드디어 마주한 데이다라, 사스케는 이타치의 소재를 물으며 얘기하면 살려서 보내주겠다고 한다. 사스케의 사륜안을 본 데이다라는 먼저 C1원으로 공격을 하지만 사스케는 빠른 속도로 피하고 움직이는 폭발물의 공격도 바꿔치기술로 피한다. 이에 데이다라는 C2를 사용한 공격을 시작한다. C2드래곤을 타고 공중에서 공격하며 토비에게 땅속에 지뢰설치를 맡기는 것. 사스케의 공격거리까지 파악하고 공격권을 피해 날며 공격하는 데이다라, 사스케는 주인을 발동하고 한쪽 날개까지 방어에 쓰며 고전하고 데이다라는 승리를 확신한다. 하지만 사스케는 칼을 땅에 꽂아서 발판으로 이용하여 날아올라 데이다라를 공격한다. 위기의 순간에서 가까스로 목숨을 건진 데이다라는 이타치를 처음 만났을 당시를 떠올린다. 아카츠키에 들어갈 마음에 없었던 데이다라는 이타치의 환술에 걸려 패배하고 말았던 것, 분노한 데이다라는 이타치를 처리하기 위한 비장의 카드였던 C4카루라를 쓰기로 한다.

스이게츠는 두루마리로 만다를 소환하고 만다에게 환술을 걸어 시공간인술로 빠져나온 사스케를 만난다. 만다는 카루라 때문에 죽고 사스케도 쓰러진다. 아카츠키에 데이다라의 자폭사실과 사스케 토비가 죽었다는 얘기가 전해지지만 이타치는 사스케가 죽지 않았다고 한다. 한편 폭발현장에 온 나루토 일행은 사스케와 데이다라의 싸움이 있었다는 것과 데이다라가 죽고 사스케가 시공간인술로 몸을 피한 사실을 알게 된다. 그리고 키바가 후각을 이용해 사스케의 냄새를 찾아서 달려간다. 한편 페인과 코난 앞에 나타난 의문의 사나이는 사스케의 눈이 이타치 이상이 될 거라며 목적을 달성할 얼마 남지 않았다고 선언한다. 그는 토비로 위장하고 있던 우치하 마다라였다.

TV애니 방송 500회 돌파 기념으로 총 6화 오리지널 스토리 방송! 나루토 일행들에게 임무가 내려졌다. 그 임무는 “불의 나라 국경 근처의 신성지역인 토니카 마을에서 일어난 마을 사람들의 참살 사건의 범인을 찾아 응징하라!”는 것이다. 오랜만에 받은 임무에 들뜬 나루토. 하지만 그 마을에 도착해서 본 광경은 많은 집들이 무참히 파괴된 격렬한 싸움의 흔적들. 왜 이 마을은 습격 당한 것일까? 그리고 이 마을을 습격한 인물은 대체 누구인 것인가?

나루토 몸 속에서 나타난 것은 나루토의 복제 구미! 복제 구미를 조종하는 카부토는 구미 차크라가 손에 들어와 기뻐하고, 복제 구미는 ‘힘’을 얻기 위해 공기가 진동 할만큼 거세게 포효한다! 압도적인 힘 앞에서 쓰러진 나루토. 기술이 없는 도쿠와 아이들. 막다른 처지에 몰려 있을 때, 카카시와 가이, 리, 히나타, 시카마루 등 나뭇잎 마을 사람들이 도착한다! 강력한 힘으로 마을을 파괴하려던 복제 구미를 과연 막을 수 있을 것인가?!

복제 구미에게 패하고, 제단 안쪽 깊숙한 방에 갇혀버린 나루토와 도쿠. 두 사람 앞에 카부토와 의외의 인물이 나타난다. 카부토 일행들의 목적은 고대 유적 ‘사에즈리’의 열쇠가 되는 ‘소리’를 얻는 것. 모든 소리가 한데 모일 때, ‘홀’의 전승인 강대한 ‘힘’이 카부토 일행에게 가게 된다. 몇 개의 ‘소리’는 아직 행방불명. 아이들은 도쿠를 구하기 위해 남아 있는 ‘소리’를 들고 와 카부토와 협상하려 한다.

전승이 된 ‘천상의 창’이 나타나고, 세계를 멸망시키려는 ‘힘’을 방출 시키기 시작한다. 그 ‘힘’에 의해 복제 구미는 더욱더 흉악한 모습으로 변하여 막강한 ‘힘’으로 땅을 파내고 ‘홀’을 파괴한다. 그 ‘힘’ 앞에 아무 것도 할 수 없는 나루토는 날아오는 공격이 몸을 관통하고 죽음에 처하게 되지만, 희미한 인식 중 ‘힘’을 빌린다고 말하는 구미의 속삭임과 함께, 그 사람의 소리가 들려 온다. 과연 장렬한 싸움의 행방은? 그리고 도쿠 일행은 무사히 살아 남을 수 있을까?!

나루토의 작전이 카구야에게 먹히는가 싶었지만 카구야는 여전히 건재했다. 그리고 전장을 얼음 세계로 바꾸고 사스케를 다른 공간으로 날려버린다! 한편 오비토는 사스케를 이 세계로 데려와 나루토와 합류시킬 작전을 짜는데...

시시한 임무에 싫증난 나루토는 사쿠라와 사스케에게 S급 임무 하나를 제안한다. 그 내용은 항상 마스크를 쓰고 다니는 카카시의 맨얼굴, 쌩얼을 확인하는 것! 그런데 임무를 시작하려는 순간, 처음 보는 사진가 스케아라는 사람이 나타나 협력을 제안한다.

나루토와 사스케, 둘의 숙명이라고도 할 수 있는 싸움은 승패가 쉽게 갈리지 않았다. 둘은 만신창이가 되어가며 마지막 힘까지 짜내어 싸우고 또 싸우는데... 결국 서로에게 일격을 날릴 힘밖에는 남지 않게 된다.

나루토는 일약 유명인이 되어 나루토를 보려는 사람들로 나뭇잎 마을은 북적인다. 하지만 6대 호카게가 된 카카시는 쉴틈을 주지 않고 나루토에게 상급닌자 승급을 위한 공부를 시킨다. 한편 과거의 행적들에 대해 면책을 받고 풀려난 사스케는 여행을 떠나는데...

나루토와 히나타의 결혼 축하 선물을 준비하라는 극비 임무에 대해서 깊은 고민에 빠진 시카마루. 머리 회전이 빠른 시카마루였지만 결혼 축하 선물이 무엇이 좋을지는 영 떠오르지 않던 중, 쵸지는 이미 납득할만한 최고의 축하 선물을 준비해서 시카마루는 더욱 초조해진다. 현금이 좋지 않을까 하는 잘못된 생각까지 흘러가던 중, 쵸지로부터 여행이라는 힌트를 얻고 여성의 의견을 듣기 위해서 테마리에게 상담을 하는데...