Neji semble avoir trouvé la solution à la 1re épreuve. Il a cependant de la collaboration de tous les candidats. Saura-t-il les convaincre de dépasser un temps leurs rivalités et de faire cause commune ?

Malgré ses Byakugans, Neji ne repère aucun adversaire à la ronde. Le Désert du Mal va mettre les sens des shinobis de Konoha à rude épreuve, tandis que ceux de Suna fourbissent leurs armes.

Lassé par des missions sans intérêt, Naruto souhaite que Kakashi donne à l'équipe 7 une mission de rang S. Ce qui est évident pas possible étant leur statut de Genin. Naruto, Sasuke et Sakura pense tout de même qu'il y aurait une mission de rang S qu'il pourrait faire : découvrir le vrai visage de leur maître, Kakashi !

Le combat continue ; tandis que Sasuke déclenche une nouvelle forme, plus puissante, de Susanô grâce au chakra des démons à queues, Naruto riposte avec des clones sous la forme de Kyûbi. Après avoir confronté leurs meilleures techniques et épuisé presque tout leur chakra, ils poursuivent le combat au taijutsu, jusqu’à ce que Kyûbi transmette à nouveau du chakra à Naruto, mais Sasuke l’absorbe en grande partie avec son Rinnegan. Pour en finir, il combine ses « Mille oiseaux » avec la technique Enton des « Flammes noires », tandis que Naruto le contre avec un ultime « Orbe tourbillonnant ». Les deux attaques s' entrechoquent.

"Mon plus grand rêve, c'est de surpasser les Hokage ! Comme ça, le village entier sera bien obligé de reconnaître mon existence !" Fidèle à sa parole, Naruto a suivi son propre chemin jusqu'à obtenir la reconnaissance de tous. Il n'est pas devenu seulement un grand Ninja mais aussi le héros qui a sauvé le monde. Mais quel chemin prendra Naruto maintenant ?

À cause du démon à neuf queues scellées à l'intérieur de lui, Naruto est craint et détesté par tous les villageois. Il s'entraîne tout seul dans les bois mais un jour, un certain homme apparaît et entame une conversation avec Naruto. Ailleurs, dans le village de Konoha, une célébration est organisée pour marquer le troisième anniversaire de Hinata, où elle rencontre Neji pour la première fois.

Deux ans sont passés depuis la fin de la quatrième Grande Guerre Ninja. Shikamaru joue désormais un rôle important au sein du gouvernement de Konoha, en tant que représentant du village. Un jour, une situation se développe avec la disparition de ninjas en masse. Shikamaru est chargé d'en découvrir la raison.