鸣人在察觉到情况有异后，便与深作一同赶回木叶。但出现在他眼前的，竟是已被破坏殆尽的木叶忍者村。纲手也为了保护村民的性命，用尽了所有的查克拉。于是鸣人强忍住愤怒与悲痛……，奋不顾身地与培因展开一场激烈的对战！

木叶遭到毁灭一事也传入了砂忍者村，勘九郎与手鞠很担心木叶是否能迅速从惨状中脱困，但我爱罗却对此感到乐观。此时在我爱罗的脑海里，浮现出昔日与木叶的第七小组，联手执行任务时所发生的往事……

为了带回佐助并学习保护自己，鸣人与自来也踏上了修炼之旅。他们前往拥有特殊磁场的村子进行幻术修炼，因为村子外围树海的磁场，会让人陷入与幻术雷同的状态。但才刚抵达村子口，他们便遇上了一位名叫田螺的少年……

鸣人由于过度呼吸症发作，而被迫在旅馆里休息。在鸣人陷入沉思的脑海里，不断浮现从少年时期开始的种种回忆。然而，早已经历过获得的喜悦，与失去的痛苦的鸣人，终于找到自己要的答案……

为了不让鸣人发现“隐藏祭品之力”的作战计划，纲手捏造了一个机密任务给鸣人执行。 　　为了寻找预言中的章鱼，鸣人与大和、阿凯、青叶等人打算搭船出海，没想到却被突如其来的难题给困住了。

大战在即，鹿丸感受到自己肩负着伙伴性命的重责大任，并为此感到迷惘。看穿鹿丸心思的四角，建议他接下与鸣人一行人会合，进行物资补给的任务。但是当众人准备离开藻屑岛之际，却遭逢了难以理解的危机。

面对学生的提问，志乃回想起过去自己还是下忍的一段回忆。那是发生在第八小组执行任务之时，因为自己的弱点被敌人掌握而导致任务失败。当时的牙与雏田为了鼓励消沉的志乃，约他前往温泉区一边疗伤一边锻炼近身肉搏战的实力。