In Konoha ist in den letzten zweieinhalb Jahren offenbar alles seinen geregelten Gang gegangen – was sich nun vermutlich ändern wird, denn Naruto kehrt zusammen mit Jiraiya von ihrer Trainingsreise zurück. Überrascht stellt er fest, dass Konohamaru sich in der Zeit ganz schön weiter entwickelt hat, denn der Kleine beherrscht inzwischen das Sexy Jutsu …

Tsunade teilt Naruto mit, dass er und Sakura sich einer Art Test-Kampf stellen sollen, damit sie sehen kann, wie die beiden sich entwickelt haben. Danach will sie über deren weitere Laufbahn entscheiden. Naruto glaubt erst, sein Gegner sei Shikamaru, doch es stellt sich heraus, dass es Kakashi ist, der gegen ihn und Sakura gleichzeitig antritt.

Tsunade lässt Sakura und Naruto in einem Trainingskampf gegeneinander antreten und es wird tatsächlich spannend, denn die Beiden sind inzwischen sehr gut geworden und Kakashi muss sich richtig anstrengen. Derweil versucht Deidara mittels eines riesigen Vogels in das Sand-Dorf einzudringen. Plötzlich steht er direkt Gaara gegenüber …

Der Trainingskampf zwischen Sakura und Naruto auf der einen und Kakashi auf der anderen Seite geht weiter. Kakashi ist klar im Vorteil und fragt sich, ob er die Fortschritte seiner Schüler vielleicht zu früh gelobt hat. Naruto erinnert sich daran, dass Kakashi ihnen beigebracht, dass man die Schwachpunkte des Gegners herausfinden muss, doch Kakashi scheint keinen zu haben …

Gaara wird von den Dorfbewohnern von Suna-Gakure inzwischen anerkannt. Ja, man sieht ihn dort mittlerweile sogar als große Stütze, nicht mehr als Sonderling. Seine Auseinandersetzungen mit Deidara verlaufen allerdings nicht immer gleich erfolgreich, auch wenn er mit seinem speziellen Sand, seiner „Absoluten Verteidigung," gewisse Vorteile zu haben scheint.

Naruto kommt nach langer Zeit wieder in Ichirakus Nudelsuppenrestaurant um seine so geliebte Nudelsuppe zu essen. Er wird dort herzlich begrüßt und trifft Iraku wieder. Erinnerungen an früher werden wach. Tsunade macht sich Gedanken, auf welche Mission sie das neu gebildete Team Kakashi zuerst schicken soll, und der Kampf zwischen Gaara und Deidara wird dramatisch.

Das Dorf Suna-Gakure ist in Aufregung, weil Kazekage Gaara offensichtlich entführt wurde. Damit hatte keiner gerechnet. Kankuro möchte auf eigene Faust versuchen, Gaara zu befreien, aber Baki schickt ihm Verstärkung hinterher. An einem Ort, an dem Deidara gelandet war, findet man mehrere leblose Körper. Was mag wohl dahinter stecken?

Kankuro hat seinen vermeintlichen Gegner Deidara gestellt, muss aber erkennen, dass in Wirklichkeit der geheimnisvolle Sasori sein Widersacher ist. Das Spiel mit den Marionetten nimmt dramatische Züge an. Egal, was Kankuro auch unternimmt, seine Angriffe werden von Sasori abgeblockt. Ist dieser Kampf um Gaara überhaupt zu gewinnen?

In Suna-Gakure wird nach weiteren Fallen der Feinde gesucht. Man macht sich ernsthafte Gedanken um die Sicherheit im Dorf, und ob man nicht einen neuen Kazekage ernennen muss. Das stößt auf Widerstand von Baki und Kankuro, der sich nach der Giftattacke einigermaßen erholt hat. Das Team Kakashi ist noch unterwegs zum Unruheherd und trifft auf Temari.

In den Kampf um das Leben Kankuros hat sich das Geschwisterpaar Chiyo und Ebizo eingeschaltet. Vor allem die Schwester erweckt Hoffnung, dass sie ein Gegengift entwickeln kann, aber dem ist nicht so. Nun geschieht das Schlimmste, was ihr passieren kann, sie muss Tsunade in Konoha um Hilfe bitten. Die zeigt sich gönnerhaft und schickt sofort das Team Guy los …

Kankuro ist bei einem Kampf schwer verletzt worden und Sakura hat alle Hände voll zu tun, ihn zu retten. Sie stellt fest, dass er vergiftet worden ist und es gelingt ihr, ein Gegenmittel anzufertigen, das Kankuro rettet. Kakashi bittet Pakkun mit seinen Hunden die Verfolgung der beiden Angreifer von Kankuro aufzunehmen. Sobald sie wissen, wo die stecken, will er mit einem Team aufbrechen.

