Sora esta descontrolado, no entiende nada de lo que Naruto y los demás intentan decirle mientras pelean contra el. Mientras que Fūriido y Asuma siguen peleando, Chōji, Shikamaru, Kiba y Akamaru atacan a Sora, pero es imposible, así que deciden dejarle el trabajo a Naruto, quien al acercarse a Sora, el chakra de Kyubi, se traspasa también al cuerpo de Naruto. Cuando Sora consigue sacar las cuatro colas, Naruto se niega a sacarlas también, mientras que hay un enfrentamiento entre el y el Kyubi, por suerte consigue quitarse el chakra del Kyubi de encima, gracias a su fuerza de voluntad, mientras que Sora, esta apunto de convertirse en nada más y nada menos que el mismísimo Kyubi.

Yūkimaru decae y el Sanbi ataca a Guren. Yūkimaru usa su poder para contener al Sanbi, pero agota su chakra y es incapaz de hacerlo. Guren deja su posición y protege Yūkimaru con un escudo de cristal. Naruto sale a buscar a Yūkimaru, pero termina luchando contra el Sanbi con Guren. A pesar de sus esfuerzos para derrotarlo, la bestia los domina, y luego procede a tragarlos. Mientras tanto, Kakashi, Shino, y Sai encuentran a Yūkimaru inconsciente y huyen con él, dejando frustrado a Kabuto.

La batalla continúa y Orochimaru utiliza el jutsu de cambio de cuerpo, pero Sasuke realiza un inversión. Kabuto al entrar a la habitación ve las serpientes de Orochimaru y a Sasuke, preguntándose quien es en realidad. Sasuke, a través de un Genjutsu, le muestra el final de Orochimaru. En ese momento Tsunade, Naruto, Jiraiya e Itachi ven el atardecer suponiendo la muerte del Sannin.

Naruto tiene que obedecer las demandas de sus sombras que se han rebelado contra el. Al final, resultó ser solo un sueño de Naruto, ya que cuando estaba discutiendo con sus clones, la polea del mástil se rompió y le iba a caer encima, pero uno de los clones, el cual estaba durmiendo, se percató de la polea y empujó a Naruto, salvándolo del golpe.

En una reunión de Kakashi con Tsunade, llega una tortuga de ayuda de parte de Guy, mientras él recuerda su rivalidad con Kakashi cuando eran más jóvenes y las interminables batallas que tuvieron, antes Yamato había contado que había un ninja que copiaba la apariencia sino también su chakra.

Konan utiliza el "Kami no Shisha no Jutsu" con el cual casi acaba con Tobi detonando 600 billones de Sellos Explosivos causando una inmensa explosión que duraría unos 10 minutos pero no puede derrotarlo ya que ha utilizado el Izanagi para confrontar la potente técnica, Tobi vence a Konan. Una vez acabada la pelea va en busca de Nagato y se lo lleva, mientras que la ex-Akatsuki recuerda los momentos finales con sus amigos de Amegakure y Jiraiya. Ahora que ha llegado la información de Kisame, con atavío distinto y Kabuto de aliado, Tobi se prepara para la captura del Kyūbi.

Sasuke abandona Konoha en busca de poder a través de Orochimaru, Naruto y su equipo de Gennin van en su búsqueda y se van enfrentando con los cuatro del sonido los cuales van cayendo uno a uno, Naruto alcanza a Sasuke en el valle del fin, tras hablarle y no querer regresar empiezan a luchar utilizando todo lo que tienen al final Sasuke se marcha con Orochimaru y los Gennin son llevados a Konoha

Sakura ha sufrido una caída e Ino la auxilia y la lleva a la aldea cuando Sakura despierta no recuerda absolutamente nada a excepción de un collar de cerezo. Ino pide ayuda a los once de Konoha para tratar de que se recupere Sakura se acuerda de ellos en cierta medida: a Kiba como un amante de los gatos, a Shino como amante de las plantas pero no de sus insectos, Hinata se viste de forma indecente y una personalidad rebelde, Rock Lee y Neji son atados a un poste para no asustar a Sakura y Shikamaru y Chōji como niños pequeños, Sakura al ver a sus padres comienza a llorar al final ella se desvanece diciéndole a Ino que no es la Sakura que conoce

