Sasuke e Suigetsu raggiungono la prigione di ferro per invitare Karin, ragazza capace di percepire e riconoscere chakra a notevoli distanze, ad unirsi al gruppo. Fra i prigionieri si è già sparsa la voce della morte di Orochimaru e questa viene confermata da Suigetsu, inviato da Sasuke a liberarli. Karin, che inizialmente aveva rifiutato di unirsi al gruppo, si chiude in una stanza con Sasuke e conferma che lo seguirà (dimostrando di essere anche infatuata del ragazzo). I tre lasciano il luogo per recarsi verso il nascondiglio del nord.

Jiraiya riesce ad infiltrarsi nel Villaggio Nascosto della Pioggia dove interroga alcuni degli abitanti circa il loro capo, Pain. Non riuscendo ad ottenere informazioni, egli cattura due ninja che gli rivelano che il misterioso Pain ha sconfitto il precedente leader della Pioggia, Hanzo, e che nonostante sia considerato una divinità nessuno ha mai visto il suo volto. Intanto, Pain cambia corpo e, essendosi accorto dell'intrusione, ordina a Konan di cercare il responsabile con il suo particolare justu. La donna obbedisce e parte alla ricerca del nemico trasformandosi in centinaia di origami a forma di farfalla.

L'interrogatorio del ninja della Pioggia catturato e l'autopsia del corpo di Pain recuperato procedono mentre Naruto aiuta Shikamaru e Shiho a decodificare il messaggio di Jiraiya. I tre scoprono che il codice fa riferimento al libro "Tattiche della pomiciata" scritto da Jiraiya. Una volta decodificato il messaggio, riferiscono a Tsunade e Fukasaku che il significato è "Quello vero non è tra loro". Infine, Fukasaku si offre di insegnare a Naruto l'uso della modalità eremitica e lo porta con sè sul monte Myoboku per iniziare l'addestramento.

Mentre la ricostruzione del villaggio ha inizio, Naruto e Sakura incontrano Inari e Tazuna che sono venuti a dare una mano. Il gruppo ricorda il loro secondo scontro con gli uomini di Gato, i quali, dopo essere stati sconfitti la prima volta dal Team 7, tentarono nuovamente di prendere il controllo del Paese delle Onde. In quell'occasione, Inari dimostrò grande coraggio, facendo da esca e salvando un gruppo di ragazzini tenuti in ostaggio, e Naruto, Sasuke e gli abitanti del paese consegnarono alle autorità i tirapiedi di Gato una volta per tutte.