Pakkun entdeckt das Versteck der Akatsuki Organisation, in dem Gaara vermutlich festgehalten wird. Es befindet sich im Land der Flüsse und die Konoha Ninjas machen sich auf den Weg dorthin. Die Suna-Nins haben Befehl, das Dorf zu sichern, doch sie wollen bei einer Versammlung dagegen votieren und so schnell wie möglich nachkommen.

Guys Team, das Kakashi zu Hilfe kommen sollte, wird von Kisame aufgehalten. Er hat von der Akatsuki Organisation den Auftrag, Guy zu bekämpfen, was er gern tut, denn mit ihm hat er noch eine alte Rechnung zu begleichen. Guy hat einen schweren Stand, denn Kisame kann mit seinem Chakra unglaubliche Mengen an Wasser entstehen lassen und bewegen …

Kisame ist es gelungen, Neji, Lee und TenTen in ein Wassergefängnis zu sperren, so dass er nun allein gegen Guy antreten kann und der hat einen schweren Stand gegen ihn. Naruto ist in einem Gen-Jutsu von Itachi gefangen, doch er begreift das gerade noch rechtzeitig, bevor er hilflos in die Welt der Illusionen abtaucht, und erinnert sich daran, was Jiraiya ihm beigebracht.

Kakashis Team kämpft weiter gegen Itachi, der ein Meister der Illusionskunst ist. Es gelingt ihm, Naruto in ein Gen-Jutsu einzusperren, dass ihm grausige Illusionen vorgaukelt, doch er kommt nicht allein aus dieser Illusion heraus. Erst als Kakashi und Sakura es bemerken, können sie ihm helfen. Derweil kämft Guys Team immer noch gegen Kisame …

In Suna-Gakure wird es immer dramatischer. Während Team Kakashi und Team Guy immer noch nicht am Ziel sind, treffen sich einige finstere Gestalten heimlich mit ihrem Anführer. Es sind die Entführer von Gaara, sowie zwei alte Bekannte, die schon viel Unruhe verbreitet haben: Itachi und Kisame.

Gaara ist immer noch in der Hand seiner Entführer, und keiner weiß so recht, was mit ihm gerade geschieht. Die Teams aus Konoha, die ihm zu Hilfe kommen wollen, haben laufend mit neuen Schwierigkeiten zu kämpfen. Chiyo, die Dorfälteste aus Suna-Gakure könnte mit ihrer Erfahrung jetzt sehr wichtig werden …

Kakashis und Guys Team sind nun beide vor der Höhle angekommen, in der sich nach Aussage von Pakkun Gaara befinden soll. Doch prompt stehen sie vor der nächsten Hürde, denn sie kommen nicht hinein. Die Tür ist mit einer fünffachen Barrikade versiegelt, die nur unter bestimmten Bedingungen beseitigt werden kann.

Guys und Kakashis Team ist es gemeinsam gelungen, die Siegel und damit die Barriere vor der Höhle zu beseitigen, doch Guys Team ist dabei in eine Falle getappt: Jedes entfernte Siegel wird zu einem Doppelgänger desjenigen, der es entfernt hat. Der sieht gleich aus und hat auch die gleiche Stärke. Guy, Neji, Lee und TenTen kämpfen buchstäblich gegen ihre Spiegelbilder …

Während Naruto und Kakashi aus der Höhle gerannt sind, um Deidara zu verfolgen, der mit Gaara auf der Flucht ist, müssen sich drinnen Sakura und Chiyo dem Kampf gegen Sasori stellen. Chiyo eröffnet Sakura, dass sie ihn kennt und erzählt ihr seinen Werdegang vom genialen Marionettenbauer bis heute, wo Sasori „Menschenmarionetten" sammelt.

Bei dem Kampf gegen Sasori ist es Sakura und Chiyo gelungen, ihn zu zwingen aus seiner Marionette herauszukommen. Für Chiyo ein Schock. Sie hat ihn seit 20 Jahren nicht mehr gesehen, aber er ist um keinen Tag gealtert. Vor ihnen steht ein junger Mann, der ihnen im Kampf allerdings die Hölle heiß macht und alle Register zieht.

Während Naruto und Kakashi immer noch Deidara verfolgen und Guy und sein Team immer noch gegen sich selbst kämpfen, versuchen Chiyo und Sakura in der Höhle Sasori in Schach zu halten. Das ist nicht so leicht, weil er als Marionette den dritten Kazekage von Suna-Gakure hat und der galt als der stärkste Kazekage überhaupt.

