Kakuzu révèle qu'il a la capacité de durcir son corps. Kakashi arrive à le surprendre en lui transperçant le cœur avec un Chidori. Cependant, Kakuzu n'est pas mort pour autant car il possède plusieurs cœurs.

Depuis des années, Naruto est aux premières loges pour savoir que la haine de Kyûbi est inaltérable. De son côté, le démon renard prend conscience qu'il connaît Naruto mieux que quiconque. Quelle sera sa réaction lorsque que son hôte se met en tête de libérer Yonbi de l'emprise de Madara ?

Alors que son groupe est en difficulté face à la sinistre Marionnettiste, Sakura décide de prendre les choses en main...

Trois ans se sont écoulés depuis que Sasuke a rejoint la police de Konoha, où il en est maintenant un des lieutenants. Mais lui et ses compagnons abusent de leurs prérogatives, ce qui ne fait qu'accroître l'anxiété dans le village, et où les Uchiha restent en mauvaise posture. Maintenant que son entraînement avec Jiraiya est terminé, Naruto retourne lui aussi au village de Konoha. Il retrouve alors son ami Sasuke au milieu de la ville...

À cause du démon à neuf queues scellées à l'intérieur de lui, Naruto est craint et détesté par tous les villageois. Il s'entraîne tout seul dans les bois mais un jour, un certain homme apparaît et entame une conversation avec Naruto. Ailleurs, dans le village de Konoha, une célébration est organisée pour marquer le troisième anniversaire de Hinata, où elle rencontre Neji pour la première fois.