dörfer stimmen der Bildung einer Shinobi-Allianz gegen die Akatsuki zu. Als die Kage nach dem Gokage Kaidan in ihrem Heimatdorf zurückgelangt sind, erfahren sie neben der Zustimmung der Daimyō, auch vom Danzōs Tod. Die Anführer sind sich bewusst, dass ein erneuter Weltkrieg, nicht mehr zu verhindern ist und treffen deswegen erste Vorkehrungen.

Durch einen Sturm wurde das Steuerrad des Schiffs aus Konohagakure beschädigt. Während die Schiffsmannschaft versucht das Schiff zwischen Felsen zu manövrieren, werden sie wie aus dem Nichts angegriffen. Nachdem das Schiff getroffen wurde, erkennt Naruto, dass vor ihnen eine große Piratenflotte im Wasser treibt.

Die Anführerin eines Dorfes fordert Naruto zu einem Duell heraus. Kurz darauf wird der Grund für den Kampf offenbart. Shizukas Mutter duellierte sich einst mit Jiraiya. Allerdings wurde kein Gewinner gekürt. Die Rivalen schworen sich damals, dass in ferner Zukunft ihre Schüler den Kampf beenden sollten.

Um den Neunschwänzigen endlich unter Kontrolle zu bringen, begibt sich Naruto zum Wasserfall der Wahrheit. Dort soll er sein wahres Ich finden. Naruto begibt sich auf eine Reise in sein Inneres. Dort trifft er auf seine dunkle Seite, die er besiegen muss. Jedoch ist sein Kontrahent exakt gleich stark, wie er selbst. Er sucht Hilfe bei Motoi, den Vertrauten von Killer B.

Durch die Hilfe seiner Riesenschlange, findet Kabuto die Riesenschildkröte. Indem er das Tier auf den Rücken dreht, kann er sie infolgedessen ruhig stellen. Kurz darauf, stellt sich Kabuto einigen anderen Shinobi. Kabuto kann die Gegner nicht besiegen und wird schließlich gefangen genommen.

Während der Kampfhandlungen gegen die Shinobi-Allianz der fünf großen Shinobi-Mächte beschwört Kabuto den Sandaime Raikage, den Nidaime Mizukage und den Yondaime Kazekage. Auf dem Schlachtfeld der vierten Division erklärt er ihnen, dass sie in vollem Bewusstsein ihre eigenen Leute töten werden.

Naruto und Killerbeat können aus dem Inselversteck entkommen, während der Krieg an Härte immer mehr zunimmt. Madara hat sich eingeschaltet, nachdem es ihm gelungen ist, die Ninja-Instrumente zu rauben. Und damit auch das Bernstein-Gefäß, in dem Kinkaku und Ginkaku mit ihrem Chakra versiegelt sind.

Der Raikage versucht Tsunade zu überreden, Naruto mit aller Macht davon abzuhalten, in den Krieg zu ziehen, aber Tsunade möchte es zulassen, weil sie weiß, dass in Naruto diese ungeheure Kraft steckt. Sie hat in Killerbeat einen Verbündeten. Er selbst hat in sich nicht nur die Kraft des Achtschwänzigen, sondern auch eine Art Sonne, die ihm zusätzliche Energie gibt.

Die Auswertung der DNA-Daten des weißen Zetsu ergibt, dass der Feind Zellen des ersten Hokage kultiviert, und bewegliche Pflanzen als Träger verwendet hat. Des Weiteren stellt sich heraus, dass Madara vermutlich unsterblich ist. Diese neuen Informationen machen es Naruto nicht leichter, endlich in den Kampf zu ziehen …

Die Viererbande aus Otogakure, die von Orochimaru durch Edo Tensei wiederbelebt wurde, hat Shikamaru, Neji, Kiba und Choji in einem Bannkreis eingesperrt um sich an ihnen für eine frühere Niederlage zu rächen. Aus diesem Bannkreis gibt es angeblich kein Entkommen mehr. Aber Naruto spürt, dass seine Freunde in Gefahr sind und es gelingt ihm, herauszufinden, wo sie sich aufhalten.

Yota setzt Shikamaru, Ino, Choji, Kiba und Sakura immer noch zu. Das Verblüffende daran ist: Er ist an drei Orten zur selben Zeit. Als die Kinder aus Konoha Yota damals kennengelernt haben, hatten sie gemeinsam eine Menge Spaß. Aber sie mussten vorsichtig sein, denn sollte jemand in Konoha erfahren, dass sich ein Fremder auch nur in der Nähe des Dorfes aufhält, würde es großen Ärger geben.