Grâce à l’aide et l’amour de sa mère, Naruto reprend courage, réussit à vaincre la haine de Kyûbi, et sépare le chakra de la volonté du démon afin de se l’approprier. Il est alors marqué du motif du collier du Sage des six chemins, formé de six magatama apparaît à son cou, et le sceau du sage qu’il utilise pour sceller le chakra de Kyûbi apparaît sur son torse. Kushina félicite son fils et commence à lui raconter ce qui s’est passé le jour de sa naissance et de l’attaque de Kyûbi sur le village, seize ans auparavant… À la suite de l’épouse du 1er Hokage, Mito Uzumaki, Kushina avait été amenée d’Uzushio à Konoha pour devenir le prochain réceptacle de Kyûbi. Malgré le choc, elle est parvenue à avoir une vie heureuse en tant que jinchūriki, grâce aux paroles de réconfort de Mito, et est devenue l’épouse du 4e Hokage, Minato Namikaze. Quand les hautes instances du village apprennent qu’elle est enceinte, ils préparent son accouchement en comité restreint à l’écart du village, car la grossesse avait affaibli le sceau de Kyûbi qui risquait de rompre. Au moment où le bébé naît et où Minato doit se concentrer pour conserver le sceau fermé, un étrange homme masqué tue les ANBU à l’extérieur, et s’approche…

Le Tsuchikage transporte l’île tortue par voie des airs jusqu’à Kumo, pendant qu’une unité de renseignement de Konoha découvre le repaire d’Akatsuki et les forces dont elle dispose. À l’intérieur de la tortue, Killer Bee entreprend d’apprendre à Naruto à maîtriser le chakra de Kyûbi. Kabuto et Madara s’apprêtent à extorquer des informations à Yamato avant de l’utiliser pour renforcer leur armée de Zetsu. À Kumo, au quartier général, les kage continuent d’organiser la guerre ; les nouveaux bandeaux des forces alliées shinobi avec le symbole « ninja » sont distribués et les combattants affectés à une unité d’une des cinq compagnies  : celle du combat à mi-distance dirigée par Darui, celle du combat rapproché dirigée par Kitsuchi, celle du combat à distance intermédiaire dirigée par Kakashi, celle des combattants spéciaux dirigée par Mifune, et celle du combat à distance dirigée par Gaara, également commandant en chef des armées. Au quartier général d’Akatsuki, Kabuto utilise la « Réincarnation des âmes » pour invoquer un grand nombre de ninjas d’élite morts par le passé, dont les anciens membres d’Akatsuki, les anciens jinchūriki, les Kage de la génération précédente et des ninjas possédant une nature avancée.