一度拠点に戻り、それぞれの治療をする木ノ葉の仲間達。しかし先の戦闘は皆に深刻なダメージを残していた。昏睡する幽鬼丸を診るシズネだが、幽鬼丸は二度と三尾を操れぬ体となっていた。全ての報告を聞いた綱手は、これ以上の任務続行は不可能と判断。これまで得た情報を元に新たな対策を練るべく、代替要員を派遣し、交代で皆に里へ戻るよう告げる。しかしその夜、幽鬼丸は一人姿をくらましてしまう。幽鬼丸を案じ、懸命に追いかけるナルトが月明かりの中で目にしたものとは――？　そしてナルト達の出立の日、湖には三尾を求めてやってきた暁のデイダラとトビの姿があった…。

時は十数年前、大陸では忍五大国の統治が揺らぎ、全土を巻き込む第三次忍界大戦が勃発していた。後の四代目火影である波風ミナトの小隊に属する少年カカシは、うちは一族のオビトと医療忍者リンと共に、任務の為、神無毘橋に赴く事になる。ことあるごとに掟を振りかざすカカシを鬱陶しがるオビトだが、カカシのこだわりにはある理由があった。ミナトに諭され、カカシを理解しようと勤めるオビトは、上忍となったカカシをリーダーに、別任務に向かうミナト抜きの三人一組で、敵地への潜入を試みるが…。

木ノ葉隠れの里で忍者アカデミーの生徒たちを指導するシノは、生徒の質問に答えるため、自分がまだ下忍だった頃の思い出を話し始めていた。

あるときシノたち第八班は、ターゲットの盗賊忍者を追い詰めたものの取り逃がしたことがあった。その原因のひとつは、シノが敵に弱点をつかれたことだった。気を落とすシノを心配するキバとヒナタ。そんな三人に紅は、里の温泉地に行くよう指示する。温泉地でキズを癒しながら、キバやヒナタと修業に励み、苦手だった接近戦にも対応できるようになってゆくシノ。そんなとき、シノたちが取り逃がした敵が近くにいるとの報せが入る。だが、自分のいたらなさで任務に失敗したことを気にするシノは、キバやヒナタの仲間として戦うことにまだ迷いがあった。

ＴＶアニメ放送５００回突破を記念して、全６話のオリジナルストーリーを放送！ナルトたちにある任務が下された。その任務とは“火の国国境近くの神聖域にあるトニカ村で起こった村人惨殺事件。その犯人を突き止め、然るべき制裁を与えよ”というものだった。久々の任務に張り切るナルトだが、その村に訪れて目に入った光景は、多くの家々が無残にも破壊された激しい戦闘の跡。何故この村は襲われたのか？そしてこの村を襲った人物は一体誰なのか？