El clon del Kyūbi, lo cual ha Naruto ha expulsado, intenta atacar a los que presentes, llegando el resto de los ninjas de Konoha uniéndose a la pelea. Este clon roba el chakra de Naruto lo cual incrementa su fuerza y tamaño considerablemente dañando a la villa Hachō. Dokku salva a Naruto antes de ser pisoteado por la enorme bestia, lo cual Kabuto invoca a una enorme serpiente tragando a los dos. En la aldea a salvo Shiseru recuerda una conversación con Dokku, lo cual eran los pro y contra de adoptar a los huérfanos. Dokku le pregunta a Naruto, la razón por la cual quiere poder y ser más fuerte, lo cual en Genin recuerda a sus amigos, apareciendo en escena Disonasu con ello la muestra de su traición enseñando un pergamino con la palabra Saezuri.

Naruto y killer Bee se encuentran con Nagato e Itachi, todos empiezan a hablar, Kabuto al ver lo que pasa obliga a los dos miembros de Akatsuki a pelear Naruto contra Nagato y Killer Bee contra Itachi, Nagato invoca a Cancerbero y un ave gigante mientras que Itachi decide usar su Mangekyo Sharingan entonces de la boca de Naruto sale un cuervo con un Mangekyo Sharingan en su ojo izquierdo, Naruto recuerda como Itachi le dio ese "poder" que esperaba no utilizarlo, Itachi conecta su Mangekyo con el del cuervo, así se libera del Edo Tensei y con el Amaterasu quema a Cancerbero, el ave gigante y a Nagato. Kabuto se sorprende de lo que Itachi ha hecho, Naruto le pregunta que ha pasado e Itachi responde que el ojo del cuervo es de Shisui Uchiha quien poseía el Genjutsu más poderoso de todos logrando liberarse de Kabuto. Mientras que Nagato recupera el color de su cabello y ataca a Naruto y Bee.

Neji y Hinata pelean contra los Zetsus blancos cuidándose ambos las espaldas, entonces Hinata recuerda cuando entrenaron el Sembon Kumite con Neji durante varios días, Sakura la invita a festejar el ascenso de Tsunade como el Quinto Hokage, donde se celebrara con fuegos artificiales. El entrenamiento es tan duro que Hinata no puede mas y cae inconsciente, cuando el doctor la examina dice que tendrá que guardar reposo pues utilizo demasiado el Byakugan, Neji se encuentra con Naruto y Sakura y le comentan que Hinata quiere estar en los fuegos artificiales, Neji habla con el doctor para saber cuando se recuperara Hinata por completo le dice que tardara un tiempo. Así que le dice que existe una planta que cura la vista cansada pero para conseguirla tendrán que luchar con ayuda de Kakashi y Guy.

La división medica está ayudando a los shinobis heridos, en otro lugar Kabuto que con el Edo Tensei resucita a Hayate Gekko el ninja de Konoha, este se pregunta donde esta y por que ha resucitado. Kabuto le explica lo que está pasando, entonces recuerdan los exámenes Chunnin tres años atrás, y cuando Hayate descubre el plan de la aldea de la arena con el sonido y como murió a manos de Baki. Los Ninjas médicos sellan a los shinobis caídos con habilidades especiales para que el enemigo no los resucite. Entonces aparece Hayate con otros dos shinobis los cuales roban el pergamino para entregárselo a Kabuto, la división medica tratan de detenerlos pero huyen, se forma entonces un grupo de ninjas que son: Sakura, Io, Yozake y Yugao los cuales salen en su búsqueda para detenerlos.

