Chiyo no tiene chakra suficiente para revivir a Gaara entonces Naruto le ofrece sus manos para que a través de él realice su técnica. Tras un tiempo, Gaara despierta y también llegan al lugar muchos Shinobis de la arena. Kankurō le agradece a Naruto todo lo que ha hecho por Gaara y Temari a su vez, le dice a Naruto que tiene el poder de cambiar a la gente, pues Chiyo normalmente no haría eso por los demás. Naruto no entiende que quiere decir Temari y se da cuenta de que Chiyo murió para revivir a Gaara.

Orochimaru se dispone a atacar con serpientes a Naruto cuando este termina de formar la cuarta cola, naruto deteniene el ataque con una sola mano. Mientras tanto Yamato observa desde un árbol que naruto se ha transformado en un Kyūbi miniatura incluso logra sentir sus deseos malignos. Kabuto confiesa que planeaba matar a Sasori con ayuda de Orochimaru, y Sakura le dijo que sasori fue derrotado por Konoha. Naruto utiliza su chakra para formar una esfera de chakra concentrada, la cual se traga para después disparar una ráfaga de chakra con la cual logra destruir la defensa absoluta de Orochimaru: Sanjū Rashōmon. Finalmente Orochimaru logra alcanzar a Naruto con su espada y lo envía hasta donde están Yamato y Sakura a través del bosque.

Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru llegan al lugar pero se encuantran con una trampa creada para destruir cualquier evidencia de allí. Guren es atacada por algunos miembros del grupo que querían escapar de Orochimaru, pero son derrotados con facilidad. Mientras tanto Naruto comienza su entrenamiento con Jiraiya.

Se forman 3 equipos: el equipo que sellará al Sanbi, formado por Hinata, Sakura, Hino y Mitzuki, el equipo de protección: Lee, Ten Ten, y Kiba con Akamaru, y el equipo que peleará con Guren, formado por Kakashi, Naruto, Sai y Shino.

El segundo miembro del equipo de Sasuke es una mujer llamada Karin. Después de la llegada de Sasuke y Suigetsu a la Guardia del Sur, el Uchiha le pide a Karin que los acompañe. A pesar de sus vacilaciones y peleas con Suigetsu, Karin acepta finalmente después de recordar su primer encuentro con Sasuke. Éste ordena a Suigetsu la liberación de los prisioneros y después parten para reclutar a Jugo, el miembro final del equipo.

Jiraiya se infiltra a la aldea de la lluvia, Pain se da cuenta de un fuerte chakra. Jiraiya busca información sobre quien lidera esa aldea, donde los aldeanos le tienen respeto al líder. Dos ninjas subordinados de Pain van a un bar pero ya Jiraiya convertido como mesero, escucha la conversación; revelando su verdadera identidad, los encierra en el estómago de un sapo y les interroga ante la negativa de los dos ninjas, acto de comedia convierte a uno en sapo. el otro revela que Hanzö fue vencido por Pain, el ninja recuerda como el antiguo líder le nombró Sannin. Jiraiya no cree que haya sido vencido fácilmente.Pain abre una pared, entrando en una compuerta se ve 5 cuerpos más, saliendo el de a lado en busca del infiltrado.

Shikamaru, Naruto y Shino aún siguen descifrando lo que Jiraiya escribió antes de morir, Naruto se da cuenta que el 9 es un Katakana de ta, y deciden buscar los libros cuales tenga el ta, Kakashi aparece en el momento adecuando con el Libro "Tácticas de Seducción", con la gran ayuda a Kakashi le hacen hablar a la fuerza lo que está escrito en la página 31, causándole a Kakashi una gran vergüenza, la cual llega un conclusión que el verdadero Pain no está entre ellos. Naruto ahora decide ir a entrenar con los maestros de Jiraiya, para alcanzar el Senjutsu.

Naruto ha liberado el poder del Kyūbi, mostrando ahora seis colas. Pain lo confronta inundando el lugar y enviándole ataques por doquier. Naruto desea continuar pero el collar que lleva para suprimir el poder del Kyūbi no lo deja continuar, destruyéndolo. Naruto se mueve con rapidez, sorprendiendo a Pain que usa Shinra Tensei sin efectividad, llegando a ser golpeado y tumbado por la fuerza descontrolada del Jinchūriki. Naruto reúne chakra para lanzarlo a Pain mas este usa Bansho Ten'in aplastando a Naruto, Pain alga el poder del Kyūbi, lléndose lejos con Naruto decide usar Chibaku Tensei, logrando capturar a Naruto dentro de una gran esfera. En la conciencia de Naruto el Kyūbi le habla a Naruto y hace que libere su poder; Yamato corre y ve en su mano que de seis ha cambiado a ocho. Naruto, con una apariencia muy cercana al del Kyūbi rompe una parte de la gran esfera creada por el Chibaku Tensei; mientras Naruto en su interior es seducido por el Bijū a sacar el sello, lentamente va sacando el sello, pero es impedido ante la llegada del Cuarto Hokage.

Tsunade nombra a Shikamaru Líder de la Cuarta División, lo que hace que se preocupe por si es lo bastante apto para hacerlo, así que su padre le aconseja ir con Naruto para se pruebe a si mismo. Shikamaru, junto con Tenten, llegan a una isla donde el barco de Naruto iba a tocar puerto, pero cuando tratan de salir de la isla, Shikamaru se da cuenta de que están en un Genjutsu que los hace andar en círculos por la isla; Pero gracias a la inteligencia y astucia de Shikamaru, logran derrotar a los habitantes causantes de la ilusión y Shikamaru entiende y, finalmente se siente listo para aceptar su cargo.