九尾化のダメージの残る体で懸命にサスケを探し続けるナルト。その不器用で必死な姿はサイの心に兄の記憶を呼び起こさせるものだった。かつての気持ちを思い出し、遂に未完成の見開きを完成させたサイは初めて心の底からの笑顔を見せる。しかし突如として襲い掛かる大蛇丸の襲撃が束の間の平穏を打ち壊す。「サスケ君は必ず助け出す」と約束し、その場をナルトに任せて消えるサイ。しかし駆けつけたヤマトはサイが残した荷物の中に恐るべき真実を発見する。

万一に備え、火の寺にて待機するカカシ班。その間、地陸は隠し墓の主が火の国大名の直属組織『守護忍十二士』である事を告げ、かつて地陸とアスマも組織に所属していた事を明かす。驚く仲間たちは更に、守護忍十二士たちがかつて起こしたある恐ろしい事件について知る事になる。一方、少年僧の修業を見ていたナルトは寺の僧達とソラの間に漂う微妙な空気に疑問を抱く

迫りつつある最悪の事態を阻止すべく、発電施設に向うアスマ。そこで目にしたのは蘇生忍術によりふたたび生を得た、墓を暴かれた守護忍十二士達の姿だった。フリドの目標は雷遁四人衆の術で里を焼き尽くす事だったのだ。アスマは駆けつけたサクラとヤマトを雷遁四人衆の阻止に向わせ、その場に残った元十二士のキタネとの戦闘に突入する。一方、フリドの元へ向かおうとするソラを止めようとするナルト。だがその前に再び、フリド勢のくノ一、フウカが立ちふさがる。