Madara pregunta por quien esta utilizando el Edo Tensei, así Kabuto se presenta ante él mediante Mū, y le comenta la situación, sin más que decir Madara se lanza contra la Cuarta División y allí este empieza a acabar con una gran cantidad de shinobis sólo con ataques físicos gracias a la ayuda de su Sharingan con el cual transmite miedo, hasta que este decide usar el Elemento Fuego: Gran Aniquilación de Fuego, pero es contrarrestado por un muro de agua que realizan varios shinobis. Así Ōnoki, Gaara y Naruto deciden actuar en equipo y tratar de detenerlo pero Madara libera su Susanoo y el Mangekyō Sharingan, Naruto usa el Elemento Viento: Rasen Shuriken hacia Madara, pero este activa el Rinnegan en el último segundo y absorbe el ataque. Madara le pregunta a Kabuto que es lo que le ha hecho a su cuerpo por lo que responde que ha logrado maximizar el poder de Madara, por lo que decide poner a prueba sus poderes, bajando un meteorito gigante al campo de batalla, los shinobis atónitos de lo que están viendo huyen del lugar, pero Ōnoki decide parar el meteorito usando el Elemento Tierra: Jutsu de Roca Ultra Ligera haciéndolo mas ligero y con ayuda de Gaara lo detienen, pero Madara desciende un segundo meteorito el cual choca con el primero y produzca un gran temblor por todos lados. En el cuartel de la alianza Tsunade decide ir a la batalla, Madara trata de invocar al Kyūbi sin éxito por lo que usa el Jutsu Secreto de Elemento Madera: Nacimiento de un Mundo de Árboles, los sobrevivientes observan esto asombrados y asustados a la vez diciendo que ahora si era su fin.

Tsunade libera su sello donde inspira valor y persistencia a los demás Kages los cuales atacan a Madara, pues ella ha heredado el poder de Hashirama, a lo que el Uchiha responde que no lograran ganarle, mientras que Choza y dan mantienen una charla donde alega que no lograrán ganarle pues el único capaz de hacerlo fue el primer Hokage. Tsunade los golpea y Gaara utiliza el sello que uso contra el segundo Mizukage, pero este resultó ser un clon, y Tsunade es atravesada por el Susanō. Por otra parte Itachi finalmente llega a la guarida de Kabuto donde piensa detener el Edo Tensei a lo que este alega que el jutsu no tiene puntos débiles y no puede matarlo pues Kabuto es el único capaz de detener la técnica, seguidamente Sasuke hace su entrada y le pregunta a Kabuto que es lo que está pasando, a lo que este responde la razón por la que la guerra se inició, capturar al Kyubi y al Hachibi y completar el Tsukuyomi infinito. Mientras que la batalla de los Kages continúa y Tsunade logra salvarse del Susanō pero Madara crea cinco clones de madera por cada Kage, la charla entre Itachi, Kabuto y Sasuke continúa donde Itachi detendrá el Edo Tensei pues el riego del jutsu es el mismo Itachi a lo que Sasuke se le une formando un nuevo equipo pero Kabuto libera sus serpientes preparándose para luchar.

Itachi una vez que logra retener a Kabuto en el bucle infinito se prepara para liberar el Edo Tensei, Sasuke pregunta como hizo tal cosa a lo que la respuesta es que el Izanami utiliza los sentimientos del usuario y el oponente, pero aun así el usar tal técnica significa perder la perdida del Sharingan, Itachi confirma que hay una manera de escapar del Izanami, pero antes le revela las luchas del clan Uchiha a Sasuke y el surgiminiento de dicha técnica prohibida para contrarrestar el Izanagi el cual era usado para cambiar los resultados a los que el usuario le beneficiara mas, pero esto genero conflictos internos entre quien debería ser el líder del clan y los que deberían usar el Izanagi por lo que hubo masacres y es allí donde surge el Izanami donde para poder escapar del bucle el oponente deberá asumir su futuro según sus acciones (es decir aceptar su realidad), a lo que Sasuke aprende que esas luchas son una reflexión a aceptar el destino. Itachi le comenta a Sasuke que Kabuto se parece a él y teme fallar en sus metas por eso lanzo el Izanami a propósito, y la lucha de este con Kabuto en el bucle continua. Itachi finalmente detendrá el Edo tensei donde le abre los ojos a Kabuto para saber los sellos usando el Tsukuyomi a lo que Sasuke sabe que el también desaparecerá pero Itachi sabe que podrá acercar el fin de la guerra. La segunda noche ha caído.

