Los traidores de Kirigakure ahora pretender acabar con Kakakshi y Rin, pero Kakashi logra acabar con uno de ellos, en ese momento Minato y Obito llegan para darse cuenta que el pergamino no contenía nada, y por lo tanto el verdadero lo tenía el shinobi que cayo del puente, es entonces que Obito decide ir a rescatarlo, pero Kakashi alega que hay que darle importancia a la misión, aún así Obito se marcha en ayuda del shinobi herido. Cuando llegan al río descubren que están rodeados por bastantes enemigos, por lo que deciden separarse y obtener el pergamino a como de costa, Kakashi logra acabar con bastantes de ellos, finalmente Minato llega y logran recuperar el pergamino y completar la misión, cuando regresan Kakashi se percata de que el como los demás fueron utilizados y sospechan que el verdadero pergamino lo tenía otro equipo. De vuelta en la batalla, Obito junto con Kakashi se preparan para usar el Kamui, pero Madara quien observa atentamente lo que ellos están planeando y decide atacarlos al tiempo, cuando eso sucede, tanto Obito como Kakashi usan el Kamui al mismo tiempo y como resultado Obito logra dirigirse a su dimensión donde se encuentra Naruto una vez allí empieza a transferirle la mitad del Kurama, mientras que Kakashi es salvado por Guy quien observa a Madara con su nuevo aspecto.

El sabio de los seis caminos sigue afirmando que el chakra y espíritu de Ashura el menor de sus dos hijos ahora fluye dentro de Naruto, ante esto Naruto se percata de que el espíritu de Indra esta en Sasuke, en ese momento Naruto recuerda la ocasión en que les pidió a sus compañeros que él se encargara de Sasuke tras haber desertado y aliado con Madara. Además de estar hablando con Naruto el sabio a la vez esta contándole la misma historia a Sasuke sobre el origen del chakra. El sabio comenta que a través del tiempo el vio a las reencarnaciones de sus hijos luchar, además de que Madara está obsesionado en obtener el chakra de Kaguya y así realizar el Mugen Tsukuyomi, es por eso que el sabio le pide tanto a Naruto como a Sasuke detener a Madara antes de que sea demasiado tarde, en ese momento surgen el Shukaku, Gyuki y Kurama quienes fueron dados por Obito, y a continuación el resto de los bijūS emergen ante Naruto el cual alega que quiere proteger a sus amigos y conocidos, a continuación el sabio confía de ahora en adelante lo que pase a ellos y en ese momento ellos extienden su mano con la del Sabio. En ese momento ellos recuperan la conciencia, pero ambos tienen una marca en la palma de la mano, Naruto en la derecha y Sasuke en la izquierda. Por otra parte la pelea entre Madara y Guy continua en donde al ver a Madara de pie Guy des pues de su último ataque este decide realizar su técnica definitiva el Yagai, Madara se percata de que este será el último ataque, en ese momento Guy despide una gran cantidad de poder el cual toma la forma de un dragón rojo, sin mas Guy se lanza contra el con una tremenda velocidad y lo impacta directamente con una patada en donde la pierna derecha de Guy se destroza al igual que las costillas y parte del lado derecho de Madara para impactar contra el Shinju, cuando el ataque acaba el cuerpo de Guy esta quemado y pierna derecha desecha, mientras que Madara herido se recupera fácilmente, cuando Madara lo intenta acabar con una Godou dama aparece Naruto quien la repele fácilmente, además logra salvar a Guy e impedir que su chakra se extinguiese, Madara al ver a Naruto nota que algo ha cambiado en él, a lo cual Naruto responde que incluso el mismo está sorprendido por el poder que ha recibido.

El Mugen Tsukuyomi esta por iniciar, Ōnoki y los demás shinobis siguen luchando contra el usuario del Mokuton el cual les sigue causando problemas, pero repentinamente la técnica Mokuton Shin sushenju se detiene, los shinobis pronto se empiezan a dar cuenta que la luna se torna extraña, Sasuke se percata rápidamente que en contados instantes el Genjutsu iniciara por lo que rápidamente regresa donde están Naruto y los demás una vez allí los cuatro se cubren con las alas del Susanō, en ese momento la técnica de Madara inicia donde la figura de Kaguya se puede apreciar a continuación la luna empieza a brillar como si fuese el sol e ilumine a todo el mundo shinobi, Madara ahora usa el Mokuton para crear troncos gigantes que desprenden hebras que envuelven a todos los shinobis quedando como capullos, los hokages empiezan a notar que los ojos de todos se tornan como si fuesen Rinnegan tras mirar a la luna, además de quedar inmóviles, pero los kages revividos no son afectados por la técnica, el Zetsu que está controlando al usuario que puede realizar el Mokuton se marcha y revela que era a Yamato quien estaba dominando, Naruto y los demás que están protegidos gracias al Susanō esperan a que la luna deje de brillar. Yamato que está confundido por lo que está sucediendo recuerda como fue capturado por Kabuto, el tercer Hokage intenta calmarlo pero Yamato cae en el Genjutsu. En ese momento se ve a Yamato en Konoha el cual debe atrapar a Kabuto que secuestro a Kakashi, donde al final lo logran con ayuda de Naruto, Sakura, Sasuke y Sai, pero se descubre que está bajo el efecto de la técnica de Madara al igual que todos el mundo, los kages que aun no entienden lo que está pasando solo pueden observar como el Tsukuyomi infinito atrapa a todo el mundo.

El genin revela a Minato que habían mariposas, junto a Tsunade deducen que son mariposas shinobi. Naruto y los otros equipos son enviados al lugar donde desaparecieron los jounin y cuando llegan, Kakashi, Gai, Kurenai y Asuma desaparecen al ser tragados por la tierra. Neji descubre que la tierra, antes de secuestrar a Gai, emanó una presencia de chakra por el suelo. En ese momento, el equipo 7 es atacado por un miembro de Akatsuki, siendo Hidan, quien atrapó a Naruto en su jutsu de maldición. Por otra parte, el equipo 10 es atacado por Yahiko, Nagato y Konan.