Der Kampf von Chiyo und Sakura mit Sasori geht weiter und die beiden Frauen sind ziemlich ratlos. Chiyo setzt zwar ebenfalls Marionetten ein, aber die versagen, weil Sasori mit eisernem Sand kämpft, der sich in die Gelenke setzt und die Puppen damit unbrauchbar macht. Chiyo versucht es mit einem letzten Mittel, indem sie einen ihrer Arme in einen Marionettenarm verwandelt …

Guys Team kämpft immer noch gegen sich selbst, Naruto und Kakashi verfolgen immer noch Deidara, Sakura und Chiyo kämpfen immer noch gegen Sasura und bei der Überlegung, welche Strategie man gegen ihn anwenden kann, erinnert sich Sakura daran, was Tsunade ihr beigebracht hat.

Sakura kann Oma Chiyos Hand heilen, obwohl sie selber in Schwierigkeiten steckt, denn das Gegengift, das sie sich verabreicht hat, wirkt nur drei Minuten, also ist Eile geboten. Sasori beobachtet die beiden Damen und wartet auf den entscheidenden Moment. Kakashi und Naruto haben es dagegen mit Deidara zu tun, der zwar mit allen Wassern gewaschen ist, aber trotzdem Probleme hat, sich durchzusetzen.

Oma Chiyo und Sakura wissen, dass das Gegengift nur noch drei Minuten wirkt, also müssen sie schnell eine Entscheidung fällen, wie sie gegen Sasori vorgehen. Der wiederum ist sich seiner Sache sehr sicher, zumal er ein spezielles Jutsu anwenden kann, mit dem seine Gegnerinnen wohl nicht rechnen. Aber auch Oma Chiyo hat mit ihrem „Zehn-Finger" - Jutsu noch einen Trumpf in der Hand …

Im Kampf zwischen Sasori, Chiyo und Sakura scheint Sasori die Oberhand gewonnen zu haben. Sakura und Chiyo sind verwundet, doch mit letzter Kraft gelingt es Chiyo, Sakura zu heilen und den ultimativen Schlag gegen Sasori auszuführen. Bevor er stirbt, verrät er Sakura noch, dass er sich mit seinem Spitzel, den er bei Orochimaru eingeschleust hat, in zehn Tagen treffen will.

Sakura und Chiyo ist es endlich gelungen, Sasori zu besiegen. Nun müsste sich eigentlich auch die Falle auflösen, in der Guy und sein Team stecken, indem sie gegen ihre gleich starken Doppelgänger kämpfen müssen, doch es tut sich nichts. Das Jutsu bleibt bestehen und das Team wird immer schwächer, weil der Kampf kräftezehrend ist, während die Doppelgänger nichts an Energie einbüßen …

Nachdem Lee herausgefunden hat, dass sie stärker sein müssen, als ihre Doppelgänger, gibt das Team von Guy noch mal alles und es gelingt ihnen, die Doppelgänger zu besiegen. Kakashi und Naruto verfolgen nach wie vor Deidara, und Kakashi ist entschlossen, sein neues Sharingan einzusetzen, obwohl er es noch nicht vollkommen im Griff hat.

Naruto begreift endlich, dass Gaara tot ist und ist so wütend darüber, dass das Chakra des Fuchsgeistes für kurze Zeit die Kontrolle übernehmen kann. Glücklicherweise erinnert Kakashi sich an den Rat, den Jiraiya ihm gegeben hat, wie man den Fuchsgeist wieder in seine Schranken weisen kann. Inzwischen sind auch Guy und sein Team angekommen …

Großmutter Chiyo versucht mittels ihres Reinkarnationsjutsus, Gaara wieder ins Leben zurück zu holen, doch ihr Chakra genügt nicht dafür. Naruto hilft und so wird Gaara wiedererweckt und Chiyo stirbt. Wie aus dem Nichts sind plötzlich alle Ninjas aus Suna-Gakure da und bejubeln ihren neuen alten Kazekage.

Obwohl es Kakashi mit seinem neuen Sharingan gelungen ist, Deidara mitsamt seiner Explosion in eine andere Dimension zu beamen, tritt der wieder in Erscheinung. Er sucht nach seinem rechten Arm und dem Ring, der ihn als Akatsuki Mitglied ausweist. Dabei trifft er auf Zetsu und den vertrottelten Tobi, der auch gern bei der Organisation wäre. Prompt kriegen die beiden sich in die Wolle.

