Naruto y Sakura se enfrentan a la prueba de los cascabeles de Kakashi. Mientras tanto en la Aldea de la Arena, Gaara detecta la presencia de Deidara y da comienzo una batalla aérea con Deidara sobre su pájaro gigante y Gaara sobre la arena.

Pakkun encuentra el escondite de los Akatsuki. El equipo Kakashi y Temari se preparan para salir a rescatar a Gaara, pero Temari recibe la orden de quedarse protegiendo la villa y la anciana Chiyo se ofrece voluntaria para ocupar su lugar.

El veneno de Hiruko es extremadamente letal hasta el punto de que un solo rasguño significa una muerte segura. Solo su propia abuela Chiyo puede leer las complejas trampas de Sasori, pero Sakura es quien debe asestarle el golpe final.

Aunque los miembros del equipo Gai comienzan a dar muestras de fatiga, sus copias siguen igual de fuertes. Incluso mientras persigue a Deidara, que se ha llevado a Gaara, Kakashi pone en marcha los preparativos de su nueva técnica.

El nuevo equipo Kakashi se dirige hacia el puente del Cielo y la Tierra, Naruto, Sakura y Sai ya se llevan mal apenas habiendo salido de la Aldea ya que Sai se ríe de Sasuke. Debido a esto Yamato se ve obligado a entrar en la disputa y tras mostrar su habilidad con el Mokuton (técnicas de madera) amenaza al equipo, obligándolos a escoger entre encerrarlos en una jaula para que se lleven bien o descansar en un hotel con aguas termales con el mismo propósito (trabajo en equipo).

Tras lanzar Orochimaru la espada, la figura de Sai se deforma y se transforma en tinta, ya que Sai utilizó un jutsu de clon. Sai le dice a Orochimaru que Danzō está muy interesado en contactar con él desde que atacó Konoha. Mientras Yamato termina de regenerar el cuerpo de Naruto, que está gravemente herido. Sakura comienza a curarle, a la vez que conversa con Yamato pidiéndole que le enseñe esa técnica. Yamato la explica quien es y que la técnica que acaba de usar con Naruto es gracias al colgante que éste lleva, cuyo poder solo puede ser utilizado por el Primer Hokage , por lo que es una técnica que no puede enseñarla. Yamato hace un comentario sobre los fuertes sentimientos que siente Sakura por Naruto pero éste despierta, dejando la frase interrumpida. La conversación entre Orochimaru y Sai no se ve, sin embargo Orochimaru parece muy interesado. Cuando Sai iba a entregarle un sobre a Orochimaru, Kabuto aparece en escena asaltando por la espalda a Sai, haciendo que todas sus cosas caigan al suelo. Finalmente los tres parten juntos. Todo ha sido presenciado por un clon de madera de Yamato, el cual les sigue el rastro. Naruto recobra la consciencia pero no recuerda nada de lo ocurrido. Sakura y Yamato deciden hacerle creer que Orochimaru le dejó inconsciente sin más. Los dos reciben la noticia de que Sai se ha ido con Orochimaru y Kabuto, mientras que Sakura ve en el suelo los objetos que se le cayeron a Sai, entre los que está el diario de su hermano que guardaba celosamente.

Sasuke ataca a Naruto pero Sai los para. Entonces Sasuke aleja a Naruto y a Sai con su nuevo Chidori Nagashi. Entonces apuñala a Yamato con su espada llena de electricidad. Naruto mira a Sasuke con los ojos del Kyūbi y Sasuke con su Sharingan. En este momento, en el subconciente de Naruto, Kyūbi se despiertan otra vez y le pide que lo libere completamente eliminando el sello. Ahora Sasuke es mucho más fuerte, y puede ver al Kyūbi dentro de Naruto. Al final Sasuke impide que el Kyūbi sea liberado dispersando su chakra de nuevo. Antes de que Sasuke saliera del subconciente de Naruto, Kyūbi le dice que no se le ocurra matar a Naruto porque podría arrepentirse. Luego Yamato aleja a Sasuke y lo encierra con madera pero Sasuke logra escapar y se coloca arriba de nuevo.

Ya separado el equipo de Yamato se enfrentan cada uno, con los tres ladrones de las tumbas.Yamato se enfreta al primero y lo engaña, haciéndole creer que quedó vencido y escapa para buscar a los demás;Sora deja atrás a Sakura y ella se encuentra en una de las trampas de los ladrones y es atacada por una araña gigante que luego es derrotada por Sai, quedando herido en su brazo. Naruto se enfrenta a la otra integrante de los ladrones de tumbas (con la habilidad de manejar los chakras de fuego, agua, rayo, tierra y viento) ella intenta besarlo pero era un kage bunshin cosa que la hace amargar y le ataca fuertemente dejando malherido de gravedad a Naruto.

