四本目の尾の発動により完全に意識を失い、破壊衝動に支配されるナルト。ようやく近付いたサイとヤマトの分身が目にしたのは、大蛇丸と九尾ナルトの人知を超えたおぞましい戦いだった。常人には耐えられない程邪念の強いチャクラを纏うナルトが何故動けるのか、疑問を抱くヤマト。ぶつかり合う三重羅生門と高密度のチャクラが生み出す爆風の中、ナルトの力と姿は更に――妖魔・九尾の妖狐へと近付いていく。

外道魔像（げどうまぞう）は十尾の素体だった。そして九体の尾獣のチャクラを手に入れた今、外道魔像はついに十尾復活へと変化を始める。十尾復活を阻止するためナルト、ビー、カカシ、ガイの四人は肉弾戦で仮面の男に攻撃をしかけるがなかなか当てることができない。吸い込む術とすり抜ける術を巧みに使い攻撃をことごとく避ける仮面の男に対し、成す術のないナルト！渾身の一撃も避けられてしまった様に見えたが、突如、仮面の男の面に一筋のヒビが入る！

結界を破り、ついに十尾がその姿を現す！巨大で恐ろしい姿の十尾の力は計り知れず、大地を抉り空気を揺らしながらナルトたちに襲い迫る。九尾の九喇嘛（クラマ）がリーダーとなり攻撃を仕掛けるが、十尾の力はあまりにも強大でどの攻撃もダメージを与えることができず、ついにチャクラを使い果たした九喇嘛と八尾の牛鬼（ギュウキ）は姿を消してしまう。絶体絶命の危機に瀕したナルトたちに向かってトドメの尾獣玉を放つ十尾。ナルトたちにはそれを避ける術はないのだが――。

ついに二次試験が始まる！試験の内容は、広大な魔の砂漠での“天の書”と“地の書”の巻物争奪戦。この二つの巻物を持って魔の砂漠の中央にある拠点まで届けられれば合格。制限時間は７２時間。スタートの合図が鳴り、ネジ、リー、テンテンの三人は灼熱の砂漠を走り出す。この試験の前夜に敵の分析を終えているネジは、リーの蹴りを受け止めたシラの班とフウの班との戦闘は避けるべきだと提案する。しかしリーはそんなシラと戦ってみたいと闘志を燃やす!!

同じ体術使いとしてシラに戦いを挑むリー。体術を極めた者同士、剛拳と剛拳の闘いが始まる！お互い本気の体術と体術のぶつかり合い。技のスピード、手数の多さは互角――と思われたが、体格の差で押され始めるリーにダメージが蓄積されていく。その状況を破るためリーは、八門遁甲（はちもんとんこう）を解放する！が、しかし第一門すら開くことができない。それはシラの攻撃によるものなのか？そしてシラの攻撃は容赦なくリーの体に叩き込まれる!!

動けないサクラを守るように戦ういのとチョウジ。しかし二人も連戦続きのため体力とチャクラが底を尽きかける。この何もできず守られている状況に、かつてナルトとサスケに守られてばかりだった自分を思い出すサクラ。だが綱手の修業を経て、“今の自分ならいのとチョウジを守ることができるはず”とサクラは闘志を燃やし始める。そんなサクラたちにトドメを刺そうと敵の砂の忍は最後の攻撃を仕掛けてくるのだが、果たして、サクラは立ちあがることができるのか！？

気が付くと精神世界にいたナルト。自分は死んでしまったのか、と不安になる中ナルトは、伝説の忍と言われている六道仙人（りくどうせんにん）と出会う。そこでナルトは自分が六道仙人の息子・アシュラの、そしてサスケがその兄・インドラの転生者であることを聞かされる。かつてから争い続けてきたアシュラとインドラ。その両者の運命がナルトとサスケにもたらすものは果たして何なのか？

一方、戦場で命を賭してマダラと戦うガイの命の灯は消えようとしている。

ナルトも合流し、傀儡に襲われたピンチを脱した下忍たち。その下忍たちの行動を見て、若い忍たちにも未来があると感じた仮面の男はその結果に満足し、上忍たちの解放を約束する。男と共に一部始終を見ていたネジも解放されナルトたちの前に姿を現す。そして首謀者である仮面の男は今回の事件の目的と正体を語りだすのだが、果たして男の正体とは一体誰なのか！？そしてこの事件は一応の解決を見せるのだが、その裏では…？

