Naruto fait un drôle de cauchemar où il voit un temple se faire détruire par un monstre sanguinaire.

L'entraînement de Naruto va enfin commencer, Kakashi semble avoir une idée pour que Naruto évolue rapidement.

L'entraînement de Naruto continue : celui-ci fait des progrès et arrive à couper une feuille d'arbre.

Quatre bandits ont enlevé la dépouille de Kitane, un des douze ninjas gardiens qui protégeait le roi Féodal.

L'équipe Kakashi part en mission au Temple du Feu afin de trouver qui sont les pilleurs de tombe. Naruto rencontre un garçon nommé Sora, au passé apparemment sombre, qui manipule très bien le fūton.

L'équipe Kakashi et deux membres du Temple du Feu poursuivent les pilleurs des quatre tombes. Ils tombent dans un piège.

L'équipe Kakashi est séparée et ses membres affrontent séparément les présumés pilleurs de tombe qui sont en réalité à la recherche de Sora. Saï et Sakura arrivent finalement à se retrouver et Naruto affronte une femme capable de manipuler les 5 éléments.

Naruto est dépassé par la maîtrise des 5 éléments et se fait prendre au piège. Pendant ce temps Sora se bat avec un homme et dévoile ses pouvoirs.

L'équipe Kakashi rentre au village et ramène Sora.

On apprend dans un flash-back que le père de Sora a été tué par Asuma Sarutobi. Pendant ce temps, Sora et Naruto s'entraînent au fūton.

Danzô essaie de s'échapper mais c'est sans compter sur les forces spéciales qu'il a entraînées, Sora attaque Tsunade après avoir fui le village.

Furîdo, Fuka, Fuen et Fudo attaquent Konoha. Fuen invoque un bouclier afin qu'aucun villageois ou ninja de Konoha ne puisse fuir. Fudo invoque des morts-vivants, le clan Kohaku...

Konoha se voit en état d'alerte niveau 1 : 4 des 12 protecteurs du seigneur féodal du Pays du Feu sont ressuscités et menacent d'utiliser une technique de foudre très puissante pouvant détruire le village.

Lorsque Fuen et Fudo se font tuer, les mort-vivants et le bouclier disparaissent.

Naruto trouve le point faible de Fuka et la vainc. Le limelight est neutralisé.

La vérité sur les pouvoirs de Sora est dévoilée : son corps renferme une rémanence du chakra de Kyûbi. Sora se met alors en colère et fait sortir son pouvoir.

Le combat entre Naruto et Sora continue, Furiido qui n'était autre que Kazuma se fait tuer par Asuma.

Naruto réussit à raisonner Sora et leur combat prend fin. Pendant que Konoha se reconstruit, deux membres d'Akatsuki, Hidan et Kakuzu, font leur apparition.

À l'exception de la Team 7, qui est protégée par le Susanô, tous les autres ninjas ont été entraînés dans un monde de rêve par les « Arcanes lunaires infinis ». Même le Hokage, Tsunade, est tombé dans un état de rêve. Elle se réveille et se retrouver dans le Village de Konoha, où elle découvre le dernier livre de Jiraiya. Elle commence alors à le lire...

Tsunade continue de lire le roman de Jiraya. Des ninjas de niveau Chūnin et Jonin ont disparu. Le Quatrième Hokage Minato ordonne alors une mission de recherche avec des équipes de Genin dirigées, entre autres, par Gai et Kurenai. L’équipe 7 de Kakashi est également envoyée.

Tsunade poursuit la lecture du roman de Jiraya. Les ennuies continuent pour les Genins envoyés par Minato. Alors que leurs maîtres ont disparu, se retrouvent en face à face avec plusieurs membres de l'Akatsuki, dont notamment le trio originaire du village d'Ame entrainé par le Sannin Jiraiya.

L'équipe Jiraiya et celle d'Asuma sont attirés dans un village mystérieux pendant leur bataille. Quelques enfants du village sont pris entre deux feux et tombent dans un effondrement. Yahiko et ses deux amis se précipitent à la rescousse, contrairement à Shikamaru et les siens. Pendant ce temps-là, les équipes de Kakashi et celle de Gai se rencontrent quand soudain, une voix mystérieuse les interpelle.

L'homme masqué montre des images à Neji et Naruto d'incidents passés qui se sont produits dans le village de Konoha. Pendant ce temps-là, Shikamaru et ses amis se joignent à l'équipe Jiraiya pour sauver les enfants. Après avoir combattu côte à côte avec les Genins, Yahiko et les siens semblent avoir changé d'avis.

L'homme masqué est convaincu que les Genins privilégieront la vie d'une personne plutôt que leur mission, mais il ordonne à ses hommes de main de de poursuivre leur surveillance. Pendant ce temps-là, Naruto est frustré par son incapacité à bouger et se souvient des raisons pour lesquelles son père Minato a scellé le démon à neuf queues à l'intérieur de lui.