Naruto sigue luchando con Fūka, y descubre su punto débil, consiguiendo vencerla, mientras Sora esta con Furiido, y Asuma logra vencer a Kitane.

Todos los equipos de Konoha empiezan a moverse por todo el terreno hasta que Asuma manda un mensaje en el que dice que hay 5 puntos de intercambio los equipos se disperzan hasta que... Asuma se encuentra con Hidan entonces lo ataca Shikamaru utiliza su técnica de Sombras y detiene a Hidan entonces los otros Chūnin atacan los puntos vitales de Hidan pero descubren algo impresionantes... es inmortal.

Choji y Shikamaru se ponen en posición y Kakashi atraviesa a Kakuzu con el Chidori. El Akatsuki libera sus corazones. Hidan entabla una batalla con el Kakashi y un corazón de Kakuzu realiza una técnica de viento. Luego otro de los corazones ataca a Shikamaru y a Choji con una técnica de Raiton. Sin embargo, es retenida por Kakashi. El tercer corazón efectúa una técnica de Katon.

Kabuto encarga a Guren el cuidado de Yūkimaru, éste enferma en el viaje y Guren debe cuidarlo. Mientras tanto, Shino encuentra una especie de insecto que sobrevivió a los cristales, y se dispone a empollar más. Tsunade ordena a Yamato unirse al equipo de búsqueda de Kakashi junto con Sai y Sakura.

Los refuerzos de Konoha llegan al equipo de Naruto quien traen consigo una nueva misión: sellar al Sanbi para que no caiga en las manos equivocadas y llevarse a Yūkimaru quien posee un poder extraño que se vincula con el poderoso Sanbi.

El Equipo de sellado sigue sellando al Sanbi con la ayuda de Katsuyu mientras que Kakashi, Yamato y Shino derrotan a los hombres de Rinji y se disponen a encontrar a Yūkimaru. Mientras tanto, Naruto y Guren encuentran a Rinji con Yūkimaru, y Rinji le revela que Guren fue la que mató a su madre. Yūkimaru perdona a Guren, sin embargo Rinji trata de atacarla, pero es parado por Naruto. Entonces se revela que Rinji es Kabuto disfrazado, quien amenaza con matar a Naruto si él se mete en su camino.

Luchando contra Sasuke, Jugo recuerda como él encontró a su amigo Kimimaro, y lo que experimentó con él. Después de recordar como Kimimaro murió por él, Jugo está de acuerdo con ir con ellos, creyendo que Kimimaro vive dentro de Sasuke. Después de compartir la información sobre el objetivo de matar a Itachi Uchiha, Sasuke llama a su equipo recién formado "Hebi". Mientras tanto, Naruto decide perseguir Itachi con las esperanzas de encontrar a Sasuke.

El equipo de Konoha rápidamente se dispone a perseguir a Sasuke por su olor, aprovechando que él está recuperándose de sus heridas, sin embargo Karin se percata de esto, e inmediatamente Sasuke emprende la huida. Naruto utiliza varios clones para hallar más fácilmente a Sasuke, uno de los clones se encuentra con Itachi, quien solo dice que quiere hablar con él. Mientras tanto en Konoha Jiraiya le informa a Tsunade que ha hallado el escondite del líder de Akatsuki. Tras una conversación se revela que el cuarto Hokage es el padre de Naruto. Jiraiya emprende una misión de infiltración al país de la lluvia, donde se oculta Pain.

Jiraiya ha sido asesinado por Pain, pero el comienzo de otra pelea se acerca.El equipo de Konoha va en busca en Sasuke, mientras en joven Uchiha va en el encuentro con su hermano donde con un genjutsu le dice donde será su tan esperado encuentro.Los dos equipos corren en demasía pero el equipo de Sasuke es intervenido por Kisame, a que Suigetsu se enfrenta, mientras el equipo de Konoha se encuentra con Tobi, donde Naruto dicide luchar contra el Akatsuki. Mientras tanto Sasuke se acerca a la batalla decisiva contra su hermano Itachi.

El equipo de Konoha decide dejar de buscar a Sasuke, mientras que el Uchiha recuerda como Itachi lloró cuando se fue de la aldea. Madara ahora puede usar a Sasuke a su manera envía a Taka a la misión de atrapar al ocho colas. En la aldea oculta de las nubes, se encuentra el Jinchūriki llamado Killer Bee, quien demuestra su fuerza logrando vencer a Jūgo y a Suigetsu, ahora dándose un combate uno a uno contra Sasuke.

