航海の途中、突然、砲撃にさらされるナルトたちの船。砲撃は巨大な戦艦を思わせる島からのもので、そのあまりの激しさについにナルトたちの船は大破してしまう。この島は、付近の海を荒らしまわる海賊たちのすみかだったのだ。金になるものは鉄くずから人間まで根こそぎ奪い去ろうとする海賊たち。その追っ手から逃れるため、ヤマトが木遁で作り出した即席の潜水艇で海中を進む一行は、偶然、見つけた海底洞窟に、一旦、身を隠すことにする。そこでナルトたちは驚愕の光景を目にする。非道な海賊に怒るナルトは、ヤマトたちとともに奇策を使って海賊に挑む。

とある港にたどり着いたナルトは、女性ばかりの忍者の里・撫子（なでしこ）の里の次期里長・シズカとその従者・トキワと出会う。聞けばふたりは自来也の弟子を探しているという。撫子の里では、里長になるくノ一が、自分と戦って勝った男を婿にむかえるというならわしがあり、数十年前には自来也が、先代里長の婿候補となったことがあった。だが、そのときは戦いの決着がつかず、ふたりは勝負を自分たちの弟子に託した。　師匠たちの勝手な取り決めにより、シズカと戦うことを強要されるナルト。だが、お互いの気持ちを無視した婿選びのやり方に納得がいかず……。