Guys Team kämpft immer noch gegen sich selbst, Naruto und Kakashi verfolgen immer noch Deidara, Sakura und Chiyo kämpfen immer noch gegen Sasura und bei der Überlegung, welche Strategie man gegen ihn anwenden kann, erinnert sich Sakura daran, was Tsunade ihr beigebracht hat.

Auf der Brücke zwischen Himmel und Erde steht Naruto nun seinem schlimmsten Feind, nämlich Orochimaru gegenüber und der reizt ihn so, dass das „Gewand des Fuchsgeistes" wieder zum Vorschein kommt. Dieses unheilvolle Chakra ist nur zu kontrollieren bis der dritte Schwanz des Fuchses sich bildet, ab dem vierten wird Naruto außer Kontrolle sein.

Naruto trainiert wie ein Besessener, um die Form und die Eigenschaften seines Chakras verändern zu können. Er erfährt, dass Asumas Chakra auch zum Windelement gehört und erhofft sich wertvolle Tipps von ihm – die er auch bekommt, aber nur unter der Bedingung, dass er das nächsten Essen im Grillhaus für Asumas Team bezahlt.

Danzo, der kurzzeitig verschwunden war, ist von den ANBU gefunden und zurück ins Dorf gebracht worden. Tsunade verhört ihn, weil sie Informationen von ihm haben möchte, doch er verhöhnt sie nur. Außerdem scheint er Koharu und Homura hinter sich zu haben, die Tsunades gemäßigte Politik offenbar auch nicht gutheißen.

Tsunade bekommt mal wieder Dampf von Homura und Koharu, dass sie bei der letzten Krise nicht entschlussfreudig genug war. Naruto und Sai liegen im Krankenhaus und müssen sich ausruhen, was Naruto ziemlich nervt, weil er endlich wieder trainieren will, aber Kakashi verordnet ihm Ruhe. Asuma möchte mit Kakashi etwas besprechen, rückt aber mit der Sprache nicht raus.

Shikamaru, Izumo und Kotetsu haben keine Chance gegen die beiden Akatsuki-Leute, zumal Asuma von Hidan schwer verletzt wurde – und er unterliegt diesen Verletzungen und stirbt. Obwohl kurz darauf die Verstärkung durch Aoba und Raido eintrifft, können sie für Asuma nichts mehr tun und jeder Einzelne erinnert sich an Situationen mit ihm.

Naruto ist als Verstärkung für Kakashi und Co auf dem Kampfplatz geblieben, während Pakkun mit Sai und Sakura die Spur von Shikamaru aufnimmt, um ihn im Kampf gegen Hidan zu unterstützen. Doch sie kommen zu spät. Shikamaru hat Hidan, den Mörder von Asuma, besiegt. Naruto bittet Kakashi, Kakuzu allein angreifen zu dürfen, obwohl Choji seine Hilfe anbietet und Kakashi stimmt widerstrebend zu.

Naruto ist es gelungen, die Kristallbarriere zu zerstören und so können er, Yamato und Sakura nun Kakashi und Co zu Hilfe kommen. Guren hat Hinata in ein Kristallgefängnis gesperrt und die Freunde befürchten, dass Hinata bei der geringsten Erschütterung genauso zersplittert, wie der Kristall. Doch was sollen sie tun?

Guren ist es gelungen, die Versiegelungsbarriere zu zerstören, so dass die Konoha-Ninjas den Sanbi nicht versiegeln konnten. Rinji findet heraus, dass Yukimaru nur dann seine Kräfte voll entfaltet, wenn er sich Sorgen um Guren macht, weil er sehr an ihr hängt. Also verletzt Kabuto Guren, so dass sie erstmal nicht fliehen kann …

Orochimaru kämpft in seiner wahren Form gegen Sasuke. Sasuke kann den Angriffen ausweichen und sein Chidori einsetzen. So zerschneidet der Shinobi die Schlangen seines ehemaligen Meisters. Orochimarus Unsterblichkeit ist es zu verdanken, dass er wieder aufersteht und Sasuke in eine von ihm kontrollierte Welt versetzt. In dieser Umgebung möchte Orochimaru das Ritual zur Köperübernahme beenden.

Kakashi teilt die acht Konoha-Nins in Einzelgruppen auf. Dabei erhalten die Shinobi die Unterstützung von Ninja-Hunden. Naruto, Yamato und Hinata begegnen Kabuto. Dieser möchte den Shinobi helfen, indem er ihnen geheime Informationen über die Akatsuki gibt. Sasuke teilt ebenfalls sein Team auf, um so effektiver nach Itachi suchen zu können.

Nachdem das Verhör zweier Bewohner aus Amegakure nichts Nützliches erbrachte, versucht Jiraiya weiterhin an Informationen zu gelangen. Jiraiya ist sich währenddessen nicht bewusst, dass er bereits von Konan beobachtet wird. Nach einer kurzen Auseinandersetzung, ist es Jiraiya möglich Konan zu fesseln. Im Anschluss trifft auch Pain am Ort des Geschehens ein.

Nach einem erbitterten Kampf konnte Sasuke seinen älteren Bruder endlich besiegen und fällt infolgedessen bewusstlos zu Boden. Naruto und die restlichen Konoha-Nins müssen sich immer noch einen Kampf gegen den mysteriösen Tobi stellen. Doch egal welche Attacke die Nins probieren Tobi ist in der Lage diese auszuweichen. Zetsu tritt in Erscheinung und berichtet über Sasukes Sieg über Itachi.

Obwohl Naruto und seine Freunde die Mission erfolgreich beendet haben und somit Lady Hotaru in das versteckte Dorf brachten, hat Naruto ein ungutes Gefühl bei der Sache. Kurzerhand dreht Naruto um und geht zurück zum Dorf. Wie sich herausstellt, ist Team Akaboshi zuerst im Dorf angekommen und möchte Hotaru zu fassen bekommen.

Madara hat den Kage seinen Plan erzählt. Die Kage wollen keine Zeit verlieren und beginnen sofort, Gegenmaßnahmen zu ergreifen. Zunächst werden die Soldaten der Reiche zu einer Armee zusammengeschlossen. Oberbefehlshaber dieser Allianz ist der Raikage. In der Zwischenzeit findet Sakura ihren Teamkollegen Naruto.