Guy und sein Team kommen endlich wieder in Konoha an und Kakashi muss erstmal eine Woche im Krankenaus bleiben, weil die Benutzung seines neuen Sharingan ihn so mitgenommen hat. Sakura erzählt Tsunade derweil, dass Sasori ihr von dem geheimen Treffpunkt an der Brücke von Himmel und Erde berichtet hat, wo sie vielleicht neues über den Verbleib von Sasuke herausfinden können.

Da Sakura von Sasori die Info erhalten hat, dass es in wenigen Tagen an der Brücke zwischen Himmel und Erde ein Treffen geben soll, bei dem sie möglicherweise etwas über Sasuke erfahren kann, soll nun ein Team gebildet werden, dass diese Mission übernimmt. Kakashi fällt aus, weil er sich erstmal ausruhen muss, aber wer soll dann mit Naruto und Sakura gehen?

Während Naruto noch hofft, sich das fehlende Teammitglied selbst aussuchen zu dürfen, sieht Tsunade sich einer Intrige gegenüber, denn einer ihrer Widersacher, Danzo, hat längst entschieden, wer Teammitglied anstelle von Sasuke werden soll: Sai, der Junge, der Naruto vor kurzem angegriffen hat. Tsunade kann das nicht verhindern …

Naruto muss in den sauren Apfel beißen, dass Sai nun tatsächlich das neue Mitglied im „Team Kakashi" ist, das von Yamato angeführt wird, da Kakashi noch im Krankenhaus liegt. Naruto kann Sai nicht leiden, denn erstens scheint er ihm überlegen zu sein und zweitens, setzt er oft so ein gekünsteltes Lächeln auf. Das merkt auch Sakura und haut Sai dafür prompt erstmal eine rein.

Naruto, Sakura, Sai und Yamato haben sich auf den Weg zur Brücke gemacht, um den Spion dort abzufangen, doch wie nicht anders zu erwarten, gibt es eine Menge Spannungen zwischen Sai und Naruto, der den Neuen nicht ausstehen kann. Zu allem Überfluss bewundert Sakura auch noch Sais künstlerische Ader, denn er kann toll zeichnen.

Die Spannungen zwischen Naruto und Sai sind nach wie vor vorhanden und darum entschließt Yamato sich, eine Simulationsübung zu machen, um zu sehen, ob das Zusammenspiel zwischen den Beiden klappt – was es natürlich nicht tut. Sai schneidet wesentlich besser ab, als Naruto und der ist entsprechend sauer.

Yamato und sein Team sind an der Brücke zwischen Himmel und Erde angekommen. Ihr Plan ist, dass Yamato sich als Sasori verkleidet und sich mit dem Spion trifft, damit sie ihn gefangen nehmen können. Alle sind gespannt, um wen es sich handelt – zu Recht, denn es ist Kabuto. Die Täuschung scheint zu klappen, bis zu dem Moment, in dem Orochimaru auftaucht.

Auf der Brücke zwischen Himmel und Erde steht Naruto nun seinem schlimmsten Feind, nämlich Orochimaru gegenüber und der reizt ihn so, dass das „Gewand des Fuchsgeistes" wieder zum Vorschein kommt. Dieses unheilvolle Chakra ist nur zu kontrollieren bis der dritte Schwanz des Fuchses sich bildet, ab dem vierten wird Naruto außer Kontrolle sein.

Naruto steht Orochimaru gegenüber und verwandelt sich immer mehr in den Neunschwänzigen Fuchs. Er denkt an seine letzte Begegnung mit Sasuke zurück und fühlt sich schlecht, weil er zu schwach war, Sasuke davon abzuhalten, zu Orochimaru überzulaufen. Doch er beschließt, nicht aufzugeben und um Sasuke zu kämpfen und so gewinnt der Fuchsgeist immer mehr die Oberhand …

Naruto steht Orochimaru im Kampf gegenüber und inzwischen hat sich der vierte Schwanz des Fuchsgeistes herausgebildet. Naruto ist nun lt. Jiraiya nicht mehr zu kontrollieren und bildet Unmengen an Chakra – was wiederum den Nachteil hat, dass es seine Bewegungsfähigkeit einschränkt.

Naruto ist nicht mehr zu kontrollieren, er scheint sich vollends in den Fuchsgeist zu verwandeln, was auch Orochimaru beunruhigt feststellt, denn sein Schwert, das sonst alles durchdringt, prallt an Naruto in seiner derzeitigen Gestalt völlig ab. Er verletzt sogar Sakura schwer, die versucht, ihn zu erreichen, und ausgerechnet Kabuto hilft ihr mit seinen medizinischen Fähigkeiten.

