Naruto está soñando y observa como ráfagas de viento golpean a muchas personas y de un momento a otro se observa a un joven el cual tiene una mano vendada, para después pasar al zorro de Kyūbi que esta atacándolos y luego despierta. Luego Sakura visita la biblioteca y se encuentra con Sai que este busca información de cómo relacionarse con la gente y cómo tratarlos, mientras Sakura le pregunta que lee. Después se reúnen con Naruto que se asombra que Sai esté ahí y se dirigen a visitar a Kakashi. Ellos tratan de informar a Kakashi lo ocurrido en la misión pero este les dice que Yamato le ha puesto al tanto de todo y les recalca que necesitan hacerse más fuertes para poder recuperar a Sasuke. Ellos se preguntan el cómo se pueden hacer tan fuertes en tan poco tiempo y Kakashi le dice a Naruto que tiene que realizar un entrenamiento especial y que puede llegar a convertirse en un ser más poderoso que Kakashi. Cuando este le iba a decir que tipo de entrenamiento era, entra Asuma con Shikamaru, Chōji e Ino que se admiran al ver a Sai; Ino queda encantada con él. Asuma les ordena ir a comer barbacoa porque él necesita platicar con Kakashi y hasta a Shikamaru le ordenan retirarse, este regresa para hablar con ellos. Luego en el restaurante, Sai aplicando lo que aprendió en la biblioteca elogia la belleza de Ino, causando la furia de Sakura. Al final Sai le intenta decir gordo a Chōji, lo que causa una pelea entre todos.

El escuadrón Asuma sigue combatiendo contra Hidan, que ha comenzado su ritual Jashin y a herido a Asuma. En el último instante, cuando Hidan estaba por asesinara al Sarutobi, Shikamaru logra atraparlo con su Jutsu y lo saca del círculo del ritual.

Un ANBU, antes de morir, le envía un mensaje a Tsunade en el cual le señala donde está posiblemente el escondite de Orochimaru. Tsunade reúne un grupo conformado por Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru para investigar el lugar. Mientras tanto, Jiraiya le propone a Naruto que vuelva a entrenar con él, pero después de que se recupere.

Kakashi, Hinata, Shino, Kiba y Akamaru llegan al lugar pero se encuantran con una trampa creada para destruir cualquier evidencia de allí. Guren es atacada por algunos miembros del grupo que querían escapar de Orochimaru, pero son derrotados con facilidad. Mientras tanto Naruto comienza su entrenamiento con Jiraiya.

Se forman 3 equipos: el equipo que sellará al Sanbi, formado por Hinata, Sakura, Hino y Mitzuki, el equipo de protección: Lee, Ten Ten, y Kiba con Akamaru, y el equipo que peleará con Guren, formado por Kakashi, Naruto, Sai y Shino.

El segundo miembro del equipo de Sasuke es una mujer llamada Karin. Después de la llegada de Sasuke y Suigetsu a la Guardia del Sur, el Uchiha le pide a Karin que los acompañe. A pesar de sus vacilaciones y peleas con Suigetsu, Karin acepta finalmente después de recordar su primer encuentro con Sasuke. Éste ordena a Suigetsu la liberación de los prisioneros y después parten para reclutar a Jugo, el miembro final del equipo.

Jiraiya se infiltra a la aldea de la lluvia, Pain se da cuenta de un fuerte chakra. Jiraiya busca información sobre quien lidera esa aldea, donde los aldeanos le tienen respeto al líder. Dos ninjas subordinados de Pain van a un bar pero ya Jiraiya convertido como mesero, escucha la conversación; revelando su verdadera identidad, los encierra en el estómago de un sapo y les interroga ante la negativa de los dos ninjas, acto de comedia convierte a uno en sapo. el otro revela que Hanzö fue vencido por Pain, el ninja recuerda como el antiguo líder le nombró Sannin. Jiraiya no cree que haya sido vencido fácilmente.Pain abre una pared, entrando en una compuerta se ve 5 cuerpos más, saliendo el de a lado en busca del infiltrado.

Shikamaru, Naruto y Shino aún siguen descifrando lo que Jiraiya escribió antes de morir, Naruto se da cuenta que el 9 es un Katakana de ta, y deciden buscar los libros cuales tenga el ta, Kakashi aparece en el momento adecuando con el Libro "Tácticas de Seducción", con la gran ayuda a Kakashi le hacen hablar a la fuerza lo que está escrito en la página 31, causándole a Kakashi una gran vergüenza, la cual llega un conclusión que el verdadero Pain no está entre ellos. Naruto ahora decide ir a entrenar con los maestros de Jiraiya, para alcanzar el Senjutsu.

Mientras el pueblo es reconstruido, Naruto y Sakura son visitados por Tazuna y Inari, ahora carpinteros. Naruto recuerda cuando regresó al País de las Olas habiendo olvidado en la casa de Tazuna un boleto gratis para comer en Ichiraku, fue a buscarlo mientras Sasuke lo perseguia, que tiene como misión para traerlo de vuelta. Inari había encontrado el billete y fue en búsqueda de Naruto, pero es asaltado por otros niños en ellos Akane celoso de su éxito, que luego son secuestrados por la nueva organización Gato, dirigida por Zōri y que Waraji quienes quieren recuperar el control del País de las Olas. Akane y sus amigos se han vuelto como Inari en carpinteros y están aquí para ayudar a Konoha. Inari se propone a hacer un nuevo Ichiraku.