Sasuke et Sakura rejoignent leurs compagnons mais la marionnettiste Sasori apparaît et leurs bloque le chemin pour rentrer chez eux. Sasuke veut abattre les marionnettes et se précipiter pour faire son rapport au quatrième Hokage, mais Shikamaru et les autres ninjas insistent pour rester et sauver leurs maîtres.

Jiraiya affaiblit le sceau du démon renard à neuf queues afin d'aider Naruto à apprendre à contrôler le pouvoir de Kyûbi. Jiraya se souvient alors des paroles du Grand Ermite des Crapauds, Gamamaru. Ce dernier lui avait dit qu'il aurait un étudiant qui sauverait soit le monde Ninja ou soit le détruirait.

Naruto rejoint le reste de ses camarades et, ensemble, ils parviennent à repousser l'offensive de Sasori. L'homme masqué est alors témoin de leurs actes et est désormais convaincu qu'il y a un avenir avec ces jeunes ninjas. Il leurs promet de libérer les Jonin capturés et commence à expliquer la vérité sur son action...

La force de Naruto est désormais reconnue par l'ensemble de ses compagnons Genin, à part Sasuke. Mais alors que Naruto entretient une relation étroite avec son père, le père de Sasuke, Fugaku, compare constamment Sasuke à son frère aîné Itachi et lui prête à peine de l'attention...

Sasuke lâche sa frustration sur Naruto, qui lui rend bien, les deux commençant à se battre. Minato intervient juste avant que cela ne se transforme en catastrophe. Avec cette confrontation, Sasuke se rend compte Naruto est plus fort que lui. Il décide alors de rejoindre les forces de police de Konoha, afin de progresser et de le battre un jour.

Trois ans se sont écoulés depuis que Sasuke a rejoint la police de Konoha, où il en est maintenant un des lieutenants. Mais lui et ses compagnons abusent de leurs prérogatives, ce qui ne fait qu'accroître l'anxiété dans le village, et où les Uchiha restent en mauvaise posture. Maintenant que son entraînement avec Jiraiya est terminé, Naruto retourne lui aussi au village de Konoha. Il retrouve alors son ami Sasuke au milieu de la ville...

Sasuke quitte le village afin d'obtenir du pouvoir auprès d'Orochimaru. Naruto et ses amis l'apprennent et décident de le poursuivre. Pour garder cela secret, seuls Naruto et Shikamaru se sont lancés dans cette mission. Mais en chemin, le duo est abordé par des ninjas portant des masquées de l'ANBU !

Les ANBU qui attaquent Naruto et Shikamaru sont envoyés par Danzo, qui avait promis à Orochimaru qu'il lui livrerait Sasuke en toute sécurité. Heureusement pour eux, Neji, Lee et Tenten se précipitent à leur secours à temps ! Pendant ce temps-là, Sasori révèle la vérité derrière l'incident ayant entraîné la mort de Yahiko.

Naruto atteint la tour vers laquelle Sasuke s'est dirigé, grâce à Neji, Lee et Tenten qui ont dissuadé les agents de la Racine. Mais il est trop tard. Sasuke a déjà pris contact avec Orochimaru. Naruto essaie passionnément de raisonner Sasuke, mais finalement le combat est inévitable !

Sasuke est finalement parti avec Orochimaru, mais Naruto n'est pas prêt de l'abandonner. Déterminé à ramener Sasuke, il retourne au village avec Shikamaru et les autres. Pendant ce temps-là, Yahiko apparaît dans le village, se faisant désormais appeler «Pain» et cherchant à se venger de la trahison de Konoha.

Voir Hinata presque mourir déclenche la colère de Naruto. Il se transforme alors en démon à neuf queues. Le pouvoir de Naruto est énorme, mais Pain libère son jutsu pour le sceller. La haine consume Naruto quand il tente de briser le sceau. Avec Naruto incapable de contrôler calmement son pouvoir, le village se dirige progressivement vers la destruction.

Plusieurs mois après l'attaque de Pain, Jiraiya revient au village avec des informations concernant l'Akatsuki, l'organisation qui s'en prend actuellement aux villages ninja et qui kidnappent leurs Kage et Jonin. Il leur apprend que Sasuke travaille désormais avec eux. Malgré tout, Naruto est déterminé à ramener son ami Sasuke, une fois pour toutes à Konoha !

Naruto veut ramener Sasuke au village, mais Sasuke souhaite plus que tout vaincre Naruto. Pourquoi Sasuke est-il un haineux ? Comment ses sentiments envers Naruto se sont-ils développés ? La vérité remonte à la surface pendant Sasuke engage le combat. Où cette bataille mènera-t-elle ?