Naruto ist aus dem Kampf mit Orochimaru schwer verletzt hervorgegangen und Sakure heilt ihn nun. Währenddessen ist es Sai gelungen, mit Orochimaru zu sprechen und ihm von seinem Vorgesetzten Danzo etwas auszurichten. Kurz darauf verlässt er mit Orochimaru und Kabuto den Ort des Geschehens – von Yamatos Holzdoppelgänger beobachtet, so dass dieser im Wesentlichen über Vorgänge informiert ist.

Yamato und sein Team kommen langsam dahinter, warum Sai verschwunden ist. Sie nehmen an, dass er von Danzo in das Team geschmuggelt wurde, um an Orochimaru heranzukommen, den der sich zum Verbündeten machen will. Er will vermutlich Konoha zerstören, so dass sich der Unmut der Bevölkerung gegen Tsunade richtet und sie somit aus dem Amt stürzen.

Yamato versucht, Naruto klar zu machen, dass er nicht die Kräfte des Neunschwänzigen Fuchses benutzen darf, nur um schneller an sein Ziel, nämlich Sasuke zu finden, zu gelangen. Yamato erzählt ihm, dass er, Naruto, Sakura die Verletzung am Arm zugefügt hat und dass er mit allen Mitteln versuchen muss, den Fuchsgeist in sich zu unterdrücken …

Orochimaru und Kabuto haben Sai mit in ihr Versteck genommen, wo er Sasuke kennenlernt, der sich nicht die Bohne für ihn interessiert. Auch als Sai Naruto erwähnt, reagiert Sasuke nicht groß darauf, sondern behauptet, sich kaum noch an den erinnern zu können. Derweil versuchen Yamato, Sakura und Naruto in das Versteck zu gelangen …

Yamato und seinem Team ist es gelungen, in Orochimarus Versteck einzudringen und Sai ausfindig zu machen, der ihnen ihre schlimmsten Befürchtungen bestätigt: Tatsächlich will Danzo Orochimaru als Verbündeten haben, um Konoha zu übernehmen. Sakura spricht Sai auf das Bilderbuch an und es stellt sich heraus, dass Sai doch nicht so gefühllos ist, wie er es immer dargestellt hat …

Yamato und sein Team haben Sai aus Orochimarus Versteck geholt und ihn gefangen genommen, da kommt ihnen Kabuto in die Quere. Der jedoch hat allein gegen die Drei keine Chance und so befreit er Sai von dessen Fesseln, in der Hoffnung, dass er sich auf seine Seite schlägt, doch Sai reagiert anders: Er stellt sich auf die Seite des Teams und so gelingt es ihnen, Kabuto festzusetzen.

Yamato und sein Team suchen im geheimen Berg von Orochimaru nach Sasuke, doch es gibt so viele verwinkelte Wege und Zimmer, dass es fast aussichtslos scheint, ihn zu finden. Naruto bricht zusammen, weil ihm das Chakra des Fuchsgeistes immer noch zu schaffen macht und so bietet Sai an, allein weiter nach Sasuke zu suchen und Naruto, der glaubt, Sai stünde auf ihrer Seite, lässt es zu.

Yamato und sein Team finden heraus, dass Sai von Danzo nicht nur den Auftrag hatte, einen Kontakt zu Orochimaru herzustellen, sondern Sasuke zu eliminieren, denn Sasuke soll Orochimaru ja als nächster Körper dienen. Wenn es den nicht mehr gibt, verschwindet Orochimaru von der Bildfläche und niemand würde Danzo die Herrschaft über Konoha dann noch streitig machen können.

Nach langer Zeit stehen Naruto und Sakura nun endlich wieder Sasuke gegenüber, doch der scheint sich sehr verändert zu haben. Auf jeden Fall hat er kein Problem damit, sie alle gleichzeitig außer Gefecht zu setzen. Naruto will Antworten von ihm und hat diverse Erinnerungen an die gemeinsame Zeit mit Sasuke.

Nachdem Naruto, Sai, Sakura und Yamato Sasuke gefunden haben, begreift Naruto immer noch nicht, dass er sich mit Orochimaru zusammengetan hat. Naruto versucht Sasuke klar zu machen, dass Orochimaru nur seinen Körper will, um weiterleben zu können, aber Sasuke weiß das längst und es ist ihm egal. Wenn er dafür die Stärke erreicht, sich endlich an seinem Bruder Itachi rächen zu können.