Shiranami sujeta a Hotaru para liberar el jutsu prohibido. Shiranami afirma que Hotaru no es más que un "recipiente" para recoger la energía del chakra que liberará la técnica prohibida. Utakata y Naruto llegan pero son detenidos por un jutsu hecho por Shiranami. Sin embargo, se las arreglan para salir libres. Mientras tanto, el equipo 7 lucha contra los bandidos y los aldeanos y son incapaces de avanzar. Shiranami logra su cometido y libera la técnica.

Pain busca a Naruto, Danzō cuenta a Homura y Koharu que Pain ha llegado, este destruye de a pocos a la aldea. Los consejeros discuten con Tsunade sobre Naruto, pero la Quinta confía en el. El sapo encargado por Tsunade para el regreso de Naruto es asesinado por Danzō, mientras Konan y los "caminos" de Pain siguen interrogando sobre el paradero de Naruto y asesinando al que no le diga, ante Iruka se le presenta uno -Tendo- para preguntarle sobre lo mismo, Pain al no conseguir respuesta decide asesinarlo, pero el intento es detenido por Kakashi, que ahora luchará contra Pain.

El Cuarto Hokage aparece y llama por su nombre a Naruto lo cual le sorprende, a lo que el Hokage responde que ese nombre le puso él ya que, es su padre. La conversación entre padre e hijo se basa en porqué Minato selló al Kyūbi dentro de Naruto, ya que este confiaba en su hijo y que aquél hombre enmascarado de Akatsuki es aquél que "maneja" a Pain para su propósito. Hablan sobre la paz que buscaba Jiraiya, y la pregunta de Naruto, la cual Minato dice que Naruto sabrá encontrar la respuesta. Minato logra regresar el sello. Pain ve atónito como el Zorro ya formado, desaparece, viendo a Naruto otra vez. Naruto y Pain se ven de nuevo cara a cara, Naruto desea hablar con el "verdadero" Pain y la pelea empieza de nuevo, Pain clava una bara a Naruto pero este usando el modo ermitaño logra ubicar a Nagato. Naruto usa el Fūton: Rasen Shuriken, pero es esquivado por el Akatsuki, luego Naruto usa los clones de sombra y ataca masivamente, pero Pain no se da por vencido logrando derrotar la mayoría de clones.

Viendo la victoria de Naruto Uzumaki, Zetsu decide informar a Tobi de la muerte de Nagato. En otra parte, el equipo de Samui sale de Konoha. Iruka Umino va a la Academia Ninja, que ha sido destruida y empieza a recordar de cuando se convirtió en maestro. Iruka acaba de convertirse en maestro de Naruto en la Academia. Un profesor colega de Iruka le aconseja que no tenga paciencia con Naruto para que no cause problemas, pero Naruto sigue causando daño, ya que se duele por las palabras de su maestro a sus compañeros de ignorarlo y de no involucrarse con él. Finalmente, Naruto descubre que Sasuke Uchiha es el único sobreviviente del Clan Uchiha.

Las miradas de rechazo hacia Naruto son frecuentes, sin entender el porque. Naruto realiza una broma en las tumbas de los ninjas caídos, siendo encontrado por su sensei Iruka; que Naruto al ver su mirada le hace recordar la mirada de todos, determinando no regresar a la academia, al día siguiente no se presenta, y la preocupación de Iruka se muestra. Kakashi le dice que es un trabajo duro. Con demasiado tiempo libre, Naruto se encuentra con el grupo de Habashi, que le propone unirse a su grupo, con una condición, la cuál propone hacerla.

Un avestruz le contaba a sus hijos la historia de su pelea contra su gran rival, Naruto. Kotetsu es enviado a una misión para atrapar a un avestruz, con Shino, Naruto y Rock Lee. El avestruz no se dejará atrapar fácilmente, rivalizando a los shinobis contra los Cuatro Guerreros Ninja Animal. Rock Lee contra 2 Canguros, Shino trata de amarrar la lengua de un oso hormiguero para que no se coma sus insectos, Kotetsu y Naruto contrel avestruz, Izumo viene a ayudarlos y ganan la pelea contra el equipo animal. Al final el avestruz es de nuevo perseguido por Naruto, porque volvió a escaparse.

Madara habla sobre su plan la cual es reunir los Bijūs, para unificarlos en el Jūbi (Diez colas) la cual Rikudō Sennin, en el pasado, se convirtió el en Jinchūriki de esta bestia, logrando antes de su muerte poder repartir ese poder en nueve bestias, convirtiéndose en la luna; de allí el plan de Madara para conseguir el Tsukuyomi Infinito, recibiendo la negativa de los Kages para poder entregar los dos Bijūs restantes, Madara declara la 4ª Guerra Ninja. Los Kages planean como proteger a Killer Bee y Naruto sobre esta situación formándose una alianza a favor de la protección de ellos dos.