Narra los momentos de Naruto en la academia y los alborotos que causaba en la aldea. También la conformación con sus compañeros Sasuke y Sakura en el equipo 7 y su primera misión de rango A.

Tsunade libera su sello donde inspira valor y persistencia a los demás Kages los cuales atacan a Madara, pues ella ha heredado el poder de Hashirama, a lo que el Uchiha responde que no lograran ganarle, mientras que Choza y dan mantienen una charla donde alega que no lograrán ganarle pues el único capaz de hacerlo fue el primer Hokage. Tsunade los golpea y Gaara utiliza el sello que uso contra el segundo Mizukage, pero este resultó ser un clon, y Tsunade es atravesada por el Susanō. Por otra parte Itachi finalmente llega a la guarida de Kabuto donde piensa detener el Edo Tensei a lo que este alega que el jutsu no tiene puntos débiles y no puede matarlo pues Kabuto es el único capaz de detener la técnica, seguidamente Sasuke hace su entrada y le pregunta a Kabuto que es lo que está pasando, a lo que este responde la razón por la que la guerra se inició, capturar al Kyubi y al Hachibi y completar el Tsukuyomi infinito. Mientras que la batalla de los Kages continúa y Tsunade logra salvarse del Susanō pero Madara crea cinco clones de madera por cada Kage, la charla entre Itachi, Kabuto y Sasuke continúa donde Itachi detendrá el Edo Tensei pues el riego del jutsu es el mismo Itachi a lo que Sasuke se le une formando un nuevo equipo pero Kabuto libera sus serpientes preparándose para luchar.

Tsunade es alcanzada por el Tsukuyomi infinito, y en él recibe un relato de Jiraiya llamado Las crónicas ninja de Jiraiya, en el que relata la historia de Naruto, donde sus padres Minato y Kuchina están vivos y Minato sigue siendo el cuarto Hokage. Naruto es temido por ser el jinchuriki del Kyubi, pero a la vez, es tratado de una manera distinta por ser el hijo del Hokage. Un genin vuelve medio muerto a la aldea a causa de un ataque de desconocidos, donde todos los Jounin terminaron desaparecidos excepto el. Para que Naruto pueda controlar de una vez el poder del Kyubi, es enviado a una misión sumamente difícil para rescatar a los shinobis desaparecidos, junto con el equipo 7, 8, 9 y 10.

Ashura se da cuenta que el árbol del monte está matando a los aldeanos, ya que está reviviendo el Shinju en él, por lo que debe destruirlo. Al consultarle al líder de la aldea, este le pide que no lo haga, ya que antes de nacer ese árbol decenas de años antes, la aldea era un desierto duro sin recursos donde la gente moría constantemente. Ashura decide convencer a los aldeanos de destruir el árbol y hacerles notar el peligro de su existencia, pero todos comienzan a lanzarle piedras. Ashura recuerda que su padre no le impidió usar el Ninshu para solucionar los problemas de la aldea, pero por otra parte, Indra ya ha vuelto donde Hagoromo con resultados, pero no decidirá a un sucesor hasta que estén los dos con él. Ashura al ver que la gente dependía del Shinju para subsistir, al ver que a la vez era un cáncer para ellos, Ashura decidió cavar un pozo para sustraer agua para mantener la tierra, y así poder destruir el árbol. Los aldeanos vieron el esfuerzo de Ashura y decidieron ir en su ayuda, además le pidieron que le enseñara el Ninshu. Luego de un largo trabajo, Ashura logró sacar agua del pozo creando un gran lago y ríos que rodearon la aldea, y así pudo destruir el árbol con el permiso del líder. Luego de un año, Ashura vuelve donde Hagoromo y le cuenta los sucedido, pensando que Indra ya era el sucesor, pero Hagoromo ha tomado una decisión.

Kaguya junto con Zetsu negro son finalmente sellados por medio del Rikudō Chibaku Tensei. El sabio de los seis caminos invoca desde el mundo puro a algunos kages de épocas anteriores para que junto con los primeros cuatro hokages le ayuden a utilizar el Kuchiyose no Jutsu con el objeto de transportar al equipo 7 y los nueve bijuus desde la dimensión en la que se encontraban. Óbito, antes de marcharse al lado de Rin, se despide de Kakashi, quien se alegra que puedan hacerlo como amigos. Madara, agonizando al haber dejado de ser el Jinchūriki del Juubi, conversa con Hashirama hasta el momento de su muerte, mientras, Naruto y Sasuke observan a sus predecesores solventar sus diferencias. Acto seguido, Hagoromo libera a los kages y se dispone a deshacer el Edo Tensei por lo que Naruto se apresura para llegar al lugar donde se encuentra su padre quien lo felicita por su cumpleaños además de expresarle lo orgulloso que se siente de todo lo que ha logrado, posteriormente, tras un emotivo momento, ambos se despiden.