Naruto en su modo Bijū ataca con todo a Tobi, pero este sigue usando el Kamui, mientras que Kakashi distraído piensa en la posible persona que puede ser y con ayuda de Guy, Tobi lanza Shurikens gigantes pero Naruto las repele todas, como alternativa despide unas estacas para suprimir el poder de los Bijūs, pero Naruto usa los clones de sombra y Kakashi lo teletransporta, Mientras que el otro clon usa la Bijūdama, para protegerse del impacto Tobi se refugia en su otra dimensión, pero en ese lugar Naruto con su Rasengan el cual gracias a Kakashi, finalmente logra destruir la máscara de Kakashi, Después del impacto los recuerdos de Obito Uchiha son revelados de cuando se presentaron al examen Chunnin con Kakashi, Rin y otros de aquella generación, finalmente se muestra la misión de destruir el puente Kanabi donde este supuestamente había perdido la vida tras rescatar a Rin y obsequiarle su Sharingan izquierdo. De vuelta en la guerra Kakashi y Guy atónitos de lo que ven se preguntan como es que este sigue vivo. Mientras que Obito explica que su odio contra Kakashi es por la muerte de Rin y que pronto el mundo estará bajo el dominio del Tsukuyomi, sin más este lanza el Rakufū Rambu pero es repelado por las colas de Kurama, en ese momento Madara llega a la batalla donde la situación se complica aún más.

Part 1 of a special two-part extra edition! The townspeople are going about their daily business on the streets of the Leaf Village when someone suddenly appears and starts sending them flying!

Obito sigue recordando su pasado, en donde Minato los recomienda para realizar el examen Chunnin, tras decidir hacerlo, Obito, Kakashiy Rin deben superar la primera prueba que es el examen escrito, donde tras no saber ninguna respuesta, Obito recibe ayuda de Rin, así logra aprobar, ahora deberán luchar en grupo en el bosque de la muerte y así pasar a la siguiente ronda, Obito quien llega en el último momento se prepara para el combate donde es vencido por Guy, sin embargo Obito sigue entrenando sin cesar, hasta la tercera fase del examen donde nuevamente es vencido, tras verse frustrado observa como Rin le da ánimos a Kakashi. Tras terminar el examen Kakashi se convierte en Chunnin, Obito quien se marcha recibe ánimos de Rin puesto que ella lo está observando, es así como al siguiente año Obito logra ascender a Chunnin, pero se entera que Kakashi ahora es Jonnin, después de ello, Minato los somete a un entrenamiento muy real donde Obito es herido por una shuriken en su mano izquierda, tras fingir que esta bien, Rin le dice que no debe ocultarse puesto que ella los está observando. De vuelta en el presente, Naruto le dice que fueron esos lazos con sus amigos lo que le permitió no dejarse consumir por el Jūbi, es entonces cuando Naruto le dice que no debe seguir ocultándose.

Los candidatos al examen chunnin llegan a Konoha, donde seguidamente todos se registran para participar. Shikamaru es el sensor de la primera prueba que es escrita, donde a diferencia de los exámenes anteriores divide a los integrantes de cada equipo en salas distintas, una vez todo listo Shikamaru explica en que consiste el examen, cada miembro deberá responder una pregunta de un total de tres, donde al final el resultado tendrá ser de cien puntos exactos por equipo, tras saber esto los participantes descubren que cada aula esta completamente sellada, impidiéndoles comunicarse, por lo que todos empiezan a analizar la situación y buscar maneras de lograr comunicarse entre sus compañeros para solucionar el examen.

Guy, Kurenai y Asuma se dirigen al cuartel con el fin de entregarle un pergamino especial a Gaara pero no les es permitido dárselo personalmente, en ese momento la tormenta de arena los alcanza lo que obliga a los ninjas de Konoha a refugiarse, Kanguro y Temari siguen en su labor de ayudar a los participantes en peligro. Gaara quien también está ayudando se topa con Hōichi el causante de la tormenta, al notar que Gaara es un Jinchūriki este realiza una técnica de sellado donde una cadena que sale del pecho de Hōichi atrapa a Gaara y empieza a extraer al Shukaku, pero el Bijū al verse en problemas lanza una señal de ayuda a Fū quien rápidamente se percata y sale en su ayuda, tras llegar a donde se encuentra Gaara, Fū también es atrapada por la técnica de sellado.

Sasuke se traza como objetivo localizar a Fūshin, en ese sentido informa a Konoha que el también ha sido testigo de las bombas humanas, razón por la que investigará por su cuenta e informará a la aldea sobre los resultados. El Uchiha solicita la ayuda de Orochimaru para tal fin a lo que este último accede y acompaña, su destino, un lugar conocido como El Coliseo, que consiste en un ring de peleas clandestinas organizado por personas con recursos y poder, en ese lugar, y gracias a la astucia de Orochimaru, Fūshin hace su aparición y Sasuke deberá enfrentarle; al mismo tiempo, una nueva bomba humana amenaza con generar el caos.