Sakura que ha llegado en busca de Sasuke le dice que se unirá a él: tanto Sasuke decide que mate a Karin, para aceptar la "oferta", la cual la intención de él era matarla, llegando antes Kakashi para salvar a Sakura. Maestro y ex-alumno pelean, demostrando más poder el Uchiha ante Kakashi que puede ver todo el odio que emerge de Sasuke. Sakura que ha terminado de curar a Karin va decidida a matar a Sasuke, no obstante este se da cuenta de la intención de ella, sosteniéndola del cuello, y un kunai determina asesinarla, pero esta vez llega Naruto para salvarla.

El Raikage decide que se haga una reunión entre los cinco Kages en tres días, pasado ese tiempo, la reunión se realiza tratando como tema principal como refugiar a Naruto y Killer Bee.

Naruto se topa con un mercader en una isla, donde el ninja estaba comprando comida para el viaje, el vendedor le regala un hongo, que resultó ser un hongo maligno, causándole problemas a toda la tripulación en su recorrido por la ruta del Silencio.

Maruboshi cuenta al equipo Asuma, cómo los padres de estos lo salvaron durante la invasión a Konoha.

En una reunión de Kakashi con Tsunade, llega una tortuga de ayuda de parte de Guy, mientras él recuerda su rivalidad con Kakashi cuando eran más jóvenes y las interminables batallas que tuvieron, antes Yamato había contado que había un ninja que copiaba la apariencia sino también su chakra.

Naruto ha terminado su entrenamiento y sale de la cascada, pero Kisame aparece mostrando como sobrevivió cuando batallo contra Killer Bee y el Raikage dentro de su espada Sahameda y una nueva batalla empieza en la isla, Naruto intenta detenerlo pero aun no controla el poder del Kyūbi del todo, entonces Kisame se enfrenta a Guy. Los dos shinobis demuestran todo su potencial en la pelea la cual gana Guy al utilizar el Hirutora venciendo a Kisame.

El equipo 7 vuelve a Konoha pero entonces se anuncian los exámenes Chunnin y se reúnen los nueve novatos y los Gennin de otras naciones. Las pruebas del examen han comenzado: la prueba escrita y la décima pregunta, la búsqueda del pergamino en el bosque de la muerte donde pelean con Orochimaru y el equipo del sonido, los combates por muerte súbita y las rondas finales.

El Jinchūriki de ocho colas explica sobre los límites del Modo Bijū y también acerca del Bijū Dama, lo cual el ninja de Konoha está motivado por saber.

Los hermanos Ginkaku y Kinkaku sacan las armas del Rikudō Sennin para pelear ante Darui, entre ellas el Benihisago y el Kōkinjō (cadena dorada en el brazo) lo cual usa la Maldición "Shichiseiken" contra Atsui y Samui, lo cual si repiten "esa" palabra que más repiten ellos, serán absorbidos hacía la calabaza, lo cual llega a lograrse con los dos ninjas, mientras que el Raikage explica a Tsunade la historia de los hermanos. Darui recuerda las palabras del Raikage que los ninjas no son simple herramientas, ante eso es absorbido ya que su palabra tabú era "Lento" (en un juego de palabras), pero en el acto el cambia esa palabra por "Perdón", lo cual hace que no sea absorbido robando las dos armas a los hermanos, utilizándola en contra de Ginkaku que es absorbido, haciendo que Kinkaku se enfurezca y se transforme como el Kyūbi.

Choji detiene su ataque y recuerda los momentos más relevantes de su vida, desde su niñez hasta el campo de batalla, lo cual tiene un juramento no solo con su clan sino con su amigos. Esos recuerdos hace que Choji use el Baika no Jutsu sin píldoras revelando unas alas más grandes e inicia el ataque con la formación Ino - Shika - Chō logrando vencer a Asuma, lo cual con tristeza lo agradecen y se despiden de él, nuevamente.

En Konoha todas las madres se reúnen con Koharu Utatane, Homura Mitokado y Ebisu, donde discuten la posibilidad de ser atacados por asaltantes. Konohamaru se entera por sus amigos que van a ser atacados por unos ninjas gigantes que en realidad son Sumos los cuales al intentar invadir la aldea son vencidos por las madres y el rasengan de Konohamaru.

Kakashi se encuentra en un árbol y llega un Shinobi y le da información sobre los Siete Espadachines de la Niebla. En ese momento Kakashi se prepara para pelear contra el Jinpachi y Kushimaru en lo que aparece Guy. Comienza la batalla, Jimpachi y Kushimaru usan el poder de sus armas para acabar con Kakashi y Guy. Kakashi en ese momento recuerda una misión del pasado que tuvo con Rin y Guy, de nuevo en la batalla los dos shinobis de Konoha trabajan juntos para vencer a los espadachines.