看到鸣人历经百战却丝毫不显疲累的模样，让小樱想起昔日在村子里发生的某起骚动。三年前，小樱因突发的高烧而倒下，其症状与“查克拉病毒”所引起的症状极为酷似，而与小樱有过接触的鸣人，似乎就是病毒的带原者……

时空回到木叶毁灭行动不久之后。为了牵制他国忍者的行动，鸣人参加由上忍叶山所率领的小队，前往国境从事巡逻的工作。小队里有一位别名叫万年下忍的老人，负责照顾众人的起居。正当他们四处巡视之际，大批敌军却蜂拥而来……

为了与晓对抗，三船呼吁五影组成忍者联合军队，并提议由火影负责联合军队的指挥工作，然而这一切都是段藏的计谋。另一方面，祭为了鸣人的事主动去找小樱谈话，得知鸣人为佐助所做的一切之后，小樱做了一个痛苦的决定。

佐助对段藏施展的攻击无法奏效，反而被段藏所施展的神秘忍术玩弄于股掌之间。原来段藏施展的忍术，是宇智波一族中被视为禁术的瞳术——伊邪那岐。那是一种能够控制虚幻与现实区隔的极致幻术。

鸣人一行人的船在航行途中突然遭受炮击。这座看似战舰的岛屿，就是在附近海域横行的海贼们的巢穴。

　　为了从攻击中脱困，大和运用木遁制造速成的潜水艇潜入海里，并暂时在海底洞穴栖身。没想到却在洞穴里看到令人震惊的光景……

鸣人在某个港口遇到了来自抚子村的女忍者。过去她们的村长曾经以结婚为赌注向自来也提出挑战，但这场战斗却没有分出胜负，于是两人便约定由彼此的徒弟继续这场战斗，但是得知详情的鸣人，却无法接受这种无视双方心意的择偶方式。

鸣人得知若维持现状就无法进行控制尾兽的修炼后，便决定深入了解与杀人蜂相关的生平事迹。基明白鸣人的心意后，便开始提起自己曾因无知而犯错的住事。那就发生在杀人蜂与基还是孩子的时候，八尾跟其他尾兽一样，不肯屈服在人类的控制之下，也因此造成许多伤亡。而基的父亲就在八尾不断失控的过程中牺牲了性命……。

鸣人成功说服了雷影，终于得以赶往战场，也得知斑拥有不死之身。四角在传达情报给鸣人时，也提醒他，斑是利用仇恨来达成目的的可怕敌人。然而，听到这些情报的鸣人，则是下了更坚定的决心，就是“我要阻止这场战争！”……。