手分けして、里の復興作業に取り掛かる忍達。ヤマトの木遁忍術で更地に建物を建築してゆくも、再生までの道のりは遠く思えた。そんな中、ナルトとサクラは懐かしい人物に遭遇する。それはかつて波の国で出会った大工、タヅナとイナリだった。二人は他の大工仲間と共に、木ノ葉復興の為、駆けつけたのだという。再会を喜ぶナルト達は波の国の任務直後に起こったある事件に想いを馳せる。

キラービーという新たな師匠を得たナルトは、早速、尾獣の力をコントロールするための修業に取りかかる。　キラービー、ヤマトとともに真実の滝の奥にある遺跡にやってきたナルトは、尾獣と対話できるシステムになっているという領域で、自らに封印された九尾と対峙。自来也から託された封印のカギを開ける。九尾の力をコントロールするためには、戦ってそのチャクラを自分のものにしなければならないのだ。　ナルトと解放された九尾の戦いが始まった。

上空から敵の領地内に入ったカンクロウを隊長とする奇襲部隊のサイやオモイたちは、森の中に本拠地を設営する。一方、領地内から逃げている潜入偵察小隊は“暁”側の奇襲部隊、デイダラとサソリたちの襲撃を受けていた。命からがら逃げ延びてきた偵察部隊のムタがカンクロウたちの前に現れるが、デイダラたちもやってきてしまう。味方の忍を操り、さらに穢土転生でかつての味方を蘇らせて攻撃してくる“暁”。奇襲部隊同士の激突により、戦争の幕が切って落とされる！

死闘の末、銀角を封印する事に成功したダルイだったがそれに激怒した金角が恐るべき姿に変身する。それはまさに九尾化した人柱力の姿だった！忍連合本部の綱手も驚愕し、どう金角を押さえるか手をこまねくが雷影には秘策があるという。それは金銀兄弟の宝具を逆に利用し封印する作戦だった。しかしそれだけでは封印するのは難しいと悟ったシカクは瞬時に作戦を考え、ある忍たちに指令を送る。その指令を受けたのは木ノ葉の忍、猪鹿蝶の３人だった。

夜を迎え、第五部隊の侍たちが見張るカンクロウの傀儡の中にデイダラは捕らえられたままだった。捕虜となったデイダラと交渉するため訪れた黒ツチにより、デイダラはかつての戦いでサスケが死んでいない事を知らされる。それにショックを受けたデイダラは、侍に扮した白ゼツの協力により傀儡から逃げ出す。デイダラを追いかける黒ツチ、ミフネ、カンクロウ。だが、さらなる超究極芸術を完成させるため、逃げるデイダラの目の前に意外な人物が現れる。

ＴＶアニメ放送５００回突破を記念して、全６話のオリジナルストーリーを放送！ナルトたちにある任務が下された。その任務とは“火の国国境近くの神聖域にあるトニカ村で起こった村人惨殺事件。その犯人を突き止め、然るべき制裁を与えよ”というものだった。久々の任務に張り切るナルトだが、その村に訪れて目に入った光景は、多くの家々が無残にも破壊された激しい戦闘の跡。何故この村は襲われたのか？そしてこの村を襲った人物は一体誰なのか？

クローン九尾に敗れ、祭壇の奥の部屋に閉じ込められてしまったナルトとドック。その二人の前にカブトと意外な人物が現れた。カブトたちの目的は古代の遺産『さえずり』と、その鍵となる『音』。全ての『音』が揃った時、『ホール』の伝承にある強大な『力』がカブトたちのものになってしまう。いくつかの『音』はまだ行方不明だったのだが、ドックを助けに子供たちだけでやってきたレオはカブトと取引をするために残りの『音』を持ってきてしまうのだった。

二代目水影の蜃気楼を破った我愛羅とオオノキ。しかし、これまで協力的だった二代目水影はバトルが楽しくなってきてしまい、さらなる忍術で攻撃してくる。それは二代目土影も手を焼いたという無限爆破忍術・蒸危暴威！広範囲に渡って何度も水蒸気爆発を起こすその大技に我愛羅たちは苦戦を強いられてしまう！しかし、その容赦のない攻撃はただ戦いを楽しむためではなく“自分に勝てないようではマダラに勝つ事などできない”と二代目水影が我愛羅たちを思っての事だった。