イタチとつねに比べられ、一向にフガクに認められない事に苛立ちを募らせるサスケ。そしてその苛立ちをサスケはナルトにぶつけてしまい、ふたりは新術を撃ち合うケンカを始めてしまう。だが、大事になる寸前でミナトがふたりを止める。このケンカでナルトとの力の差を思い知らされたサスケは必ずナルトに勝つとの決意を胸に木ノ葉警務部隊に入る。そしてそれは、とある人物に師となってもらうためのサスケの策略だった。

マダラの無限月読で忍たちは幸せな夢を見続ける。ヒナタやシカマル、サイや我愛羅たちは目覚める事なく時が過ぎて行く――。

一方、ナルト達はサスケの輪廻眼で作られた須佐能乎の中で無限月読から逃れていた。しかし、月の光が差す間は須佐能乎の外に出る事ができない。そんな中、サスケは穢土転生体のイタチが昇天した時の事を思い出す。するとサスケの写輪眼が共鳴し始め、イタチの語られる事なかった真実の物語が動き始める。

アカデミーを卒業したイタチは下忍となり、チームを組むことになった。チームの仲間は出雲（いずも）テンマと稲荷（いなり）シンコの二人。担当上忍は水無月（みなづき）ユウキで、このメンバーで猫バアからの依頼の任務に出撃することになる。依頼の内容は迷い猫探し。それもただの猫ではなく忍猫の捜索。イタチたちは猫だらけの猫魔殿（ねこまでん）へと赴くことになり、忍具ならぬあの“猫具（ねこぐ）”をつけることになるのだった。テンマ達はイタチにとって初めての仲間。果たして、任務の行方は…？

暗部に入隊したイタチはその実力で暗部の分隊長になる。しかしそれはヒルゼンではなくダンゾウが直接指示を出す部隊で、イタチはクーデターを企てるうちは一族を監視する二重スパイを強いられるのだった。うちは一族の里への不満が高まっていく中、フガクから南賀ノ神社（なかのじんじゃ）へ来るよう呼び出されるイタチ。そこでうちは一族の族長であるフガクが息子に語る話とは？そして、フガクが見せたその眼は…。

うちは一族は革命を決意し、ついにあの満月の夜が訪れる。

優しい心を持つインドラであったが天才的な才能が故、力が重要だと考え“世界を束ねるのは力であり力による規律こそ理想”と言い、人々に厳しく接するようになる。アシュラは優しい心の持ち主だが才能がなく落ちこぼれ。人々は誰もが忍宗の後継者にはインドラが選ばれると思っていたのだが、ハゴロモは十尾（じゅうび）の残骸が残る地へと二人を向かわせ、そこで起きている問題を解決しその結果を見て後継者を決めると言い出す。

一流の忍同士であれば拳を一度交えただけで互いの心が読める――。もはや一流の忍と呼べるまで実力をつけたナルトとサスケは拳を交叉させただけで、お互いの想いを理解できる。しかしサスケはナルトの想いを理解してもなお、ナルトを斬らなければならないと断言する。 大地を削り、山を斬り、空を、海を裂く、かつてないほどの二人の熾烈を極めた戦いの行方は…。 ナルトとサスケの烈々たる想いが火花を散らす!!

一流の忍同士であれば拳を一度交えただけで互いの心が読める――。もはや一流の忍と呼べるまで実力をつけたナルトとサスケは拳を交叉させただけで、お互いの想いを理解できる。しかしサスケはナルトの想いを理解してもなお、ナルトを斬らなければならないと断言する。 大地を削り、山を斬り、空を、海を裂く、かつてないほどの二人の熾烈を極めた戦いの行方は…。 ナルトとサスケの烈々たる想いが火花を散らす!!

誰にも認められず孤独に過ごしていたナルト。しかし、イルカがナルトを認めた事で、ナルトの物語は始まった。イルカの言葉や存在が、今日までナルトを支えてきた。そんなナルトの結婚がもう間近に迫る中イルカは、自分がナルトにとってどういう存在なのかわからなくなり、結婚祝いの言葉に何と言っていいのか答えを出せずにいた。

果たしてイルカがナルトへ贈ったメッセージとは…？

長きに渡り続いてきたNARUTO-ナルト-疾風伝、ここに完結!!