Während eines Sturms steht das Schiff kurz vor dem Untergang. Damit das Schiff und die Mannschaftsmitglieder überleben, beschwört Naruto seine Schattendoppelgänger zur Hilfe herauf. Diese können das Schiff und das Team retten. Jedoch zeigt Naruto gegenüber seinen Schattendoppelgängern keinerlei Dankbarkeit. Worauf diese in den Streik treten.

Kakashi wird von dem Kazekage zum neuen Anführer der alliierten Ninja-Truppen auserkoren. Währenddessen warnt Yamato seine Mitreisenden, vorsichtig gegenüber Fremden zu sein. Zumal es Solche gibt, welche vortäuschen eine andere Person zu sein. Kurz darauf entdeckt Guy mitten im Meer einen Mann, der genau wie Kakashi aussieht. Guy ist sich nicht sicher, ob der echte Kakashi vor ihm steht.

Der Kampf zwischen Tobi und Konan geht weiter. Konan ummantelt Tobi mit zahlreichen Kibakufuda. Konan ist sich sicher, dass die Explosionen Tobi getötet haben. Jedoch taucht dieser unerwartet hinter ihr auf und kann das Mädchen mit einer Stange durchbohren. Wie sich herausstellt, hat Tobi, um zu überleben, das Izanagi benutzt.

Um mehr Kraft zu erlangen, begleitet Sasuke die Sound-Four zu Orochimarus Versteck. Unterdessen bildet Shikamaru ein Team aus Naruto, Choji, Kiba und Neji. Das Team soll die Verfolgung aufnehmen und Sasuke wieder zurückholen. Dem Team ist es möglich Sasuke und die Sound-Four einzuholen. Daraufhin entwickelt sich ein Kampf zwischen Naruto und Sasuke.

Durch einen Bericht vom Hauptquartiert erfährt Mifune, dass sich die feindlichen Truppen im Untergrund befinden. Sofort befiehlt er seiner Division ebenfalls in den Untergrund zu gehen und die Anderen zu unterstützen.

Sakura fällt im wahrsten Sinne des Wortes vom Himmel und wird von Ino, die den Vorfall mitbekommen hat, ins Dorf gebracht. Tsunade stellt keine inneren Verletzungen, aber einen deutlichen Gedächtnisverlust fest. Alle Freunde und Bekannten machen sich nun Gedanken, wie sie dazu beitragen können, dass bei Sakura die Erinnerungen wiederkommen.

Naruto kämpft unter dem Loch gegen Kabutos Klon-Neunschwänzigenn. Im Kampf verliert er immer mehr die Kontrolle über sich selbst und richtet sich schließlich gegen seine Freunde. Währenddessen versuchen Dokku und Shiseru, mit Hilfe des „Saezuri" den Speer des Himmels" zu deaktivieren. Doch Kabutos Klon-Neunschwänziger wütet weiter und zerstört den Felsen unter Shiserus Füßen.

Naruto und Killerbee treffen unterwegs auf Itachi und Nagato, zwei alte Bekannte von Naruto. Endlich ergibt sich für Naruto die Chance, aus Itachi die ganze Wahrheit über dessen Verhältnis zu Sasuke zu erfahren. Er weiß ja, dass Sasuke nach wie vor plant, Konoha zu zerstören. Plötzlich bringt Nagato alle in Gefahr, weil er seinen Körper nicht mehr kontrollieren kann …

Neji bereiten seine Augen große Probleme, doch Hinata steht ihm zur Seite und beschützt ihn. Er hat Gleiches schon früher einmal für sie getan, als sie nach dem traditionellen Senbon-Training außer Gefecht gesetzt war. Damals hat er sich in das unheilvolle Tal des Urteils begeben, um eine Pflanze zu suchen, die ihren Heilungsprozess hätte fördern können.

Die Allianz hat inzwischen eine gewaltige Zahl an Verlusten zu beklagen. Auf diesen Zeitpunkt hat Kabuto nur gewartet, um Hayate und weitere Tote wiederzubeleben. Hayate hatte Kabuto noch zu Lebzeiten ausspioniert. Nun muss der wiederbelebte Hayate aber mit Kabuto zusammenarbeiten, ob er will, oder nicht. Das führt auch dazu, dass er auf seine ehemalige Geliebte trifft …

Rund um das Dorf Konoha schleudert eine unbekannte Macht Menschen in die Luft. Wer ist dieser geheimnisvolle Widersacher?

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Hagoromo wählt seinen Nachfolger, der das Ninshuu mithilfe eines seiner Söhne anführen soll. Doch der junge Schützling hat anderes im Sinn.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)