Nel periodo della Terza Grande Guerra tra ninja, Kakashi affronta la sua prima missione da Jonin insieme a Rin, Obito Uchiha e Minato Namikaze. Obito e Kakashi non vanno molto d'accordo perché il primo è sconclusionato e ritardatario mentre il secondo è preparato ed efficiente e molto rigoroso nel seguire le regole dei shinobi. Sulla strada verso l'obiettivo, il gruppo viene attaccato da un ninja e Kakashi sfodera la prima versione del Mille Falchi. La notte seguente, Minato racconta ad Obito che il padre di Kakashi aveva fallito una missione preferendo salvare i suoi compagni e, per via delle accuse di disonore da parte degli abitanti del villaggio, si era tolto la vita. Per questo motivo, Kakashi è ossessionato dal rispetto delle regole. Il giorno seguente, i tre si separano dal maestro e vengono attaccati da due ninja che rapiscono Rin. Obito, nonostante Kakashi gli ordini di proseguire la missione, decide di andare a salvarla.